|
|
acids = [ |
|
|
"A", |
|
|
"C", |
|
|
"D", |
|
|
"E", |
|
|
"F", |
|
|
"G", |
|
|
"H", |
|
|
"I", |
|
|
"K", |
|
|
"L", |
|
|
"M", |
|
|
"N", |
|
|
"P", |
|
|
"Q", |
|
|
"R", |
|
|
"S", |
|
|
"T", |
|
|
"V", |
|
|
"W", |
|
|
"Y", |
|
|
] |
|
|
|
|
|
UNCOMMON_RESIDUE_DICT = { |
|
|
"DLY": "LYS", |
|
|
"OTH": "THR", |
|
|
"GHP": "GLY", |
|
|
"YOF": "TYR", |
|
|
"HS9": "HIS", |
|
|
"HVA": "VAL", |
|
|
"C5C": "CYS", |
|
|
"TMD": "THR", |
|
|
"NC1": "SER", |
|
|
"CSR": "CYS", |
|
|
"LYP": "LYS", |
|
|
"PR4": "PRO", |
|
|
"KPI": "LYS", |
|
|
"02K": "ALA", |
|
|
"4AW": "TRP", |
|
|
"MLE": "LEU", |
|
|
"NMM": "ARG", |
|
|
"DNE": "LEU", |
|
|
"NYS": "CYS", |
|
|
"SEE": "SER", |
|
|
"DSG": "ASN", |
|
|
"ALA": "ALA", |
|
|
"CSA": "CYS", |
|
|
"SCH": "CYS", |
|
|
"TQQ": "TRP", |
|
|
"PTM": "TYR", |
|
|
"XPR": "PRO", |
|
|
"VLL": "UNK", |
|
|
"B3Y": "TYR", |
|
|
"PAQ": "TYR", |
|
|
"FME": "MET", |
|
|
"NAL": "ALA", |
|
|
"TYI": "TYR", |
|
|
"OXX": "ASP", |
|
|
"CSS": "CYS", |
|
|
"OCS": "CYS", |
|
|
"193": "UNK", |
|
|
"GLJ": "GLU", |
|
|
"PM3": "PHE", |
|
|
"DTR": "TRP", |
|
|
"MEQ": "GLN", |
|
|
"HSO": "HIS", |
|
|
"TYW": "TYR", |
|
|
"LED": "LEU", |
|
|
"PHL": "PHE", |
|
|
"TDD": "LEU", |
|
|
"MEA": "PHE", |
|
|
"FGA": "GLU", |
|
|
"GGL": "GLU", |
|
|
"PSH": "HIS", |
|
|
"3CF": "PHE", |
|
|
"MSE": "MET", |
|
|
"2SO": "HIS", |
|
|
"B3S": "SER", |
|
|
"PSW": "SEC", |
|
|
"C4R": "CYS", |
|
|
"XCP": "UNK", |
|
|
"LYF": "LYS", |
|
|
"WFP": "PHE", |
|
|
"A8E": "VAL", |
|
|
"0AF": "TRP", |
|
|
"PEC": "CYS", |
|
|
"JJJ": "CYS", |
|
|
"3TY": "UNK", |
|
|
"SVY": "SER", |
|
|
"DIL": "ILE", |
|
|
"MHS": "HIS", |
|
|
"MME": "MET", |
|
|
"MMO": "ARG", |
|
|
"B3A": "ALA", |
|
|
"CHG": "UNK", |
|
|
"PHI": "PHE", |
|
|
"AR2": "ARG", |
|
|
"MND": "ASN", |
|
|
"BTR": "TRP", |
|
|
"AEI": "ASP", |
|
|
"TIH": "ALA", |
|
|
"DDE": "HIS", |
|
|
"S1H": "SER", |
|
|
"DSE": "SER", |
|
|
"AR4": "GLU", |
|
|
"FDL": "LYS", |
|
|
"PRJ": "PRO", |
|
|
"CY3": "CYS", |
|
|
"2TY": "TYR", |
|
|
"AR7": "ARG", |
|
|
"CTH": "THR", |
|
|
"DTY": "TYR", |
|
|
"SYS": "CYS", |
|
|
"C1X": "LYS", |
|
|
"SVV": "SER", |
|
|
"ASN": "ASN", |
|
|
"SNC": "CYS", |
|
|
"AKZ": "ASP", |
|
|
"OMY": "TYR", |
|
|
"JJL": "CYS", |
|
|
"XSN": "ASN", |
|
|
"0UO": "TRP", |
|
|
"TCQ": "TYR", |
|
|
"OSE": "SER", |
|
|
"NPH": "CYS", |
|
|
"0A0": "ASP", |
|
|
"1PA": "PHE", |
|
|
"SIC": "CYS", |
|
|
"TY8": "TYR", |
|
|
"AYA": "ALA", |
|
|
"ALN": "ALA", |
|
|
"SXE": "SER", |
|
|
"B3T": "UNK", |
|
|
"BB9": "CYS", |
|
|
"HL2": "LEU", |
|
|
"0AR": "ARG", |
|
|
"SVA": "SER", |
|
|
"DBB": "THR", |
|
|
"KPY": "LYS", |
|
|
"DPP": "ALA", |
|
|
"32S": "UNK", |
|
|
"FGL": "GLY", |
|
|
"N80": "PRO", |
|
|
"IGL": "GLY", |
|
|
"PF5": "PHE", |
|
|
"OYL": "HIS", |
|
|
"MNL": "LEU", |
|
|
"PBF": "PHE", |
|
|
"CEA": "CYS", |
|
|
"OHI": "HIS", |
|
|
"ESC": "MET", |
|
|
"2JG": "SER", |
|
|
"1X6": "SER", |
