Fix CRLF and add usage notes at top of species_to_morphogroups.csv

species_to_morphogroups.csv

@@ -1,182 +1,189 @@
-Genus,species,Group 1,Group 2,Group 3
-Andrena,aeneiventris,gpe hedikae,,
-Andrena,afrensis,gpe agilissima,,
-Andrena,afzeliella,gpe wilkella-argentata,,
-Andrena,agilissima,gpe agilissima,,
-Andrena,albopunctata,albopunctata,,
-Andrena,alfkenella,gpe minutula,,
-Andrena,allosa,gpe angustior,,
-Andrena,alutacea,gpe proxima,,
-Andrena,amieti,gpe angustior,,
-Andrena,ampla,gpe proxima,,
-Andrena,angustior,gpe angustior,,
-Andrena,anthrisci,gpe minutula,,
-Andrena,antigana,gpe nigropilosa,gpe trimmerana,
-Andrena,antonellae,gpe wilkella,,
-Andrena,apicata,gpe praecox,,
-Andrena,argentata,gpe argentata,,
-Andrena,asperrima,gpe agilissima,,
-Andrena,assimilis,gpe thoracica,,
-Andrena,avara,gpe minutula,,
-Andrena,barbareae,gpe cineraria,,
-Andrena,barbilabris,gpe barbilabris,,
-Andrena,batava,gpe praecox,,
-Andrena,bicolor,gpe angustior,,
-Andrena,bicolorata,gpe thoracica,,
-Andrena,bimaculata,gpe praecox,gpe scotica,gpe trimmerana
-Andrena,binominata,binominata,,
-Andrena,brumanensis,gpe schencki,gpe argentata,
-Andrena,bucephala,gpe ruficrus,,
-Andrena,chrysopus,chrysopus,,
-Andrena,chrysopyga,gpe flavipes,,
-Andrena,chrysosceles,gpe wilkella,,
-Andrena,cineraria,gpe cineraria,,
-Andrena,cinerea,gpe humilis,,
-Andrena,clarkella,clarkella,,
-Andrena,clypella,gpe humilis,,
-Andrena,coitana,gpe minutula,,
-Andrena,colletiformis,gpe colletiformis,,
-Andrena,combinata,gpe argentata,,
-Andrena,confinis,gpe wilkella-argentata,,
-Andrena,congruens,gpe wilkella-argentata,,
-Andrena,curvungula,gpe curvungula,,
-Andrena,decipiens,gpe flavipes,,
-Andrena,denticulata,denticulata,,
-Andrena,distinguenda,gpe minutula,,
-Andrena,djelfensis,gpe minutula,,
-Andrena,dorsata,gpe wilkella-argentata,,
-Andrena,fabrella,gpe minutula,,
-Andrena,falsifica,gpe minutula,,
-Andrena,farinosa,farinosa,,
-Andrena,ferox,gpe ruficrus,,
-Andrena,ferrugineicrus,ferrugineicrus,,
-Andrena,flavilabris,gpe flavipes,,
-Andrena,flavipes,gpe flavipes,,
-Andrena,florea,gpe labiata,,
-Andrena,florentina,florentina,,
-Andrena,floricola,gpe minutula,,
-Andrena,florivaga,gpe wilkella,,
-Andrena,freygessneri,gpe fuscipes,,
-Andrena,fucata,gpe nigropilosa,,
-Andrena,fulva,fulva,,
-Andrena,fulvago,gpe fulvago,,
-Andrena,fulvata,gpe angustior,,
-Andrena,fulvicornis,gpe minutula,,
-Andrena,fulvida,gpe angustior,,
-Andrena,fuscipes,gpe fuscipes,,
-Andrena,fuscosa,fuscosa,gpe pilipes,
-Andrena,gelriae,gpe wilkella,,
-Andrena,granulosa,gpe angustior,,
-Andrena,gravida,gpe flavipes,,
-Andrena,gredana,gpe wilkella,,
