framework/docs/METHODS.md

方法、结果与限制

数据集入口见根目录 README.md；检索用法见 RETRIEVAL.md。本文说明口径、主要结果和已知限制。 被推翻的中间产物与旧版文档在 superseded/ 与 docs/archive/，不参与索引，只为审计保留。

1. 构成

14 个成员、4 个上游数据集、全部 CC-BY-4.0。framework_index.parquet 逐对象登记 326 条 （2 阶 190、3 阶 128、4 阶 4、1 阶 4）。成员目录内可同时有窗口张量、载荷矩阵与图嵌入， 所以索引的行是对象类（一种 key × shape 组合），n_files 记文件数。

成员	物种	模态	规模
steinmetz	Mus musculus	胞外放电	39 session / 24,029 单元 / 50 ms
primate_macaque_nlb	Macaca mulatta	胞外放电	72 片段 / 20 ms / PMd·M1 各 96 电极
primate_dmfc_rsg	Macaca mulatta	胞外放电	2 文件 / 94 单元
primate_human_eeg	Homo sapiens	头皮 EEG	31 文件 / 63 通道 / 4 ms
omnibrain4d_eeg_test / _train	Homo sapiens	头皮 EEG	200×80×63×250 / 16540×4×63×250
omnibrain_spike_view / _macaque / _human	三物种	胞外放电	39 / 72 / 103 文件
omnibrain_eeg_view	Homo sapiens	头皮 EEG	32,000 窗
omnibrain_graph_view	Drosophila	连接组	139,255 × 64
flywire	Drosophila	连接组	107,265 × 22
omnibrain_multi	混合	混合	1,409,850 × 64 × 8
counts_v4_ragged	混合	胞外放电	175 段 / 998,102,320 元素

2. 四层处理

层	产物	说明
L0 来源	sources.csv 12 条	每条带 pin_kind/pin_value/pin_status；当前 9 verified / 2 partial / 1 degraded。5 个 DANDI 固定到已发布版本号，MBAO/UBERON 固定到 commit，FALCON 代码固定到 commit + 2 个 blob
L1 清洗	duplicate_map.parquet 185 条	72 条经数值核对确认同一记录、103 条外部来源、3 条跨成员同窗、6 条派生、1 条同源异派生
L2 不变量	l2_invariants 605 切片、l2_decay 388 行、l2_region_invariants 454 行	唯一允许跨成员比较的层
L3 检索	slice_catalog.parquet 1,059 行	605 slice 级 + 454 区级，逐行带 caveats 与 tier_L0…L4；只做检索，不做语义改写

counts_v4_ragged 不进 L2（重复计数）。人类颅内（FALCON）NWB 里没有电极表也没有 units 表—— preproc/h2_preproc.py 全文无 add_electrode / add_unit，只写 20 ms 分箱的 binned_spikes， 所以那批“单元”实为矩阵列号。

3. 口径

• 主指标用 rho_half（半衰期，ms）而不是 τ。exp63 的 τ 检验 p=0.386 只对 τ 成立， 已在旧报告中更正。
• 区身份用 Allen MBA id，不用 UBERON：UBERON 有 67.1% 是 collision，按缩写匹配会假阳性 （APN 命中 accessory 而非 anterior pretectal nucleus）。
• 猕猴可逐 unit 拆分：electrodes/location 是 96 × "Pre-Motor Cortex, dorsal" + 96 × "M1"， 6/6 session 都是 unit 0–95 = PMd、96–191 = M1；macaque_unit_region.csv 给了 13,126 个单元标签。 但 omnibrain_multi 的窗是 64 维 PCA 投影，窗级无法事后拆分，那 168,048 个 M1_PMd 窗 仍是 compound，不能当区级样本。
• PR 不能跨成员比较：成员间单元轴不共享、窗长与预处置不同，跨成员只能比 L2 不变量。

4. 区级结果

• 猕猴 PMd vs M1（67 片段、同阵列、各 96 单元）：rho_half 中位 623.0 vs 496.4 ms = 1.20× （CI 1.15–1.28），64/67 片段同向，符号检验 p=6.8e-16。但这是电极位置差异——上游论文写明 “M1-like neurons are frequently found in caudal PMd and vice versa”，不能读成两种区类型。
• 小鼠 68 区 / 276 cell：rho_half 中位从 90 ms（CA1）到 488 ms（MOs），约 5 倍； 区效应 R²(region|session) = 0.354，session 内置换 p=0.0002（零分布中位 0.225，含过拟合成分）。
• 跨物种（等样本量匹配）：小鼠 361.7 ms vs 猕猴 564.3 ms = 1.56×（CI 1.18–2.01）。

5. L2 质量轴：四条路都没有立住

1. 可复现性模型：分组 5 折 AUC 0.644、置换 p<0.005。但 quality_prob 与 rho1 秩相关 +0.943，单特征 rho1 就有 0.626；按 0.50 阈值过滤保留 41% 样本， rho_half 中位 285→483 ms（1.69×）。⇒ 分数是 rho1 的重表达，只能分层、不能过滤。
2. 小鼠跨 session 一致性（6 个与 rho1 不共线的特征）：按区分组 AUC 0.414、p=0.89； 标签分半可靠度仅 0.497，完美特征上限 0.723 ⇒ 强效应可排除、弱效应排除不了。
3. 猕猴：第一版 AUC 0.761、p<0.005，但 67 个片段来自 6 个 session，片段序号单独 就有 AUC 0.810；改同 session 内参照后 0.524、p=0.42，session 解释 log rho_half 方差 **59.3%**。旧版留在 superseded/。
4. 原始 spike times / ISI：M1 的 ISI 违反率是 PMd 的 1.44×，速率校正后 +0.0079→+0.0078 （缩小 2.1%）⇒ 不是放电率假象。同时常用阈值“>2% 即污染”在这批数据上失效：27–29 Hz 下 泊松期望本身就有 5.5%，按 2% 判会把 46% 单元误判。

结论：有模型，但只能分层不能过滤；瓶颈是标签可靠度（0.5 量级），不是模型容量。

6. 限制

1. 神经元数按 session 变化（326–1,240），跨 session 建模需对齐策略。
2. 域在 session 间分布不均（每 session 2–9 个域），LODO 需先取跨 session 交集。
3. Steinmetz 为 50 ms 分箱，不适合毫秒级动态。
4. FlyWire 无时间维度。
5. 人类颅内无电极表、无解剖定位（区间标签记作 unknown）；猕猴“单元”可能是电极级群体信号。
6. FlyWire 的区标签与连接组特征同源，用连接组预测脑区接近同义反复；node_features 已分 safe（6 列）与 leaky（12 列）两组，结论必须用 safe 组 + 随机标签对照得出。

7. 复核

python /domains/scripts/verify_framework.py     # 失败返回非零

校验只做一件事：声称的与文件里的是否一致——索引登记的行数/字节数与实文件比对、 目录下每个文件都在索引里、来源 pin 合法、区级注册表唯一键、检索层示例命中数与实算一致。 结果数字本身由 scripts/ 下的生成脚本决定，不在这里重复计算。