|
|
"4BF": "TYR", |
|
|
"MAA": "ALA", |
|
|
"3X9": "CYS", |
|
|
"BFD": "ASP", |
|
|
"CZ2": "CYS", |
|
|
"23P": "ALA", |
|
|
"I4G": "GLY", |
|
|
"CMT": "CYS", |
|
|
"LVN": "VAL", |
|
|
"OAS": "SER", |
|
|
"TY2": "TYR", |
|
|
"SCS": "CYS", |
|
|
"PFX": "UNK", |
|
|
"MF3": "UNK", |
|
|
"OBS": "LYS", |
|
|
"GL3": "GLY", |
|
|
"0A9": "PHE", |
|
|
"MVA": "VAL", |
|
|
"B3Q": "UNK", |
|
|
"DOA": "UNK", |
|
|
"MP8": "PRO", |
|
|
"CYR": "CYS", |
|
|
"5PG": "GLY", |
|
|
"ILY": "LYS", |
|
|
"DNW": "ALA", |
|
|
"BCX": "CYS", |
|
|
"AZK": "LYS", |
|
|
"AAR": "ARG", |
|
|
"TRN": "TRP", |
|
|
"NBQ": "TYR", |
|
|
"RVX": "SER", |
|
|
"PSA": "PHE", |
|
|
"Z3E": "THR", |
|
|
"OCY": "CYS", |
|
|
"2ZC": "SER", |
|
|
"N2C": "UNK", |
|
|
"SBD": "SER", |
|
|
"MSA": "GLY", |
|
|
"SET": "SER", |
|
|
"HS8": "HIS", |
|
|
"SMF": "PHE", |
|
|
"HYP": "PRO", |
|
|
"PYX": "CYS", |
|
|
"XPL": "PYL", |
|
|
"DMK": "ASP", |
|
|
"BIF": "PHE", |
|
|
"M3L": "LYS", |
|
|
"CYF": "CYS", |
|
|
"O12": "UNK", |
|
|
"SRZ": "SER", |
|
|
"LAL": "ALA", |
|
|
"2MR": "ARG", |
|
|
"4PH": "PHE", |
|
|
"2LT": "TYR", |
|
|
"LPL": "UNK", |
|
|
"3YM": "TYR", |
|
|
"LRK": "LYS", |
|
|
"FVA": "VAL", |
|
|
"MED": "MET", |
|
|
"ILM": "ILE", |
|
|
"6CL": "LYS", |
|
|
"CXM": "MET", |
|
|
"DHV": "VAL", |
|
|
"PR3": "CYS", |
|
|
"HAR": "ARG", |
|
|
"KWS": "GLY", |
|
|
"SAR": "GLY", |
|
|
"0LF": "PRO", |
|
|
"45F": "PRO", |
|
|
"12A": "A", |
|
|
"CLG": "LYS", |
|
|
"DHI": "HIS", |
|
|
"PTR": "TYR", |
|
|
"DMT": "UNK", |
|
|
"OMT": "MET", |
|
|
"TBG": "VAL", |
|
|
"PLJ": "PRO", |
|
|
"IAM": "ALA", |
|
|
"DBY": "TYR", |
|
|
"CPC": "UNK", |
|
|
"GLZ": "GLY", |
|
|
"4FW": "TRP", |
|
|
"SLZ": "LYS", |
|
|
"HIA": "HIS", |
|
|
"FOE": "CYS", |
|
|
"IYR": "TYR", |
|
|
"KST": "LYS", |
|
|
"B3M": "UNK", |
|
|
"BB6": "CYS", |
|
|
"CYW": "CYS", |
|
|
"MPQ": "GLY", |
|
|
"HHK": "LYS", |
|
|
"HGL": "UNK", |
|
|
"SE7": "ALA", |
|
|
"ELY": "LYS", |
|
|
"TRO": "TRP", |
|
|
"DNP": "ALA", |
|
|
"MK8": "LEU", |
|
|
"200": "PHE", |
|
|
"WVL": "VAL", |
|
|
"LPD": "PRO", |
|
|
"NCB": "ALA", |
|
|
"DDZ": "ALA", |
|
|
"MYK": "LYS", |
|
|
"OLD": "HIS", |
|
|
"DYS": "CYS", |
|
|
"LET": "LYS", |
|
|
"ESB": "TYR", |
|
|
"HR7": "ARG", |
|
|
"DI7": "TYR", |
|
|
"QCS": "CYS", |
|
|
"ASA": "ASP", |
|
|
"CSX": "CYS", |
|
|
"P3Q": "TYR", |
|
|
"OHS": "ASP", |
|
|
"SOY": "SER", |
|
|
"EHP": "PHE", |
|
|
"ZCL": "PHE", |
|
|
"32T": "UNK", |
|
|
"AHB": "ASN", |
|
|
"TRX": "TRP", |
|
|
"0AK": "ASP", |
|
|
"TH5": "THR", |
|
|
"GHG": "GLN", |
|
|
"XW1": "ALA", |
|
|
"23F": "PHE", |
|
|
"1OP": "TYR", |
|
|
"AGT": "CYS", |
|
|
"PYA": "ALA", |
|
|
"2MT": "PRO", |
|
|
"4FB": "PRO", |
|
|
"CSB": "CYS", |
|
|
"TRQ": "TRP", |
|
|
"MDO": "GLY", |
|
|
"CAS": "CYS", |
|
|
"TTQ": "TRP", |
|
|
"T0I": "TYR", |
|
|
"LLY": "LYS", |
|
|
"GVL": "SER", |
|
|
"BPE": "CYS", |
|
|
"0TD": "ASP", |
|
|
"TYY": "TYR", |
|
|