-Andrena,griseobalteata,gpe wilkella,,
-Andrena,haemorrhoa,haemorrhoa,,
-Andrena,hattorfiana,hattorfiana,,
-Andrena,hedikae,gpe hedikae,,
-Andrena,helvola,gpe helvola,,
-Andrena,hesperia,gpe fulvago,,
-Andrena,humilis,gpe humilis,,
-Andrena,hypopolia,gpe wilkella-argentata,,
-Andrena,hystrix,hystrix,,
-Andrena,impunctata,gpe minutula,,
-Andrena,intermedia,gpe wilkella,,
-Andrena,labialis,gpe argentata,,
-Andrena,labiata,gpe labiata,,
-Andrena,lagopus,lagopus,,
-Andrena,lapponica,gpe helvola,,
-Andrena,lathyri,gpe wilkella,,
-Andrena,lavandulae,gpe angustior,,
-Andrena,lepida,gpe wilkella-argentata,,
-Andrena,leptopyga,gpe barbilabris,,
-Andrena,leucolippa,leucolippa,,
-Andrena,limata,gpe thoracica,,
-Andrena,limbata,limbata,,
-Andrena,livens,gpe humilis,,
-Andrena,marginata,marginata,,
-Andrena,miegiella,gpe colletiformis,,
-Andrena,minutula,gpe minutula,,
-Andrena,minutuloides,gpe minutula,,
-Andrena,mitis,gpe helvola,,
-Andrena,montana,montana,,
-Andrena,morio,morio,,
-Andrena,mucida,gpe minutula,,
-Andrena,nana,gpe minutula,,
-Andrena,nanula,gpe minutula,,
-Andrena,nigriceps,gpe fuscipes,,
-Andrena,nigroaenea,gpe praecox,,
-Andrena,nigroolivacea,nigroolivacea,,
-Andrena,nigropilosa,gpe nigropilosa,,
-Andrena,nigrospina,gpe pilipes,,
-Andrena,nitida,nitida,,
-Andrena,nitidiuscula,gpe minutula,,
-Andrena,nitidula,gpe minutula,,
-Andrena,niveata,gpe minutula,,
-Andrena,nuptialis,gpe scotica,,
-Andrena,nycthemera,nycthemera,,
-Andrena,orbitalis,gpe fulvago,,
-Andrena,ovata,gpe wilkella,,
-Andrena,ovatula,gpe wilkella-argentata,,
-Andrena,oviventris,gpe curvungula,,
-Andrena,pallitarsis,gpe wilkella,,
-Andrena,pandellei,gpe curvungula,,
-Andrena,panurgina,panurgina,,
-Andrena,parviceps,gpe scotica,gpe trimmerana,
-Andrena,paucisquama,paucisquama,,
-Andrena,pauxilla,gpe minutula,,
-Andrena,pellucens,pellucens,,
-Andrena,pilipes,gpe pilipes,,
-Andrena,polita,gpe fulvago,,
-Andrena,potentillae,gpe labiata,,
-Andrena,praecox,gpe praecox,,
-Andrena,propinqua,gpe argentata,,
-Andrena,proxima,gpe proxima,,
-Andrena,puella,gpe minutula,,
-Andrena,pusilla,gpe minutula,,
-Andrena,ranunculi,gpe minutula,,
-Andrena,ranunculorum,ranunculorum,,
-Andrena,rhenana,gpe humilis,,
-Andrena,rogenhoferi,rogenhoferi,,
-Andrena,rosae,gpe labiata,,
-Andrena,ruficrus,gpe ruficrus,,
-Andrena,rufizona,rufizona,,
-Andrena,rufula,gpe angustior,,
-Andrena,rugulosa,gpe minutula,,
-Andrena,russula,gpe wilkella,,
-Andrena,sardoa,sardoa,,
-Andrena,savignyi,gpe savignyi,,
-Andrena,saxonica,gpe minutula,,
-Andrena,schencki,gpe schencki,,
-Andrena,scotica,gpe scotica,,
-Andrena,semilaevis,gpe minutula,,
