images
image | predictions
string | page_number
int64 | title
string | author
string | thesis_id
string | university
string | department
string | year
string | language
string | thesis_type
string | keyword_abd
null | abstract_tr
string | abstract_en
string | file_size_bytes
int64 | download_timestamp
string | url
string | download_success
bool | processor
int64 | text
string | processor_used
int64 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9623504877090454, "polygon": [[284, 771], [1437, 770], [1436, 221], [284, 221]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9186529517173767, "polygon": [[285, 2097], [1430, 2095], [1429, 1602], [284, 1604]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8654760718345642, "polygon": [[1467, 138], [1467, 88], [1413, 88], [1412, 138]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.7752341032028198, "polygon": [[1469, 1482], [1472, 769], [283, 765], [281, 1478]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.7306008338928223, "polygon": [[1419, 1601], [1419, 1516], [310, 1515], [310, 1599]]}]
| 42
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
ile DSB'lerin onarımı, hedef bölgede indellerle sonuçlanır (140). Genom düzenleyici nükleazlar tarafından indirilen indelleri tanımlamak için etkili yöntemler bulunmaktadır. İşleme sonrası PCR ürünlerinin analize dayalı yöntemler arasında bulunan T7 Endonükleaz I (T7EI) Sindirim Testi ile Indel Tespiti bu çalışmada kullanılmıştır. T7E1 testi, CRISPR reaktiflerini doğrulamak için uygun maliyetli, teknik olarak basit ve yorumlanması kolay bir yöntemdir. Genom düzenleme sırasında, enzimler, DNA dizisindeki belirli yerlerde çift zincir kırıklarına neden olur, bu da nükleotitlerin eklenmesine (insersiyon) veya silinmesine (delesyon) yol açan hataya meyilli homolog olmayan uç birleştirme (NHEJ) ile sonuçlanır (Şekil 2.10.) (141).
[IMAGE]
Şekil: Gen düzenlemesi sonrası oluşan onarım mekanizmaları. Şekilde, CRISPR/Cas9, TALEN ve ZNF gibi sistemlerin hedef lokusa çift zincir kırığı yarattığı gösterilmektedir. Hedef lokusun ardından, NHEJ (Non-Homologous End Joining) yoluyla delesyon veya insersiyon, HDR (Homology-Directed Repair) yoluyla ise hedef DNA ve donör DNA'nın birleşmesiyle insersiyon veya modifikasyon meydana gelir. Hedef DNA ve donör DNA'nın birleşiminde, kesişen kısımların üstüne donör DNA'nın eklenmesi veya değiştirilmesi gösterilmiştir.
[/IMAGE]
Şekil 2.10. Gen düzenlemesi sonrası oluşan onarım mekanizmaları. Şekil BioRender aracılığıyla oluşturulmuştur.
Çift sarmallı DNA'daki uyumsuzlukları ve ekstrahelikal loop yapılarını tanıyan bir enzim olan T7 endonükleaz, hatalı zinciri kesmede rutin olarak kullanılır. Bu çalışmada, potansiyel olarak indel (ekleme-silme) mutasyonu içeren DNA dizileri ve aynı zamanda indel mutasyonu içermeyen, hedeflenen hücrelerden alınan yabancı DNA, ilk olarak bölgeye özgün primerler kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. PCR sırasında, bu sekanslar denatüre olarak bir hatalı eşleşme içeren heterodubleksler oluşturmaktadır (yabancı tip DNA ipliği ve indel içeren DNA ipliği melezleşerek).
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.946973443031311, "polygon": [[1438, 2140], [1438, 1550], [277, 1549], [277, 2140]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9350817203521729, "polygon": [[282, 662], [1451, 660], [1450, 224], [281, 226]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.9170523285865784, "polygon": [[1452, 1441], [1457, 702], [348, 694], [343, 1433]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8723600506782532, "polygon": [[1465, 136], [1466, 89], [1414, 89], [1414, 136]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8418295979499817, "polygon": [[1393, 1540], [1393, 1451], [311, 1449], [311, 1539]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.2921048402786255, "polygon": [[1415, 929], [1415, 679], [1054, 679], [1054, 929]]}]
| 43
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
bir uyumsuzlukla sonuçlanır). Coğaltılmış DNA daha sonra hatalı eşleşmeleri tanıyan ve hatalı eşleşmmm
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9358730316162109, "polygon": [[1475, 2119], [1494, 300], [288, 287], [268, 2106]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8948500752449036, "polygon": [[1468, 138], [1468, 89], [1414, 88], [1413, 137]]}]
| 44
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
transfekte edilmesine olanak tanır. Genel olarak transfeksiyon, stabil ve geçici transfeksiyon olmak üzere iki tia s
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.941857635974884, "polygon": [[1497, 1998], [1504, 278], [267, 274], [260, 1993]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8548599481582642, "polygon": [[1464, 137], [1465, 88], [1412, 88], [1411, 136]]}]
| 45
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
materyallerin transferine yardımcı olmak için manyetik kuvvet kullanan miknatis destekli transfeksiyon veya manyetofection, düşük verimliliğine rağmen konakçı hücreye daha az zarar veriyor gibi görünmektedir. Gen mikroenjeksiyonu ise, istenen nükleik asitleri konakçı hücrenin çekirdeğine enjekte etmek için hücreyi delmek üzere özel bir iğnenin kullanılmasını içerir. Ancak bu teknik, hücre hasarını önlemek için prosedürü yüksek hassasiyetle gerçekleştirebilen ve dolayısıyla gen tedavisi gibi klinik uygulamalarda büyük değer taşıyan özel eğitimli personel veya robotik sistem gerektirir. Fiziksel veya mekanik transfeksiyon yöntemleriyle karşılaştırıldığında, kimyasal transfeksiyon, yabancı çekirdek asidinin konakçı hücrelere aktarılmasına yardımcı olmak için özel olarak tasarlanmış kimyasalların veya bileşiklerin kullanılmasını içerir (143, 158).
### 2.4.2. Kimyasal transfeksiyon
Kimyasal transfeksiyon, lipozom bazlı veya lipozom bazlı olmayan olarak kategorize edilebilir (142). Lipozomal bazlı transfeksiyon reaktif, yabancı genetik materyallerin minimum dirençle girişine izin vermek için konak hücrenin fosfolipit çift tabakası ile sorunsuz bir şekilde birleşebilen pozitif yüklü lipitagregatlarının oluşumunu sağlayan bir kimyasaldır. Öte yandan, lipozomal olmayan transfeksiyon reaktifleri ayrıca kalsiyum fosfat, dendrimerler, polimerler, nanopartiküller ve lipozomal olmayan lipitler dahil olmak üzere birkaç sınıfa ayrılabilir (159).
Katonik polimerler ayrıca, endositoz yoluyla hücreler tarafından genetik materyallerin alınmasına yardımcı olan negatif yüklü nükleik asitlerle kompleksler oluşturabilir. Viral vektörler ve lipofeksiyon ile karşılaştırıldığında, katonik polimerler daha az sitotoksisite üretirler ancak aynı zamanda daha düşük verimlilikle de tehlikeye girerler. Son zamanlarda nanopartiküller, nükleik asitlerin konakçı hücreye girişini artıran küçük boyutları nedeniyle lipozomal olmayan transfeksiyonda alternatif bir seçenek olarak ortaya çıkmaktadır. Lipozomal olmayan lipit bazlı nanotasiyıcı, nükleik asitlerin ökaryotik hücrelere hızlı ve etkili bir şekilde verilmesine izin veren lipit formülü bir nanotasiyıcı türüdür. Lipozomal lipit nanotasiyıcılarla karşılaştırıldığında, bu nanotasiyıcının daha güvenli olduğu iddia edilse de hazırlanması pahalıdır (142, 160).
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.940048336982727, "polygon": [[1477, 2154], [1493, 291], [281, 280], [264, 2143]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.860116720199585, "polygon": [[1465, 136], [1465, 90], [1414, 90], [1414, 136]]}]
| 46
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
Bağışıklık, vücutun patojenlerin istilasını önlemeye yeteneğini ifade eder. Patojenler, bakıcı ve virüsler gibi hastalığa neden olan yabancı maddelerdir ve insanlar her gün bunlara maruz kalmaktadır. Antijenler, patojenlerin yüzeyine bağlanır ve vücutta bir bağışıklık tepkisi uyarır (161). Bağışıklık sistemi iki bölümden oluşur: doğuştan gelen (genel) bağışıklık sistemi ve uyarlanabilir (adaptif) bağışıklık sistemi (Şekil 2.12.). Bu iki sistem birlikte çalışır ve farklı görevler üstlenir. Doğuştan gelen bağışıklık sistemi, vücuda giren mikroplara karşı vücutun ilk savunma hattıdır (162). Doğuştan gelen bağışıklık, fiziksel engeller (cilt, vücut kılı), savunma mekanizmaları (tükürük, mide asidi) ve genel bağışıklık tepkileri (iltihap) dahil olmak üzere genel bir korumadır. Tüm mikroplara ve yabancı maddelere aynı şekilde tepki verir, bu nedenle bazen "spesifik olmayan" bağışıklık sistemi olarak adlandırılır. Bağışıklık sistemi, vücüdu ne tür bir antijenin istila ettiği tam olarak bilmese de, herhangi bir patojene karşı savunmak için hızlı tepki verebilir (163). Örneğin küçük bir yaradan deriye giren bakterilerin birkaç saat içinde yerinde tespit edilip yok edilmesini sağlar (164). Bazı proteinler (enzimler) de doğuştan gelen bağışıklık tepkisine yardımcı olmak için aktive edilir. Vücuda giren bakteri veya virüsler, çöpçü hücreler (fagositler) tarafından hemen durdurabilir. Çöpçü hücreler, beyaz kan hücrelerinin (lökositler) özel türleridir. Bu hücreler mikropları içine alır ve onları "sindirir". Bu mikropların kalıntıları, adaptif bağışıklık sistemi tarafından tespit edilmek üzere çöpçü hücrelerin yüzeyine hareket eder (163).