"BH2": "ASP", |
|
|
"D3P": "GLY", |
|
|
"CY4": "CYS", |
|
|
"CHP": "GLY", |
|
|
"DFO": "UNK", |
|
|
"NLB": "LEU", |
|
|
"QPH": "PHE", |
|
|
"DTH": "THR", |
|
|
"LLO": "LYS", |
|
|
"LYN": "LYS", |
|
|
"DPN": "PHE", |
|
|
"EFC": "CYS", |
|
|
"FP9": "PRO", |
|
|
"OMX": "TYR", |
|
|
"AGQ": "TYR", |
|
|
"PHD": "ASP", |
|
|
"PR9": "PRO", |
|
|
"B3L": "UNK", |
|
|
"LYX": "LYS", |
|
|
"IT1": "LYS", |
|
|
"DBU": "THR", |
|
|
"0A8": "CYS", |
|
|
"TYX": "UNK", |
|
|
"QMM": "GLN", |
|
|
"CME": "CYS", |
|
|
"ACB": "ASP", |
|
|
"TRF": "TRP", |
|
|
"HOX": "PHE", |
|
|
"DA2": "ARG", |
|
|
"DNS": "LYS", |
|
|
"BIL": "UNK", |
|
|
"SUN": "SER", |
|
|
"TYJ": "TYR", |
|
|
"3PX": "PRO", |
|
|
"CLD": "SER", |
|
|
"IPG": "GLY", |
|
|
"CLH": "LYS", |
|
|
"XCN": "CYS", |
|
|
"CZZ": "CYS", |
|
|
"THO": "UNK", |
|
|
"CY1": "CYS", |
|
|
"CYS": "CYS", |
|
|
"PFF": "PHE", |
|
|
"MLL": "LEU", |
|
|
"PG1": "SER", |
|
|
"BMT": "THR", |
|
|
"CSZ": "CYS", |
|
|
"DSN": "SER", |
|
|
"NIY": "TYR", |
|
|
"FH7": "LYS", |
|
|
"CGV": "CYS", |
|
|
"SVZ": "SER", |
|
|
"ORQ": "ARG", |
|
|
"DLS": "LYS", |
|
|
"DVA": "VAL", |
|
|
"BHD": "ASP", |
|
|
"TPQ": "TYR", |
|
|
"STY": "TYR", |
|
|
"CSP": "CYS", |
|
|
"31Q": "CYS", |
|
|
"B3E": "GLU", |
|
|
"LEF": "LEU", |
|
|
"GLH": "GLU", |
|
|
"LCK": "LYS", |
|
|
"GME": "GLU", |
|
|
"FHO": "LYS", |
|
|
"MDH": "UNK", |
|
|
"ECC": "GLN", |
|
|
"34E": "VAL", |
|
|
"ASB": "ASP", |
|
|
"HCS": "UNK", |
|
|
"KYN": "TRP", |
|
|
"OIC": "UNK", |
|
|
"VR0": "ARG", |
|
|
"U2X": "TYR", |
|
|
"PHE": "PHE", |
|
|
"TYS": "TYR", |
|
|
"SBG": "SER", |
|
|
"A5N": "ASN", |
|
|
"CYD": "CYS", |
|
|
"4DP": "TRP", |
|
|
"3AH": "HIS", |
|
|
"FCL": "PHE", |
|
|
"PRV": "GLY", |
|
|
"CYQ": "CYS", |
|
|
"MBQ": "TYR", |
|
|
"DAS": "ASP", |
|
|
"CS4": "CYS", |
|
|
"B3K": "LYS", |
|
|
"NLE": "LEU", |
|
|
"143": "CYS", |
|
|
"PR7": "PRO", |
|
|
"DAH": "PHE", |
|
|
"LE1": "VAL", |
|
|
"TQZ": "CYS", |
|
|
"LGY": "LYS", |
|
|
"CML": "CYS", |
|
|
"CSW": "CYS", |
|
|
"N10": "SER", |
|
|
"2RX": "SER", |
|
|
"TOQ": "TRP", |
|
|
"0AH": "SER", |
|
|
"P2Q": "TYR", |
|
|
"CYG": "CYS", |
|
|
"DGL": "GLU", |
|
|
"KOR": "MET", |
|
|
"DAR": "ARG", |
|
|
"2ML": "LEU", |
|
|
"PTH": "TYR", |
|
|
"CCS": "CYS", |
|
|
"HMR": "ARG", |
|
|
"33X": "ALA", |
|
|
"UN2": "UNK", |
|
|
"IML": "ILE", |
|
|
"4CY": "MET", |
|
|
"ZZJ": "ALA", |
|
|
"DFI": "UNK", |
|
|
"TIS": "SER", |
|
|
"LLP": "LYS", |
|
|
"MHU": "PHE", |
|
|
"QPA": "CYS", |
|
|
"175": "GLY", |
|
|
"SAH": "CYS", |
|
|
"IIL": "ILE", |
|
|
"BCS": "CYS", |
|
|
"R4K": "TRP", |
|
|
"TYQ": "TYR", |
|
|
"NCY": "UNK", |
|
|
"FT6": "TRP", |
|
|
"OBF": "UNK", |
|
|
"0CS": "ALA", |
|
|
"4HL": "TYR", |
|
|
"TXY": "TYR", |
|
|
"DOH": "ASP", |
|
|
"CSE": "CYS", |
|
|
"DAB": "ALA", |
|
|
"GLK": "GLU", |
|
|
"TYN": "TYR", |
|
|
"LEI": "VAL", |
|
|
"M0H": "CYS", |
|
|
"CLB": "SER", |
|
|
"MGG": "ARG", |
|
|
"CGU": "GLU", |
|
|
