README.md

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title: Primer Design Tool
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sdk: docker
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license: apache-2.0
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# qPCR引物设计工具

一个基于Web的qPCR引物设计工具，可以根据基因名称和物种自动设计跨越外显子交界点的引物序列。

## 功能特点

- 🧬 支持多种模式生物（人类、小鼠、大鼠、果蝇、线虫、斑马鱼）
- 🎯 自动设计跨越外显子交界点的引物，避免基因组DNA扩增
- 📊 提供详细的引物信息（Tm值、产物长度、序列等）
- 💻 现代化的Web界面，支持移动端
- ⚡ 基于NCBI数据库的实时查询
- 📋 **批量处理功能** - 支持一次性处理多个基因
- 📥 **多格式导出** - 支持Excel、CSV、JSON格式导出

## 新增功能

### 批量处理
- 支持多种输入格式：每行一个基因、逗号分隔、空格分隔
- 实时进度显示
- 批量结果统计和汇总
- 失败基因的详细错误信息

### 导出功能
- **Excel格式**: 完整的表格数据，包含所有引物信息
- **CSV格式**: 兼容各种数据分析软件
- **JSON格式**: 程序化处理的结构化数据
- 自动生成带时间戳的文件名

## 安装和运行

### 1. 安装依赖

```bash
pip install -r requirements.txt
```

### 2. 运行应用

```bash
python app.py
```

### 3. 访问网页

打开浏览器访问：http://localhost:5000

## 使用方法

### 单个基因设计
1. 选择"单个基因"标签
2. 输入基因名称（如：GAPDH, Gpr34）
3. 选择目标物种
4. 点击"设计引物"按钮
5. 查看结果并可选择导出

### 批量基因设计
1. 选择"批量处理"标签
2. 输入基因列表，支持多种格式：
   - 每行一个：`GAPDH\nACTB\nTUBB3`
   - 逗号分隔：`GAPDH, ACTB, TUBB3`
   - 空格分隔：`GAPDH ACTB TUBB3`
3. 选择目标物种
4. 点击"批量设计引物"按钮
5. 查看批量结果统计和详细信息
6. 导出完整的批量结果

## 导出格式说明

### Excel格式 (.xlsx)
包含完整的引物信息表格，字段包括：
- 基因名称、RefSeq ID
- 引物对编号、正反向引物序列
- Tm值、产物长度
- 外显子交界点信息、设计时间

### CSV格式 (.csv)
与Excel相同的数据，但以逗号分隔值格式保存，便于导入其他软件。

### JSON格式 (.json)
结构化的数据格式，包含：
- 导出时间和统计信息
- 完整的原始结果数据
- 适合程序化处理

## 技术栈

- **后端**: Flask + Biopython + Primer3 + Pandas
- **前端**: HTML5 + CSS3 + JavaScript
- **数据源**: NCBI Entrez数据库
- **导出**: openpyxl (Excel) + pandas (CSV/JSON)

## 注意事项

- 需要稳定的网络连接访问NCBI数据库
- 批量处理时建议每次不超过20个基因，避免超时
- 首次查询某个基因可能需要较长时间
- 建议使用标准的基因符号进行查询
- 导出的文件会自动添加时间戳避免重名