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The dataset generation failed
Error code: DatasetGenerationError
Exception: TypeError
Message: Couldn't cast array of type
struct<A: int64, H: int64, I: int64, L: int64, B: int64, C: int64, D: int64, E: int64, F: int64, G: int64, M: int64, P: int64, J: int64, N: int64>
to
{'A': Value('int64'), 'B': Value('int64'), 'C': Value('int64'), 'D': Value('int64'), 'E': Value('int64'), 'H': Value('int64'), 'I': Value('int64'), 'J': Value('int64'), 'L': Value('int64'), 'P': Value('int64'), 'Q': Value('int64'), 'F': Value('int64'), 'G': Value('int64')}
Traceback: Traceback (most recent call last):
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/builder.py", line 1831, in _prepare_split_single
writer.write_table(table)
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/arrow_writer.py", line 714, in write_table
pa_table = table_cast(pa_table, self._schema)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/table.py", line 2272, in table_cast
return cast_table_to_schema(table, schema)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/table.py", line 2224, in cast_table_to_schema
cast_array_to_feature(
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/table.py", line 1795, in wrapper
return pa.chunked_array([func(chunk, *args, **kwargs) for chunk in array.chunks])
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/table.py", line 2002, in cast_array_to_feature
_c(array.field(name) if name in array_fields else null_array, subfeature)
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/table.py", line 1797, in wrapper
return func(array, *args, **kwargs)
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/table.py", line 2092, in cast_array_to_feature
raise TypeError(f"Couldn't cast array of type\n{_short_str(array.type)}\nto\n{_short_str(feature)}")
TypeError: Couldn't cast array of type
struct<A: int64, H: int64, I: int64, L: int64, B: int64, C: int64, D: int64, E: int64, F: int64, G: int64, M: int64, P: int64, J: int64, N: int64>
to
{'A': Value('int64'), 'B': Value('int64'), 'C': Value('int64'), 'D': Value('int64'), 'E': Value('int64'), 'H': Value('int64'), 'I': Value('int64'), 'J': Value('int64'), 'L': Value('int64'), 'P': Value('int64'), 'Q': Value('int64'), 'F': Value('int64'), 'G': Value('int64')}
The above exception was the direct cause of the following exception:
Traceback (most recent call last):
File "/src/services/worker/src/worker/job_runners/config/parquet_and_info.py", line 1334, in compute_config_parquet_and_info_response
parquet_operations, partial, estimated_dataset_info = stream_convert_to_parquet(
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/src/services/worker/src/worker/job_runners/config/parquet_and_info.py", line 911, in stream_convert_to_parquet
builder._prepare_split(
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/builder.py", line 1702, in _prepare_split
for job_id, done, content in self._prepare_split_single(
^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/usr/local/lib/python3.12/site-packages/datasets/builder.py", line 1858, in _prepare_split_single
raise DatasetGenerationError("An error occurred while generating the dataset") from e
datasets.exceptions.DatasetGenerationError: An error occurred while generating the datasetNeed help to make the dataset viewer work? Make sure to review how to configure the dataset viewer, and open a discussion for direct support.
sample_id
string | task
string | input_text
string | target_text
string | meta
dict |
|---|---|---|---|---|
103L_alignment_schema_B1
|
ALIGNMENT_SCHEMA_B1
|
<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_B1>
|
{"task_type": "ALIGNMENT_SCHEMA_B1", "indexing": {"pos_base": 1, "pos_scope": "within_chain"}, "global": {"num_chains": 1}, "chains": [{"chain_id": "A", "length_bin": "100-200", "ss_fraction_bins": {"H": "80-90", "E": "10-20", "C": "0-10"}}]}
|
{
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"chain_ids": [
"A"
],
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"num_chains": 1,
"num_queries": null,
"chains_queried": null
}
|