Doğuştan gelen bağışıklık sistemi, çok çeşitli patojenleri hızlı algılayacak ve ortadan kaldıracak şekilde evrimleşmiş olsa da tanıyabileceği yaygın patojenik moleküller modellerin aralığı sınırlıdır. Antijenik yapıların ezici değişkenliği ve ayrıca patojenlerin konak tespitinden kaçınmak için mutasyona uğrama yeteneği, adaptif bağışıklık sisteminin evrini yönlendirmiştir (165). Vücut (bir patojene bağlı olan) belirli bir antijene maruz kalır ve bu spesifik antijene karşı antikorlar geliştirir. Sözü edilen antijenin bir sonraki istilasında, vücut spesifik antijenin hafızasına sahip ve zaten onunla savaşmak için antikorlara sahip olur (166). Edinilmiş bağışıklık, bir kişinin bir hastalığa yakalandığı ve sonuç olarak bağışıklık geliştirdiği bir enfeksiyona maruz kalmaktan kaynaklanabilir. Edinilmiş bağışıklık ayrıca, aşının belirli bir...
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.940542459487915, "polygon": [[1474, 2106], [1495, 300], [289, 286], [268, 2093]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8864449858665466, "polygon": [[1467, 136], [1467, 89], [1414, 89], [1414, 136]]}]
| 47
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
hastalığı taklit ettiği ve aşılanmış bireyde hastalanmadan bir bağışıklık tepkisine neden olduğu aşımadan meydana gelir (167).
Adaptif bağışıklık sisteminin mikropla ilk temas ettiği zaman tepki vermesi birkaç gün sürebilir, ancak bir dahaki sefere vücut tepki verebilir. İkinci enfeksiyon daha sonra hastalık etkisi yaratmaz veya hastalık hafif seyreder. Adaptif bağışıklık sistemini oluşturan yapılar; T lenfositleri, B lenfositleri ve antikorlardır. T lenfositleri (ayrıca T hücreleri olarak da adlandırılır) kemik iliğinde üretilir ve daha sonra kan dolaşımı yoluyla timusa taşınır ve burada olgunlaşır. Adlarındaki "T", "timus"tan gelir (168). T hücrelerinin üç ana görevi vardır: 1) Adaptif bağışıklık sistemi (T yardımcı hücreleri) başlatmak için diğer bağışıklık sistemi hücrelerini aktive etmek üzere kimyasal haberciler kullanırlar. 2) Virüsler veya tümörlü hücreler tarafından enfekte olmuş hücreleri tespit eder ve onları yok eder (sitotoksik T hücreleri). 3) Bazı T yardımcı hücreleri, enfeksiyon yenildikten sonra hafıza T hücreleri haline gelir. Hangi mikropların yenildiğini "hatırlayabilirler" ve daha sonra aynı enfeksiyon durumunda uyaranmış bağışıklık sistemini hızla etkinleştirmeye hazır olurlar (169). T hücrelerinin yüzeylerinde, belirli bir anahtarın sığacağı bir kilit gibi, mikroplara bağlanabilen algılama özellikleri vardır. Bağışıklık sistemi, bir enfeksiyondaki her bir mikrop için birkaç gün içinde eşleşen bir T hücre tipi üretebilir. Daha sonra bir mikrop eşleşen bir T hücresine bağlanırsa, T hücresi çoğalmaya başlar ve bu mikrop için özelleşmiş daha fazla T hücresi oluşturur. Sadece mikropla eşleşen hücreler çoğaldığı için, bağışıklık tepkisi özelleştirilmiştir (169). B lenfositleri (B hücreleri) kemik iliğinde yapılır ve daha sonra özel bağışıklık sistemi hücreleri olmak üzere orada olgunlaşır. Adlarını "kemik iliği"ndeki (Bone Marrow) "B" harfinden alırlar. T hücreleri gibi, belirli mikroplarla eşleşen birçok farklı B hücre tipleri vardır. B hücreleri, T yardımcı hücreleri tarafından aktive edilir: T yardımcı hücreleri, yapıları aynı mikroplarla eşleşen B hücreleriyle temas eder. Bu, B hücrelerini çoğalmak ve kendilerini plazma hücrelerine dönüştürmek için harekete geçirir. Bu plazma hücreleri hızla çok büyük miktarda antikor üretir ve kana salır. Yalnızca saldıran mikroplarla eşleşen B hücreleri etkinleştirildiğinden, yalnızca ihtiyaç duyulan tam antikorlar üretiliecektir (170). Aktive edilmiş B hücrelerinin bir kısmı hafıza hücrelerine dönüşür ve adaptif bağışıklık sisteminin "hafızasının" bir parçası haline gelir. Antikorlar, mikropları ve diğer potansiyel olarak zararlı maddeleri hızlı bir şekilde tespit edebilir.
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9394546151161194, "polygon": [[1468, 1208], [1477, 227], [307, 217], [299, 1198]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8814885020256042, "polygon": [[1467, 137], [1467, 90], [1413, 89], [1412, 136]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.8527989387512207, "polygon": [[1400, 1851], [1401, 1220], [333, 1219], [333, 1851]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8408383131027222, "polygon": [[1306, 1964], [1306, 1872], [272, 1870], [272, 1963]]}]
| 48
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
ve ardından onlara bağlanabilir. Bu, "davetsiz misafirleri" etkisiz hale getirir ve yardımım için diğer bağışıklık sistemi hücrelerini çekerek, antikor oluşumunu tetikleyebilen mikroplar ve diğer maddelere de "antijenler" denir (171). Bir antikor, bir antijene ancak tam olarak eşleşirse bağlanır. Antikorlar, adaptif bağışıklık sisteminden hızlı bir yanıt başlatmak için eşleşen mikropları bu şekilde algılar (171). Antikorların üç ana işlevi vardır: 1) Virüslerin veya bakterilerin hücre yüzeylerine doğrudan bağlanarak veya toksinlerine bağlanarak mikropları nötralize ederler. Bu, mikropların vücudun normal hücrelerine tutunmasını ve onları enfekte etmesini önler. 2) Yüzeylerine yapışarak diğer bağışıklık sistemi hücrelerini aktive ederler. Çöpçü hücreler de antikorlarla yüklü mikroplarla daha iyi savaşabilir. 3) Bağışıklık sistemi tepkisine yardımcı olan proteinleri aktive ederler. Adaptif bağışıklık sisteminin antikorları da doğuştan gelen bağışıklık sistemini destekler. Adaptif bağışıklık sisteminin çeşitli hücreleri ya doğrudan ya da sitokinler (küçük proteinler) gibi çözünür kimyasal haberciler aracılığıyla iletişim kurar. Bu kimyasal haberciler çoğunlukla proteinlerdir ve vücuttaki farklı hücreler tarafından üretilirler (171). Antikorlar, kan dolaşımında dolaşan protein ve şeker bileşikleridir (171).
[IMAGE]
Şekil: Doğuştan gelen ve adaptif bağışıklık sistemlerinin yapısı. İki farklı bağışıklık sistemi gösterilmiştir: "Doğuştan gelen bağışıklık sistemi" ve "Adaptif bağışıklık sistemi". Her sistemin farklı hücre tipleri bulunmaktadır. Doğuştan gelen bağışıklık sistemi, Makrofaj, Nötrofil, Dendritik hücre, Eozinofil ve Bazofil gibi hücreleri içerir. Adaptif bağışıklık sistemi ise B hücresi, T hücresi ve Doğal öldürücü hücreler gibi hücreleri içerir. Bu hücreler, bağışıklık sisteminin farklı fonksiyonlarını yerine getirir. Şekil BioRender tarafından oluşturulmuştur.
[/IMAGE]
Şekil 2.12. Doğuştan gelen ve adaptif bağışıklık sistemine ait yapılar. Şekil BioRender tarafından oluşturulmuştur.
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9402459263801575, "polygon": [[1473, 2113], [1488, 293], [287, 283], [272, 2103]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8585059642791748, "polygon": [[1465, 137], [1465, 88], [1412, 88], [1412, 137]]}]
| 49
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
Uzun bir süre, bağışıklık hafızası, adaptif bağışıklık sisteminin özel bir özelliği olarak kabarım. Bununla birlikte, aşıların hedef enfeksiyonlarının ötesindeki etkilerini gösteren, giderek artan sayıda epidemiyolojik ve immünolojik çalışma birikmeye başlamıştır. Bu heterolog etkiler, antijene özgü adaptif immün belleğin uyarılmasıyla açıklanamaz. Aşının bu hedef dışı etkilerine dahil olan bir mekanizma, antijenlerin çoklu ve farklı ligandları tanıyabilen çapraz reaktif T hücrelerinin oluşumuna yol açtığı heterolog T hücre bağışıklığı ile temsil edilir (172). Doğuştan gelen bağışıklık hücrelerinde, fiili bir doğuştan gelen bağışıklık belleğiyle oluşan bu tür adaptif özellikler, spesifik değildir ve gelişmiş konak savunması ile sonuçlanır. Doğuştan gelen bağışıklık hücrelerinin sonraki bir saldırıya karşı gelişmiş bağışıklık tepkileri gösterdiği süreç, eğitimli bağışıklık olarak adlandırılmaktadır (173, 174). Eğitimli bağışıklık, birincil bir uyarana karşılaştıktan sonra doğuştan gelen bağışıklık hücrelerinin uzun vadeli işlevsel yeniden programlanmasıdır ve bu ikincil bir zorlanmaya karşı artırılmış bir yanıtla sonuçlanır. Eğitimli bağışıklığın uyarılması birçok hücre tipinde gözlenmiştir ayrıca kapsamlı metabolik ve epigenetik yeniden şekillenme aracılık eder (175). Eğitimli bağışıklığın uyarılmasıyla ilişkili fonksiyonel değişikliklerin en az bir yıl sürdüğünü gösterilmiştir; öte yandan, epidemiyolojik çalışmalar, aşılanmanın neden olduğu spesifik olmayan koruma durumunda 5 yıla kadar uzun vadeli etkiler göstermiştir (175, 176). Eğitimli bağışıklığın uyarılması, hem monositler, makrofajlar, dendritik hücreler ve nötrofiller gibi mononükleer miyeloid hücrelerde hem de doğal öldürücü (NK) gibi lenfoid hücrelerde gösterilmiştir (177-180).
