ento3686/TCGA_OncoTree_pt2

TCGA-OncoTree (TCGA-OT) — Account 2 (Part 2/2)

Phần 2 của dataset TCGA-OT, tách sang tài khoản HuggingFace thứ hai sau khi Account 1 (tuna2004/TCGA_OncoTree) đầy dung lượng giữa chừng.

progress.json TRUNG TÂM

File progress.json trong repo này là nguồn chân lý duy nhất cho TOÀN BỘ 11.186 slide của TCGA-OT — không chỉ riêng phần upload bởi Account 2. Format:

{"uploaded": {"<slide_id>": "<repo_id chứa file .svs đó>", ...},
  "missing_uuid": {"<slide_id>": null, ...}}

Khi merge 2 phần lại (clone cả 2 repo, gộp svs/ bằng symlink), dùng đúng field repo_id trong progress.json này để biết mỗi .svs cần symlink từ repo nào.

Thống kê (tính đến lần chạy gần nhất)

Chỉ số	Số lượng
Tổng số slide trong splits gốc	{n_total}
Đã tải & upload thành công (tổng)	{n_uploaded}
— trong đó thuộc Account 1 ({REPO_ID_1})	{n_from_acc1}
— trong đó thuộc Account 2 ({REPO_ID_2})	{n_from_acc2}
Không tìm được UUID trên GDC	{n_missing}
Còn lại chưa xử lý	{n_total - n_uploaded - n_missing}

Nguồn dữ liệu

Ảnh WSI gốc từ TCGA qua NCI GDC (open-access, data_format=SVS, experimental_strategy=Diagnostic Slide).

Nhãn/splits từ repo mahmoodlab/TITAN:

Ding, T., Wagner, S.J., Song, A.H., Chen, R.J., et al. "Multimodal Whole Slide Foundation Model for Pathology", Nature Medicine, 2025. DOI: 10.1038/s41591-025-03982-3

License

• Nhãn/splits: theo license repo TITAN gốc (CC-BY-NC-ND).
• Ảnh WSI: theo GDC Data Use Policy (open-access, phi thương mại).