SAbDab2-Epi

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来源：SAbDab2 ML 0.2.0。使用条件以上游发布为准， 本整理不另行声明许可。此目录是唯一的数据发布/同步根目录，处理代码在 EpiOmni 仓库维护。

内容

split	复合物样本	去重抗体 apo 检索任务
train	5,617	2,371
val	681	282
test	681	341

train.jsonl / val.jsonl / test.jsonl   样本索引
structures/                          9 个 TAR；每个样本含 .cif 和 .json
apo/requests.jsonl                   抗体侧 H/L 去重任务与 bound 引用
apo/chains.fasta                     抗体检索序列
apo/summary.json                     抗体侧统计与来源哈希
handon.md                            抗原、抗体两侧 apo 补充交接

标签与划分

每行索引的 epitope_annotation 指向 TAR 内的样本 JSON。完整标签在 annotation.epitope.labels，与 annotation.antigen_residue_ids 一一对应； 另有 label_mask、CDR 距离、SASA/RSA 测量值。无需另存重复标注汇总或解压全部结构。

正样本：到 IMGT CDR 重原子距离严格 <4.5 Å，且 delta SASA >1 Ų 或 RSA_free >0.15。 CDR 区间 27–38、56–65、105–117；FreeSASA 为 Shrake-Rupley、ProtOr、1000 points、 probe 1.4 Å，RSA 用 Tien-Wilke 最大面积。自由抗原保留所有抗原链，移除抗体，不是 apo。 标签和目标派生测量值不得作为模型输入。

原 train 保持分配，未使用过的原 test 按连通组拆为 val/test；隔离上游抗原链簇、 抗体簇、Ab-Ag 簇、PDB ID、相同抗原完整/观测链及抗体序列对，未新增全量同源搜索。 保留 7 个零阳性样本；暂缓 40 个 VNAR（当前 CDR 契约未验证）及原有 96 个长链样本。 抗体类型位于 metadata.source_metadata.type：FAB、FV、SD-H、SD-L。

使用

EpiOmni 的 surface cache 入口可直接读取索引及 TAR，支持多链抗原；surface/ESM 缓存尚未批量生成。当前数据为 bound-derived，不含已关联的实验 apo；补充约定见 handon.md。实验 apo、预测单体与从 bound 提取的组件不得混淆。 完整 B 场景需要两侧 apo；现有 2,994 项仅为抗体任务，抗原清单及两侧样本关联表尚待生成。 补齐后的清单字段、QC 和回填步骤见 handon.md。

所有运行期路径相对于本目录。坐标 SHA256 保存在各样本索引，检索任务的来源哈希在 apo/summary.json；详细处理记录、原始下载和代码快照仅本地归档，不上传。 后续数据更新递增版本并创建新标签，不覆盖旧版标签、不改写远端历史。