Hugging Face's logo

Spaces:
egenn
/
rtemisseq
Running

App Files Community
rtemisseq / data.R
egenn's picture
egenn
added APP cleavage data
92d47cc
Raw
History Blame Contribute Delete
95.4 kB
# mapt_annot ----
# library(rtemisbio)
# mapt_annot <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_annot.json")
# mapt_annot
# dput(mapt_annot)
MAPT_PTM <- structure(
 list(
 Sequence = c(
 "M",
 "A",
 "E",
 "P",
 "R",
 "Q",
 "E",
 "F",
 "E",
 "V",
 "M",
 "E",
 "D",
 "H",
 "A",
 "G",
 "T",
 "Y",
 "G",
 "L",
 "G",
 "D",
 "R",
 "K",
 "D",
 "Q",
 "G",
 "G",
 "Y",
 "T",
 "M",
 "H",
 "Q",
 "D",
 "Q",
 "E",
 "G",
 "D",
 "T",
 "D",
 "A",
 "G",
 "L",
 "K",
 "E",
 "S",
 "P",
 "L",
 "Q",
 "T",
 "P",
 "T",
 "E",
 "D",
 "G",
 "S",
 "E",
 "E",
 "P",
 "G",
 "S",
 "E",
 "T",
 "S",
 "D",
 "A",
 "K",
 "S",
 "T",
 "P",
 "T",
 "A",
 "E",
 "D",
 "V",
 "T",
 "A",
 "P",
 "L",
 "V",
 "D",
 "E",
 "G",
 "A",
 "P",
 "G",
 "K",
 "Q",
 "A",
 "A",
 "A",
 "Q",
 "P",
 "H",
 "T",
 "E",
 "I",
 "P",
 "E",
 "G",
 "T",
 "T",
 "A",
 "E",
 "E",
 "A",
 "G",
 "I",
 "G",
 "D",
 "T",
 "P",
 "S",
 "L",
 "E",
 "D",
 "E",
 "A",
 "A",
 "G",
 "H",
 "V",
 "T",
 "Q",
 "A",
 "R",
 "M",
 "V",
 "S",
 "K",
 "S",
 "K",
 "D",
 "G",
 "T",
 "G",
 "S",
 "D",
 "D",
 "K",
 "K",
 "A",
 "K",
 "G",
 "A",
 "D",
 "G",
 "K",
 "T",
 "K",
 "I",
 "A",
 "T",
 "P",
 "R",
 "G",
 "A",
 "A",
 "P",
 "P",
 "G",
 "Q",
 "K",
 "G",
 "Q",
 "A",
 "N",
 "A",
 "T",
 "R",
 "I",
 "P",
 "A",
 "K",
 "T",
 "P",
 "P",
 "A",
 "P",
 "K",
 "T",
 "P",
 "P",
 "S",
 "S",
 "G",
 "E",
 "P",
 "P",
 "K",
 "S",
 "G",
 "D",
 "R",
 "S",
 "G",
 "Y",
 "S",
 "S",
 "P",
 "G",
 "S",
 "P",
 "G",
 "T",
 "P",
 "G",
 "S",
 "R",
 "S",
 "R",
 "T",
 "P",
 "S",
 "L",
 "P",
 "T",
 "P",
 "P",
 "T",
 "R",
 "E",
 "P",
 "K",
 "K",
 "V",
 "A",
 "V",
 "V",
 "R",
 "T",
 "P",
 "P",
 "K",
 "S",
 "P",
 "S",
 "S",
 "A",
 "K",
 "S",
 "R",
 "L",
 "Q",
 "T",
 "A",
 "P",
 "V",
 "P",
 "M",
 "P",
 "D",
 "L",
 "K",
 "N",
 "V",
 "K",
 "S",
 "K",
 "I",
 "G",
 "S",
 "T",
 "E",
 "N",
 "L",
 "K",
 "H",
 "Q",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "K",
 "V",
 "Q",
 "I",
 "I",
 "N",
 "K",
 "K",
 "L",
 "D",
 "L",
 "S",
 "N",
 "V",
 "Q",
 "S",
 "K",
 "C",
 "G",
 "S",
 "K",
 "D",
 "N",
 "I",
 "K",
 "H",
 "V",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "S",
 "V",
 "Q",
 "I",
 "V",
 "Y",
 "K",
 "P",
 "V",
 "D",
 "L",
 "S",
 "K",
 "V",
 "T",
 "S",
 "K",
 "C",
 "G",
 "S",
 "L",
 "G",
 "N",
 "I",
 "H",
 "H",
 "K",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "Q",
 "V",
 "E",
 "V",
 "K",
 "S",
 "E",
 "K",
 "L",
 "D",
 "F",
 "K",
 "D",
 "R",
 "V",
 "Q",
 "S",
 "K",
 "I",
 "G",
 "S",
 "L",
 "D",
 "N",
 "I",
 "T",
 "H",
 "V",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "N",
 "K",
 "K",
 "I",
 "E",
 "T",
 "H",
 "K",
 "L",
 "T",
 "F",
 "R",
 "E",
 "N",
 "A",
 "K",
 "A",
 "K",
 "T",
 "D",
 "H",
 "G",
 "A",
 "E",
 "I",
 "V",
 "Y",
 "K",
 "S",
 "P",
 "V",
 "V",
 "S",
 "G",
 "D",
 "T",
 "S",
 "P",
 "R",
 "H",
 "L",
 "S",
 "N",
 "V",
 "S",
 "S",
 "T",
 "G",
 "S",
 "I",
 "D",
 "M",
 "V",
 "D",
 "S",
 "P",
 "Q",
 "L",
 "A",
 "T",
 "L",
 "A",
 "D",
 "E",
 "V",
 "S",
 "A",
 "S",
 "L",
 "A",
 "K",
 "Q",
 "G",
 "L"
 ),
 Annotations = list(
 Site = list(
 Disease_associated_variant = c(
 4L,
 5L,
 14L,
 17L,
 18L,
 30L,
 39L,
 41L,
 55L,
 75L,
 86L,
 90L,
 152L,
 176L,
 178L,
 200L,
 203L,
 211L,
 224L,
 227L,
 239L,
 255L,
 257L,
 260L,
 266L,
 272L,
 273L,
 279L,
 280L,
 284L,
 285L,
 287L,
 291L,
 296L,
 300L,
 301L,
 303L,
 305L,
 320L,
 332L,
 335L,
 336L,
 337L,
 342L,
 352L,
 356L,
 360L,
 363L,
 364L,
 366L,
 369L,
 372L,
 389L,
 406L,
 410L,
 427L,
 441L
 ),
 `N-terminal Repeat` = 45:86,
 `Microtubule Binding Domain (R1, R3, R4)` = c(
 244L,
 245L,
 246L,
 247L,
 248L,
 249L,