## Tüberküloz ve BCG Aşısı
Bulaşıcı bir hastalık ve dünya çapında önde gelen ölüm nedeni olan tüberküloz, son 25 yıldır küresel bir halk sağlığı acil durumu olarak kabul edilmektedir. Tüberküloza yönelik halk sağlığı yaklaşımları on milyonlara hayat kurtarmış olsa da tüberkülozu kontrol etmek için mütevazı bir ilerleme kaydedilmiştir. İlaça dirençli tüberküloz türleri, şu anda dünyanın en ölümcül patojenleri olma yolundadır ve antimikrobiyal direnç nedeniyle ölümlerin dörtte birinden sorumludur. Tüberkülozun epidemiyolojisi, risk faktörleri ve patofizyolojisine ilişkin çok sayıda ilerleme kaydedilmiştir (Şekil 2.13.) (181). Bunun bir sonucu olarak tüberküloz enfeksiyonu ve
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9404199719429016, "polygon": [[1477, 2111], [1493, 297], [285, 286], [269, 2101]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.880521833896637, "polygon": [[1467, 138], [1467, 88], [1412, 88], [1412, 138]]}]
| 50
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
hastalığının tüm biçimleri için yeni teşhis ve tedaviler ufukta belirmektedir. Tüberküloz, dünya çapında önemli morbidite ve mortaliteye neden olmaya devam etmektedir. DSÖ'ye (Dünya Sağlık Örgütü) göre, 2017'de tahminen 10 milyon insan yeni tüberküloz hastası olmuştur. Bu bireylerin 8,7 milyonu (%87) hastalığın yükünün yüksek olduğu 30 ülkede bulunmaktadır. Bu 10 milyon kişiden sadece 6.4 milyonu teşhis edilmiş ve resmi olarak bildirilmiştir (182). Her yıl 1.3 milyon insanın tüberkülozdan öldüğü tahmin edilmektedir. Tüberküloz bir yoksulluk hastalığıdır. Çoğu yüksek gelirli ülkenin tüberküloz insidansını yılda 100.000 nüfustan daha az olarak tahmin etmesine rağmen, yüksek tüberküloz yükü olan 30 ülkede (ağırlıklı olarak düşük gelirli ve orta gelirli ülkelerdir) tahmini toplu tüberküloz insidansı 100'de 183'tür (183). TB için Küresel Hastalık, Yaralanma ve Risk Faktörleri yükü verileri (1990–2016), insidanstaki mevcut eğilimler devam ederse, çok az ülkenin BM (Birleşmiş Milletler) Sürdürülebilir Kalkınma Hedefleri'nin 2030 yılına kadar salgını sona erdirme hedefini karşılamasının muhtemel olduğunu göstermektedir (182, 184, 185). Bireysel bazda, tüberküloza karşı bağışıklığın, tek bir konakçı içinde bile zamanla dalgalandığı görülmektedir (186). Yakın tarihli bir çalışmada, bireysel granülolarda bulunan bağışıklık yanıtları, enfeksiyon bölgesindeki yerel bağışıklık tepkilerinin tüberkülozu kontrol etmede önemli olduğunu düşündürmektedir (187). Veriler ayrıca, tüberküloza maruz kalan bazı kişilerin enfekte olmadığını, diğerlerinin ise minimum düzeyde maruz kalsa bile enfeksiyona ve hastalığa hızlı yenik düşüşünü göstermektedir (188). Tüberküloz ilaç direnci açısından veriler, ilaca dirençli tüberküloza başvuran birçok kişinin ilaca dirençli sarsarlara enfekte olduğunu göstermektedir (189). Bilim dünyasında uzun süredir *M. tuberculosis* ile yeni enfekte olmuş kişilerin enfeksiyondan sonraki ilk birkaç yıl içinde hastalığa ilerleme riskinin en yüksek olduğu konusunda ortak bir inanç olmasına rağmen, tarihsel verilerin analizi *M. tuberculosis* inkübasyonunun muhtemelen daha kısa olduğunu doğrulamıştır (190). Bu bulgu, yakın zamanda maruz kalan ve yüksek progresyon riski taşıyan bireyleri (örn. yakın temaslılar) belirlemenin ve onlara önleyici tedavi sunmanın, hastalığın ilerlemesini önlemek için etkili bir strateji olabileceği düşündürmektedir. Bazı biyobelirteçler, en yüksek ilerleme riski taşıyan bireyleri belirleme konusunda umut vaat etmektedir (191). Yerel bağışıklık tepkileri ve hastalık toleransı dahil olmak üzere patojen ve konak faktörlerinin tüberküloz hastalığının patogenezini ve gelişmesinde olan
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9227241277694702, "polygon": [[281, 2109], [1433, 2108], [1433, 1690], [281, 1691]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9201172590255737, "polygon": [[1489, 1011], [1490, 216], [293, 215], [292, 1009]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.8942891955375671, "polygon": [[1412, 1644], [1417, 1022], [384, 1013], [379, 1635]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8761211633682251, "polygon": [[1466, 137], [1467, 88], [1412, 88], [1412, 137]]}]
| 51
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
risk faktörlerini nasıl açıklayabileceğiine ve sosyoekonomik risk faktörleri üzerinde de önemli çalışmalar yapılmıştır. Sosyooeconomik düzeyi düşük nüfuslardan gelen kişilerin tüberküloz hastalığına yakalanma riskinin yüksek olduğu bilinmektedir (192) TB yükünün düşük olduğu ülkelerde, genel yaşam koşullarındaki iyileşmenin bir sonucu olarak TB morbidite ve mortalitesinde önemli düşüşler meydana geldiği bilinmektedir (193). Peru'nun gecekondu mahallelerinde yapılan bir çalışmada, iç mekan hava kirliliği, oda başına az sayıda pencere bulunan bir evde yaşama ve hane halkının sosyoekonomik konumu dahil olmak üzere bazı değiştirilebilir sosyoekonomik risk faktörlerinin TB enfeksiyonu ve hastalığın güçlü belirleyicileri olabileceğini ortaya koymuştur (194). Ayrıca, bir kez TB geçirmiş kişilerde tekrar TB gelişme riski yüksektir, bu da yoksulluk ve TB kır döngüsünü daha da kötüleştirebilir. TB enfeksiyonunun anlaşılmasını geliştirmek için kontrolü bir insan enfeksiyon modeli, bu alanda karşılanmamış bir ihtiyaçtır (Şekil 2.13.) (195).
[TABLE]
| | Enfeksiyon ortadan kalkar | Gizli tüberküloz enfeksiyonu | Subklinik tüberküloz hastalığı | Aktif tüberküloz hastalığı |
|---|---|---|---|---|
| | Doğuştan gelen bağışıklık tepkisi | Ya da edinilmiş bağışıklık tepkisi | Mycobacterium tuberculosis | |
| | Akciğer | | | |
| | Kalp | | | |
[/TABLE]
[TABLE]
| | TST NEGATİF | POZİTİF | POZİTİF | POZİTİF | GENELLİKLE POZİTİF |
|---|---|---|---|---|---|
| IGRA | NEGATİF | POZİTİF | POZİTİF | POZİTİF | GENELLİKLE POZİTİF |
| KÜLTÜR | NEGATİF | NEGATİF | POZİTİF | ARALIKLI POZİTİF | POZİTİF |
| BALGAM YAYMASI | NEGATİF | NEGATİF | POZİTİF | GENELLİKLE NEGATİF | POZİTİF/NEGATİF |
| BULAŞICI | YOK | YOK | YOK | ARA SIRA | VAR |
| BELİRTİLER | GÖRÜLMEZ | GÖRÜLMEZ | GÖRÜLMEZ | HAFIF VEYA GÖRÜLMEZ | HAFIF VEYA ŞİDDETİ |
| TEDAVİ | GÖRÜLMEZ | GÖRÜLMEZ | ONLEYİCİ TERAPI | ÇOKLU İLAÇ TERAPİSİ | ÇOKLU İLAÇ TERAPİSİ |
[/TABLE]
Şekil 2.13. Tüberküloz enfeksiyonu ve hastalığının spektrumu (196). IGRA=interferon-γ salınım testi. TST=tüberkülin cilt testi.