103L_alignment_schema_B2
|
ALIGNMENT_SCHEMA_B2
|
<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_B2>
|
{"task_type": "ALIGNMENT_SCHEMA_B2", "indexing": {"pos_base": 1, "pos_scope": "within_chain"}, "num_chains": 1, "chain_profile": {"A": {"length_bin": "100-200", "ss_fraction_bins": {"H": "80-90", "E": "10-20", "C": "0-10"}}}}
|
{
"pdb_id": "103L",
"chain_ids": [
"A"
],
"chain_lengths": {
"A": 159,
"B": null,
"C": null,
"D": null,
"E": null,
"H": null,
"I": null,
"J": null,
"L": null,
"P": null,
"Q": null,
"F": null,
"G": null
},
"total_residues": 159,
"num_chains": 1,
"num_queries": null,
"chains_queried": null
}
|
103L_alignment_schema_A1_v1
|
ALIGNMENT_SCHEMA_A1
|
<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_A1>
|
{"task_type": "ALIGNMENT_SCHEMA_A1", "indexing": {"pos_base": 1, "pos_scope": "within_chain"}, "global": {"num_chains": 1}, "chains": [{"chain_id": "A", "length_bin": "100-200", "ss_fraction_bins": {"H": "80-90", "E": "10-20", "C": "0-10"}}], "residue_identity_retrieval": {"q_total_cap": 64, "queries": [{"chain_id": "A", "pos": 2}, {"chain_id": "A", "pos": 6}, {"chain_id": "A", "pos": 7}, {"chain_id": "A", "pos": 8}, {"chain_id": "A", "pos": 9}, {"chain_id": "A", "pos": 11}, {"chain_id": "A", "pos": 12}, {"chain_id": "A", "pos": 13}, {"chain_id": "A", "pos": 16}, {"chain_id": "A", "pos": 23}, {"chain_id": "A", "pos": 24}, {"chain_id": "A", "pos": 25}, {"chain_id": "A", "pos": 27}, {"chain_id": "A", "pos": 29}, {"chain_id": "A", "pos": 30}, {"chain_id": "A", "pos": 34}, {"chain_id": "A", "pos": 36}, {"chain_id": "A", "pos": 38}, {"chain_id": "A", "pos": 40}, {"chain_id": "A", "pos": 41}, {"chain_id": "A", "pos": 45}, {"chain_id": "A", "pos": 46}, {"chain_id": "A", "pos": 47}, {"chain_id": "A", "pos": 49}, {"chain_id": "A", "pos": 51}, {"chain_id": "A", "pos": 56}, {"chain_id": "A", "pos": 57}, {"chain_id": "A", "pos": 58}, {"chain_id": "A", "pos": 59}, {"chain_id": "A", "pos": 60}, {"chain_id": "A", "pos": 63}, {"chain_id": "A", "pos": 69}, {"chain_id": "A", "pos": 71}, {"chain_id": "A", "pos": 72}, {"chain_id": "A", "pos": 74}, {"chain_id": "A", "pos": 78}, {"chain_id": "A", "pos": 80}, {"chain_id": "A", "pos": 81}, {"chain_id": "A", "pos": 85}, {"chain_id": "A", "pos": 87}, {"chain_id": "A", "pos": 88}, {"chain_id": "A", "pos": 91}, {"chain_id": "A", "pos": 94}, {"chain_id": "A", "pos": 99}, {"chain_id": "A", "pos": 104}, {"chain_id": "A", "pos": 107}, {"chain_id": "A", "pos": 108}, {"chain_id": "A", "pos": 109}, {"chain_id": "A", "pos": 110}, {"chain_id": "A", "pos": 112}, {"chain_id": "A", "pos": 115}, {"chain_id": "A", "pos": 118}, {"chain_id": "A", "pos": 126}, {"chain_id": "A", "pos": 130}, {"chain_id": "A", "pos": 134}, {"chain_id": "A", "pos": 137}, {"chain_id": "A", "pos": 140}, {"chain_id": "A", "pos": 146}, {"chain_id": "A", "pos": 149}, {"chain_id": "A", "pos": 150}, {"chain_id": "A", "pos": 152}, {"chain_id": "A", "pos": 153}, {"chain_id": "A", "pos": 157}, {"chain_id": "A", "pos": 158}], "answers": [{"chain_id": "A", "pos": 2, "aa": "N"}, {"chain_id": "A", "pos": 6, "aa": "M"}, {"chain_id": "A", "pos": 7, "aa": "L"}, {"chain_id": "A", "pos": 8, "aa": "R"}, {"chain_id": "A", "pos": 9, "aa": "I"}, {"chain_id": "A", "pos": 11, "aa": "E"}, {"chain_id": "A", "pos": 12, "aa": "G"}, {"chain_id": "A", "pos": 13, "aa": "L"}, {"chain_id": "A", "pos": 16, "aa": "K"}, {"chain_id": "A", "pos": 23, "aa": "G"}, {"chain_id": "A", "pos": 24, "aa": "Y"}, {"chain_id": "A", "pos": 25, "aa": "Y"}, {"chain_id": "A", "pos": 27, "aa": "I"}, {"chain_id": "A", "pos": 29, "aa": "I"}, {"chain_id": "A", "pos": 30, "aa": "G"}, {"chain_id": "A", "pos": 34, "aa": "T"}, {"chain_id": "A", "pos": 36, "aa": "L"}, {"chain_id": "A", "pos": 38, "aa": "A"}, {"chain_id": "A", "pos": 40, "aa": "K"}, {"chain_id": "A", "pos": 41, "aa": "S"}, {"chain_id": "A", "pos": 45, "aa": "K"}, {"chain_id": "A", "pos": 46, "aa": "A"}, {"chain_id": "A", "pos": 47, "aa": "I"}, {"chain_id": "A", "pos": 49, "aa": "R"}, {"chain_id": "A", "pos": 51, "aa": "T"}, {"chain_id": "A", "pos": 56, "aa": "T"}, {"chain_id": "A", "pos": 57, "aa": "K"}, {"chain_id": "A", "pos": 