"UF0": "SER", |
|
|
"SLL": "LYS", |
|
|
"ML3": "LYS", |
|
|
"HPH": "PHE", |
|
|
"SME": "MET", |
|
|
"ALC": "ALA", |
|
|
"ASL": "ASP", |
|
|
"CHS": "UNK", |
|
|
"2TL": "THR", |
|
|
"HT7": "TRP", |
|
|
"SGB": "SER", |
|
|
"OPR": "ARG", |
|
|
"B3D": "ASP", |
|
|
"FLT": "TYR", |
|
|
"DGN": "GLN", |
|
|
"4CF": "PHE", |
|
|
"HLU": "LEU", |
|
|
"FZN": "LYS", |
|
|
"C6C": "CYS", |
|
|
"HTI": "CYS", |
|
|
"OMH": "SER", |
|
|
"WLU": "LEU", |
|
|
"23S": "UNK", |
|
|
"U3X": "PHE", |
|
|
"SEB": "SER", |
|
|
"DBZ": "ALA", |
|
|
"BB7": "CYS", |
|
|
"2RA": "ALA", |
|
|
"SCY": "CYS", |
|
|
"6CW": "TRP", |
|
|
"AHP": "ALA", |
|
|
"ARO": "ARG", |
|
|
"RE3": "TRP", |
|
|
"1TQ": "TRP", |
|
|
"VDL": "UNK", |
|
|
"4IN": "TRP", |
|
|
"GFT": "SER", |
|
|
"CPI": "UNK", |
|
|
"LSO": "LYS", |
|
|
"CGA": "GLU", |
|
|
"MLZ": "LYS", |
|
|
"HTR": "TRP", |
|
|
"00C": "CYS", |
|
|
"FAK": "LYS", |
|
|
"PRS": "PRO", |
|
|
"ME0": "MET", |
|
|
"SDP": "SER", |
|
|
"HSL": "SER", |
|
|
"C3Y": "CYS", |
|
|
"823": "ASN", |
|
|
"PHA": "PHE", |
|
|
"LYZ": "LYS", |
|
|
"HTN": "ASN", |
|
|
"LP6": "LYS", |
|
|
"ALV": "ALA", |
|
|
"NVA": "VAL", |
|
|
"CSD": "CYS", |
|
|
"DMH": "ASN", |
|
|
"PG9": "GLY", |
|
|
"PCA": "GLU", |
|
|
"KCX": "LYS", |
|
|
"MDF": "TYR", |
|
|
"TYB": "TYR", |
|
|
"MHL": "LEU", |
|
|
"GNC": "GLN", |
|
|
"NLO": "LEU", |
|
|
"MEN": "ASN", |
|
|
"POM": "PRO", |
|
|
"2HF": "HIS", |
|
|
"CY0": "CYS", |
|
|
"ZYK": "PRO", |
|
|
"R1A": "CYS", |
|
|
"CAF": "CYS", |
|
|
"YCM": "CYS", |
|
|
"ORN": "ALA", |
|
|
"H5M": "PRO", |
|
|
"MLY": "LYS", |
|
|
"KYQ": "LYS", |
|
|
"DPQ": "TYR", |
|
|
"MIS": "SER", |
|
|
"TPO": "THR", |
|
|
"XX1": "LYS", |
|
|
"SMC": "CYS", |
|
|
"DHA": "SER", |
|
|
"MGN": "GLN", |
|
|
"FLA": "ALA", |
|
|
"ILX": "ILE", |
|
|
"QIL": "ILE", |
|
|
"2KP": "LYS", |
|
|
"CS1": "CYS", |
|
|
"HNC": "CYS", |
|
|
"PRK": "LYS", |
|
|
"LYR": "LYS", |
|
|
"DM0": "LYS", |
|
|
"TSY": "CYS", |
|
|
"NYB": "CYS", |
|
|
"MHO": "MET", |
|
|
"KFP": "LYS", |
|
|
"SEN": "SER", |
|
|
"999": "ASP", |
|
|
"VLM": "UNK", |
|
|
"CMH": "CYS", |
|
|
"ONL": "UNK", |
|
|
"M2L": "LYS", |
|
|
"LME": "GLU", |
|
|
"AIB": "ALA", |
|
|
"CYJ": "LYS", |
|
|
"CS3": "CYS", |
|
|
"WPA": "PHE", |
|
|
"MTY": "TYR", |
|
|
"MIR": "SER", |
|
|
"HZP": "PRO", |
|
|
"LTA": "UNK", |
|
|
"HIP": "HIS", |
|
|
"PPN": "PHE", |
|
|
"APK": "LYS", |
|
|
"HPE": "PHE", |
|
|
"SVX": "SER", |
|
|
"JJK": "CYS", |
|
|
"03Y": "CYS", |
|
|
"D4P": "UNK", |
|
|
"1AC": "ALA", |
|
|
"B3X": "ASN", |
|
|
"0FL": "ALA", |
|
|
"2KK": "LYS", |
|
|
"LMQ": "GLN", |
|
|
"RE0": "TRP", |
|
|
"MSO": "MET", |
|
|
"ZYJ": "PRO", |
|
|
"GMA": "GLU", |
|
|
"DPR": "PRO", |
|
|
"1TY": "TYR", |
|
|
"TOX": "TRP", |
|
|
"DPL": "PRO", |
|
|
"M2S": "MET", |
|
|
"4HT": "TRP", |
|
|
"BUC": "CYS", |
|
|
"C1S": "CYS", |
|
|
"TA4": "UNK", |
|
|
"CSO": "CYS", |
|
|
"5CW": "TRP", |
|
|
"TRW": "TRP", |
|
|
"DCY": "CYS", |