 250L,
 251L,
 252L,
 253L,
 254L,
 255L,
 256L,
 257L,
 258L,
 259L,
 260L,
 261L,
 262L,
 263L,
 264L,
 265L,
 266L,
 267L,
 268L,
 269L,
 270L,
 271L,
 272L,
 273L,
 274L,
 306L,
 307L,
 308L,
 309L,
 310L,
 311L,
 312L,
 313L,
 314L,
 315L,
 316L,
 317L,
 318L,
 319L,
 320L,
 321L,
 322L,
 323L,
 324L,
 325L,
 326L,
 327L,
 328L,
 329L,
 330L,
 331L,
 332L,
 333L,
 334L,
 335L,
 336L,
 337L,
 338L,
 339L,
 340L,
 341L,
 342L,
 343L,
 344L,
 345L,
 346L,
 347L,
 348L,
 349L,
 350L,
 351L,
 352L,
 353L,
 354L,
 355L,
 356L,
 357L,
 358L,
 359L,
 360L,
 361L,
 362L,
 363L,
 364L,
 365L,
 366L,
 367L,
 368L
 ),
 `Microtubule Binding Domain (R2)` = 274:305
 ),
 Region = list(
 KXGS = list(259:262, 290:293, 321:324, 353:356),
 `Canonical KFERQ` = list(336:340, 347:351),
 `Potential KFERQ` = list(
 240:244,
 280:284,
 307:311,
 343:347
 ),
 Phosphodegron = list(
 46:51,
 149:154,
 195:200,
 208:213,
 231:236,
 400:405
 )
 ),
 PTM = list(
 Phosphorylation = c(
 17L,
 18L,
 29L,
 30L,
 39L,
 46L,
 50L,
 52L,
 56L,
 61L,
 63L,
 64L,
 68L,
 69L,
 71L,
 76L,
 95L,
 101L,
 102L,
 111L,
 113L,
 123L,
 129L,
 131L,
 135L,
 137L,
 149L,
 153L,
 169L,
 175L,
 181L,
 184L,
 185L,
 191L,
 195L,
 197L,
 198L,
 199L,
 202L,
 205L,
 208L,
 210L,
 217L,
 212L,
 214L,
 220L,
 229L,
 235L,
 231L,
 232L,
 235L,
 236L,
 237L,
 238L,
 241L,
 245L,
 258L,
 262L,
 263L,
 285L,
 289L,
 293L,
 305L,
 316L,
 319L,
 320L,
 321L,
 324L,
 336L,
 341L,
 352L,
 356L,
 361L,
 362L,
 366L,
 370L,
 373L,
 380L,
 382L,
 383L,
 385L,
 386L,
 394L,
 396L,
 403L,
 409L,
 400L,
 404L,
 412L,
 413L,
 414L,
 416L,
 435L,
 427L,
 433L,
 422L
 ),
 Acetylation = c(
 148L,
 150L,
 163L,
 174L,
 180L,
 224L,
 225L,
 234L,
 240L,
 254L,
 257L,
 259L,
 267L,
 274L,
 280L,
 281L,
 290L,
 294L,
 298L,
 311L,
 317L,
 321L,
 331L,
 343L,
 347L,
 353L,
 369L,
 370L,
 375L,
 383L,
 385L,
 395L
 ),
 Methylation = c(
 24L,
 44L,
 67L,
 87L,
 126L,
 148L,
 150L,
 155L,
 163L,
 174L,
 180L,
 190L,
 234L,
 240L,
 254L,
 259L,
 267L,
 281L,
 290L,
 311L,
 317L,
 331L,
 349L,
 353L,
 369L,
 370L,
 375L,
 385L,
 395L
 ),
 Glycation = c(
 67L,
 87L,
 132L,
 148L,
 150L,
 163L,
 174L,
 180L,
 190L,
 225L,
 234L,
 259L,
 267L,
 274L,
 280L,
 281L,
 290L,
 298L,
 311L,
 321L,
 331L,
 340L,
 343L,
 347L,
 353L,
 369L,
 370L,
 375L,
 383L,
 385L,
 395L
 ),
 Ubiquitination = c(
 44L,
 254L,
 259L,
 267L,
 281L,
 290L,
 298L,
 311L,
 317L,
 321L,
 331L,
 343L,
 347L,
 353L,
 369L,
 375L,
 385L
 ),
 `O-Glycosilation` = c(
 123L,
 208L,
 238L,
 400L,
 412L,
 413L
 ),
 SUMOylation = 340L
 ),
 Cleavage_site = structure(list(), names = character(0)),
 Variant = structure(list(), names = character(0))
 ),
 UniprotID = "P10636",
 Description = "Tau Post-translational Modifications: Dynamic Transformers of Tau Function, Degradation, and Aggregation",
 Reference = "https://www.frontiersin.org/journals/neurology/articles/10.3389/fneur.2020.595532"
 ),
 class = c(
 "a3",
 "list"
 )
)
# mapt_clv ----
# mapt_clv <- read.a3json("./seqvizlive_app_fl/data/mapt_clv.json")
# mapt_clv
# dput(mapt_clv)
MAPT_Cathepsin_Cleavage <- structure(
 list(
 Sequence = c(
 "M",
 "A",
 "E",
 "P",
 "R",
 "Q",
 "E",
 "F",
 "E",
 "V",
 "M",
 "E",
 "D",
 "H",
 "A",
 "G",
 "T",
 "Y",
 "G",
 "L",
 "G",
 "D",
 "R",
 "K",
 "D",
 "Q",
 "G",
 "G",
 "Y",
 "T",
 "M",
 "H",
 "Q",
 "D",
 "Q",
 "E",
 "G",
 "D",
 "T",
 "D",
 "A",
 "G",
 "L",
 "K",
 "E",
 "S",
 "P",
 "L",
 "Q",
 "T",
 "P",
 "T",
 "E",
 "D",
 "G",
 "S",
 "E",
 "E",
 "P",
 "G",
 "S",
 "E",
 "T",
 "S",
 "D",
 "A",
 "K",
 "S",
 "T",
 "P",
 "T",
 "A",
 "E",
 "D",
 "V",
 "T",
 "A",
 "P",
 "L",
 "V",
 "D",
 "E",
 "G",
 "A",
 "P",
 "G",
 "K",
 "Q",
 "A",
 "A",
 "A",
 "Q",
 "P",
 "H",
 "T",
 "E",
 "I",
 "P",
 "E",