Bacillus Calmette-Guérin (BCG) aşısı, tüberkülozu (TB) önlemek için 1921'den beri kullanılmaktadır ve dünyanın en yaygın kullanılan aşısı olarak kabul edilmektedir. Bu aşı, TB akciğer hastalığının ilerlemesini azaltmak için önemli bir profilaktik önlemdir. BCG çoğu durumda yaşamın ilk günlerinde uygulanmaktadır ve
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9402285218238831, "polygon": [[1475, 2113], [1494, 307], [285, 294], [266, 2100]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8663772940635681, "polygon": [[1467, 138], [1467, 88], [1412, 88], [1411, 138]]}]
| 52
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
neonatal TB ölümlerinde azalmaya yol açmaktadır (197). Robert Koch tarafından 1882'de keşfedilen *M. tuberculosis* (Mtb), diğer insan patojenlerine kıyasla daha fazla ölümden sorumludur (198, 199). BCG, dört milyardan fazla dozla TB'ye karşı şu anda mevcut olan tek ve en yaygın uygulanan aşıdır. BCG bağışıklama kapsami ise tahmini olarak %85'dir (200). BCG'nin etkinliği ise değişken olup, bebeklerde yayılmış TB'nin şiddetli formları ile enfeksiyondan koruma da, en yaygın form olan akciğer tüberkülozuna karşı koruma sağlamaz (201). Koruyucu tepkisini artırmak için, rekombinant canlı aşıların yanı sıra alt birim aşılar (viral vektörlü veya adjuvanlanmış rekombinant proteinlere dayalı) dahil olmak üzere çeşitli alternatif aşı adayları geliştirilmektedir (202). Şu anda her yıl 140 milyon bebeğe BCG aşısı yapılmaktadır (203). Piyasaya sürülmesinden yüz yıl sonra, canlı atenie BCG aşısı halen kullanımda olan en eski aşıdır ve BCG aşıının spesifik olmayan immünolojik etkisi, eğitimli bağışıklığın iyi tanımlanmış bir örneğidir. Bu immün yanıt, epigenetik sinyallemeyi içerir ve temel olarak monositler/makrofajlar ve doğal öldürücü (NK) hücreler aracılık eder (Şekil 2.14) (204). BCG aşılaması yoluyla indüklenen adaptif bağışıklık tepkisi, makrofajlar tarafından sergilenen anti mikobakteriyel aktiviteyi artıran, CD4+ ve CD8+ T hücresi aktivasyonunu ve yüksek seviyelerde interferon gama (IFN-y) içerir. IFN-y ayrıca B hücrelerinin aktivasyonuna ve plazma hücreleri tarafından antijene özgü antikorların üretilmesine katkıda bulunur. BCG aşılaması, bağışıklık hazırlayan uzun kodlayıcı ribonükleik asit (RNA) ve artan haberci RNA (mRNA) ekspresyonunun yukarı regülasyonuna yol açar ve BCG tarafından eğitimli makrofajlar tarafından artan sitokin üretimi, yüksek seviyelerde tümör nekroz faktörü alfa (TNF-a) ile sonuçlanır. Bu yanıtların süresi belirsizdir ancak bir yıl veya daha uzun sürebilir. Biriken veriler, hedef dışı bağışıklığı indüklemekte BCG aşıının rolüne dair mekanik bir anlayış sağlar (205-209). 1920'lerde kullanıma sunulmasından hemen sonra BCG aşıının TB üzerindeki etkisinden bağımsız olarak bebek ölümlerini azalttığı bilinmektedir. BCG aşıının viral enfeksiyonlara karşı hedeflenmemiş koruyucu etkilere sahip olabileceği de düşünülmektedir. Bunlar arasında RSV'nin (Respiratuar Sinsisyal Virüs) neden olduğu akut alt solunum yolu enfeksiyonları da yer almaktadır. Yapılan bazı çalışmalar BCG aşılaması ile solunum yolu enfeksiyonlarında neredeyse üç kat azalma olduğunu bildirmiştir (210). Enfeksiyonlara karşı profilaktik koruma sağlamının yanı sıra, BCG'nin virüs aracılı
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9755310416221619, "polygon": [[1473, 1511], [1483, 225], [290, 215], [280, 1501]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8824232816696167, "polygon": [[1466, 137], [1466, 89], [1413, 89], [1413, 136]]}]
| 53
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
klinik durumlarda spesifik olmayan immünoterapi olarak da etkili olduğu gösterilmiştir. Bu etkilerin bilinen bir örneği, HPV'nin (İnsan Papilloma Virüsü) neden olduğu kutanöz ve genital siğillere karşı BCG'nin olumlu etkisidir. Ayrıca BCG, viral enfeksiyonlara yönelik aşılara verilen yanıtı da iyileştirebilir. 40 sağlıklı gönüllü üzerinde yapılan randomize kontrollü bir çalışma, influenza aşılamasından önce BCG aşıının 2009 pandemik H1N1 (Influenza A) aşı suyunu karşı antikor titresini artırdığını göstermiştir (211). Ayrıca, BCG HBV aşısı (Hepatit B Aşısı) gibi diğer aşılara yanıt verme üzerindeki etkisine yönelik etkiler gözlenmiştir (212, 213). On yıldan daha kısa bir süre öncesine kadar sadece B ve T lenfositlerinin hafıza tepkileri oluşturulduğu düşünülüyordu. Bununla birlikte, son zamanlarda yapılan çok sayıda çalışma, doğuştan gelen bağışıklık hücrelerinin fonksiyonel programının, belirli enfeksiyonlar veya aşılar üzerine değiştirildiğini ve bunun, hücreler ikincil bir uyarana karşılaştığında artan bir bağışıklık tepkisi ile sonuçlandığını göstermiştir. Doğuştan gelen bağışıklık hücrelerinde spesifik olmayan bir hafızanın uyarılmasına 'eğitilmiş bağışıklık' adı verilmektedir (214). Kanıtlar, BCG'nin spesifik olmayan etkilerini indüklediği anahtar mekanizmanın, muhtemelen T hücresi ve B hücresi bazlı adaptif yoldan ziyade, doğuştan gelen bağışıklık hücrelerinde, özellikle doğal öldürücü (NK) hücrelerde, monositler ve makrofajlarda immünolojik hafızanın uyarılması yoluyla olduğunu göstermektedir (Şekil 2.14.). Fonksiyonel T ve B hücrelerine sahip olmayan SCID (Siddetli Kombine İmmün Yetmezlik) görülen farelerde BCG aşılamasının, bu etkiye aracılık etmede doğuştan gelen bağışıklık hücrelerinin önemini ortaya koymaktadır (215-217).
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9298189282417297, "polygon": [[305, 2127], [1453, 2122], [1448, 1009], [300, 1015]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.889689564704895, "polygon": [[1440, 1019], [1446, 219], [312, 210], [306, 1011]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8806725740432739, "polygon": [[1466, 136], [1467, 90], [1414, 90], [1414, 136]]}]
| 54
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
[IMAGE]
Şekil: BCG aşısı intrakutan olarak enjekte edildikten sonra monositler, makro
makrofajlar ve DC'ler (dendritik hücre) aşı yerinde BCG'yi tanıma ve bağışıklık tepkisi oluşturma mekanizması gösterilmiştir. Aşağıdaki adımlar sırasıyla:
1. BCG aşısı, bir bebeğe intrakutan olarak enjekte edilir.
2. Dendritik hücreler, BCG'yi alır ve aktif makrofajlara aktarır.
3. Makrofajlar, BCG'yi içselleştirir ve çeşitli sitokinler (örn. TNF-α, IL-2, IL-6) salgılar.
4. Dendritik hücreler, BCG'yi lenf düğümlerine taşır.
5. Lenf düğümlerinde, BCG'yi tanıyan B hücreleri ve T hücreleri aktivasyona girer.
6. Aktif edilmiş dendritik hücreler, CD4+ T hücrelerini ve CD8+ T hücrelerini aktiv eder.
7. CD4+ T hücreleri, CD8+ T hücrelerini ve B hücrelerini destekler.
8. CD8+ T hücreler, granzimler ve TNF-α gibi sitokinler salgılar ve patojen hücrelerini öldürür.
9. B hücreleri, BCG'ye karşı antijenleri tanıyan antikorlar üretir.
Bu süreç, BCG'nin TB'ye karşı bağışıklık tepkisini aktive etme mekanizmasını göstermektedir.
Sekil 2.14. BCG aşısı intrakutan olarak enjekte edildikten sonra monositler, makrofajlar ve DC'ler (dendritik hücre) aşı yerinde BCG'yi tanıma ve güçlü bir bağışıklık tepkisi oluşturur. BCG, DC'ler veya makrofajlar tarafından tanınamış ve içselleştirilir. BCG'nin hücre duvarı veya diğer bileşenleri, farklı ligandlara bağlanan, uyarılmış hücrelerin kostimülatör moleküllerini yukarı regüle eden ve TB'ye karşı doğrudan gelen bağışıklık tepkisini aktive eden PRR'ler (Pattern Recognition Receptors) olarak işlev görür. Aktive edilmiş DC hücreleri, mikobakteriyel spesifik CD4+ ve CD8+ T hücrelerini bir Th1 profili ile aktive etmek için lenf düğümlerine götürür ve ardından IFN-gama ve granzim gibi yüksek seviyelerde sitokinlerin salgılanmasını indükler. Aynı zamanda BCG antijenlerine yanıt veren B hücreleri, hafıza hücrelerinin, plazma hücrelerinin ve antijene özgü antikorların üretimine yol açar (218). Şekil BioRender kullanılarak oluşturulmuştur.
Bu tez çalışması kapsamında öncelikle insanda tanımlanan TIMELESS proteinini karakterize edilerek fizikokimyasal özellikleri, tahmini hücre altı lokalizasyonu ve 3D protein yapısı belirlenmiş ve diğer sirkadiyen genlerle olan evrimsel ilişkisi filogenetik analizlerle tanımlanmıştır. Sirkadiyen genler ve bağışıklık arasındaki ilişkiyi TIMELESS'in rolünü araştırmak için hedef miRNA'lar in silico yollarla araştırılmıştır. Ardından, BCG aşısı 84 doğrudan gelen ve adaptif gen üzerinden qRT-PCR tekniği ile incelenerek gen ekspresyonu ve bağışıklık yolları hakkında yeni bulgular elde edilmiştir. Daha sonra CRISPR/Cas9 teknolojisi kullanılarak...
