Dataset Viewer
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The dataset viewer is not available for this split.
Cannot load the dataset split (in streaming mode) to extract the first rows.
Error code:   StreamingRowsError
Exception:    UnicodeDecodeError
Message:      'utf-8' codec can't decode byte 0x96 in position 28: invalid start byte
Traceback:    Traceback (most recent call last):
                File "/src/services/worker/src/worker/utils.py", line 147, in get_rows_or_raise
                  return get_rows(
                      dataset=dataset,
                  ...<4 lines>...
                      column_names=column_names,
                  )
                File "/src/libs/libcommon/src/libcommon/utils.py", line 272, in decorator
                  return func(*args, **kwargs)
                File "/src/services/worker/src/worker/utils.py", line 127, in get_rows
                  rows_plus_one = list(itertools.islice(safe_iter(ds, dataset=dataset), rows_max_number + 1))
                File "/src/services/worker/src/worker/utils.py", line 483, in safe_iter
                  yield from ds.decode(False) if ds.features else ds
                File "/usr/local/lib/python3.14/site-packages/datasets/iterable_dataset.py", line 2951, in __iter__
                  for key, example in ex_iterable:
                                      ^^^^^^^^^^^
                File "/usr/local/lib/python3.14/site-packages/datasets/iterable_dataset.py", line 2461, in __iter__
                  for key, pa_table in self._iter_arrow():
                                       ~~~~~~~~~~~~~~~~^^
                File "/usr/local/lib/python3.14/site-packages/datasets/iterable_dataset.py", line 2486, in _iter_arrow
                  for key, pa_table in self.ex_iterable._iter_arrow():
                                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^^
                File "/usr/local/lib/python3.14/site-packages/datasets/iterable_dataset.py", line 547, in _iter_arrow
                  for key, pa_table in iterator:
                                       ^^^^^^^^
                File "/usr/local/lib/python3.14/site-packages/datasets/iterable_dataset.py", line 430, in _iter_arrow
                  for key, pa_table in self.generate_tables_fn(**gen_kwags):
                                       ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^
                File "/usr/local/lib/python3.14/site-packages/datasets/packaged_modules/fasta/fasta.py", line 247, in _generate_tables
                  for record in self._parse_fasta(fp, include_record=include_record):
                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
                File "/usr/local/lib/python3.14/site-packages/datasets/packaged_modules/fasta/fasta.py", line 140, in _parse_fasta
                  for line in fp:
                              ^^
                File "<frozen codecs>", line 325, in decode
              UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0x96 in position 28: invalid start byte

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Paneles de referencia Geeknome

Este repositorio aloja exclusivamente las bases de datos de referencia y los paneles genómicos utilizados por la plataforma Geeknome. No contiene el software, el motor de análisis ni una licencia de uso del programa.

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Base de datos de referencia por paneles

Base de datos: NCBI RefSeq Viral — 10 de julio de 2026 (09:06 UTC).

Este repositorio aloja los paneles de referencia de Geeknome, derivados y organizados a partir de la base de datos indicada. La base se ha dividido en paneles específicos para que el análisis se realice frente al conjunto de referencias más pertinente para cada muestra o proyecto. Esta división facilita la selección del contexto analítico, reduce comparaciones innecesarias y hace más trazable el panel utilizado en cada reporte.

Cada panel contiene sus propias secuencias de referencia, taxonomía e índices asociados. Durante una ejecución, Geeknome descarga y utiliza el panel seleccionado; los resultados deben interpretarse únicamente dentro del alcance taxonómico y de las referencias incluidas en ese panel. Un resultado negativo no descarta organismos que no formen parte del panel elegido.

Panel Alcance de referencia
Panel Respiratorio Virus y referencias asociadas a análisis respiratorio
Panel Animal Exótico Referencias de interés en animales exóticos
Panel Arbovirus Flavivirus Arbovirus del grupo Flavivirus
Panel Arbovirus Otros Otros arbovirus incluidos en el catálogo Geeknome
Panel DNA Herpes y Pox Virus ADN, herpesvirus y poxvirus
Panel DNA Otros Otros virus ADN disponibles en la base de datos
Panel Fagos Ambientales Bacteriófagos de contexto ambiental
Panel Fagos Microbiota Bacteriófagos asociados a microbiota
Panel Fagos Otros Otros bacteriófagos del catálogo Geeknome
Panel Plantas Referencias genómicas de interés en plantas

Los recursos de cada panel se publican como archivos de referencia FASTA comprimidos, con sus archivos taxonómicos e índices de apoyo cuando correspondan. La aplicación Geeknome selecciona y descarga el conjunto asociado al panel elegido. Este repositorio no es una guía de instalación del software ni requiere ejecutar comandos para utilizar los paneles desde la plataforma.

La composición de los paneles puede evolucionar con las actualizaciones de Geeknome. Para reproducibilidad, conserve el reporte generado, el nombre del panel, la fecha de análisis y la versión de las referencias cuando estén disponibles. No combine, altere ni redistribuya los paneles de Geeknome como una base de datos propia sin autorización expresa.

Acceso y uso de los paneles

Estos paneles son recursos de datos alojados para su integración con la plataforma Geeknome. El programa Geeknome selecciona el panel correspondiente durante el análisis y utiliza sus archivos de referencia, taxonomía e índices asociados.

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