 "G",
 "T",
 "T",
 "A",
 "E",
 "E",
 "A",
 "G",
 "I",
 "G",
 "D",
 "T",
 "P",
 "S",
 "L",
 "E",
 "D",
 "E",
 "A",
 "A",
 "G",
 "H",
 "V",
 "T",
 "Q",
 "E",
 "P",
 "E",
 "S",
 "G",
 "K",
 "V",
 "V",
 "Q",
 "E",
 "G",
 "F",
 "L",
 "R",
 "E",
 "P",
 "G",
 "P",
 "P",
 "G",
 "L",
 "S",
 "H",
 "Q",
 "L",
 "M",
 "S",
 "G",
 "M",
 "P",
 "G",
 "A",
 "P",
 "L",
 "L",
 "P",
 "E",
 "G",
 "P",
 "R",
 "E",
 "A",
 "T",
 "R",
 "Q",
 "P",
 "S",
 "G",
 "T",
 "G",
 "P",
 "E",
 "D",
 "T",
 "E",
 "G",
 "G",
 "R",
 "H",
 "A",
 "P",
 "E",
 "L",
 "L",
 "K",
 "H",
 "Q",
 "L",
 "L",
 "G",
 "D",
 "L",
 "H",
 "Q",
 "E",
 "G",
 "P",
 "P",
 "L",
 "K",
 "G",
 "A",
 "G",
 "G",
 "K",
 "E",
 "R",
 "P",
 "G",
 "S",
 "K",
 "E",
 "E",
 "V",
 "D",
 "E",
 "D",
 "R",
 "D",
 "V",
 "D",
 "E",
 "S",
 "S",
 "P",
 "Q",
 "D",
 "S",
 "P",
 "P",
 "S",
 "K",
 "A",
 "S",
 "P",
 "A",
 "Q",
 "D",
 "G",
 "R",
 "P",
 "P",
 "Q",
 "T",
 "A",
 "A",
 "R",
 "E",
 "A",
 "T",
 "S",
 "I",
 "P",
 "G",
 "F",
 "P",
 "A",
 "E",
 "G",
 "A",
 "I",
 "P",
 "L",
 "P",
 "V",
 "D",
 "F",
 "L",
 "S",
 "K",
 "V",
 "S",
 "T",
 "E",
 "I",
 "P",
 "A",
 "S",
 "E",
 "P",
 "D",
 "G",
 "P",
 "S",
 "V",
 "G",
 "A",
 "A",
 "K",
 "G",
 "Q",
 "D",
 "A",
 "P",
 "L",
 "E",
 "F",
 "T",
 "F",
 "H",
 "V",
 "E",
 "I",
 "T",
 "P",
 "N",
 "V",
 "Q",
 "K",
 "E",
 "Q",
 "A",
 "H",
 "S",
 "E",
 "E",
 "H",
 "A",
 "G",
 "R",
 "A",
 "A",
 "F",
 "P",
 "G",
 "A",
 "P",
 "G",
 "E",
 "G",
 "P",
 "E",
 "A",
 "R",
 "G",
 "P",
 "S",
 "L",
 "G",
 "E",
 "D",
 "T",
 "K",
 "E",
 "A",
 "D",
 "L",
 "P",
 "E",
 "P",
 "S",
 "E",
 "K",
 "Q",
 "P",
 "A",
 "A",
 "A",
 "P",
 "R",
 "G",
 "K",
 "P",
 "V",
 "S",
 "R",
 "V",
 "P",
 "Q",
 "L",
 "K",
 "A",
 "R",
 "M",
 "V",
 "S",
 "K",
 "S",
 "K",
 "D",
 "G",
 "T",
 "G",
 "S",
 "D",
 "D",
 "K",
 "K",
 "A",
 "K",
 "T",
 "S",
 "T",
 "R",
 "S",
 "S",
 "A",
 "K",
 "T",
 "L",
 "K",
 "N",
 "R",
 "P",
 "C",
 "L",
 "S",
 "P",
 "K",
 "H",
 "P",
 "T",
 "P",
 "G",
 "S",
 "S",
 "D",
 "P",
 "L",
 "I",
 "Q",
 "P",
 "S",
 "S",
 "P",
 "A",
 "V",
 "C",
 "P",
 "E",
 "P",
 "P",
 "S",
 "S",
 "P",
 "K",
 "Y",
 "V",
 "S",
 "S",
 "V",
 "T",
 "S",
 "R",
 "T",
 "G",
 "S",
 "S",
 "G",
 "A",
 "K",
 "E",
 "M",
 "K",
 "L",
 "K",
 "G",
 "A",
 "D",
 "G",
 "K",
 "T",
 "K",
 "I",
 "A",
 "T",
 "P",
 "R",
 "G",
 "A",
 "A",
 "P",
 "P",
 "G",
 "Q",
 "K",
 "G",
 "Q",
 "A",
 "N",
 "A",
 "T",
 "R",
 "I",
 "P",
 "A",
 "K",
 "T",
 "P",
 "P",
 "A",
 "P",
 "K",
 "T",
 "P",
 "P",
 "S",
 "S",
 "G",
 "E",
 "P",
 "P",
 "K",
 "S",
 "G",
 "D",
 "R",
 "S",
 "G",
 "Y",
 "S",
 "S",
 "P",
 "G",
 "S",
 "P",
 "G",
 "T",
 "P",
 "G",
 "S",
 "R",
 "S",
 "R",
 "T",
 "P",
 "S",
 "L",
 "P",
 "T",
 "P",
 "P",
 "T",
 "R",
 "E",
 "P",
 "K",
 "K",
 "V",
 "A",
 "V",
 "V",
 "R",
 "T",
 "P",
 "P",
 "K",
 "S",
 "P",
 "S",
 "S",
 "A",
 "K",
 "S",
 "R",
 "L",
 "Q",
 "T",
 "A",
 "P",
 "V",
 "P",
 "M",
 "P",
 "D",
 "L",
 "K",
 "N",
 "V",
 "K",
 "S",
 "K",
 "I",
 "G",
 "S",
 "T",
 "E",
 "N",
 "L",
 "K",
 "H",
 "Q",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "K",
 "V",
 "Q",
 "I",
 "I",
 "N",
 "K",
 "K",
 "L",
 "D",
 "L",
 "S",
 "N",
 "V",
 "Q",
 "S",
 "K",
 "C",
 "G",
 "S",
 "K",
 "D",
 "N",
 "I",
 "K",
 "H",
 "V",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "S",
 "V",
 "Q",
 "I",
 "V",
 "Y",
 "K",
 "P",
 "V",
 "D",
 "L",
 "S",
 "K",
 "V",
 "T",
 "S",
 "K",
 "C",
 "G",
 "S",
 "L",
 "G",
 "N",
 "I",
 "H",
 "H",
 "K",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "Q",
 "V",
 "E",
 "V",
 "K",
 "S",
 "E",
 "K",
 "L",
 "D",
 "F",
 "K",
 "D",
 "R",
 "V",
 "Q",
 "S",
 "K",
 "I",
 "G",
 "S",
 "L",
 "D",
 "N",
 "I",
 "T",
 "H",
 "V",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "N",
 "K",
 "K",
 "I",
 "E",
 "T",
 "H",
 "K",
 "L",
 "T",
 "F",
 "R",
 "E",
 "N",
 "A",
 "K",
 "A",