|
|
"DAL": "ALA", |
|
|
"0QL": "CYS", |
|
|
"THC": "THR", |
|
|
"FGP": "SER", |
|
|
"MCS": "CYS", |
|
|
"AZH": "ALA", |
|
|
"HIQ": "HIS", |
|
|
"ABA": "ASN", |
|
|
"TH6": "THR", |
|
|
"FHL": "LYS", |
|
|
"ZAL": "ALA", |
|
|
"ICY": "CYS", |
|
|
"IZO": "MET", |
|
|
"F2F": "PHE", |
|
|
"VAI": "VAL", |
|
|
"TY5": "TYR", |
|
|
"07O": "CYS", |
|
|
"AA4": "ALA", |
|
|
"RGL": "ARG", |
|
|
"SAC": "SER", |
|
|
"PXU": "PRO", |
|
|
"NFA": "PHE", |
|
|
"LA2": "LYS", |
|
|
"0BN": "PHE", |
|
|
"LYK": "LYS", |
|
|
"FTY": "TYR", |
|
|
"NZH": "HIS", |
|
|
"CSJ": "CYS", |
|
|
"30V": "CYS", |
|
|
"DLE": "LEU", |
|
|
"TLY": "LYS", |
|
|
"L3O": "LEU", |
|
|
"LDH": "LYS", |
|
|
"NEP": "HIS", |
|
|
"ALY": "LYS", |
|
|
"GPL": "LYS", |
|
|
"01W": "UNK", |
|
|
"WRP": "TRP", |
|
|
"MCL": "LYS", |
|
|
"2AS": "UNK", |
|
|
"CSU": "CYS", |
|
|
"SOC": "CYS", |
|
|
"HRG": "ARG", |
|
|
"NMC": "GLY", |
|
|
"TYO": "TYR", |
|
|
"LHC": "UNK", |
|
|
"D11": "THR", |
|
|
"I2M": "ILE", |
|
|
"TTS": "TYR", |
|
|
"FC0": "PHE", |
|
|
"HIC": "HIS", |
|
|
"YPZ": "TYR", |
|
|
"5CS": "CYS", |
|
|
"SEP": "SER", |
|
|
"BBC": "CYS", |
|
|
"3MY": "TYR", |
|
|
"HQA": "ALA", |
|
|
"11Q": "PRO", |
|
|
"AGM": "ARG", |
|
|
"BG1": "SER", |
|
|
"IAS": "ASP", |
|
|
"SBL": "SER", |
|
|
"56A": "HIS", |
|
|
"FTR": "TRP", |
|
|
"DIV": "VAL", |
|
|
"ALO": "THR", |
|
|
"BTK": "LYS", |
|
|
"M3R": "ARG", |
|
|
} |
|
|
|
|
|
blosum62 = { |
|
|
("W", "F"): 1, |
|
|
("L", "R"): -2, |
|
|
("S", "P"): -1, |
|
|
("V", "T"): 0, |
|
|
("Q", "Q"): 5, |
|
|
("N", "A"): -2, |
|
|
("Z", "Y"): -2, |
|
|
("W", "R"): -3, |
|
|
("Q", "A"): -1, |
|
|
("S", "D"): 0, |
|
|
("H", "H"): 8, |
|
|
("S", "H"): -1, |
|
|
("H", "D"): -1, |
|
|
("L", "N"): -3, |
|
|
("W", "A"): -3, |
|
|
("Y", "M"): -1, |
|
|
("G", "R"): -2, |
|
|
("Y", "I"): -1, |
|
|
("Y", "E"): -2, |
|
|
("B", "Y"): -3, |
|
|
("Y", "A"): -2, |
|
|
("V", "D"): -3, |
|
|
("B", "S"): 0, |
|
|
("Y", "Y"): 7, |
|
|
("G", "N"): 0, |
|
|
("E", "C"): -4, |
|
|
("Y", "Q"): -1, |
|
|
("Z", "Z"): 4, |
|
|
("V", "A"): 0, |
|
|
("C", "C"): 9, |
|
|
("M", "R"): -1, |
|
|
("V", "E"): -2, |
|
|
("T", "N"): 0, |
|
|
("P", "P"): 7, |
|
|
("V", "I"): 3, |
|
|
("V", "S"): -2, |
|
|
("Z", "P"): -1, |
|
|
("V", "M"): 1, |
|
|
("T", "F"): -2, |
|
|
("V", "Q"): -2, |
|
|
("K", "K"): 5, |
|
|
("P", "D"): -1, |
|
|
("I", "H"): -3, |
|
|
("I", "D"): -3, |
|
|
("T", "R"): -1, |
|
|
("P", "L"): -3, |
|
|
("K", "G"): -2, |
|
|
("M", "N"): -2, |
|
|
("P", "H"): -2, |
|
|
("F", "Q"): -3, |
|
|
("Z", "G"): -2, |
|
|
("X", "L"): -1, |
|
|
("T", "M"): -1, |
|
|
("Z", "C"): -3, |
|
|
("X", "H"): -1, |
|
|
("D", "R"): -2, |
|
|
("B", "W"): -4, |
|
|
("X", "D"): -1, |
|
|
("Z", "K"): 1, |
|
|
("F", "A"): -2, |
|
|
("Z", "W"): -3, |
|
|
("F", "E"): -3, |
|
|
("D", "N"): 1, |
|
|
("B", "K"): 0, |
|
|
("X", "X"): -1, |
|
|
("F", "I"): 0, |
|
|
("B", "G"): -1, |
|
|
