histopathai/SICAPV2-Converter

Dataset Preparation Helpers

Bu repodaki dosyalar, SICAPv2 histopatoloji verisetini histopathai platformuna yüklemek için kullanılan yardımcı araçlardır.

Kaynak Verisi

SICAPv2 — Prostate histology WSI dataset with Gleason grade annotations
Mendeley Data: https://data.mendeley.com/datasets/9xxm58dvs3/1
Lisans: CC-BY-4.0

Dosyalar

Dosya	Açıklama
dataset_create.ipynb	Ham görüntü ve annotation verilerinden DatasetBuilder ile JSON tabanlı dataset yapısı oluşturur. Workspace, Patient, Image ve Annotation entity'lerini tanımlar.
dzi_build.py	Patch görüntülerini slide bazında birleştirip DZI formatına dönüştürür. Her slide için image.zip, IndexMap.json ve thumbnail.jpg üretir.
extract_polygon.py	WSI annotation verilerinden polygon koordinatlarını çıkarır, polygons.csv oluşturur.
upload_dataset.ipynb	EDA yaparak dengeli bir alt küme seçer, ardından IngestPipeline ile işlenmiş slide'ları GCS'e ve metadata'yı Firestore'a yükler.

Ön Koşullar

1. histopathai Paketi

dev-ingestor reposundan paketi yükleyin:

pip install -e /path/to/dev-ingestor
# cloud bağımlılıklarıyla birlikte:
pip install -e "/path/to/dev-ingestor[cloud]"

2. Ek Bağımlılıklar

pip install pyvips pandas openpyxl matplotlib

3. Environment Değişkenleri

upload_dataset.ipynb çalıştırılmadan önce aşağıdaki değerlerin ayarlanmış olması gerekir (notebook içinde DOLDUR etiketli alanlar):

Değişken	Açıklama
SA_KEY_PATH	GCP service account JSON dosyasının yolu
PROJECT_ID	Google Cloud proje ID'si
PROC_BUCKET	İşlenmiş slide'ların yükleneceği GCS bucket adı
DB_NAME	Firestore veritabanı adı (varsayılan: "(default)")

4. Yol Değişkenleri

Her dosyada RESOURCE_ROOT ve DATASET_ROOT gibi yol değişkenleri boş bırakılmıştır. Çalıştırmadan önce kendi ortamınıza göre doldurmanız gerekir.

Akış

SICAPv2 (Mendeley)
       │
       ▼
extract_polygon.py     → polygons.csv
       │
       ▼
dataset_create.ipynb   → JSON dataset yapısı (Workspace / Patient / Image / Annotation)
       │
       ▼
dzi_build.py           → DZI + zip + IndexMap.json (tile server formatı)
       │
       ▼
upload_dataset.ipynb   → GCS + Firestore (IngestPipeline)