 "K",
 "T",
 "D",
 "H",
 "G",
 "A",
 "E",
 "I",
 "V",
 "Y",
 "K",
 "S",
 "P",
 "V",
 "V",
 "S",
 "G",
 "D",
 "T",
 "S",
 "P",
 "R",
 "H",
 "L",
 "S",
 "N",
 "V",
 "S",
 "S",
 "T",
 "G",
 "S",
 "I",
 "D",
 "M",
 "V",
 "D",
 "S",
 "P",
 "Q",
 "L",
 "A",
 "T",
 "L",
 "A",
 "D",
 "E",
 "V",
 "S",
 "A",
 "S",
 "L",
 "A",
 "K",
 "Q",
 "G",
 "L"
 ),
 Annotations = list(
 Site = structure(list(), names = character(0)),
 Region = structure(list(), names = character(0)),
 PTM = structure(list(), names = character(0)),
 Cleavage_site = list(
 CTSL_pH_4_5 = c(
 1L,
 9L,
 11L,
 13L,
 19L,
 21L,
 30L,
 44L,
 49L,
 54L,
 67L,
 71L,
 76L,
 81L,
 116L,
 129L,
 173L,
 198L,
 227L,
 229L,
 244L,
 254L,
 256L,
 257L,
 261L,
 267L,
 281L,
 283L,
 300L,
 307L,
 310L,
 314L,
 316L,
 319L,
 326L,
 340L,
 340L,
 341L,
 351L,
 355L,
 377L,
 379L,
 379L,
 394L,
 395L,
 402L,
 405L,
 417L,
 419L,
 421L,
 426L,
 427L,
 429L,
 433L,
 437L,
 438L
 ),
 CTSL_pH_5_5 = c(54L, 244L, 319L),
 CTSD_pH_3_4 = c(
 340L,
 391L,
 426L
 ),
 CTSD_pH_4_5 = c(340L, 399L, 400L, 417L),
 CTSB_pH_4_5 = c(
 7L,
 12L,
 15L,
 17L,
 30L,
 53L,
 82L,
 130L,
 186L,
 209L,
 225L,
 237L,
 238L,
 257L,
 259L,
 262L,
 264L,
 282L,
 284L,
 321L,
 349L,
 353L,
 407L,
 438L
 ),
 CTSB_pH_5_5 = c(
 14L,
 17L,
 27L,
 81L,
 173L,
 186L,
 209L,
 225L,
 238L,
 253L,
 256L,
 257L,
 259L,
 262L,
 264L,
 284L,
 290L,
 338L,
 349L,
 353L,
 400L,
 407L,
 419L,
 419L,
 424L,
 425L
 ),
 CTSK_pH_4_5 = c(
 1L,
 21L,
 30L,
 44L,
 109L,
 184L,
 184L,
 214L,
 244L,
 254L,
 261L,
 319L,
 326L,
 343L,
 355L,
 377L,
 399L,
 421L
 ),
 CTSF_pH_4_5 = c(
 300L,
 402L
 ),
 CTSV_pH_3_4 = c(
 248L,
 254L,
 276L,
 285L,
 307L,
 314L,
 316L,
 340L,
 351L,
 361L,
 395L,
 433L
 ),
 CTSV_pH_4_5 = c(
 1L,
 11L,
 21L,
 30L,
 30L,
 44L,
 244L,
 254L,
 256L,
 257L,
 276L,
 283L,
 285L,
 288L,
 307L,
 310L,
 316L,
 326L,
 340L,
 340L,
 351L,
 361L,
 379L,
 381L,
 394L,
 395L,
 407L,
 425L,
 426L,
 429L,
 433L
 ),
 CTSE_pH_3_4 = c(
 8L,
 9L,
 11L,
 21L,
 30L,
 44L,
 73L,
 81L,
 109L,
 129L,
 244L,
 254L,
 257L,
 261L,
 283L,
 288L,
 307L,
 310L,
 319L,
 326L,
 340L,
 351L,
 355L,
 395L,
 418L,
 419L,
 419L,
 425L,
 426L,
 433L
 ),
 CTSE_pH_4_5 = c(
 8L,
 111L,
 307L,
 322L,
 419L,
 425L
 ),
 CTSS_pH_4_5 = c(
 1L,
 5L,
 7L,
 9L,
 12L,
 30L,
 44L,
 49L,
 67L,
 72L,
 76L,
 80L,
 95L,
 105L,
 109L,
 115L,
 116L,
 129L,
 212L,
 243L,
 244L,
 254L,
 257L,
 267L,
 276L,
 283L,
 288L,
 307L,
 308L,
 309L,
 310L,
 316L,
 339L,
 345L,
 351L,
 355L,
 361L,
 391L,
 394L,
 395L,
 400L,
 407L,
 411L,
 412L,
 420L,
 425L,
 426L,
 427L,
 429L,
 433L
 ),
 CTSS_pH_5_5 = c(
 1L,
 11L,
 12L,
 30L,
 30L,
 44L,
 49L,
 67L,
 72L,
 76L,
 80L,
 92L,
 95L,
 109L,
 115L,
 129L,
 243L,
 244L,
 254L,
 256L,
 257L,
 261L,
 267L,
 283L,
 288L,
 307L,
 308L,
 310L,
 316L,
 319L,
 326L,
 339L,
 351L,
 355L,
 355L,
 361L,
 379L,
 379L,
 391L,
 394L,
 395L,
 400L,
 407L,
 411L,
 412L,
 423L,
 425L,
 426L,
 427L,
 429L,
 430L,
 433L,
 433L
 ),
 CTSO_pH_5_5 = c(
 92L,
 212L,
 339L,
 430L
 ),
 AEP_pH_4_5 = c(
 40L,
 49L,
 54L,
 54L,
 67L,
 116L,
 209L,
 212L,
 252L,
 255L,
 265L,
 279L,
 286L,
 327L,
 339L,
 345L,
 361L,
 368L,
 368L,
 381L,
 402L,
 418L,
 423L,
 430L,
 430L
 ),
 AEP_pH_5_5 = c(
 67L,
 92L,
 265L,
 284L,
 339L,
 345L,
 368L,
 423L,
 430L
 ),
 CTSX_pH_3_4 = c(
 16L,
 41L,
 67L,
 112L,
 212L,
 339L,
 345L,
 402L,
 423L,
 430L
 ),
 CTSX_pH_4_5 = c(
 3L,
 16L,
 67L,
 212L,
 339L,
 345L,
 355L,
 355L,
 394L,
 432L,
 433L
 ),
 CTSA_pH_4_5 = c(48L, 55L, 67L, 73L, 339L, 430L)
 ),
 Variant = structure(list(), names = character(0))
 ),
 UniprotID = NULL,
 Description = "Tau Cathepsin Cleavage Sites",
 Reference = "https://molecularneurodegeneration.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13024-023-00621-8"
