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Datasets:
OneScience-Group
/
oc20

Languages:
English
Chinese
Tags:
OC20
Open Catalyst
catalysis
S2EF
UMA
extxyz
License:
Dataset card Files
xet
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oc20 / README_zh.md
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Zhongning
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license: Apache-2.0
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  - OC20
  - Open Catalyst
  - catalysis
  - S2EF
  - UMA
  - extxyz
  - ASE-lmdb
language:
  - en
  - zh

OC20

数据集描述

OC20 数据集是Open Catalyst 2020 (OC20) S2EF（Structure to Energy and Forces）extxyz 子集。数据包含催化材料表面吸附构型的原子坐标、晶胞信息、能量和受力数据，字段与 UMA OC20 配置中的能量、受力字段一致，是学习和验证催化材料机器学习原子间势方法的标准基准数据集。

本仓库当前包含两个 split：

  • s2ef_200k_uncompressed：训练子集，2 个分片，共 10000 帧，每帧 8–221 个原子。
  • s2ef_val_id_uncompressed：验证子集（in-distribution），4 个分片，共 20000 帧，每帧 8–223 个原子。

原始数据来自 Open Catalyst Project / fair-chem OC20，本仓库是其面向 OneScience UMA 微调示例的配套数据包。

当前数据包包含约 8 个文件，约 1.2 GB。

数据集支持的任务

本标准化数据仓库整理了 OC20 S2EF 子集的完整数据包，包含训练集和验证集，可用于：

  • 催化材料表面吸附构型的机器学习原子间势微调
  • 能量与受力预测模型的训练与验证
  • UMA 框架的功能测试与基准评测

数据集的格式和结构

数据文件位于 data/oc20/ 目录下，按 split 分片组织：

文件路径 格式 shape / 内容 说明
oc20/s2ef_200k_uncompressed/0.extxyz extxyz [N_frames, N_atoms] 训练子集分片 0，5000 帧
oc20/s2ef_200k_uncompressed/1.extxyz extxyz [N_frames, N_atoms] 训练子集分片 1，5000 帧
oc20/s2ef_val_id_uncompressed/0.extxyz extxyz [N_frames, N_atoms] 验证子集分片 0，5000 帧
oc20/s2ef_val_id_uncompressed/1.extxyz extxyz [N_frames, N_atoms] 验证子集分片 1，5000 帧
oc20/s2ef_val_id_uncompressed/2.extxyz extxyz [N_frames, N_atoms] 验证子集分片 2，5000 帧
oc20/s2ef_val_id_uncompressed/3.extxyz extxyz [N_frames, N_atoms] 验证子集分片 3，5000 帧
metadata/schema.yaml YAML 数据结构说明 extxyz 字段 schema 定义
metadata/sha256_manifest.txt SHA256 校验清单 文件完整性校验

extxyz 数据格式

每个构型由原子数行、comment 行和原子行组成。comment 行包含 Lattice、Properties、energy、free_energy 和 pbc。原子行包含元素、坐标、move_mask、tags 和 forces。

字段 类型 shape 说明
species str [N_atoms] 元素符号，覆盖多种金属、非金属元素
pos float [N_atoms, 3] 原子坐标，单位 Å
move_mask bool [N_atoms] 原子是否可移动，T 或 F
tags int [N_atoms] 原子标签，区分吸附质、表面、次表面等
forces float [N_atoms, 3] 原子受力，单位 eV/Å
energy float [1] 构型总能量，单位 eV
free_energy float [1] 构型自由能，单位 eV
pbc bool [3] 周期边界条件
Lattice float [3, 3] 周期盒矩阵

数据集使用方式

下载数据集 

hf download --dataset OneScience-Sugon/oc20 --local-dir ./data

OneScience 官方信息

平台 OneScience 主仓库 Skills 仓库
Gitee https://gitee.com/onescience-ai/onescience https://gitee.com/onescience-ai/oneskills
GitHub https://github.com/onescience-ai/OneScience https://github.com/onescience-ai/oneskills

限制与许可证

本数据集为 Open Catalyst 2020 (OC20) 官方 S2EF 子集，未生成新样本或改变原始数据内容。

使用 OC20 数据集时请引用原始 Open Catalyst 论文：

  • Chanussot, L.; Das, A.; Goyal, S.; Lavril, T.; Shuaibi, M.; Riviere, M.; Tran, K.; Heras-Domingo, J.; Ho, C.; Hu, W.; Palizhati, A.; Sriram, A.; Wood, B.; Yoon, J.; Parikh, D.; Zitnick, C. L.; Ulissi, Z. Open Catalyst 2020 (OC20) Dataset and Community Challenges. ACS Catal. 2021, 11 (10), 6059–6072. https://doi.org/10.1021/acscatal.0c04525