("X", "T"): 0, |
|
|
("F", "M"): 0, |
|
|
("B", "C"): -3, |
|
|
("Z", "I"): -3, |
|
|
("Z", "V"): -2, |
|
|
("S", "S"): 4, |
|
|
("L", "Q"): -2, |
|
|
("W", "E"): -3, |
|
|
("Q", "R"): 1, |
|
|
("N", "N"): 6, |
|
|
("W", "M"): -1, |
|
|
("Q", "C"): -3, |
|
|
("W", "I"): -3, |
|
|
("S", "C"): -1, |
|
|
("L", "A"): -1, |
|
|
("S", "G"): 0, |
|
|
("L", "E"): -3, |
|
|
("W", "Q"): -2, |
|
|
("H", "G"): -2, |
|
|
("S", "K"): 0, |
|
|
("Q", "N"): 0, |
|
|
("N", "R"): 0, |
|
|
("H", "C"): -3, |
|
|
("Y", "N"): -2, |
|
|
("G", "Q"): -2, |
|
|
("Y", "F"): 3, |
|
|
("C", "A"): 0, |
|
|
("V", "L"): 1, |
|
|
("G", "E"): -2, |
|
|
("G", "A"): 0, |
|
|
("K", "R"): 2, |
|
|
("E", "D"): 2, |
|
|
("Y", "R"): -2, |
|
|
("M", "Q"): 0, |
|
|
("T", "I"): -1, |
|
|
("C", "D"): -3, |
|
|
("V", "F"): -1, |
|
|
("T", "A"): 0, |
|
|
("T", "P"): -1, |
|
|
("B", "P"): -2, |
|
|
("T", "E"): -1, |
|
|
("V", "N"): -3, |
|
|
("P", "G"): -2, |
|
|
("M", "A"): -1, |
|
|
("K", "H"): -1, |
|
|
("V", "R"): -3, |
|
|
("P", "C"): -3, |
|
|
("M", "E"): -2, |
|
|
("K", "L"): -2, |
|
|
("V", "V"): 4, |
|
|
("M", "I"): 1, |
|
|
("T", "Q"): -1, |
|
|
("I", "G"): -4, |
|
|
("P", "K"): -1, |
|
|
("M", "M"): 5, |
|
|
("K", "D"): -1, |
|
|
("I", "C"): -1, |
|
|
("Z", "D"): 1, |
|
|
("F", "R"): -3, |
|
|
("X", "K"): -1, |
|
|
("Q", "D"): 0, |
|
|
("X", "G"): -1, |
|
|
("Z", "L"): -3, |
|
|
("X", "C"): -2, |
|
|
("Z", "H"): 0, |
|
|
("B", "L"): -4, |
|
|
("B", "H"): 0, |
|
|
("F", "F"): 6, |
|
|
("X", "W"): -2, |
|
|
("B", "D"): 4, |
|
|
("D", "A"): -2, |
|
|
("S", "L"): -2, |
|
|
("X", "S"): 0, |
|
|
("F", "N"): -3, |
|
|
("S", "R"): -1, |
|
|
("W", "D"): -4, |
|
|
("V", "Y"): -1, |
|
|
("W", "L"): -2, |
|
|
("H", "R"): 0, |
|
|
("W", "H"): -2, |
|
|
("H", "N"): 1, |
|
|
("W", "T"): -2, |
|
|
("T", "T"): 5, |
|
|
("S", "F"): -2, |
|
|
("W", "P"): -4, |
|
|
("L", "D"): -4, |
|
|
("B", "I"): -3, |
|
|
("L", "H"): -3, |
|
|
("S", "N"): 1, |
|
|
("B", "T"): -1, |
|
|
("L", "L"): 4, |
|
|
("Y", "K"): -2, |
|
|
("E", "Q"): 2, |
|
|
("Y", "G"): -3, |
|
|
("Z", "S"): 0, |
|
|
("Y", "C"): -2, |
|
|
("G", "D"): -1, |
|
|
("B", "V"): -3, |
|
|
("E", "A"): -1, |
|
|
("Y", "W"): 2, |
|
|
("E", "E"): 5, |
|
|
("Y", "S"): -2, |
|
|
("C", "N"): -3, |
|
|
("V", "C"): -1, |
|
|
("T", "H"): -2, |
|
|
("P", "R"): -2, |
|
|
("V", "G"): -3, |
|
|
("T", "L"): -1, |
|
|
("V", "K"): -2, |
|
|
("K", "Q"): 1, |
|
|
("R", "A"): -1, |
|
|
("I", "R"): -3, |
|
|
("T", "D"): -1, |
|
|
("P", "F"): -4, |
|
|
("I", "N"): -3, |
|
|
("K", "I"): -3, |
|
|
("M", "D"): -3, |
|
|
("V", "W"): -3, |
|
|
("W", "W"): 11, |
|
|
("M", "H"): -2, |
|
|
("P", "N"): -2, |
|
|
("K", "A"): -1, |
|
|
("M", "L"): 2, |
|
|
("K", "E"): 1, |
|
|
("Z", "E"): 4, |
|
|
("X", "N"): -1, |
|
|
("Z", "A"): -1, |
|
|
("Z", "M"): -1, |
|
|
("X", "F"): -1, |
|
|
("K", "C"): -3, |
|
|
("B", "Q"): 0, |
|
|
("X", "B"): -1, |