 ),
 class = c(
 "a3",
 "list"
 )
)
# mapt_citrullination ----
MAPT_Citrullination <- structure(
 list(
 Sequence = c(
 "M",
 "A",
 "E",
 "P",
 "R",
 "Q",
 "E",
 "F",
 "E",
 "V",
 "M",
 "E",
 "D",
 "H",
 "A",
 "G",
 "T",
 "Y",
 "G",
 "L",
 "G",
 "D",
 "R",
 "K",
 "D",
 "Q",
 "G",
 "G",
 "Y",
 "T",
 "M",
 "H",
 "Q",
 "D",
 "Q",
 "E",
 "G",
 "D",
 "T",
 "D",
 "A",
 "G",
 "L",
 "K",
 "E",
 "S",
 "P",
 "L",
 "Q",
 "T",
 "P",
 "T",
 "E",
 "D",
 "G",
 "S",
 "E",
 "E",
 "P",
 "G",
 "S",
 "E",
 "T",
 "S",
 "D",
 "A",
 "K",
 "S",
 "T",
 "P",
 "T",
 "A",
 "E",
 "D",
 "V",
 "T",
 "A",
 "P",
 "L",
 "V",
 "D",
 "E",
 "G",
 "A",
 "P",
 "G",
 "K",
 "Q",
 "A",
 "A",
 "A",
 "Q",
 "P",
 "H",
 "T",
 "E",
 "I",
 "P",
 "E",
 "G",
 "T",
 "T",
 "A",
 "E",
 "E",
 "A",
 "G",
 "I",
 "G",
 "D",
 "T",
 "P",
 "S",
 "L",
 "E",
 "D",
 "E",
 "A",
 "A",
 "G",
 "H",
 "V",
 "T",
 "Q",
 "A",
 "R",
 "M",
 "V",
 "S",
 "K",
 "S",
 "K",
 "D",
 "G",
 "T",
 "G",
 "S",
 "D",
 "D",
 "K",
 "K",
 "A",
 "K",
 "G",
 "A",
 "D",
 "G",
 "K",
 "T",
 "K",
 "I",
 "A",
 "T",
 "P",
 "R",
 "G",
 "A",
 "A",
 "P",
 "P",
 "G",
 "Q",
 "K",
 "G",
 "Q",
 "A",
 "N",
 "A",
 "T",
 "R",
 "I",
 "P",
 "A",
 "K",
 "T",
 "P",
 "P",
 "A",
 "P",
 "K",
 "T",
 "P",
 "P",
 "S",
 "S",
 "G",
 "E",
 "P",
 "P",
 "K",
 "S",
 "G",
 "D",
 "R",
 "S",
 "G",
 "Y",
 "S",
 "S",
 "P",
 "G",
 "S",
 "P",
 "G",
 "T",
 "P",
 "G",
 "S",
 "R",
 "S",
 "R",
 "T",
 "P",
 "S",
 "L",
 "P",
 "T",
 "P",
 "P",
 "T",
 "R",
 "E",
 "P",
 "K",
 "K",
 "V",
 "A",
 "V",
 "V",
 "R",
 "T",
 "P",
 "P",
 "K",
 "S",
 "P",
 "S",
 "S",
 "A",
 "K",
 "S",
 "R",
 "L",
 "Q",
 "T",
 "A",
 "P",
 "V",
 "P",
 "M",
 "P",
 "D",
 "L",
 "K",
 "N",
 "V",
 "K",
 "S",
 "K",
 "I",
 "G",
 "S",
 "T",
 "E",
 "N",
 "L",
 "K",
 "H",
 "Q",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "K",
 "V",
 "Q",
 "I",
 "I",
 "N",
 "K",
 "K",
 "L",
 "D",
 "L",
 "S",
 "N",
 "V",
 "Q",
 "S",
 "K",
 "C",
 "G",
 "S",
 "K",
 "D",
 "N",
 "I",
 "K",
 "H",
 "V",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "S",
 "V",
 "Q",
 "I",
 "V",
 "Y",
 "K",
 "P",
 "V",
 "D",
 "L",
 "S",
 "K",
 "V",
 "T",
 "S",
 "K",
 "C",
 "G",
 "S",
 "L",
 "G",
 "N",
 "I",
 "H",
 "H",
 "K",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "Q",
 "V",
 "E",
 "V",
 "K",
 "S",
 "E",
 "K",
 "L",
 "D",
 "F",
 "K",
 "D",
 "R",
 "V",
 "Q",
 "S",
 "K",
 "I",
 "G",
 "S",
 "L",
 "D",
 "N",
 "I",
 "T",
 "H",
 "V",
 "P",
 "G",
 "G",
 "G",
 "N",
 "K",
 "K",
 "I",
 "E",
 "T",
 "H",
 "K",
 "L",
 "T",
 "F",
 "R",
 "E",
 "N",
 "A",
 "K",
 "A",
 "K",
 "T",
 "D",
 "H",
 "G",
 "A",
 "E",
 "I",
 "V",
 "Y",
 "K",
 "S",
 "P",
 "V",
 "V",
 "S",
 "G",
 "D",
 "T",
 "S",
 "P",
 "R",
 "H",
 "L",
 "S",
 "N",
 "V",
 "S",
 "S",
 "T",
 "G",
 "S",
 "I",
 "D",
 "M",
 "V",
 "D",
 "S",
 "P",
 "Q",
 "L",
 "A",
 "T",
 "L",
 "A",
 "D",
 "E",
 "V",
 "S",
 "A",
 "S",
 "L",
 "A",
 "K",
 "Q",
 "G",
 "L"
 ),
 Annotations = list(
 Site = NULL,
 Region = NULL,
 PTM = list(
 Citrullination = c(
 5,
 23,
 126,
 155,
 170,
 194,
 209,
 211,
 221,
 230,
 242,
 349,
 379,
 406
 )
 ),
 Cleavage_site = NULL,
 Variant = NULL
 ),
 UniprotID = NULL,
 Description = "Probing tau citrullination in Alzheimer’s disease brains and mouse models of tauopathy",
 Reference = "https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.07.06.601399v1.full"
 ),
 class = c(
 "a3",
 "list"
 )
)
# APP Cleavage sites ----
MAPT_APP_Cleavage_3_4 <- structure(
 list(
 Sequence = c(
 "M",
 "L",
 "P",
 "G",
 "L",
 "A",
 "L",
 "L",
 "L",
 "L",
 "A",
 "A",
 "W",
 "T",
 "A",
 "R",
 "A",
 "L",
 "E",
 "V",
 "P",
 "T",
 "D",
 "G",
 "N",
 "A",
 "G",
 "L",
 "L",
 "A",
 "E",
 "P",
 "Q",
 "I",
 "A",
 "M",
 "F",
 "C",
 "G",
 "R",
 "L",
 "N",
 "M",
 "H",
 "M",
 "N",
 "V",