58, "aa": "D"}, {"chain_id": "A", "pos": 59, "aa": "E"}, {"chain_id": "A", "pos": 60, "aa": "A"}, {"chain_id": "A", "pos": 63, "aa": "L"}, {"chain_id": "A", "pos": 69, "aa": "D"}, {"chain_id": "A", "pos": 71, "aa": "A"}, {"chain_id": "A", "pos": 72, "aa": "V"}, {"chain_id": "A", "pos": 74, "aa": "G"}, {"chain_id": "A", "pos": 78, "aa": "N"}, {"chain_id": "A", "pos": 80, "aa": "K"}, {"chain_id": "A", "pos": 81, "aa": "L"}, {"chain_id": "A", "pos": 85, "aa": "Y"}, {"chain_id": "A", "pos": 87, "aa": "S"}, {"chain_id": "A", "pos": 88, "aa": "L"}, {"chain_id": "A", "pos": 91, "aa": "V"}, {"chain_id": "A", "pos": 94, "aa": "A"}, {"chain_id": "A", "pos": 99, "aa": "M"}, {"chain_id": "A", "pos": 104, "aa": "G"}, {"chain_id": "A", "pos": 107, "aa": "G"}, {"chain_id": "A", "pos": 108, "aa": "V"}, {"chain_id": "A", "pos": 109, "aa": "A"}, {"chain_id": "A", "pos": 110, "aa": "G"}, {"chain_id": "A", "pos": 112, "aa": "T"}, {"chain_id": "A", "pos": 115, "aa": "L"}, {"chain_id": "A", "pos": 118, "aa": "L"}, {"chain_id": "A", "pos": 126, "aa": "A"}, {"chain_id": "A", "pos": 130, "aa": "L"}, {"chain_id": "A", "pos": 134, "aa": "R"}, {"chain_id": "A", "pos": 137, "aa": "N"}, {"chain_id": "A", "pos": 140, "aa": "P"}, {"chain_id": "A", "pos": 146, "aa": "V"}, {"chain_id": "A", "pos": 149, "aa": "T"}, {"chain_id": "A", "pos": 150, "aa": "F"}, {"chain_id": "A", "pos": 152, "aa": "T"}, {"chain_id": "A", "pos": 153, "aa": "G"}, {"chain_id": "A", "pos": 157, "aa": "A"}, {"chain_id": "A", "pos": 158, "aa": "Y"}]}}
|
{
"pdb_id": "103L",
"chain_ids": [
"A"
],
"chain_lengths": {
"A": 159,
"B": null,
"C": null,
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},
"total_residues": 159,
"num_chains": 1,
"num_queries": 64,
"chains_queried": [
"A"
]
}
|
103L_alignment_schema_A2_v1
|
ALIGNMENT_SCHEMA_A2
|
<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_A2>
|
{"task_type": "ALIGNMENT_SCHEMA_A2", "indexing": {"pos_base": 1, "pos_scope": "within_chain"}, "residue_identity_stream": {"q_total_cap": 64, "queries": [["A", 2], ["A", 6], ["A", 7], ["A", 8], ["A", 9], ["A", 11], ["A", 12], ["A", 13], ["A", 16], ["A", 23], ["A", 24], ["A", 25], ["A", 27], ["A", 29], ["A", 30], ["A", 34], ["A", 36], ["A", 38], ["A", 40], ["A", 41], ["A", 45], ["A", 46], ["A", 47], ["A", 49], ["A", 51], ["A", 56], ["A", 57], ["A", 58], ["A", 59], ["A", 60], ["A", 63], ["A", 69], ["A", 71], ["A", 72], ["A", 74], ["A", 78], ["A", 80], ["A", 81], ["A", 85], ["A", 87], ["A", 88], ["A", 91], ["A", 94], ["A", 99], ["A", 104], ["A", 107], ["A", 108], ["A", 109], ["A", 110], ["A", 112], ["A", 115], ["A", 118], ["A", 126], ["A", 130], ["A", 134], ["A", 137], ["A", 140], ["A", 146], ["A", 149], ["A", 150], ["A", 152], ["A", 153], ["A", 157], ["A", 158]], "answers": [["A", 2, "N"], ["A", 6, "M"], ["A", 7, "L"], ["A", 8, "R"], ["A", 9, "I"], ["A", 11, "E"], ["A", 12, "G"], ["A", 13, "L"], ["A", 16, "K"], ["A", 23, "G"], ["A", 24, "Y"], ["A", 25, "Y"], ["A", 27, "I"], ["A", 29, "I"], ["A", 30, "G"], ["A", 34, "T"], ["A", 36, "L"], ["A", 38, "A"], ["A", 40, "K"], ["A", 41, "S"], ["A", 45, "K"], ["A", 46, "A"], ["A", 47, "I"], ["A", 49, "R"], ["A", 51, "T"], ["A", 56, "T"], ["A", 57, "K"], ["A", 58, "D"], ["A", 59, "E"], ["A", 60, "A"], ["A", 63, "L"], ["A", 69, "D"], ["A", 71, "A"], ["A", 72, "V"], ["A", 74, "G"], ["A", 78, "N"], ["A", 80, "K"], ["A", 81, "L"], ["A", 85, "Y"], ["A", 87, "S"], ["A", 88, "L"], ["A", 91, "V"], ["A", 94, "A"], ["A", 99, "M"], ["A", 104, "G"], ["A", 107, "G"], ["A", 108, "V"], ["A", 109, "A"], ["A", 110, "G"], ["A", 112, "T"], ["A", 115, "L"], ["A", 118, "L"], ["A", 126, "A"], ["A", 130, "L"], ["A", 134, "R"], ["A", 137, "N"], ["A", 140, "P"], ["A", 146, "V"], ["A", 149, "T"], ["A", 150, "F"], ["A", 152, "T"], ["A", 153, "G"], ["A", 157, "A"], ["A", 158, "Y"]]}, "structure_stats": {"num_chains": 1, "chain_bins": {"A": {"length_bin": "100-200", "ss_fraction_bins": {"H": "80-90", "E": "10-20", "C": "0-10"}}}}}
|
{
"pdb_id": "103L",
"chain_ids": [
"A"
],
"chain_lengths": {
"A": 159,
"B": null,
"C": null,
"D": null,
"E": null,
"H": null,
"I": null,
"J": null,
