text stringlengths 0 223 |
|---|
Command-line parameters used: |
Parameter | Value |
-------------------------------------|---------------------------- |
T_stacking_angle_tolerance | 30.0 |
T_stacking_closest_dist_cutoff | 5.0 |
active_site_flexibility_dist_cutoff | 4.0 |
cation_pi_dist_cutoff | 6.0 |
close_contacts_dist1_cutoff | 2.5 |
close_contacts_dist2_cutoff | 4.0 |
electrostatic_dist_cutoff | 4.0 |
halogen_bond_dist_cutoff | 5.5 |
hydrogen_bond_dist_cutoff | 4.0 |
hydrogen_halogen_bond_angle_cutoff | 40.0 |
hydrophobic_dist_cutoff | 4.0 |
ligand | /Users/jdurrant/Documents/Work/durrant_git/binana/python/binana/_test/test_data/halogen_bond/input/ligand.pdb |
metal_coordination_dist_cutoff | 3.5 |
output_csv | /Users/jdurrant/Documents/Work/durrant_git/binana/python/binana/_test/output/output.csv |
output_dir | /Users/jdurrant/Documents/Work/durrant_git/binana/python/binana/_test/output/ |
output_file | /Users/jdurrant/Documents/Work/durrant_git/binana/python/binana/_test/output/output.pdb |
output_json | /Users/jdurrant/Documents/Work/durrant_git/binana/python/binana/_test/output/output.json |
pi_padding_dist | 0.75 |
pi_pi_interacting_dist_cutoff | 7.5 |
pi_stacking_angle_tolerance | 30.0 |
receptor | /Users/jdurrant/Documents/Work/durrant_git/binana/python/binana/_test/test_data/halogen_bond/input/receptor.pdb |
salt_bridge_dist_cutoff | 5.5 |
test | False |
Atom-type pair counts within 2.5 angstroms: |
Atom Type | Atom Type | Count |
-----------|-----------|------- |
Raw data: |
Atom-type pair counts within 4.0 angstroms: |
Atom Type | Atom Type | Count |
-----------|-----------|------- |
C | C | 19 |
C | I | 3 |
C | N | 21 |
C | O | 11 |
I | S | 1 |
N | N | 3 |
N | O | 3 |
O | O | 1 |
Raw data: |
A:3WH(501):C11(5198) - A:ASN(152):N(798) |
A:3WH(501):C10(5199) - A:ALA(151):C(795) |
A:3WH(501):C10(5199) - A:ASN(152):N(798) |
A:3WH(501):C13(5200) - A:ILE(70):CD1(197) |
A:3WH(501):C13(5200) - A:MET(149):O(780) |
A:3WH(501):C01(5201) - A:ASN(152):CG(803) |
A:3WH(501):C01(5201) - A:ASN(152):OD1(804) |
A:3WH(501):C01(5201) - A:ASN(152):ND2(805) |
A:3WH(501):C01(5201) - A:GLN(155):N(820) |
A:3WH(501):C01(5201) - A:GLN(155):CB(824) |
A:3WH(501):C02(5202) - A:ASN(152):N(798) |
A:3WH(501):C02(5202) - A:ASN(152):CG(803) |
A:3WH(501):C02(5202) - A:ASN(152):OD1(804) |
A:3WH(501):C02(5202) - A:GLN(155):CB(824) |
A:3WH(501):N03(5203) - A:ALA(151):CA(794) |
A:3WH(501):N03(5203) - A:ALA(151):C(795) |
A:3WH(501):N03(5203) - A:ASN(152):N(798) |
A:3WH(501):N03(5203) - A:ASN(152):CG(803) |
A:3WH(501):N03(5203) - A:ASN(152):OD1(804) |
A:3WH(501):N03(5203) - A:ASN(152):ND2(805) |
A:3WH(501):C04(5204) - A:ALA(151):CA(794) |
A:3WH(501):C04(5204) - A:ASN(152):N(798) |
A:3WH(501):O05(5205) - A:ASP(150):O(788) |
A:3WH(501):O05(5205) - A:ALA(151):CA(794) |
A:3WH(501):N06(5206) - A:ALA(151):CA(794) |
A:3WH(501):C07(5207) - A:ILE(70):O(193) |
A:3WH(501):C07(5207) - A:ASP(150):O(788) |
A:3WH(501):C08(5208) - A:MET(149):O(780) |
A:3WH(501):C08(5208) - A:ASP(150):C(787) |
A:3WH(501):C08(5208) - A:ASP(150):O(788) |
A:3WH(501):C09(5209) - A:ILE(70):CD1(197) |
A:3WH(501):C09(5209) - A:MET(149):O(780) |
A:3WH(501):N12(5210) - A:ILE(70):CD1(197) |
A:3WH(501):N12(5210) - A:MET(149):C(779) |
A:3WH(501):N12(5210) - A:MET(149):O(780) |
A:3WH(501):N14(5211) - A:ILE(70):CD1(197) |
A:3WH(501):C16(5213) - A:ALA(91):CB(335) |
A:3WH(501):I17(5214) - A:MET(146):CB(756) |
A:3WH(501):I17(5214) - A:MET(146):SD(758) |
A:3WH(501):I17(5214) - A:MET(146):CE(759) |
A:3WH(501):I17(5214) - A:LEU(206):CD2(1230) |
A:3WH(501):C18(5215) - A:ALA(91):CB(335) |
A:3WH(501):C18(5215) - A:GLU(147):O(763) |
A:3WH(501):C18(5215) - A:MET(149):N(777) |
A:3WH(501):N19(5216) - A:ALA(91):CB(335) |
A:3WH(501):N19(5216) - A:LEU(148):CD1(775) |
A:3WH(501):N19(5216) - A:MET(149):N(777) |
A:3WH(501):N19(5216) - A:MET(149):CA(778) |
A:3WH(501):N19(5216) - A:MET(149):O(780) |
A:3WH(501):N19(5216) - A:MET(149):CB(781) |
A:3WH(501):C20(5217) - A:LEU(206):CD1(1229) |
A:3WH(501):C21(5218) - A:LEU(206):CD1(1229) |
A:3WH(501):C21(5218) - A:LEU(206):CD2(1230) |
A:3WH(501):N22(5219) - A:VAL(78):CG2(240) |
End of preview. Expand in Data Studio
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