 "Q",
 "N",
 "G",
 "K",
 "W",
 "D",
 "S",
 "D",
 "P",
 "S",
 "G",
 "T",
 "K",
 "T",
 "C",
 "I",
 "D",
 "T",
 "K",
 "E",
 "G",
 "I",
 "L",
 "Q",
 "Y",
 "C",
 "Q",
 "E",
 "V",
 "Y",
 "P",
 "E",
 "L",
 "Q",
 "I",
 "T",
 "N",
 "V",
 "V",
 "E",
 "A",
 "N",
 "Q",
 "P",
 "V",
 "T",
 "I",
 "Q",
 "N",
 "W",
 "C",
 "K",
 "R",
 "G",
 "R",
 "K",
 "Q",
 "C",
 "K",
 "T",
 "H",
 "P",
 "H",
 "F",
 "V",
 "I",
 "P",
 "Y",
 "R",
 "C",
 "L",
 "V",
 "G",
 "E",
 "F",
 "V",
 "S",
 "D",
 "A",
 "L",
 "L",
 "V",
 "P",
 "D",
 "K",
 "C",
 "K",
 "F",
 "L",
 "H",
 "Q",
 "E",
 "R",
 "M",
 "D",
 "V",
 "C",
 "E",
 "T",
 "H",
 "L",
 "H",
 "W",
 "H",
 "T",
 "V",
 "A",
 "K",
 "E",
 "T",
 "C",
 "S",
 "E",
 "K",
 "S",
 "T",
 "N",
 "L",
 "H",
 "D",
 "Y",
 "G",
 "M",
 "L",
 "L",
 "P",
 "C",
 "G",
 "I",
 "D",
 "K",
 "F",
 "R",
 "G",
 "V",
 "E",
 "F",
 "V",
 "C",
 "C",
 "P",
 "L",
 "A",
 "E",
 "E",
 "S",
 "D",
 "N",
 "V",
 "D",
 "S",
 "A",
 "D",
 "A",
 "E",
 "E",
 "D",
 "D",
 "S",
 "D",
 "V",
 "W",
 "W",
 "G",
 "G",
 "A",
 "D",
 "T",
 "D",
 "Y",
 "A",
 "D",
 "G",
 "S",
 "E",
 "D",
 "K",
 "V",
 "V",
 "E",
 "V",
 "A",
 "E",
 "E",
 "E",
 "E",
 "V",
 "A",
 "E",
 "V",
 "E",
 "E",
 "E",
 "E",
 "A",
 "D",
 "D",
 "D",
 "E",
 "D",
 "D",
 "E",
 "D",
 "G",
 "D",
 "E",
 "V",
 "E",
 "E",
 "E",
 "A",
 "E",
 "E",
 "P",
 "Y",
 "E",
 "E",
 "A",
 "T",
 "E",
 "R",
 "T",
 "T",
 "S",
 "I",
 "A",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "E",
 "S",
 "V",
 "E",
 "E",
 "V",
 "V",
 "R",
 "E",
 "V",
 "C",
 "S",
 "E",
 "Q",
 "A",
 "E",
 "T",
 "G",
 "P",
 "C",
 "R",
 "A",
 "M",
 "I",
 "S",
 "R",
 "W",
 "Y",
 "F",
 "D",
 "V",
 "T",
 "E",
 "G",
 "K",
 "C",
 "A",
 "P",
 "F",
 "F",
 "Y",
 "G",
 "G",
 "C",
 "G",
 "G",
 "N",
 "R",
 "N",
 "N",
 "F",
 "D",
 "T",
 "E",
 "E",
 "Y",
 "C",
 "M",
 "A",
 "V",
 "C",
 "G",
 "S",
 "A",
 "M",
 "S",
 "Q",
 "S",
 "L",
 "L",
 "K",
 "T",
 "T",
 "Q",
 "E",
 "P",
 "L",
 "A",
 "R",
 "D",
 "P",
 "V",
 "K",
 "L",
 "P",
 "T",
 "T",
 "A",
 "A",
 "S",
 "T",
 "P",
 "D",
 "A",
 "V",
 "D",
 "K",
 "Y",
 "L",
 "E",
 "T",
 "P",
 "G",
 "D",
 "E",
 "N",
 "E",
 "H",
 "A",
 "H",
 "F",
 "Q",
 "K",
 "A",
 "K",
 "E",
 "R",
 "L",
 "E",
 "A",
 "K",
 "H",
 "R",
 "E",
 "R",
 "M",
 "S",
 "Q",
 "V",
 "M",
 "R",
 "E",
 "W",
 "E",
 "E",
 "A",
 "E",
 "R",
 "Q",
 "A",
 "K",
 "N",
 "L",
 "P",
 "K",
 "A",
 "D",
 "K",
 "K",
 "A",
 "V",
 "I",
 "Q",
 "H",
 "F",
 "Q",
 "E",
 "K",
 "V",
 "E",
 "S",
 "L",
 "E",
 "Q",
 "E",
 "A",
 "A",
 "N",
 "E",
 "R",
 "Q",
 "Q",
 "L",
 "V",
 "E",
 "T",
 "H",
 "M",
 "A",
 "R",
 "V",
 "E",
 "A",
 "M",
 "L",
 "N",
 "D",
 "R",
 "R",
 "R",
 "L",
 "A",
 "L",
 "E",
 "N",
 "Y",
 "I",
 "T",
 "A",
 "L",
 "Q",
 "A",
 "V",
 "P",
 "P",
 "R",
 "P",
 "R",
 "H",
 "V",
 "F",
 "N",
 "M",
 "L",
 "K",
 "K",
 "Y",
 "V",
 "R",
 "A",
 "E",
 "Q",
 "K",
 "D",
 "R",
 "Q",
 "H",
 "T",
 "L",
 "K",
 "H",
 "F",
 "E",
 "H",
 "V",
 "R",
 "M",
 "V",
 "D",
 "P",
 "K",
 "K",
 "A",
 "A",
 "Q",
 "I",
 "R",
 "S",
 "Q",
 "V",
 "M",
 "T",
 "H",
 "L",
 "R",
 "V",
 "I",
 "Y",
 "E",
 "R",
 "M",
 "N",
 "Q",
 "S",
 "L",
 "S",
 "L",
 "L",
 "Y",
 "N",
 "V",
 "P",
 "A",
 "V",
 "A",
 "E",
 "E",
 "I",
 "Q",
 "D",
 "E",
 "V",
 "D",
 "E",
 "L",
 "L",
 "Q",
 "K",
 "E",
 "Q",
 "N",
 "Y",
 "S",
 "D",
 "D",
 "V",
 "L",
 "A",
 "N",
 "M",
 "I",
 "S",
 "E",
 "P",
 "R",
 "I",
 "S",
 "Y",
 "G",
 "N",
 "D",
 "A",
 "L",
 "M",
 "P",
 "S",
 "L",
 "T",
 "E",
 "T",
 "K",
 "T",
 "T",
 "V",
 "E",
 "L",
 "L",
 "P",
 "V",
 "N",
 "G",
 "E",
 "F",
 "S",
 "L",
 "D",
 "D",
 "L",
 "Q",
 "P",
 "W",
 "H",
 "S",
 "F",
 "G",
 "A",
 "D",
 "S",
 "V",
 "P",
 "A",
 "N",
 "T",
 "E",
 "N",
 "E",
 "V",
 "E",
 "P",
 "V",
 "D",
 "A",
 "R",
 "P",
 "A",
 "A",
 "D",
 "R",
 "G",
 "L",
 "T",
 "T",
 "R",
 "P",
 "G",
 "S",
 "G",
 "L",
 "T",
 "N",
 "I",
 "K",
 "T",
 "E",
 "E",
