Datasets:
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
lym_0 | 0 | 7912420-1 | train | === Compte-rendu anatomo-pathologique — 2015-10-15 ===
Réf : 15-67890
Leclercq Laura, née le 15/06/1975
Prélèvement réalisé le 15 octobre 2015
Type et site du prélèvement : biopsie ganglionnaire latéro-cervicale
Médecin demandeur : Dr Martin
Renseignements cliniques : Patient âgée de 40 ans, présentant une adénopathie... | {"demography_birth_date": [[86, 103, "née le 15/06/1975"], [13501, 13511, "15/06/1975"]], "history_date_of_diagnosis_of_lymphoma": [[127, 142, "15 octobre 2015"], [5786, 5857, "biopsie ganglionaire axillaire droite a été réalisée le 20 juillet 2019"], [8742, 8757, "15 octobre 2015"]], "history_age_at_diagnosis": [[286,... | {"demography_birth_date": {"label": "date de naissance", "desc": "la date de naissance du patient", "section": "demographie"}, "history_date_of_diagnosis_of_lymphoma": {"label": "date du diagnostic", "desc": "la date du diagnostic du lymphome", "section": "diagnostic"}, "history_age_at_diagnosis": {"label": "âge au dia... | {"demographics": {"nom": "Leclercq", "prenom": "Laura", "ddn": "1975-06-15", "sexe": "F", "profession": "professeure de lettres", "marital": "célibataire", "habitat": "Marseille"}, "diagnosis_summary": "Lymphome anaplasique à grandes cellules ALK+ (ALCL ALK+) stade IV au diagnostic, avec rechute en mai 2019 après ASCT,... | [{"document_type": "Compte-rendu anatomo-pathologique", "content": "Réf : 15-67890\nLeclercq Laura, née le 15/06/1975\nPrélèvement réalisé le 15 octobre 2015\nType et site du prélèvement : biopsie ganglionnaire latéro-cervicale\nMédecin demandeur : Dr Martin\n\nRenseignements cliniques : Patient âgée de 40 ans, présent... | T | {"demography_birth_date": {"value": "1975-06-15", "span": "Leclercq Laura, née le 15/06/1975"}, "demography_sexe": {"value": "femme", "span": "Leclercq Laura, née le 15/06/1975"}, "demography_marital_status": [{"value": "célibataire", "span": "célibataire, résidant à Marseille", "source_document": "Compte-rendu de RCP ... |
lym_1 | 1 | 7481371-1 | train | === Consultation d'ANNONCE diagnostique — 2019-07-10 ===
Consultation d'hématologie, 10 juillet 2019, Dr Martin, patiente Martine Roche née le 15/04/1968.
Motif de la consultation : annonce du diagnostic histologique de lymphome angio-immunoblastique (AITL) suite à la biopsie ganglionnaire cervicale gauche.
La patien... | {"demography_birth_date": [[136, 153, "née le 15/04/1968"], [2858, 2868, "15/04/1968"], [5388, 5398, "15/04/1968"], [7607, 7624, "née le 15/04/1968"], [14607, 14617, "15/04/1968"], [16757, 16774, "née le 15/04/1968"], [20819, 20829, "15/04/1968"]], "demography_sexe": [[113, 121, "patiente"], [7435, 7444, "Mme Roche"], ... | {"demography_birth_date": {"label": "date de naissance", "desc": "la date de naissance du patient", "section": "demographie"}, "demography_sexe": {"label": "sexe", "desc": "le sexe/genre du patient", "section": "demographie"}, "history_date_of_diagnosis_of_lymphoma": {"label": "date du diagnostic", "desc": "la date du ... | {"demographics": {"nom": "Roche", "prenom": "Martine", "ddn": "1968-04-15", "sexe": "F", "profession": "Secrétaire médicale", "marital": "Célibataire", "habitat": "Paris 14e"}, "diagnosis_summary": "Lymphome angio-immunoblastique (AITL) stade IVB diagnostiqué en 2019, avec réponse initiale partielle à CHOP, puis évolut... | [{"document_type": "Consultation d'ANNONCE diagnostique", "content": "Consultation d'hématologie, 10 juillet 2019, Dr Martin, patiente Martine Roche née le 15/04/1968.\n\nMotif de la consultation : annonce du diagnostic histologique de lymphome angio-immunoblastique (AITL) suite à la biopsie ganglionnaire cervicale gau... | T | {"demography_birth_date": {"value": "1968-04-15", "span": "patiente Martine Roche née le 15/04/1968."}, "demography_sexe": {"value": "femme", "span": "patiente Martine Roche née le 15/04/1968."}, "demography_marital_status": null, "demography_living_environment": null, "demography_professional_status": null, "demograph... |