|
|
("B", "M"): -3, |
|
|
("F", "C"): -2, |
|
|
("Z", "Q"): 3, |
|
|
("X", "Z"): -1, |
|
|
("F", "G"): -3, |
|
|
("B", "E"): 1, |
|
|
("X", "V"): -1, |
|
|
("F", "K"): -3, |
|
|
("B", "A"): -2, |
|
|
("X", "R"): -1, |
|
|
("D", "D"): 6, |
|
|
("W", "G"): -2, |
|
|
("Z", "F"): -3, |
|
|
("S", "Q"): 0, |
|
|
("W", "C"): -2, |
|
|
("W", "K"): -3, |
|
|
("H", "Q"): 0, |
|
|
("L", "C"): -1, |
|
|
("W", "N"): -4, |
|
|
("S", "A"): 1, |
|
|
("L", "G"): -4, |
|
|
("W", "S"): -3, |
|
|
("S", "E"): 0, |
|
|
("H", "E"): 0, |
|
|
("S", "I"): -2, |
|
|
("H", "A"): -2, |
|
|
("S", "M"): -1, |
|
|
("Y", "L"): -1, |
|
|
("Y", "H"): 2, |
|
|
("Y", "D"): -3, |
|
|
("E", "R"): 0, |
|
|
("X", "P"): -2, |
|
|
("G", "G"): 6, |
|
|
("G", "C"): -3, |
|
|
("E", "N"): 0, |
|
|
("Y", "T"): -2, |
|
|
("Y", "P"): -3, |
|
|
("T", "K"): -1, |
|
|
("A", "A"): 4, |
|
|
("P", "Q"): -1, |
|
|
("T", "C"): -1, |
|
|
("V", "H"): -3, |
|
|
("T", "G"): -2, |
|
|
("I", "Q"): -3, |
|
|
("Z", "T"): -1, |
|
|
("C", "R"): -3, |
|
|
("V", "P"): -2, |
|
|
("P", "E"): -1, |
|
|
("M", "C"): -1, |
|
|
("K", "N"): 0, |
|
|
("I", "I"): 4, |
|
|
("P", "A"): -1, |
|
|
("M", "G"): -3, |
|
|
("T", "S"): 1, |
|
|
("I", "E"): -3, |
|
|
("P", "M"): -2, |
|
|
("M", "K"): -1, |
|
|
("I", "A"): -1, |
|
|
("P", "I"): -3, |
|
|
("R", "R"): 5, |
|
|
("X", "M"): -1, |
|
|
("L", "I"): 2, |
|
|
("X", "I"): -1, |
|
|
("Z", "B"): 1, |
|
|
("X", "E"): -1, |
|
|
("Z", "N"): 0, |
|
|
("X", "A"): 0, |
|
|
("B", "R"): -1, |
|
|
("B", "N"): 3, |
|
|
("F", "D"): -3, |
|
|
("X", "Y"): -1, |
|
|
("Z", "R"): 0, |
|
|
("F", "H"): -1, |
|
|
("B", "F"): -3, |
|
|
("F", "L"): 0, |
|
|
("X", "Q"): -1, |
|
|
("B", "B"): 4, |
|
|
} |
|
|
|
|
|
classes = { |
|
|
1: "Mainly Alpha", |
|
|
2: "Mainly Beta", |
|
|
3: "Alpha Beta", |
|
|
4: "Few Structures/Special", |
|
|
} |
|
|
|
|
|
architectures = { |
|
|
"1.10": "Orthogonal Bundle", |
|
|
"1.20": "Up-down Bundle", |
|
|
"1.25": "Alpha Horseshoe", |
|
|
"1.40": "Alpha solenoid", |
|
|
"1.50": "Alpha/alpha barrel", |
|
|
"2.10": "Ribbon", |
|
|
"2.20": "Single Sheet", |
|
|
"2.30": "Roll", |
|
|
"2.40": "Beta Barrel", |
|
|
"2.50": "Clam", |
|
|
"2.60": "Sandwich", |
|
|
"2.70": "Distorted Sandwich", |
|
|
"2.80": "Trefoil", |
|
|
"2.90": "Orthogonal Prism", |
|
|
"2.100": "Aligned Prism", |
|
|
"2.102": "3-layer Sandwich", |
|
|
"2.105": "3 Propeller", |
|
|
"2.110": "4 Propeller", |
|
|
"2.115": "5 Propeller", |
|
|
"2.120": "6 Propeller", |
|
|
"2.130": "7 Propeller", |
|
|
"2.140": "8 Propeller", |
|
|
"2.150": "2 Solenoid", |
|
|
"2.160": "3 Solenoid", |
|
|
"2.170": "Beta Complex", |
|
|
"2.180": "Shell", |
|
|
"3.10": "Roll", |
|
|
"3.15": "Super Roll", |
|
|
"3.20": "Alpha-Beta Barrel", |
|
|
"3.30": "2-Layer Sandwich", |
|
|
"3.40": "3-Layer(aba) Sandwich", |
|
|
"3.50": "3-Layer(bba) Sandwich", |
|
|
"3.55": "3-Layer(bab) Sandwich", |