 "I",
 "S",
 "E",
 "V",
 "K",
 "M",
 "D",
 "A",
 "E",
 "F",
 "R",
 "H",
 "D",
 "S",
 "G",
 "Y",
 "E",
 "V",
 "H",
 "H",
 "Q",
 "K",
 "L",
 "V",
 "F",
 "F",
 "A",
 "E",
 "D",
 "V",
 "G",
 "S",
 "N",
 "K",
 "G",
 "A",
 "I",
 "I",
 "G",
 "L",
 "M",
 "V",
 "G",
 "G",
 "V",
 "V",
 "I",
 "A",
 "T",
 "V",
 "I",
 "V",
 "I",
 "T",
 "L",
 "V",
 "M",
 "L",
 "K",
 "K",
 "K",
 "Q",
 "Y",
 "T",
 "S",
 "I",
 "H",
 "H",
 "G",
 "V",
 "V",
 "E",
 "V",
 "D",
 "A",
 "A",
 "V",
 "T",
 "P",
 "E",
 "E",
 "R",
 "H",
 "L",
 "S",
 "K",
 "M",
 "Q",
 "Q",
 "N",
 "G",
 "Y",
 "E",
 "N",
 "P",
 "T",
 "Y",
 "K",
 "F",
 "F",
 "E",
 "Q",
 "M",
 "Q",
 "N"
 ),
 Annotations = list(
 Site = structure(list(), names = character(0)),
 Region = structure(list(), names = character(0)),
 PTM = structure(list(), names = character(0)),
 Cleavage_site = list(
 CTSD = c(
 7L,
 8L,
 9L,
 36L,
 37L,
 61L,
 74L,
 76L,
 80L,
 81L,
 118L,
 122L,
 125L,
 183L,
 184L,
 186L,
 307L,
 308L,
 309L,
 479L,
 480L,
 534L,
 541L,
 548L,
 557L,
 561L,
 581L,
 607L,
 612L,
 613L,
 624L,
 626L,
 690L,
 691L,
 696L,
 719L,
 720L,
 721L,
 764L
 ),
 CTSE = c(
 7L,
 8L,
 9L,
 11L,
 29L,
 30L,
 31L,
 35L,
 36L,
 37L,
 42L,
 71L,
 72L,
 73L,
 74L,
 81L,
 84L,
 87L,
 116L,
 118L,
 120L,
 122L,
 124L,
 128L,
 136L,
 144L,
 169L,
 172L,
 180L,
 183L,
 184L,
 186L,
 192L,
 263L,
 291L,
 303L,
 305L,
 308L,
 332L,
 338L,
 349L,
 351L,
 368L,
 379L,
 410L,
 440L,
 442L,
 443L,
 453L,
 454L,
 455L,
 466L,
 472L,
 474L,
 476L,
 477L,
 478L,
 481L,
 531L,
 534L,
 535L,
 543L,
 546L,
 547L,
 548L,
 549L,
 555L,
 556L,
 557L,
 559L,
 563L,
 565L,
 567L,
 577L,
 581L,
 582L,
 594L,
 596L,
 598L,
 606L,
 607L,
 613L,
 614L,
 615L,
 622L,
 625L,
 651L,
 665L,
 668L,
 670L,
 676L,
 690L,
 691L,
 696L,
 704L,
 705L,
 706L,
 708L,
 719L,
 722L,
 724L,
 737L,
 740L,
 763L,
 764L,
 765L
 ),
 CTSV = c(
 8L,
 9L,
 11L,
 18L,
 19L,
 29L,
 30L,
 37L,
 38L,
 42L,
 72L,
 73L,
 74L,
 75L,
 81L,
 106L,
 116L,
 128L,
 170L,
 171L,
 172L,
 173L,
 180L,
 181L,
 183L,
 186L,
 291L,
 303L,
 305L,
 308L,
 310L,
 312L,
 314L,
 321L,
 322L,
 341L,
 342L,
 350L,
 351L,
 358L,
 366L,
 368L,
 380L,
 433L,
 443L,
 470L,
 471L,
 472L,
 481L,
 535L,
 539L,
 540L,
 548L,
 549L,
 555L,
 559L,
 563L,
 582L,
 589L,
 598L,
 605L,
 614L,
 616L,
 619L,
 622L,
 625L,
 684L,
 691L,
 692L,
 696L,
 704L,
 706L,
 708L,
 719L,
 722L
 ),
 CTSX = c(
 9L,
 15L,
 31L,
 71L,
 81L,
 82L,
 106L,
 112L,
 125L,
 126L,
 131L,
 132L,
 134L,
 178L,
 183L,
 185L,
 186L,
 274L,
 289L,
 373L,
 405L,
 535L,
 559L,
 562L,
 563L,
 572L,
 575L,
 599L,
 613L,
 615L,
 616L,
 668L,
 681L,
 719L,
 745L
 )
 ),
 Variant = structure(list(), names = character(0))
 ),
 UniprotID = "P05067-1",
 Description = "APP cleavage data - pH 3.4",
 Reference = "Ackley et al preprint"
 ),
 class = c("a3", "list")
)
MAPT_APP_Cleavage_4_5 <- structure(
 list(
 Sequence = c(
 "M",
 "L",
 "P",
 "G",
 "L",
 "A",
 "L",
 "L",
 "L",
 "L",
 "A",
 "A",
 "W",
 "T",
 "A",
 "R",
 "A",
 "L",
 "E",
 "V",
 "P",
 "T",
 "D",
 "G",
 "N",
 "A",
 "G",
 "L",
 "L",
 "A",
 "E",
 "P",
 "Q",
 "I",
 "A",
 "M",
 "F",
 "C",
 "G",
 "R",
 "L",
 "N",
 "M",
 "H",
 "M",
 "N",
 "V",
 "Q",
 "N",
 "G",
 "K",
 "W",
 "D",
 "S",
 "D",
 "P",
 "S",
 "G",
 "T",
 "K",
 "T",
 "C",
 "I",
 "D",
 "T",
 "K",
 "E",
 "G",
 "I",
 "L",
 "Q",
 "Y",
 "C",
 "Q",
 "E",
 "V",
 "Y",
 "P",
 "E",
 "L",
 "Q",
 "I",
 "T",
 "N",
 "V",
 "V",
 "E",
 "A",
 "N",
 "Q",
 "P",
 "V",
 "T",
 "I",
 "Q",
 "N",
 "W",
 "C",
 "K",
 "R",
 "G",
 "R",
 "K",
 "Q",
 "C",
 "K",
 "T",
 "H",
 "P",
 "H",
 "F",
 "V",
 "I",
 "P",
 "Y",
 "R",
 "C",
 "L",
 "V",
 "G",
 "E",
 "F",
 "V",
 "S",
 "D",
 "A",
 "L",
 "L",
 "V",
 "P",
 "D",
 "K",
 "C",
 "K",
 "F",
 "L",
 "H",
 "Q",
 "E",
 "R",
 "M",
 "D",
 "V",
 "C",