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9326282739639282, "polygon": [[301, 588], [1470, 587], [1470, 213], [300, 213]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8763675689697266, "polygon": [[1463, 135], [1464, 90], [1414, 89], [1413, 134]]}]
| 55
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
aracılığıyla HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilerek BCG aşısının etunluğu 84 doğuştan gelen ve adaptif gen üzerinde qRT-PCR teknolojisi ile araştırılmıştır. Sonuç olarak TIMELESS geni ile immün yanıtlar arasında yeni bulgular elde edilmiştir. Bu çalışma ile sadece mevcut tekniklerin optimize edilerek laboratuvar ortamında kullanılması sağlanmış, aynı zamanda TIMELESS geninin insanlarındaki önemi de ilk kez bu kadar kapsamlı bir şekilde tespit edilmiştir.
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9585729241371155, "polygon": [[1479, 1758], [1480, 384], [287, 383], [286, 1758]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.820886492729187, "polygon": [[1135, 378], [1135, 323], [394, 322], [394, 377]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.7581287622451782, "polygon": [[1469, 138], [1469, 88], [1410, 88], [1410, 138]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.4130343198776245, "polygon": [[1081, 286], [1081, 221], [676, 221], [676, 285]]}]
| 56
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
Dulbecco's modification of Eagle's medium (DMEM) | Biochrom AG, Almanya
Penisilin/Streptomisin | Sigma, Israil
SYBR Green Gerçek zamanlı PCR kiti | ThermoFisher, ABD
Tripan mavis | Sigma, ABD
Tripsin-EDTA | Sigma, Almanya
NEAA (Non-Essential Amino Acid) | ThermoFisher, ABD
HEPES (N-(2-Hydroxyethyl) piperazine-N'-(2-ethanesulfonic acid) | ThermoFisher, ABD
Pyruvate (Piruvik asit), | ThermoFisher, ABD
L-glutamine | ThermoFisher, ABD
Fetal sığır serumu | Sigma, Almanya
İnsan embriyonik bobrek hücre hattı (HEK 293) | Amerikan Tipi Kültür Koleksiyonu (ATCC), ABD
T4 Ligasyon Bufferi | New England Biolabs, ABD
T4 Polinükleotit Kinaz | New England Biolabs, ABD
pSpCas9(BB)-2A-GFP(PX458) | Addgene, ABD
Reaksiyon Bufferi (NEB) | New England Biolabs, ABD
Q5 Polimeraz (NEB) | New England Biolabs, ABD
5xiScript Reaksiyon Karışımlı | Biorad, ABD
iScript Ters Transkriptaz | Biorad, ABD
Calf Intestinal Alkaline Phosphatase (Quick CIP) (NEB#M0525S) | New England Biolabs, ABD
Tissue DNA Mini Kit | FavorPrep™, Tayvan
Tissue RNA Mini Kit | FavorPrep™, Tayvan
iTaq™ Universal SYBR® Green Supermix (2x) | Biorad, ABD
Genomic DNA Extraction Mini Kiti | FavorPrep™
Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix | New England Biolabs, ABD
T7 EndonükleazI (M0302) | Biorad, ABD
RT2 Profiler PCR Arrays (RT² Profiler™ PCR Array Human Innate & Adaptive Immune Responses) | Qiagen, Almanya
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.957953929901123, "polygon": [[1506, 2011], [1509, 262], [258, 260], [255, 2009]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8701818585395813, "polygon": [[1466, 136], [1466, 90], [1413, 89], [1413, 136]]}]
| 57
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
3.2. TIMELESS Proteininin in silico Yollarla Karakterize Edilmesi, Tahmini Hücre Altı Lokalizasyonunun Belirlenmesi, 3D Protein Yapısı ve Evrimsel İlişkileri
NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/) veritabanı kullanılarak TIMELESS peptid ve CDS sekansları indirilmiştir. TIMELESS proteinlerine ait fizikokimyasal özellikleri ExPASy ProtParam (https://web.expasy.org/protparam/) kullanılarak elde edilmiştir (219). Tahmini hücre altı lokalizasyonları WoLF PSORT: Protein Subcellular Localization Prediction Tool (https://www.genscript.com/wolf-psort.html) kullanılarak belirlenmiştir. TIMELESS proteininin 3D yapısı AlphaFold Protein Structure Database (https://alphafold.ebi.ac.uk/) kullanılarak belirlenmiştir (220). MEGA11 programı kullanılarak Maximum likelihood (ML) metodu (bootstrap değeri=1000) ile filogenetik ağaç oluşturulmuştur (221). Multiple EM for Motif Elicitation (MEME 4.11.1; https://meme-suite.org/) çevrimiçi aracı kullanılarak sirkadiyen genlere ait protein yapıları analiz edilmiştir (222).
3.3. TIMELESS'e Özgü miRNA Hedeflerinin Tahmini
miRDB (https://mirdb.org/) çevrimiçi aracı kullanılarak TIMELESS gene'ye özgü hangi miRNA'ların hedeflendiği analiz edilmiştir (223). Daha sonra Cytoscape 3.9.1 (https://cytoscape.org/download.html) yazılımı kullanılarak elde edilen veriler sonucunda ilişki ağı görselleştirilmiştir (224).
3.4. TIMELESS'a özgü genom düzenleme
3.4.1. Kılavuz RNA (gRNA) Seçimi ve pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) Vektörüne Klonlama Çalışmaları
Kılavuz RNA'ların tasarımı için https://benchling.com/editor online program kullanılarak sense ve antisense oligolar tasarlanmıştır (Tablo 3.1.): Sense iplikçik, fonksiyonel bir proteini kodlayan mRNA'nın tam nükleotit dizisini içerir. Antisens zinciri, transkripsiyon için şablon görevi görür ve kopyalanan mRNA'ya tamamlayıcı nükleotit sekansı içerir. Bu nedenle antisens iplik, proteinlerin translasyonundan sorumludur.
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9360685348510742, "polygon": [[317, 2002], [1472, 2002], [1471, 1686], [317, 1687]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.837253212928772, "polygon": [[272, 1676], [1437, 1674], [1437, 1263], [271, 1265]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8115494251251221, "polygon": [[1468, 137], [1468, 89], [1413, 89], [1413, 137]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.8115041255950928, "polygon": [[1295, 1066], [1310, 261], [464, 245], [449, 1050]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.7502446174621582, "polygon": [[1377, 1172], [1378, 1111], [424, 1108], [423, 1169]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.6358707547187805, "polygon": [[238, 1275], [1381, 1275], [1381, 1185], [238, 1185]]}]
| 59
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
[IMAGE]
Şekil: pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) plazmidmitinin haritası. Harita, plazmideki çeşitli restriksiyon enzim sitesini gösteren bir dairesel diyagramdır. Enzim sitesi etiketleri (örn. AflIII, PciI, BbsI, BsmBI, SacI, SspI, PsiI, NarI, KasI, SbfI, SphI, Eco53kI, BsrGI, EcoRI, FseI, XcmI, BarI, BsaBI, EagI, BmgBI, Ajui, BspEI, SphI, BglII, PflMI, EcoNI, BmgBI, BstXI, PaqCI, AgeI, NcoI, BstAPI, BarI, PasI, EcoRV, DraIII, PflMI, CspCI, PmlI, BspEI) haritanın etrafında yerleştirilmiştir. Plazmının boyutu 9289 bp olarak belirtilmiştir. Harita, pSpCas9(BB)-2A-GFP vektörünün yapısını ve restriksiyon enzim sitesinin konumlarını göstermektedir.
Sekil 3.1. pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) plazmitine ait harita
Tablo 3.3. pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) plazmitinin BbsI Enzimi ile Kesilmesi ve Defosforilasyonu
| Reaksiyon bileşenleri: |
|---|
| 1 μg pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) |
| 1 μl BbsI-HF (NEB#R3539S) enzimi |
| 5 μl Cutsmart Buffer |
| X μl ddH₂O |
| Toplam 50 μl |
Reaksiyon karışımı 37°C'de 1,5 saat boyunca inkübe edilmiştir. Inkübayon bitiminde, 1 μl Calf Intestinal Alkaline Phosphatase (Quick CIP) (NEB#M0525S) eklenmiştir ve 37°C'de 20 dakika daha inkübe edilmiştir. Daha sonra, BbsI ile kesilmiş ve CIP ile defosforile edilmiş pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) vektörü jelde yürtülmüş ve sonraki aşamalarda kullanılmak üzere jelden izole edilmiştir.
| 2
|
|
[{"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8722881078720093, "polygon": [[1467, 137], [1467, 89], [1415, 89], [1415, 136]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.861291229724884, "polygon": [[1484, 1743], [1486, 1026], [300, 1024], [299, 1740]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.8344341516494751, "polygon": [[1432, 1000], [1433, 624], [284, 621], [283, 997]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.8176994919776917, "polygon": [[1437, 494], [1437, 220], [309, 219], [309, 493]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.6637998223304749, "polygon": [[319, 603], [1416, 602], [1416, 530], [319, 530]]}]
| 60
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
3.4.4. Hibridize Edilmiş Oligoların pSpCas9(BB)-2A-GFP (
PX458 Plasmidi ile Ligasyonu ve Transformasyonu
Ayrı ayrı hibridize edilmiş gRNA1 ve gRNA2 ile ayrı ayrı reaksiyon
kurulmuştur (Tablo 3.4.).