-Andrena,senecionis,gpe humilis,,
-Andrena,sericata,sericata,,
-Andrena,simillima,gpe fuscipes,,
-Andrena,simontornyella,gpe minutula,,
-Andrena,solenopalpa,solenopalpa,,
-Andrena,spreta,gpe minutula,,
-Andrena,stabiana,gpe humilis,,
-Andrena,strohmella,gpe minutula,,
-Andrena,subopaca,gpe minutula,,
-Andrena,suerinensis,gpe praecox,,
-Andrena,symphyti,symphyti,,
-Andrena,synadelpha,gpe scotica,,
-Andrena,tarsata,tarsata,,
-Andrena,tenuistriata,gpe minutula,,
-Andrena,thomsonii,gpe proxima,,
-Andrena,thoracica,gpe thoracica,,
-Andrena,tibialis,tibialis,,
-Andrena,trimmerana,gpe scotica,gpe trimmerana,
-Andrena,truncatilabris,gpe nigropilosa,,
-Andrena,tscheki,gpe fuscipes,,
-Andrena,vaga,vaga,,
-Andrena,variabilis,gpe flavipes,gpe savignyi,
-Andrena,varians,gpe helvola,,
-Andrena,ventralis,ventralis,,
-Andrena,ventricosa,gpe minutula,,
-Andrena,verticalis,gpe minutula,,
-Andrena,vetula,vetula,,
-Andrena,villipes,gpe helvola,,
-Andrena,viridescens,viridescens,,
-Andrena,vocifera,gpe wilkella,,
-Andrena,vulpecula,gpe angustior,,
-Andrena,wilkella,gpe wilkella,,
+Notes: 
+- Supporte un nombre indéterminé de groupes; 
+- les noms des groupes doivent matcher exactement avec les lignes du classmapping; 
+- La concaténation Genus + espace + species doit matcher exactement avec le label d'une option de la métadonnée species dans le protocole Cigale en question
+- Toute ligne ne matchant pas comme spécifié précédemment est ignorée
+- Le script utilisant ce fichier est à https://github.com/cigaleapp/cigale/blob/main/scripts/add-metadata-from-xper3.ts, chercher une ligne de code mentionnant le nom de ce fichier 
+
+Genus,species,Group 1,Group 2,Group 3
+Andrena,aeneiventris,gpe hedikae,,
+Andrena,afrensis,gpe agilissima,,
+Andrena,afzeliella,gpe wilkella-argentata,,
+Andrena,agilissima,gpe agilissima,,
+Andrena,albopunctata,albopunctata,,
+Andrena,alfkenella,gpe minutula,,
+Andrena,allosa,gpe angustior,,
+Andrena,alutacea,gpe proxima,,
+Andrena,amieti,gpe angustior,,
+Andrena,ampla,gpe proxima,,
+Andrena,angustior,gpe angustior,,
+Andrena,anthrisci,gpe minutula,,
+Andrena,antigana,gpe nigropilosa,gpe trimmerana,
+Andrena,antonellae,gpe wilkella,,
+Andrena,apicata,gpe praecox,,
+Andrena,argentata,gpe argentata,,
+Andrena,asperrima,gpe agilissima,,
+Andrena,assimilis,gpe thoracica,,
+Andrena,avara,gpe minutula,,
+Andrena,barbareae,gpe cineraria,,
+Andrena,barbilabris,gpe barbilabris,,
+Andrena,batava,gpe praecox,,
+Andrena,bicolor,gpe angustior,,
+Andrena,bicolorata,gpe thoracica,,
+Andrena,bimaculata,gpe praecox,gpe scotica,gpe trimmerana
+Andrena,binominata,binominata,,