|
|
"3.60": "4-Layer Sandwich", |
|
|
"3.65": "Alpha-beta prism", |
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|
"3.70": "Box", |
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"3.75": "5-stranded Propeller", |
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"3.80": "Alpha-Beta Horseshoe", |
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"3.90": "Alpha-Beta Complex", |
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|
"3.100": "Ribosomal Protein L15; Chain: K; domain 2", |
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|
"4.10": "Irregular", |
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"6.10": "Helix non-globular", |
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"6.20": "Other non-globular", |
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} |
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ts50 = [ |
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"1AHSA", |
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"1BVYF", |
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"1PDOA", |
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"2VA0A", |
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"3IEYB", |
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"2XR6A", |
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|
"3II2A", |
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"1OR4A", |
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|
"2QDLA", |
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|
"3NZMA", |
|
|
"3VJZA", |
|
|
"1ETEA", |
|
|
"2A2LA", |
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|
"2FVVA", |
|
|
"3L4RA", |
|
|
"1LPBA", |
|
|
"3NNGA", |
|
|
"2CVIA", |
|
|
"3GKNA", |
|
|
"2J49A", |
|
|
"3FHKA", |
|
|
"3PIVA", |
|
|
"3LQCA", |
|
|
"3GFSA", |
|
|
"3E8MA", |
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|
"1DX5I", |
|
|
"3NY7A", |
|
|
"3K7PA", |
|
|
"2CAYA", |
|
|
"1I8NA", |
|
|
"1V7MV", |
|
|
"1H4AX", |
|
|
"3T5GB", |
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|
"3Q4OA", |
|
|
"3A4RA", |
|
|
"2I39A", |
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|
"3AQGA", |
|
|
"3EJFA", |
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|
"3NBKA", |
|
|
"4GCNA", |
|
|
"2XDGA", |
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|
"3GWIA", |
|
|
"3HKLA", |
|
|
"3SO6A", |
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|
"3ON9A", |
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|
"4DKCA", |
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|
"2GU3A", |
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|
"2XCJA", |
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|
"1Y1LA", |
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|
"1MR1C", |
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] |
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