Tablo 3.4. Hibridize edilmiş oligoların pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) plasmidi ile
ligasyonu ve transformasyonu
[TABLE]
| Reaksiyon bileşenleri: |
|---|
| 100 ng/ul kesilmiş pSpCas9(BB)-2A-GFP (PX458) plasmid |
| 1 μl T4 Ligasyon Bufferi (NEB) |
| 1 μl T4 DNA Ligaz (NEB#0202S) |
| X μl ddH₂O |
| Toplam 10 μl |
[/TABLE]
1 μl hibridize olmuş ve fosforile edilmiş oligolar (gRNA) (1:200) (gRNA1 ve
gRNA2 için ayrı ayrı kuruldu)
Reaksiyon karışımı 25°C'de 1 saat boyunca inkübe edilmiş ve gRNA1 ve
gRNA2 için hazırlanan ligasyon ürünleri ayrı ayrı E.coli DH5α'ya transforme
edilmiştir.
3.4.5. gRNA'nın Vektör İçine İnsersiyonunun Kontrolü
Transformasyondan sonra seçilen ve kültürü yapılan kolonilerden plazmit izole
edildikten sonra, hU6 forward primeri ve gRNA1-gRNA2 antisense oligosu
kullanılarak ~260 bp lik bir alan standart PCR ile çoğaltılmış ve gRNA1 ve gRNA2
dizisinin plazmit içindeki varlığı PCR ürününün jelde yürüttülmesi ile test edilmiştir
(Tablo 3.5.).
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9479222893714905, "polygon": [[1475, 1025], [1477, 284], [311, 281], [309, 1021]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9395819306373596, "polygon": [[1437, 1667], [1437, 1077], [282, 1076], [282, 1666]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8163925409317017, "polygon": [[1467, 136], [1467, 89], [1413, 89], [1413, 136]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.803036093711853, "polygon": [[1081, 277], [1081, 225], [323, 225], [323, 276]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.7085153460502625, "polygon": [[425, 1080], [1155, 1078], [1155, 1025], [425, 1027]]}]
| 61
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
Tablo 3.5. gRNA'nın vektör içine insersiyonunun kontrolü
|
|
Reaksiyon bileşenleri:
| 5ul | 5XQ5PCR Reaksiyon Bufferı (NEB) |
| 0,5ul | dNTPs 10mM |
| 1,25ul | 10uM hU 6 Forward Primeri (evrensel primer) |
| 1,25ul | 10 uM gRNA 1 / gRNA 2 Reverse Primeri |
| 1ul | Plazmit (~100ng/ul) |
| 0,25ul | Q5 Polimeraz (NEB) |
| 15,75ul | ddH₂O |
| Toplam 25ul | |
PCR koşulları:
| Denaturasyon | 98°C 30 saniye. (1 tur) |
| (35 döngü) | 98°C 10 saniye |
| | 60°C 20 saniye |
| | 72°C 20 saniye |
| DNA Sentezi | 72°C 10 dakika. (1 tur) |
| | +4°C ∞ |
3.5. Hücre Kültürü ve Gen Ekspresyonunun Kontrolü
Hem temel hem de uygulamalı çalışmalarda yaygın olarak kullanılan HEK 293 (İnsan embriyonik böbrek) hücreleri bu çalışma için seçilmiştir ve Amerikan Tipi Kültür Koleksiyonu (ATCC), ABD'den temin edilmiştir. %10 glikozlu DMEM'e %10 FBS (Fetal Bovine Serum), %1 Penicillin-Streptomycin, %1 NEAA (Non-Essential Amino Acid), %1 HEPES (N-(2-Hydroxyethyl) piperazine-N'-(2-ethanesulfonic acid)), %1 pyruvate (Pirüvik asit), %1 L-glutamine eklenerek 37°C'de inkübe edilmiştir. Hücreler pasajlanırken (Trypsin-EDTA (0.25%)) kullanılmıştır (Şekil 3.2.). In silico olarak TIMELESS geninin HEK293 hücre hattında ifade edildiği belirlenmiştir (https://maayanlab.cloud/Harmonizome/).
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.95064777135849, "polygon": [[1462, 2096], [1479, 1069], [292, 1050], [275, 2077]]}, {"class": "Resim", "confidence": 0.9288867115974426, "polygon": [[1417, 916], [1419, 224], [312, 221], [310, 913]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8298740983009338, "polygon": [[1469, 138], [1469, 88], [1411, 88], [1411, 138]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.6773216724395752, "polygon": [[1383, 1025], [1383, 923], [311, 923], [311, 1025]]}]
| 62
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
[IMAGE]
Sekil: HEK293 hücre hattının yetiştirilmesi. Görselunun solunda, DMEM ortamı oluşturulurken kullanılan malzemeler gösterilir: FBS (%10), NEAA (%1), piruvat (%1), L-glutamin (%1), HEPES (%1), Penicillin-Streptomycin (%1). Bu malzemeler birleştirilerek DMEM ortamı oluşturulur. Ortam, HEK293 hücrelerine (37°C'de) eklenir. Hücreler, Trypsin-EDTA (0.25%) ile çözülerek ve bir laminar akış kabinde çalıştırılarak, hücre kültürlerine yeniden doldurulur. Bu süreç, hücre hattının sürdürülmesini sağlar.
Sekil 3.2. HEK293 hücre hattının yetiştirilmesi (Sekil BioRender kullanılarak oluşturulmuştur).
Daha sonra genin ifadesini deneysel anlamda doğrulamak üzere HEK293 hücre hattından RNA izolasyonu ve cDNA sentezi yapılarak uygun primerler tasarlanmış ve gen ifadesi kesin olarak kontrol edilmiştir. FavorPrep™ Tissue RNA Mini Kit kullanılarak üretilicinin protokolüne uygun bir şekilde RNA elde edilmiştir;
Hücreler 1~5 ×10⁶ arasında sayılarak 4 °C'de 5 dakika boyunca 300 x g'de santrifüjenerek toplandı. Süpernatantı atıldı.
Hücre peletine 350 μl FARB Tamponu ve 3,5 μl β Merkaptoetanol eklenerek kuvvetlice vortekslenedi.
Toplama Tüpüne bir Filtre Kolonu yerleştirilerek ve numune karışımı Filtre Kolonuna aktarıldı ve 2 dakika boyunca 18.000 x g'de santrifüjlendi.
Süpernatant Toplama Tüpünden yeni bir mikrosantrifüj tüpüne aktarıldı ve süpernatantın hacmini ölçüldü. Ardından hacme göre %70 RNaz içermeyen etanol eklenedi ve vortekslenerek iyice karıştırıldı.
FARB Mini Kolon Toplama Tüpüne yerleştirildi ve etanol eklenmiş numune karışımı FARB Mini Kolona aktarıldı. FARB Mini Kolona 500 μl Yıkama Tamponu eklenedi. 30 saniye boyunca 18.000 x g'de santrifüjlendi. Akışı atıldı ve FARB Mini Kolonu Toplama Tüpüne tekrar takıldı.
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9523334503173828, "polygon": [[1472, 1312], [1473, 230], [276, 229], [275, 1311]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.9160740971565247, "polygon": [[1441, 1709], [1441, 1415], [286, 1415], [285, 1708]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.854170024394989, "polygon": [[1467, 137], [1467, 89], [1414, 89], [1414, 136]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.7687827348709106, "polygon": [[1319, 1400], [1319, 1351], [297, 1349], [297, 1399]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.6728395223617554, "polygon": [[1486, 1915], [1487, 1745], [353, 1743], [353, 1913]]}]
| 63
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
FARB Mini Kolona 750 μl Yıkama Tamponu 2 eklendi.
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.956631064414978, "polygon": [[314, 1409], [1450, 1402], [1444, 302], [307, 309]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9322207570075989, "polygon": [[1460, 2093], [1464, 1414], [302, 1408], [299, 2087]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8590360283851624, "polygon": [[1397, 310], [1397, 224], [312, 223], [312, 309]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8586227893829346, "polygon": [[1469, 137], [1469, 89], [1414, 88], [1413, 137]]}]
| 64
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
Tablo 3.7. TIMELESS'a özgül primer çiftleri ve gen ifadesinin ölçülmesmesine dair reaksiyon bileşenleri/kosulları
**TIMELESS'a özgül tasarlanan primer çiftleri**
| TIM Forward | CAACCAGAGGAAGGAACAGAAG |
|---|---|
| TIM Reverse | TGTGCTCGGTGGCTCTCTTTAC |
**qRT-PCR bileşenleri**
| Bileşenler | Hacim miktarları |
|---|---|
| iTaq™ Universal SYBR® Green Supermix (2x) | 5 μl |
| İleri Primer (10 μM) | 0.5 μl |
| Geri Primer (10 μM) | 0.5 μl |
| cDNA | 1 μl |
| Nükleaz olmayan su | 3 μl |
| Toplam Reaksiyon Hacmi | 10 μl |
**qRT-PCR reaksiyon koşulları**
| Döngü | °C | Süre (s) |
|---|---|---|
| Ön denaturasyon | 95°C | 30 |
| Denaturasyon | 95°C | 15 |
| Bağlama/Uzama | 60°C | 30 |
| Melting Curve Analysis | 60°C → 95°C | |
3.6. Hücre hattına gRNA1 ve gRNA2 içeren Plazmitlerin Transfeksiyonu
Amaxa 4D-Nucleofector Protokolüne uygun olarak gerçekleştirilen transfeksiyon suspansiyonu hazırlanmıştır. Bunun için V4XC-2024 kiti kullanılmıştır. Hücreler protokole uygun bir biçimde 1x10⁶ sayılara 90g'de 10 dk oda sıcaklığında santrifüjlenmiştir. Süpernatant tamamen çikarılarak her numuneye uygun mixler eklenerek hücreler Nucleofector solüsyonu ile suspanse edilmiştir. Oluşturulan solüsyon; 1x10⁶ hücre, 1 ul plasmid DNA VESF4D-Nucleofector X Solution içermektedir. Elde edilen karışım Nucleocuvette damarlarına aktarılmıştır ve HEK293'ezgii CM-130 programı kullanılarak transfeksiyon gerçekleştirmiştir. Transfeksiyon işleminden sonra hücreler önce oda sıcaklığına getirilmiştir ortamla yeniden suspanse edilmiştir.