+Andrena,brumanensis,gpe schencki,gpe argentata,
+Andrena,bucephala,gpe ruficrus,,
+Andrena,chrysopus,chrysopus,,
+Andrena,chrysopyga,gpe flavipes,,
+Andrena,chrysosceles,gpe wilkella,,
+Andrena,cineraria,gpe cineraria,,
+Andrena,cinerea,gpe humilis,,
+Andrena,clarkella,clarkella,,
+Andrena,clypella,gpe humilis,,
+Andrena,coitana,gpe minutula,,
+Andrena,colletiformis,gpe colletiformis,,
+Andrena,combinata,gpe argentata,,
+Andrena,confinis,gpe wilkella-argentata,,
+Andrena,congruens,gpe wilkella-argentata,,
+Andrena,curvungula,gpe curvungula,,
+Andrena,decipiens,gpe flavipes,,
+Andrena,denticulata,denticulata,,
+Andrena,distinguenda,gpe minutula,,
+Andrena,djelfensis,gpe minutula,,
+Andrena,dorsata,gpe wilkella-argentata,,
+Andrena,fabrella,gpe minutula,,
+Andrena,falsifica,gpe minutula,,
+Andrena,farinosa,farinosa,,
+Andrena,ferox,gpe ruficrus,,
+Andrena,ferrugineicrus,ferrugineicrus,,
+Andrena,flavilabris,gpe flavipes,,
+Andrena,flavipes,gpe flavipes,,
+Andrena,florea,gpe labiata,,
+Andrena,florentina,florentina,,
+Andrena,floricola,gpe minutula,,
+Andrena,florivaga,gpe wilkella,,
+Andrena,freygessneri,gpe fuscipes,,
+Andrena,fucata,gpe nigropilosa,,
+Andrena,fulva,fulva,,
+Andrena,fulvago,gpe fulvago,,
+Andrena,fulvata,gpe angustior,,
+Andrena,fulvicornis,gpe minutula,,
+Andrena,fulvida,gpe angustior,,
+Andrena,fuscipes,gpe fuscipes,,
+Andrena,fuscosa,fuscosa,gpe pilipes,
+Andrena,gelriae,gpe wilkella,,
+Andrena,granulosa,gpe angustior,,
+Andrena,gravida,gpe flavipes,,
+Andrena,gredana,gpe wilkella,,
+Andrena,griseobalteata,gpe wilkella,,
+Andrena,haemorrhoa,haemorrhoa,,
+Andrena,hattorfiana,hattorfiana,,
+Andrena,hedikae,gpe hedikae,,
+Andrena,helvola,gpe helvola,,
+Andrena,hesperia,gpe fulvago,,
+Andrena,humilis,gpe humilis,,
+Andrena,hypopolia,gpe wilkella-argentata,,
+Andrena,hystrix,hystrix,,
+Andrena,impunctata,gpe minutula,,
+Andrena,intermedia,gpe wilkella,,
+Andrena,labialis,gpe argentata,,
+Andrena,labiata,gpe labiata,,
+Andrena,lagopus,lagopus,,
+Andrena,lapponica,gpe helvola,,
+Andrena,lathyri,gpe wilkella,,
+Andrena,lavandulae,gpe angustior,,
+Andrena,lepida,gpe wilkella-argentata,,
+Andrena,leptopyga,gpe barbilabris,,
+Andrena,leucolippa,leucolippa,,
+Andrena,limata,gpe thoracica,,
+Andrena,limbata,limbata,,
+Andrena,livens,gpe humilis,,
+Andrena,marginata,marginata,,
+Andrena,miegiella,gpe colletiformis,,
+Andrena,minutula,gpe minutula,,
+Andrena,minutuloides,gpe minutula,,
+Andrena,mitis,gpe helvola,,
+Andrena,montana,montana,,
+Andrena,morio,morio,,
+Andrena,mucida,gpe minutula,,
+Andrena,nana,gpe minutula,,
+Andrena,nanula,gpe minutula,,