lym_2 | 2 | 7944653-1 | train | "=== Consultation INITIALE — 2020-03-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 mars 2020, Dr Martin,(...TRUNCATED) | "{\"demography_professional_category\": [[1501, 1518, \"étudiant en droit\"]], \"demography_marital(...TRUNCATED) | "{\"demography_professional_category\": {\"label\": \"catégorie professionnelle\", \"desc\": \"le m(...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Michel\", \"prenom\": \"André\", \"ddn\": \"1996-03-15\", \"sexe\":(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE\", \"content\": \"Consultation d'hématologie, 15 mars(...TRUNCATED) | LH | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1996-03-15\", \"span\": \"Michel André, né le 15 mars 1(...TRUNCATED) |
lym_3 | 3 | 7187677-1 | train | "=== Consultation INITIALE — 2017-05-10 ===\nConsultation d'hématologie, 10 mai 2017, Dr Martin, (...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[119, 138, \"née le 15 mars 1938\"], [1998, 2010, \"15 mars 1938\"], (...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Roy\", \"prenom\": \"Stéphanie\", \"ddn\": \"1938-03-15\", \"sexe\"(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE\", \"content\": \"Consultation d'hématologie, 10 mai (...TRUNCATED) | T | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1938-03-15\", \"span\": \"née le 15 mars 1938\"}, \"demo(...TRUNCATED) |
lym_4 | 4 | 6930172-1 | train | "=== Consultation INITIALE / de découverte — 2017-07-10 ===\nConsultation d'hématologie, 10 juil(...TRUNCATED) | "{\"demography_sexe\": [[115, 122, \"patient\"], [3239, 3255, \"Gauthier Nicolas\"], [4707, 4708, \"(...TRUNCATED) | "{\"demography_sexe\": {\"label\": \"sexe\", \"desc\": \"le sexe/genre du patient\", \"section\": \"(...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Gauthier\", \"prenom\": \"Nicolas\", \"ddn\": \"1969-05-15\", \"sexe(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE / de découverte\", \"content\": \"Consultation d'hém(...TRUNCATED) | LBDGC | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1969-05-15\", \"span\": \"Date de naissance : 15 mai 1969(...TRUNCATED) |
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lym_6 | 6 | 7850845-2 | train | "=== Consultation INITIALE / de découverte — 2022-07-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 juil(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[142, 152, \"15/03/1965\"], [1980, 1996, \"né le 15/03/1965\"], [3940(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Berger\", \"prenom\": \"Yves\", \"ddn\": \"1965-03-15\", \"sexe\": \(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation INITIALE / de découverte\", \"content\": \"Consultation d'hém(...TRUNCATED) | LBDGC | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1965-03-15\", \"span\": \"né le 15/03/1965\"}, \"demogra(...TRUNCATED) |
lym_7 | 7 | 6383265-1 | train | "=== Compte-rendu anatomo-pathologique — 2015-09-15 ===\nRéf : 15-31415\nGirard Camille, née le (...TRUNCATED) | "{\"demography_sexe\": [[86, 105, \"née le 15 mars 1975\"], [2679, 2698, \"née le 15 mars 1975\"],(...TRUNCATED) | "{\"demography_sexe\": {\"label\": \"sexe\", \"desc\": \"le sexe/genre du patient\", \"section\": \"(...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Girard\", \"prenom\": \"Camille\", \"ddn\": \"1975-03-15\", \"sexe\"(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Compte-rendu anatomo-pathologique\", \"content\": \"Réf : 15-31415\\nGirard(...TRUNCATED) | autre-B | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1975-03-15\", \"span\": \"Girard Camille, née le 15 mars(...TRUNCATED) |