| 2
|
|
[{"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8498027920722961, "polygon": [[1467, 137], [1467, 89], [1413, 89], [1413, 136]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.8409379720687866, "polygon": [[1499, 1885], [1510, 263], [254, 255], [243, 1877]]}, {"class": "Kaynakça", "confidence": 0.40023940801620483, "polygon": [[1493, 1941], [1515, 299], [275, 282], [253, 1925]]}]
| 65
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
3.7. T7 Endonükleaz Testi
gCntrl ve gRNA11
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9427672028541565, "polygon": [[1463, 1556], [1466, 936], [317, 932], [315, 1551]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9222774505615234, "polygon": [[274, 1880], [1447, 1880], [1447, 1585], [274, 1585]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8400058746337891, "polygon": [[1466, 136], [1467, 90], [1414, 90], [1414, 135]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8358907699584961, "polygon": [[1458, 920], [1458, 832], [345, 831], [345, 919]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8157597780227661, "polygon": [[369, 274], [1159, 273], [1159, 221], [368, 222]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.43969446420669556, "polygon": [[1457, 816], [1461, 234], [269, 225], [264, 807]]}]
| 66
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
Tablo 3.8. T7 endonükleaz sırasında kullanılan primer çiftleri
| İleri Primer | CATGAGGATGAGACACGAGAGATG |
| --- | --- |
| Geri Primer | GAGACAATGAAGGAGGGGAGAAG |
Primerler OligoAnalyzer™ Tool ([https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer](https://www.idtdna.com/pages/tools/oligoanalyzer)) kullanılarak tasarlandı ve 40 döngülü qRT-PCR reaksiyonu gerçekleştirilmişdir. Kontrol gRNA için insanda ifade olmayan GFP geni seçilerek hazır temin edilmiştir. PCR ürününün konsantrasyonu 200 ng olacak şekilde, T7 endonükleaz testine tabi tutuldu ve PCR ürünlerini aşağıdaki koşulları kullanarak bir termocycler içinde inkübe edildi (Tablo 3.9.).
Tablo 3.9. Elde edilen DNA'ların saflık ve miktarları, PCR reaksiyonunda kullanılan bileşenler, miktarlar ve reaksiyon koşulları
[TABLE]
| Bileşenler | Reaksiyon hacmi |
| --- | --- |
| Q5 Hot Start High-Fidelity 2X Master Mix (M0494) | 25 ul |
| 10 uM İleri Primer | 2.5 ul |
| 10 uM Geri Primer | 2.5 ul |
| Kalıp DNA | 100 ng |
| Nuclease-free su | 50 ul'ye kadar |
[/TABLE]
PCR için gereken reaksiyon koşulları
[TABLE]
| ADIM | SICAKLIK | ZAMAN |
| --- | --- | --- |
| İlk Denaturasyon | 98°C | 30 saniye |
| 35 döngü | 98°C | 5 saniye |
| | *50-72°C | 10 saniye |
| | 72°C | 20 saniye |
| Son Uzatma | 72°C | 2 dakika |
| Tutma | 4-10°C | |
[/TABLE]
5 ul PCR ürünü, amplifikasyonu doğrulamak için %1.5 agaroz jel üzerinde çalıştırıldı. PCR ürünlerine T7 Endonükleaz I eklendi ve protokle uygun olarak reaksiyon gerçekleştirildi (Tablo 3.10.). Daha sonra 1.5 ul 0.25 M EDTA ekleyerek reaksiyonu durduruldu. Ardından %1, 5'lük jelde yirutulerek indel mutasyonu doğrulandı.
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9432987570762634, "polygon": [[1464, 1006], [1465, 327], [325, 325], [324, 1004]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.9211438894271851, "polygon": [[1487, 1854], [1488, 1058], [297, 1055], [295, 1852]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8479727506637573, "polygon": [[1385, 312], [1385, 224], [316, 223], [316, 311]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8324983716011047, "polygon": [[1467, 136], [1467, 90], [1414, 90], [1414, 135]]}]
| 67
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
Tablo 3.10. T7 Endonükleaz reaksiyon bileşenenleri, T7 Endonükleaz I testi için hibridizasyon koşulları
[TABLE]
| BİLEŞENLER | 19 μl bağlanma reaksiyonu |
|---|---|
| DNA | 200 ng |
| 10X NEBuffer 2 | 2 μl |
| Nükleazsız Su | 19 μl'ye kadar |
[/TABLE]
[TABLE]
| ADIM | SICAKLIK | HIZ | ZAMAN |
|---|---|---|---|
| İlk Denaturasyon | 95°C | | 5 dakika |
| Bağlanma | 95-85°C<br>85-25°C | -2°C/saniye<br>-0.1°C/saniye | |
| Tutma | 4°C | | - |
[/TABLE]
[TABLE]
| Bağlanma PCR ürünlerine T7 endonükleaz I | |
|---|---|
| BİLEŞEN | |
| Tavlı PCR ürünü | 19 μl |
| T7 Endonükleaz I (M0302) | 1 μl |
| İnkübasyon süresi | 15 dakika |
| İnkübasyon Sıcaklığı | 37°C |
[/TABLE]
3.8. Aşıl ile Muamele
Deneylerde SII BCG aşısı (Hindistan Serum Enstitüsü), kullanılmıştır. Aşı, zayıflatılmış bir canlı organizma olan *Mycobacterium bovis'in*, Bacillus of Calmette ve Guérin süslerini içermektedir. Dondurularak kurutulmuş BCG, tam ortam içinde sulandırıldı ve her 0,1 ml sulandırılmış BCG konsantrasyonu, üreticinin belirttiği 2×10⁵ ila 8×10⁵ C.F.U aralığına göre tahmini ortalama 5×10⁵ C.F.U. (C.F.U.) .1x10⁵ HEK293 hücre suspansiyonu (gRNA ekspresyon plazmidi içerir), 24 oyuklu mikro titre plakasına ekilmiştir. Yirmi dört saat sonra hücreler, 72 saat boyunca 20 ul (1.2x10⁴ C.F.U) yeniden yapılandırılmış BCG aşısı ile muamele edilmiştir (225). 72. saatte dayanıklı kalabilen maksimum konsantrasyondaki hücreden FavorPrep™ Tissue RNA Mini Kit yukarıda değinildiği gibi kullanılarak üreticinin protokolüne uygun bir şekilde RNA elde edilmiştir ve ardından BIO-RAD iScript™ cDNA Synthesis Kiti kullanılarak gen ifadesinde kullanılmak üzere cDNA elde edilerek nanodroptta ölçülmüştür.
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9174853563308716, "polygon": [[1470, 1630], [1471, 710], [297, 708], [295, 1629]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8500252962112427, "polygon": [[1467, 136], [1468, 88], [1411, 88], [1411, 136]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8332828879356384, "polygon": [[326, 278], [1054, 278], [1054, 222], [326, 222]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.45616817474365234, "polygon": [[1446, 682], [1446, 277], [257, 276], [257, 681]]}, {"class": "Diğer", "confidence": 0.41901496052742004, "polygon": [[324, 702], [1517, 700], [1516, 283], [323, 285]]}]
| 68
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
[TABLE]
| Hücre Numaraları | Hücre Grupları |
|---|||
| I | Aşılı Normal HEK 293 |
| II | Aşısız Normal HEK 293 |
| III | Aşılı Nakavt TIMELESS HEK 293 |
| IV | Aşısız Nakavt TIMELESS HEK 293 |
[/TABLE]
3.9. qRT-PCR ile Gen İfadesinin Ölçülmesi Ve İstatistik Analiz
Gen ifadesini ölçmek için RT² Profiler PCR Arrays (RT² Profiler™ PCR Array Human Innate & Adaptive Immune Responses) kullanılmıştır (Tablo 3.12.). İçerigi tüpün dibine getirmek için RT2 SYBR® Green Mastermix (10–15 s) kısa süre santrifüjlenmiştir. PCR bileşen karışımını RT² Profiler PCR Array formatına bağlı olarak yükleme rezervuarında hazırlanmıştır (Tablo 3.14.). Aşağıda açıklandığı gibi, RT² Profiler PCR Array formatına bağlı olarak PCR karışımı RT² Profiler PCR Array içine dağıtılmıştır. Bu çalışma verilerin normalizasyonunda kullanılmak üzere 5 adet housekeeping gen (ACTB, B2M, GAPDH, HPRT1 ve RPLP0) içermektedir. qRT-PCR verilerinin normalizasyonu ve istatistiksel analizleri RT² Profiler PCR Array (Qiagen, Katalog Numarası: PAHS-052Z) üreticisinin talimatlara uygun şekilde yapılmıştır. Bu kapsamda verilerin analizi için RT² Profiler PCR Data Analysis (https://dataanalysis2.qiagen.com/pcr) programından yararlanılmıştır. Verilerin analizi üreticinin talimatlari doğrultusunda belirtilen şekilde 2^-delta delta Ct formulasyonu ile gerçekleştirilmiştir.
