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PriorGen_Data

PriorGen 使用的数据独立存放于此目录,代码项目位于 /mnt/datadisk0/PriorGen。数据按用途组织:

PriorGen_Data/
├── features/uni/       # UNI WSI patch features (.pt)
├── features/plip/      # PLIP WSI patch features (.pt)
├── annotations/organs/ # TCGA organ report annotations and images
├── splits/             # train/val/test CSV and label mappings
├── knowledge_banks/    # organ knowledge banks (.pt/.json)
├── anchors/            # PIB anchor features (.pt)
├── feature_labels.csv  # 每个 UNI/PLIP 特征文件与 TCGA 器官类别的对应关系
├── DATASET_CARD.md     # 数据集说明与统计
└── dataset_manifest.json

tcga_cases 配置将合并划分表拆成 Viewer 可选择的 train、validation、test 三个 split;每行展示 slide ID、case ID、数字标签和器官类别。原始宽表也保存在 source/splits_ALL_MERGED.csv。

Viewer 配置选择器提供 modality_uni、modality_plip 两个模态子集,以及 organ_acc 至 organ_thca 的器官子集;default 配置包含完整清单。每个配置仍使用 train split。

feature_labels.csv 的每行对应一个特征文件,包含文件名、相对路径、模态(UNI/PLIP)、TCGA case ID、数字标签、器官类别和标签状态。器官标签编号对应:ACC、BRCA、CHOL、COAD、DLBC、KICH、KIRC、KIRP、LIHC、LUAD、LUSC、MESO、STAD、THCA。

代码默认通过 PRIORGEN_DATA_ROOT=/mnt/datadisk0/PriorGen_Data 读取数据,也可以在 PriorGen/.env.example 中修改路径。

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