"L": null,
"P": null,
"Q": null,
"F": null,
"G": null
},
"total_residues": 159,
"num_chains": 1,
"num_queries": 64,
"chains_queried": [
"A"
]
}
|
103L_alignment_schema_A1_v2
|
ALIGNMENT_SCHEMA_A1
|
<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_A1>
|
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103L_alignment_schema_A1_v5
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ALIGNMENT_SCHEMA_A1
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106M_alignment_schema_B1
|
ALIGNMENT_SCHEMA_B1
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106M_alignment_schema_B2
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ALIGNMENT_SCHEMA_B2
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<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_B2>
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106M_alignment_schema_A1_v1
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ALIGNMENT_SCHEMA_A1
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106M_alignment_schema_A2_v1
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ALIGNMENT_SCHEMA_A2
|
<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_A2>
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106M_alignment_schema_A1_v3
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ALIGNMENT_SCHEMA_A1
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106M_alignment_schema_A1_v4
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ALIGNMENT_SCHEMA_A1
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111L_alignment_schema_B1
|
ALIGNMENT_SCHEMA_B1
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111L_alignment_schema_B2
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ALIGNMENT_SCHEMA_B2
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<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_B2>
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111L_alignment_schema_A1_v1
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ALIGNMENT_SCHEMA_A1
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111L_alignment_schema_A1_v2
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ALIGNMENT_SCHEMA_A1
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<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_A1>
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ALIGNMENT_SCHEMA_A2
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111L_alignment_schema_A1_v4
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ALIGNMENT_SCHEMA_A1
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114L_alignment_schema_B1
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ALIGNMENT_SCHEMA_B1
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114L_alignment_schema_B2
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ALIGNMENT_SCHEMA_B2
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114L_alignment_schema_A2_v1
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ALIGNMENT_SCHEMA_A2
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<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_A2>
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|
{
"pdb_id": "114L",
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"chain_lengths": {
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|
114L_alignment_schema_A1_v2
|
ALIGNMENT_SCHEMA_A1
|
<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_A1>
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114L_alignment_schema_A1_v5
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ALIGNMENT_SCHEMA_A1
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114L_alignment_schema_A2_v5
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ALIGNMENT_SCHEMA_A2
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102M_alignment_schema_B1
|
ALIGNMENT_SCHEMA_B1
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<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_B1>
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102M_alignment_schema_B2
|
ALIGNMENT_SCHEMA_B2
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<TASK=ALIGNMENT_SCHEMA_B2>
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