| 2
|
|
[{"class": "Resim", "confidence": 0.8747724890708923, "polygon": [[1131, 2072], [1140, 218], [219, 213], [209, 2067]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.7331297397613525, "polygon": [[1413, 143], [1413, 90], [1352, 90], [1351, 142]]}]
| 69
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 2
|
[TABLE]
| | 01 | 02 | 03 | 04
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| A | APCS | C3 | CASP1 | CCL2 | CCL5 | CCR4 | CCR5 | CCR6 | CCR8 | CD14 | CD4 | CD40 | | | | | | | |
| B | CD40LG | CD80 | CD86 | CRP | CRP | CXCL10 | CXCR3 | DDX58 | FASLG | FOXP3 | GATA3 | | | | | | | | |
| C | HLA-A | HLA-E | ICAM1 | IFNA1 | IFNAR1 | IFNG | IFNGR1 | IL10 | IL13 | IL17A | | | | | | | | | |
| D | IL1A | IL1B | IL1R1 | IL2 | IL4 | IL5 | IL6 | | | | | | | | | | | | |
| E | ITGAM | JAK2 | LY96 | LYZ | MAPK1 | MAPK8 | MBL2 | MPO | MX1 | CXCL8 | IRAK1 | IRF3 | IRF7 | | | | | | |
| F | NLRP3 | NOD1 | NOD2 | RAG1 | RORC | SLC11A1 | STAT1 | STAT3 | STAT4 | STAT6 | TBX21 | TICAM | | | | | | | |
| G | TLR1 | TLR2 | TLR3 | TLR4 | TLR5 | TLR6 | TLR7 | TLR8 | TLR9 | TNF4 | TRAF4 | TRAF6 | TYK2 | | | | | | |
[/TABLE]
| 2
|
|
[{"class": "Tablo", "confidence": 0.9109554290771484, "polygon": [[282, 927], [1414, 925], [1412, 315], [280, 318]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8434866666793823, "polygon": [[1466, 138], [1467, 88], [1411, 87], [1410, 137]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8425195217132568, "polygon": [[1366, 319], [1366, 231], [313, 230], [313, 318]]}]
| 70
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
[TABLE]
| Reaksiyon Bileşenleri | 96'lı well
|
| 2
|
|
[{"class": "Resim", "confidence": 0.9255927205085754, "polygon": [[1341, 1951], [1345, 1269], [428, 1265], [425, 1947]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8660183548927307, "polygon": [[1463, 135], [1464, 91], [1413, 90], [1413, 134]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8321546316146851, "polygon": [[504, 2039], [1249, 2038], [1249, 1981], [504, 1982]]}, {"class": "Resim/Tablo Açıklaması", "confidence": 0.8251520395278931, "polygon": [[338, 835], [1098, 834], [1098, 788], [338, 788]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.6807213425636292, "polygon": [[1511, 1260], [1511, 1095], [315, 1094], [315, 1259]]}, {"class": "Ekler", "confidence": 0.6744883060455322, "polygon": [[1469, 780], [1473, 211], [316, 201], [311, 771]]}, {"class": "Tablo", "confidence": 0.643603503704071, "polygon": [[1467, 1036], [1468, 836], [310, 835], [309, 1035]]}, {"class": "Metin", "confidence": 0.41390833258628845, "polygon": [[345, 764], [1454, 761], [1452, 219], [344, 221]]}, {"class": "Diğer", "confidence": 0.3767993450164795, "polygon": [[300, 767], [1413, 765], [1412, 213], [299, 215]]}]
| 71
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 2
|
# 4. BULGULAR
## 4.1. TIMELESS Proteininin **in
Silico Yollarla Karakterize Edilmesi, Tahmini Hücre Altı Lokalizasyonunun Belirlenmesi, 3D Protein Yapısı ve Evrimsel İlişkileri
Bu tez çalışması kapsamında TIMELESS proteininin karakterizasyonu ve fizikokimyasal özellikleri araştırılmıştır. Amino asit uzunluğu, moleküler ağırlığı, izolelektirik noktası (pI), kararsızlık indeksi, aliftik indeksi ve GRAVY değeri belirlenmiştir (Tablo 4.1.).
### Tablo 4.1. TIMELESS proteinine ait fizikokimyasal sonuçlar
[TABLE]
| Amino Asit | Moleküler Ağırlık | İzolelektirik Nokta | Kararsızlık indeksi | Kararlı/karasız | Alifatik index | GRAVY |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|
| 1207 | 13.8 kDa | 5.26 | 61.93 | Stabil değil | 89.82 | -0.519 |
[/TABLE]
Genomda 12q13.3 üzerinde yer alan TIMELESS'in Wolf Psort çevrimiçi aracı (https://wolfpsort.hgc.jp/) kullanılarak, öngörülen hücre altı lokalizasyonu belirlenmiş ve çekirdekte lokalize olduğu tahmin edilmiştir (nucl: 31.5, cyto_nucl: 16.5).
### Şekil 4.1. TIMELESS proteinine ait tahmini lokalizasyon
[IMAGE]
Şekil: Hücre altı lokalizasyonu gösteren bir şema. Şekilde hücrenin çeşitli organel ve yapıları (çekirdek, mitokondri, endoplazmik retikulum gibi) belirtilmiştir. TIMELESS proteininin çekirdekte lokalize olduğu tahmin edilmiştir. Şekilde hücrenin yapısı ve organel konumları detaylı olarak gösterilmiştir.
[/IMAGE]
| 2
|
|
[{"class": "Metin", "confidence": 0.9523758292198181, "polygon": [[1466, 1278], [1466, 222], [288, 221], [287, 1278]]}, {"class": "Sayfa Numarası", "confidence": 0.8847964406013489, "polygon": [[1465, 137], [1466, 89], [1413, 88], [1412, 136]]}]
| 72
|
Sirkadiyen ritmin aşı ile edinilen bağışıklık yanıtına etkisinin CRISPR/CAS9 tekniğiyle araştırılması / Investigation of the effect of circadian RHYTHM on vaccine-acquired immune response with CRİSPR/CAS9 technique
|
AYBÜKE OKAY
|
804543
|
Hacettepe Üniversitesi
|
Aşı Çalışmaları Ana Bilim Dalı
|
2023
|
Türkçe
|
Yüksek Lisans
| null |
Sirkadiyen ritimler, gen ekspresyonunun zaman içinde düzenlenmesiyle ortaya çıkan biyolojik süreçlerdir. Bu süreçler, uyku ve uyanıklık döngüsü, hormonal salım, metabolizma ve bağışıklık fonksiyonları gibi birçok biyolojik süreci etkiler. Bu nedenle sirkadiyen ritimler, genlerin düzenli bir şekilde ifade edilmesi ve vücudun uygun bir şekilde düzenlenmesi için önemlidir. Bir sirkadiyen gen olan TIMELESS, hücre döngüsü, DNA hasar yanıtı gibi çeşitli biyolojik süreçlerde de rol oynadığından, geniş bir araştırma alanı oluşturmaktadır. Bu tez çalışması kapsamında, TIMELESS sirkadiyen geninin bağışıklık sistemiyle ilişkisi araştırılmıştır. Bu amaçla, öncelikle in silico yöntemler kullanılarak TIMELESS'ın fizikokimyasal özellikleri, hücre içi lokalizasyonu ve 3 boyutlu protein yapısı incelenmiştir. Ardından filogenetik ağaç ve motif analizi yapılarak TIMELESS'ın evrimsel ilişkileri belirlenmiştir. Daha sonra in silico yollarla TIMELESS'ı hedefleyen 52 miRNA tespit edilmiştir. Bu miRNA'ların kanserle, bağışıklık ve enfeksiyonla ilişkili olduğu biyoinformatik yollarla belirlenmiştir. Ek olarak, CRISPR/Cas9 yöntemi kullanılarak, HEK293 hücrelerinde TIMELESS geni nakavt edilmiş ve BCG aşısı aracılığıyla innate ve adaptif 84 genin ekspresyon düzeyleri incelenmiştir. Edinilen bulgular sonucunda TIMELESS geninin bağışıklık sistemi fonksiyonlarıyla ilişkili olduğu tespit edilmiştir. Bu tez çalışması TIMELESS geni ve diğer sirkadiyen genlerin fonksiyonlarının daha iyi anlaşılması, sağlık ve hastalık üzerindeki sirkadiyen ritimlerin etkilerinin daha iyi araştırılması ve tedavi yaklaşımlarının geliştirilmesine yardımcı olabilir.
|
Circadian rhythms are biological processes that occur through the regulation of gene expression over time. These processes influence many biological processes such as the sleep and wake cycle, hormonal release, metabolism and immune functions. Circadian rhythms are therefore important for the regular expression of genes and the proper regulation of the body. Since TIMELESS, a circadian gene, is also involved in various biological processes such as cell cycle and DNA damage response, it constitutes a broad research area. In this thesis, the relationship between the TIMELESS circadian gene and the immune system was investigated. For this purpose, firstly, the physicochemical properties, subcellular localization and 3D protein structure of TIMELESS were examined using in silico methods. Then, the evolutionary relationships of TIMELESS were determined by phylogenetic tree and motif analysis. Then, 52 miRNAs targeting TIMELESS were identified by in silico methods. These miRNAs were bioinformatically identified to be associated with cancer, immunity and infection. In addition, using the CRISPR/Cas9 method, the TIMELESS gene was knocked out in HEK293 cells and the expression levels of 84 innate and adaptive genes were examined by BCG vaccination. As a result of the findings, it was determined that the TIMELESS gene is associated with immune system functions. This thesis study may help to better understand the functions of the TIMELESS gene and other circadian genes, to better investigate the effects of circadian rhythms on health and disease, and to develop therapeutic approaches.
| 5,509,889
|
2025-08-23T01:29:28.317815
|
https://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=j_Fjwp4JS4mk97Puqti8rrhLQTtuOj0N8ZvIDH5lCONdeDeJ6DzlxJRPL3MqPO_m
| true
| 1
|
İçerdiği yapılara göre TIMELESS proteinine ait 3 boyutlu homim
| 2
|
End of preview. Expand
in Data Studio
README.md exists but content is empty.
- Downloads last month
- 12