README_zh.md

metadata

tags:
  - protein structure prediction
  - MMseqs
  - Jackhmmer
language:
  - en
  - zh
license: other

AlphaFold3 Dataset

数据集描述

AlphaFold3_dataset 是 OneScience/AlphaFold3/ 模型的配套数据集，包含推理输入样例、公共搜索数据库、MMseqs 数据库、Jackhmmer 分片数据库和对齐相关目录。数据集 ID 固定为 OneScience/AlphaFold3_dataset。

数据集支持的任务

本数据集服务于 AlphaFold3 生物分子结构预测流程。它既提供已经包含 MSA 的 AlphaFold3 JSON 样例，也提供从序列搜索 MSA 所需的数据库目录。模型端可使用这些数据完成预检、带 MSA 推理、MMseqs 数据管线和 Jackhmmer 数据管线。

数据集的格式和结构

路径	类型	作用	是否必需	用于能力	下载后放置位置	备注
manifest.yaml	Manifest 文件	机器可读数据集说明	是	全部能力	数据集包根目录	大模型必须解析
onescience_run_manifest.yaml	运行 Manifest	网页端读取入口	是	全部能力	数据集包根目录	与 manifest.yaml 一致
metadata/file_manifest.yaml	完整性清单	记录关键文件的源路径、整理路径、大小和 SHA256	是	预检	metadata/	验证整理后一致性
scripts/validate_dataset.py	验证脚本	检查目录、JSON schema、大小和 SHA256	是	数据读取验证	scripts/	不运行模型
data/infer_input_data/	输入样例	AlphaFold3 JSON 样例，含 all_data 和 pressure_data	是	推理、预检	data/infer_input_data/	最小样例为 all_data/7r6r_data.json
data/public_databases/	公共数据库	Jackhmmer 和模板搜索数据库	是	数据管线	data/public_databases/	上传视图使用 pdb_2022_09_28_mmcif_files.tar 代替解开的 mmcif_files/ 目录，以规避文件数限制
data/mmseqsDB/	MMseqs 数据库	MMseqs 搜索数据库	是	MMseqs 数据管线	data/mmseqsDB/	包含 small_bfd、mgnify、uniprot、uniref90
data/jackhmmer_split/	分片数据库	Jackhmmer 搜索用 sharded FASTA	是	Jackhmmer 数据管线	data/jackhmmer_split/	分片数量见目录文件名
data/alignDB/	对齐数据库	对齐相关数据	否	高级流程	data/alignDB/	可选

数据集使用方式

文件与下载

下载数据集：

hf download --dataset OneScience-Sugon/AlphaFold3_dataset

下载适配模型：

hf download --model OneScience-Sugon/AlphaFold3/

如果使用 --cache_dir，验证前必须切换到实际下载出的数据集包根目录。

数据放置位置

数据集单独下载后，可以保持在数据集包根目录运行验证。供模型使用时，应将本仓库的 data 子目录放到模型包：

<model-package>/data/alphafold3_dataset

可通过复制或链接实现：

mkdir -p /path/to/model-package/data
ln -s /path/to/AlphaFold3_dataset/data /path/to/model-package/data/alphafold3_dataset

数据读取验证

在数据集包根目录执行：

python scripts/validate_dataset.py --root .

验证脚本会解析 metadata/file_manifest.yaml，检查关键目录存在、JSON 样例可读、文件名一致、大小一致和 SHA256 一致。成功时输出 dataset_validation_ok: true。

OneScience 官方信息

平台	OneScience 主仓库	Skills 仓库
Gitee	https://gitee.com/onescience-ai/onescience	https://gitee.com/onescience-ai/oneskills
GitHub	https://github.com/onescience-ai/OneScience	https://github.com/onescience-ai/oneskills

限制与许可证

mmseqs为本地生成数据库，公共数据库和 AlphaFold3 相关数据需遵守各自上游许可和使用条款。