lumicero/physis-dataset

Physis — data siap pakai

Dihasilkan oleh notebook Tahap 0 dari GRAZPEDWRI-DX (Kaggle: jasonroggy/grazpedwri-dx, CC0).

Isi

• manifest.csv satu baris per citra; kolom split dan fold sudah final
• fracture_boxes.csv kotak fraktur di ruang 384x384 dan indeks patch
• age_band_counts.csv jumlah citra bersih per band usia per split
• summary.json seluruh parameter dan angka ringkas
• images_384/ 20327 citra, 384x384, 16-bit, sudah dipad
• annot_sample/ 100 citra normal fold val untuk anotasi lempeng pertumbuhan

Prapemrosesan

resize sisi panjang ke 384 (rasio aspek dipertahankan) -> potong persentil 1.0/99.0 pada citra sebelum padding -> skala ke [0,1] -> pad nol simetris ke 384x384

Patch yang seluruhnya padding HARUS dikeluarkan dari sampling context, sampling target, dan peta surprise. Gunakan pad_x, pad_y, new_w, new_h dari manifest: patch (i,j) valid bila 16i >= pad_x, 16(i+1) <= pad_x+new_w, dan setara untuk j.

Aturan split

GroupKFold 5 fold pada patient_id, seed 1337. fold 0 = test, fold 1 = val, fold 2..4 = train. Tidak ada pasien lintas split.

Definisi citra bersih

clean_strict membuang: fracture, fracture_visible, klasifikasi AO tidak kosong, metal, cast, periostealreaction, pronatorsign, softtissue, boneanomaly, bonelesion, foreignbody. clean_loose sama tetapi mempertahankan cast. text sengaja tidak difilter karena muncul di hampir seluruh citra.