src/bce/website/VISUALIZATION_GUIDE.md

可视化功能使用指南

🎯 问题修复说明

经过修复，网站的可视化功能现在已经完全正常工作：

✅ 修复的问题

• Surface模式显示问题：现在可以正确显示分子表面
• Sphere球形区域显示问题：现在可以正确显示球形预测区域
• 颜色渐变问题：Surface模式下的概率渐变色现在正常工作

🖥️ 使用方法

1. 启动服务器

cd src/bce/website
conda activate ReCEP
python run_server.py --host 0.0.0.0 --port 8001

2. 访问网站

打开浏览器，访问：http://localhost:8001

3. 预测设置

• 输入PDB ID（例如：5I9Q）
• 选择链ID（例如：A）
• 点击"Predict Epitopes"

4. 查看结果 - 可视化选项

🎨 Display Mode（显示模式）

• Predicted Epitopes：高亮显示预测的epitope残基
• Probability Gradient：按预测概率显示渐变色
• Top-k Regions：显示top-k预测区域，每个区域不同颜色

🧬 Representation（表示方式）

• Cartoon：蛋白质二级结构表示
• Surface：✅ 分子表面（已修复）
• Stick：原子棒状表示
• Sphere：空间填充模型

🔮 Show Spherical Regions

• 勾选此选项可显示球形预测区域
• ✅ 球形区域显示功能已完全修复
• 每个区域用不同颜色的透明球体表示

📊 修复后的功能特点

Surface模式

• 🎯 正确渲染：分子表面现在能正确显示
• 🌈 颜色支持：支持所有显示模式的颜色映射
• 📈 概率渐变：在Probability Gradient模式下显示平滑的颜色过渡
• 🎨 区域着色：在Top-k Regions模式下每个区域有不同颜色

Sphere球形区域

• 🔍 精确定位：球形区域精确对应预测的中心残基
• 📏 准确半径：使用实际预测半径（默认19.0 Å）
• 🎨 颜色区分：每个区域使用不同颜色便于区分
• 👁️ 透明度：适当的透明度设置不会遮挡蛋白质结构

🧪 测试验证

所有功能都通过了自动化测试：

• ✅ 数据结构完整性检查
• ✅ Surface模式兼容性验证
• ✅ Sphere显示数据准备验证
• ✅ 颜色渐变范围检查

🎮 交互操作

鼠标控制

• 左键拖拽：旋转视角
• 滚轮：缩放
• 右键拖拽：平移

控制按钮

• Update Visualization：应用新的可视化设置
• Reset View：重置视角到初始状态
• Save Image：保存当前视图为PNG图片

🔧 技术实现

后端修复

• 在prepare_visualization_data函数中添加了radius信息
• 确保top_k_regions包含所有必要的字段

前端修复

• 修复了3Dmol.js的surface渲染逻辑
• 实现了完整的sphere显示功能
• 改进了不同模式下的颜色处理

📋 使用建议

1. 最佳体验：推荐使用Chrome或Firefox浏览器
2. 性能优化：对于大型蛋白质，建议先使用Cartoon模式查看整体结构
3. Surface模式：适合查看epitope的表面可及性
4. Sphere模式：适合理解预测区域的空间分布
5. 组合使用：可以同时开启Surface和Sphere模式获得最佳视觉效果

🎯 预期效果

修复后，您应该能够：

• 🔍 在Surface模式下看到完整的分子表面
• 🌈 在Probability Gradient模式下看到平滑的颜色过渡
• 🔮 在勾选"Show Spherical Regions"后看到透明的球形区域
• 🎨 在Top-k Regions模式下看到不同颜色的区域高亮

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