The dataset viewer is not available because its heuristics could not detect any supported data files. You can try uploading some data files, or configuring the data files location manually.
Portable rDock Pipeline
Krótki opis projektu
Repozytorium zawiera przenośny pipeline do prowadzenia i porównywania eksperymentów dockingowych z użyciem rDock oraz skryptów Pythona. Projekt obejmuje przygotowanie danych wejściowych, uruchamianie dockingu, analizę wyników, porównanie strategii priorytetyzacji ligandów oraz wygenerowanie tabel, wykresów i raportów.
Struktura repozytorium
docking_pipeline/– główny kod pipeline'u.configs/– pliki konfiguracyjne.data/– dane wejściowe lub przykładowe dane testowe.docs/– dokumentacja pomocnicza.scripts/– skrypty uruchomieniowe i pomocnicze.tests_minimal/– minimalne testy działania.environment.yml– środowisko Conda z zależnościami.pyproject.toml– konfiguracja pakietu Python.results/– wyniki, tabele, wykresy lub raporty, jeżeli są dołączone.
Wymagania
Do uruchomienia projektu wymagane są między innymi:
- Python 3.11 lub zgodny,
- Conda albo Mamba,
- rDock,
- OpenBabel,
- RDKit,
- biblioteki Pythona zdefiniowane w
environment.yml.
Instalacja
Przykładowa instalacja środowiska:
conda env create -f environment.yml
conda activate portable-rdock-pipeline
pip install -e .
Uruchomienie
Podstawowa pomoc programu:
python -m docking_pipeline --help
Przykładowe uruchomienia oraz konfiguracje znajdują się w folderach configs/, scripts/ i docs/.
Podsumowanie wyników
Projekt pozwala porównywać strategie przeszukiwania ligandów przy ograniczonym budżecie obliczeniowym. Wyniki końcowe obejmują ranking ligandów, metryki jakości strategii, tabele porównawcze oraz wykresy wygenerowane przez pipeline.
Szczegółowe wyniki znajdują się w folderze results/ oraz w dołączonych raportach/notebookach, jeżeli są obecne w repozytorium.
Licencja
Kod projektu jest udostępniany na licencji MIT. Zewnętrzne narzędzia, takie jak rDock, OpenBabel lub RDKit, zachowują własne licencje.
- Downloads last month
- 6