+Andrena,nigriceps,gpe fuscipes,,
+Andrena,nigroaenea,gpe praecox,,
+Andrena,nigroolivacea,nigroolivacea,,
+Andrena,nigropilosa,gpe nigropilosa,,
+Andrena,nigrospina,gpe pilipes,,
+Andrena,nitida,nitida,,
+Andrena,nitidiuscula,gpe minutula,,
+Andrena,nitidula,gpe minutula,,
+Andrena,niveata,gpe minutula,,
+Andrena,nuptialis,gpe scotica,,
+Andrena,nycthemera,nycthemera,,
+Andrena,orbitalis,gpe fulvago,,
+Andrena,ovata,gpe wilkella,,
+Andrena,ovatula,gpe wilkella-argentata,,
+Andrena,oviventris,gpe curvungula,,
+Andrena,pallitarsis,gpe wilkella,,
+Andrena,pandellei,gpe curvungula,,
+Andrena,panurgina,panurgina,,
+Andrena,parviceps,gpe scotica,gpe trimmerana,
+Andrena,paucisquama,paucisquama,,
+Andrena,pauxilla,gpe minutula,,
+Andrena,pellucens,pellucens,,
+Andrena,pilipes,gpe pilipes,,
+Andrena,polita,gpe fulvago,,
+Andrena,potentillae,gpe labiata,,
+Andrena,praecox,gpe praecox,,
+Andrena,propinqua,gpe argentata,,
+Andrena,proxima,gpe proxima,,
+Andrena,puella,gpe minutula,,
+Andrena,pusilla,gpe minutula,,
+Andrena,ranunculi,gpe minutula,,
+Andrena,ranunculorum,ranunculorum,,
+Andrena,rhenana,gpe humilis,,
+Andrena,rogenhoferi,rogenhoferi,,
+Andrena,rosae,gpe labiata,,
+Andrena,ruficrus,gpe ruficrus,,
+Andrena,rufizona,rufizona,,
+Andrena,rufula,gpe angustior,,
+Andrena,rugulosa,gpe minutula,,
+Andrena,russula,gpe wilkella,,
+Andrena,sardoa,sardoa,,
+Andrena,savignyi,gpe savignyi,,
+Andrena,saxonica,gpe minutula,,
+Andrena,schencki,gpe schencki,,
+Andrena,scotica,gpe scotica,,
+Andrena,semilaevis,gpe minutula,,
+Andrena,senecionis,gpe humilis,,
+Andrena,sericata,sericata,,
+Andrena,simillima,gpe fuscipes,,
+Andrena,simontornyella,gpe minutula,,
+Andrena,solenopalpa,solenopalpa,,
+Andrena,spreta,gpe minutula,,
+Andrena,stabiana,gpe humilis,,
+Andrena,strohmella,gpe minutula,,
+Andrena,subopaca,gpe minutula,,
+Andrena,suerinensis,gpe praecox,,
+Andrena,symphyti,symphyti,,
+Andrena,synadelpha,gpe scotica,,
+Andrena,tarsata,tarsata,,
+Andrena,tenuistriata,gpe minutula,,
+Andrena,thomsonii,gpe proxima,,
+Andrena,thoracica,gpe thoracica,,
+Andrena,tibialis,tibialis,,
+Andrena,trimmerana,gpe scotica,gpe trimmerana,
+Andrena,truncatilabris,gpe nigropilosa,,
+Andrena,tscheki,gpe fuscipes,,
+Andrena,vaga,vaga,,
+Andrena,variabilis,gpe flavipes,gpe savignyi,
+Andrena,varians,gpe helvola,,
+Andrena,ventralis,ventralis,,
+Andrena,ventricosa,gpe minutula,,
+Andrena,verticalis,gpe minutula,,
+Andrena,vetula,vetula,,
+Andrena,villipes,gpe helvola,,
+Andrena,viridescens,viridescens,,
+Andrena,vocifera,gpe wilkella,,
+Andrena,vulpecula,gpe angustior,,
+Andrena,wilkella,gpe wilkella,,