medoxide-bounti : poids de BOUNTI convertis pour Burn
Ces fichiers sont les poids de BOUNTI (segmentation du cerveau fœtal en 19 tissus à partir d'une reconstruction 3D T2) et du réseau d'extraction du cerveau de sa chaîne, convertis au format burnpack pour Burn, afin d'être utilisés par la commande medx bounti de medoxide sans Docker ni PyTorch.
Ce sont les poids des auteurs, sans réentraînement ni ajustement : seul le format change (export ONNX puis conversion, en float32). Le travail est celui de l'équipe de Maria Deprez, Alena Uus et collaborateurs (King's College London) : merci de les citer.
Origine
- Poids extraits de l'image Docker
fetalsvrtk/svrtk:general_auto_arm(dossier/home/auto-proc-svrtk/trained_models/), qui contient les points de contrôle MONAI de BOUNTI. - Dépôt des auteurs : https://github.com/SVRTK/auto-proc-svrtk (scripts d'inférence officiels) ; images : https://hub.docker.com/r/fetalsvrtk/svrtk.
- Publication : Uus, A. U., Kyriakopoulou, V., Makropoulos, A., et al. BOUNTI: Brain vOlumetry and aUtomated parcellatioN for 3D feTal MRI. bioRxiv 2023, doi:10.1101/2023.04.18.537347.
- Table des 19 étiquettes (noms, couleurs) : atlas fœtal de KCL, https://gin.g-node.org/kcl_cdb/fetal_brain_mri_atlas (CC0).
Licence
GNU General Public License v3.0 : la licence des scripts et du code de auto-proc-svrtk, dont l'image Docker est issue (texte : LICENSE de ce dépôt amont, https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html). Le dépôt amont ne mentionne pas les poids séparément ; ces fichiers sont publiés sous la licence de la distribution dont ils proviennent.
Ils sont une version modifiée (convertie de format) des poids d'origine. Le code qui les utilise (medoxide) est sous licence MIT ; les poids, eux, restent sous GPL v3 et ne sont pas inclus dans le dépôt de code. Le texte de la licence est dans le fichier LICENSE de ce dépôt (copie de celui de auto-proc-svrtk).
Fichiers
| Fichier | Réseau | Paramètres | Taille | SHA-256 |
|---|---|---|---|---|
bet/bet_64.bpk |
Attention U-Net 3D, extraction du cerveau (2 sorties, canaux 32 à 512) | 23,6 M | 94,5 Mo | 3b288ec287cfa42518f6cd5023d23e7cd5387f06175d769038b73781e0d31fe6 |
unet/unet_64.bpk |
U-Net 3D, 19 tissus + fond (20 sorties, canaux 32 à 512) | 9,83 M | 39,3 Mo | 6ac7d9b793c68e307d89d793a7b1ff66916c631d9524b0157c7f0a25f2ac6ae8 |
attunet/attunet_64.bpk |
Attention U-Net 3D, 19 tissus + fond (canaux 16 à 256) | 5,91 M | 23,6 Mo | a3c9a4c5ed67997d3ce9b283e309818030f82c3e38cfe160f0351f69e45774fa |
(_64 : taille du cube factice de l'export ONNX ; les réseaux sont indépendants de la taille spatiale.)
Conversion et validation
Points de contrôle PyTorch/MONAI → export ONNX (opset 17) → onnx2burn (burn-onnx 0.22.0-pre.4) → burnpack. La procédure complète est le script scripts/bounti_poids.sh de medoxide.
- Réseaux : écart relatif maximal des logits contre PyTorch (float32) de 6,2e-7 à 2,7e-6 sur des volumes réels de 64³ à 256³, avec 100 % d'étiquettes identiques (seuil fixé à 1e-5).
- Chaîne complète contre la chaîne officielle (script Python des auteurs et commandes MIRTK), sur trois reconstructions : coefficient de Dice d'au moins 0,9935 sur chacune des 19 étiquettes, accord de voxels de 99,998 à 100 %.
- Détails, critères et écarts :
docs/BOUNTI.mdde medoxide.
Utilisation
# télécharger les trois fichiers (en gardant les sous-dossiers bet/, unet/, attunet/) dans un dossier,
# par exemple ~/.cache/medoxide/bounti, cherché par défaut ;
# vérifier les sommes de contrôle avec : shasum -a 256 bet/bet_64.bpk unet/unet_64.bpk attunet/attunet_64.bpk
medx bounti --input reconstruction.nii.gz --output segmentation.nii.gz --weights <dossier>
Citation
@article{uus2023bounti,
title={BOUNTI: Brain vOlumetry and aUtomated parcellatioN for 3D feTal MRI},
author={Uus, Alena U. and Kyriakopoulou, Vanessa and Makropoulos, Antonios and others},
journal={bioRxiv},
year={2023},
doi={10.1101/2023.04.18.537347}
}
Merci aussi de citer le logiciel et les images Docker SVRTK (https://github.com/SVRTK/auto-proc-svrtk).
Usage et limites
Outil destiné à la recherche, pas à un usage médical ou diagnostique, fourni sans garantie (mêmes réserves que les auteurs : en aucun cas les auteurs ou distributeurs ne sont responsables des dommages liés à son usage).