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tags:
  - DMC
  - MACE
  - molecular dynamics
  - extxyz
  - carbonate
  - XTB
language:
  - en
  - zh
license: MIT License

DMC

数据集描述

DMC 数据集是入门训练示例的溶剂 XTB extxyz 数据集。数据包含碳酸盐分子体系（VC、EC、PC、DMC、EMC、DEC）在不同构型下的原子坐标、能量和受力数据，是学习和验证机器学习原子间势方法的标准入门基准数据集。

训练文件 solvent_xtb_train_200.xyz 包含 203 帧（200 个训练构型 + 3 个 isolated atom 构型），测试文件 solvent_xtb_test.xyz 包含 1000 帧。元素集合为 H、C、O。

当前数据包包含约 3 个文件。

数据集支持的任务

本标准化数据仓库整理了 MACE DMC 入门示例的完整数据包，包含训练集和测试集，可用于：

• 碳酸盐分子体系势能面模型的入门训练与验证
• 分子动力学模拟的势能面拟合
• MACE 框架的功能测试与基准评测

数据集的格式和结构

数据文件位于 data/DMC/ 目录下：

文件路径	格式	shape / 内容	说明
DMC/solvent_xtb_train_200.xyz	extxyz	[203, N_atoms]	训练集，200 个训练构型 + 3 个 isolated atom 构型
DMC/solvent_xtb_test.xyz	extxyz	[1000, N_atoms]	测试集，1000 帧
metadata/sha256_manifest.txt	SHA256	校验清单	文件完整性校验

extxyz 数据格式

每个构型由原子数行、comment 行和原子行组成。comment 行包含 Properties、energy_xtb 和 pbc。原子行包含元素、坐标、可选 molID 和 forces_xtb。

字段	类型	shape	说明
species	str	[N_atoms]	元素符号，当前元素集合为 H、C、O
pos	float	[N_atoms, 3]	原子坐标，单位 Å
molID	int	[N_atoms]	分子编号，isolated atom 构型中可能不存在
forces_xtb	float	[N_atoms, 3]	XTB 计算得到的原子受力，单位 eV/Å
energy_xtb	float	[1]	XTB 计算得到的构型总能量，单位 eV
pbc	bool	[3]	周期边界条件

数据集使用方式

下载数据集：

hf download --dataset OneScience-Sugon/DMC --local-dir ./data

OneScience 官方信息

平台	OneScience 主仓库	Skills 仓库
Gitee	https://gitee.com/onescience-ai/onescience	https://gitee.com/onescience-ai/oneskills
GitHub	https://github.com/onescience-ai/OneScience	https://github.com/onescience-ai/oneskills

限制与许可证

本数据集为DMC 入门训练示例数据，未生成新样本或改变原始数据内容。原始构型数据来自 Dajnowicz 等 2022 年关于锂离子电池电解液机器学习势的工作，能量和受力由 XTB (GFN2-xTB) 重新计算。

• 原始论文：Dajnowicz, S.; Agarwal, G.; Stevenson, J. M.; Jacobson, L. D.; Ramezanghorbani, F.; Leswing, K.; Friesner, R. A.; Halls, M. D.; Abel, R. High-Dimensional Neural Network Potential for Liquid Electrolyte Simulations. J. Phys. Chem. B 2022, 126, 6271–6280. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.2c03746
• 原始数据仓库：https://github.com/imagdau/Tutorials
• 许可证：原始数据未明确声明许可证，以原始 DMC 数据来源、OneScience 仓库和 ModelScope 页面说明为准