lym_9 | 9 | 6620850-1 | train | "=== Consultation d'ANNONCE diagnostique — 2019-06-01 ===\nConsultation d'hématologie, 1er juin 2(...TRUNCATED) | "{\"demography_sexe\": [[2406, 2414, \"patiente\"], [3071, 3078, \"Patient\"], [5146, 5154, \"Patien(...TRUNCATED) | "{\"demography_sexe\": {\"label\": \"sexe\", \"desc\": \"le sexe/genre du patient\", \"section\": \"(...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Vidal\", \"prenom\": \"Amina\", \"ddn\": \"1977-03-15\", \"sexe\": \(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation d'ANNONCE diagnostique\", \"content\": \"Consultation d'hémato(...TRUNCATED) | T | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1977-03-15\", \"span\": \"Date de naissance : 15/03/1977\(...TRUNCATED) |
lym_12 | 12 | 8047076-1 | train | "=== Consultation d'ANNONCE diagnostique — 2002-05-15 ===\nConsultation d'hématologie, 15 mai 200(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": [[135, 151, \"né le 15/06/1964\"], [2349, 2359, \"15/06/1964\"], [9099(...TRUNCATED) | "{\"demography_birth_date\": {\"label\": \"date de naissance\", \"desc\": \"la date de naissance du (...TRUNCATED) | "{\"demographics\": {\"nom\": \"Garnier\", \"prenom\": \"François\", \"ddn\": \"1964-06-15\", \"sex(...TRUNCATED) | "[{\"document_type\": \"Consultation d'ANNONCE diagnostique\", \"content\": \"Consultation d'hémato(...TRUNCATED) | FL | "{\"demography_birth_date\": {\"value\": \"1964-06-15\", \"span\": \"né le 15/06/1964\"}, \"demogra(...TRUNCATED) |
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lymphome-synth-v5-eval — eCRF lymphome, splits train/validation/test + éval
Même corpus et mêmes colonnes que rntc/lymphome-synth-v5
(2050 dossiers cliniques lymphome synthétiques, ~89 champs eCRF, gold span-localisé TAPDL),
mais avec le split exact train / validation / test utilisé pour l'évaluation eCRF, plus un
script d'évaluation autosuffisant.
Splits
- test — 410 dossiers tenus à l'écart (identiques à v5).
- validation — 100 dossiers tirés au hasard (seed 0) parmi les 1640 d'entraînement,
servant à choisir le seuil de confiance (value-F1) ; disjoints de
train. - train — les 1540 dossiers restants.
Colonnes (par dossier)
id, sample_index, pmc_uid, split, text,
gold ({clé_eCRF: [[start, end, texte_du_span], ...]}, offsets caractères dans text),
field_labels ({clé: {label, desc, section}}), timeline_json, documents_json,
cohort_label, annotation_v4_json.
Évaluation
evaluate.py (scorer autosuffisant) et predict.py (inférence GLiNER2) sont inclus dans le dépôt.
L'eCRF demande une valeur par champ : chaque système s'engage sur sa prédiction la plus
confiante par (dossier, champ). Comptabilité au niveau (dossier, champ) — value-F1 (Jaccard de
tokens normalisés ≥ 0.5) et span-F1 (chevauchement ≥ 1 caractère). L'ablation compete impose
qu'un empan ne documente qu'un champ. Le seuil est choisi sur la validation, jamais sur le test.
# 1. prédictions (GLiNER2) sur validation puis test
python predict.py --model rntc/mc-bio-gliner-lymphome --split validation --out preds_val.parquet
python predict.py --model rntc/mc-bio-gliner-lymphome --split test --out preds_test.parquet
# 2. score (seuil choisi sur la validation, reporté sur le test)
python evaluate.py --pred preds_test.parquet --pred_val preds_val.parquet --gold test.jsonl --gold_val validation.jsonl
Le fichier de prédictions attendu par evaluate.py est un parquet
doc_id, key, start, end, confidence[, value] — tout système (encodeur ou LLM) s'y conforme.
Modèles vitrine : rntc/mc-bio-gliner-lymphome
(value-F1 ≈ 0.64) et rntc/mc-bio-gliner-lymphome-joint
(≈ 0.66). Statut du gold : silver-as-gold (annotateur LLM). MIT, recherche.
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