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/sop/input包括;1.gene_counts.tsv猪基因层面的 RNA-seq 原始counts矩阵,共22,018行基因和6个样本。第一列为 gene_id,其余列为:Control_1 Control_2 Control_3 Treatment_1 Treatment_2 Treatment_3 表达值为非负整数 raw counts,不是 TPM、FPKM、CPM 或 log2 表达量。部分低表达基因可能在所有样本中的总计数较低,需要按规则过滤。 2.sample_information.tsv包含6行样本信息,字段为: sample:样本名称,与计数矩阵列名完全对应 condition:实验分组,取值为 Control 或 Treatment 实验设计为3个 Control生物学重复和3个 Treatment生物学重复。 3.pig_gene_annotation.tsv来源于 Ensembl release 116、Sus scrofa Sscrofa11.1(GCA_000003025.6)的猪基因注释信息。

Only annotator-supplied inputs are present here. Solved outputs are excluded from the agent-visible data and Docker image.