 "E",
 "T",
 "H",
 "L",
 "H",
 "W",
 "H",
 "T",
 "V",
 "A",
 "K",
 "E",
 "T",
 "C",
 "S",
 "E",
 "K",
 "S",
 "T",
 "N",
 "L",
 "H",
 "D",
 "Y",
 "G",
 "M",
 "L",
 "L",
 "P",
 "C",
 "G",
 "I",
 "D",
 "K",
 "F",
 "R",
 "G",
 "V",
 "E",
 "F",
 "V",
 "C",
 "C",
 "P",
 "L",
 "A",
 "E",
 "E",
 "S",
 "D",
 "N",
 "V",
 "D",
 "S",
 "A",
 "D",
 "A",
 "E",
 "E",
 "D",
 "D",
 "S",
 "D",
 "V",
 "W",
 "W",
 "G",
 "G",
 "A",
 "D",
 "T",
 "D",
 "Y",
 "A",
 "D",
 "G",
 "S",
 "E",
 "D",
 "K",
 "V",
 "V",
 "E",
 "V",
 "A",
 "E",
 "E",
 "E",
 "E",
 "V",
 "A",
 "E",
 "V",
 "E",
 "E",
 "E",
 "E",
 "A",
 "D",
 "D",
 "D",
 "E",
 "D",
 "D",
 "E",
 "D",
 "G",
 "D",
 "E",
 "V",
 "E",
 "E",
 "E",
 "A",
 "E",
 "E",
 "P",
 "Y",
 "E",
 "E",
 "A",
 "T",
 "E",
 "R",
 "T",
 "T",
 "S",
 "I",
 "A",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "E",
 "S",
 "V",
 "E",
 "E",
 "V",
 "V",
 "R",
 "E",
 "V",
 "C",
 "S",
 "E",
 "Q",
 "A",
 "E",
 "T",
 "G",
 "P",
 "C",
 "R",
 "A",
 "M",
 "I",
 "S",
 "R",
 "W",
 "Y",
 "F",
 "D",
 "V",
 "T",
 "E",
 "G",
 "K",
 "C",
 "A",
 "P",
 "F",
 "F",
 "Y",
 "G",
 "G",
 "C",
 "G",
 "G",
 "N",
 "R",
 "N",
 "N",
 "F",
 "D",
 "T",
 "E",
 "E",
 "Y",
 "C",
 "M",
 "A",
 "V",
 "C",
 "G",
 "S",
 "A",
 "M",
 "S",
 "Q",
 "S",
 "L",
 "L",
 "K",
 "T",
 "T",
 "Q",
 "E",
 "P",
 "L",
 "A",
 "R",
 "D",
 "P",
 "V",
 "K",
 "L",
 "P",
 "T",
 "T",
 "A",
 "A",
 "S",
 "T",
 "P",
 "D",
 "A",
 "V",
 "D",
 "K",
 "Y",
 "L",
 "E",
 "T",
 "P",
 "G",
 "D",
 "E",
 "N",
 "E",
 "H",
 "A",
 "H",
 "F",
 "Q",
 "K",
 "A",
 "K",
 "E",
 "R",
 "L",
 "E",
 "A",
 "K",
 "H",
 "R",
 "E",
 "R",
 "M",
 "S",
 "Q",
 "V",
 "M",
 "R",
 "E",
 "W",
 "E",
 "E",
 "A",
 "E",
 "R",
 "Q",
 "A",
 "K",
 "N",
 "L",
 "P",
 "K",
 "A",
 "D",
 "K",
 "K",
 "A",
 "V",
 "I",
 "Q",
 "H",
 "F",
 "Q",
 "E",
 "K",
 "V",
 "E",
 "S",
 "L",
 "E",
 "Q",
 "E",
 "A",
 "A",
 "N",
 "E",
 "R",
 "Q",
 "Q",
 "L",
 "V",
 "E",
 "T",
 "H",
 "M",
 "A",
 "R",
 "V",
 "E",
 "A",
 "M",
 "L",
 "N",
 "D",
 "R",
 "R",
 "R",
 "L",
 "A",
 "L",
 "E",
 "N",
 "Y",
 "I",
 "T",
 "A",
 "L",
 "Q",
 "A",
 "V",
 "P",
 "P",
 "R",
 "P",
 "R",
 "H",
 "V",
 "F",
 "N",
 "M",
 "L",
 "K",
 "K",
 "Y",
 "V",
 "R",
 "A",
 "E",
 "Q",
 "K",
 "D",
 "R",
 "Q",
 "H",
 "T",
 "L",
 "K",
 "H",
 "F",
 "E",
 "H",
 "V",
 "R",
 "M",
 "V",
 "D",
 "P",
 "K",
 "K",
 "A",
 "A",
 "Q",
 "I",
 "R",
 "S",
 "Q",
 "V",
 "M",
 "T",
 "H",
 "L",
 "R",
 "V",
 "I",
 "Y",
 "E",
 "R",
 "M",
 "N",
 "Q",
 "S",
 "L",
 "S",
 "L",
 "L",
 "Y",
 "N",
 "V",
 "P",
 "A",
 "V",
 "A",
 "E",
 "E",
 "I",
 "Q",
 "D",
 "E",
 "V",
 "D",
 "E",
 "L",
 "L",
 "Q",
 "K",
 "E",
 "Q",
 "N",
 "Y",
 "S",
 "D",
 "D",
 "V",
 "L",
 "A",
 "N",
 "M",
 "I",
 "S",
 "E",
 "P",
 "R",
 "I",
 "S",
 "Y",
 "G",
 "N",
 "D",
 "A",
 "L",
 "M",
 "P",
 "S",
 "L",
 "T",
 "E",
 "T",
 "K",
 "T",
 "T",
 "V",
 "E",
 "L",
 "L",
 "P",
 "V",
 "N",
 "G",
 "E",
 "F",
 "S",
 "L",
 "D",
 "D",
 "L",
 "Q",
 "P",
 "W",
 "H",
 "S",
 "F",
 "G",
 "A",
 "D",
 "S",
 "V",
 "P",
 "A",
 "N",
 "T",
 "E",
 "N",
 "E",
 "V",
 "E",
 "P",
 "V",
 "D",
 "A",
 "R",
 "P",
 "A",
 "A",
 "D",
 "R",
 "G",
 "L",
 "T",
 "T",
 "R",
 "P",
 "G",
 "S",
 "G",
 "L",
 "T",
 "N",
 "I",
 "K",
 "T",
 "E",
 "E",
 "I",
 "S",
 "E",
 "V",
 "K",
 "M",
 "D",
 "A",
 "E",
 "F",
 "R",
 "H",
 "D",
 "S",
 "G",
 "Y",
 "E",
 "V",
 "H",
 "H",
 "Q",
 "K",
 "L",
 "V",
 "F",
 "F",
 "A",
 "E",
 "D",
 "V",
 "G",
 "S",
 "N",
 "K",
 "G",
 "A",
 "I",
 "I",
 "G",
 "L",
 "M",
 "V",
 "G",
 "G",
 "V",
 "V",
 "I",
 "A",
 "T",
 "V",
 "I",
 "V",
 "I",
 "T",
 "L",
 "V",
 "M",
 "L",
 "K",
 "K",
 "K",
 "Q",
 "Y",
 "T",
 "S",
 "I",
 "H",
 "H",
 "G",
 "V",
 "V",
 "E",
 "V",
 "D",
 "A",
 "A",
 "V",
 "T",
 "P",
 "E",
 "E",
 "R",
 "H",
 "L",
 "S",
 "K",
 "M",
 "Q",
 "Q",
 "N",
 "G",
 "Y",
 "E",
 "N",
 "P",
 "T",
 "Y",
 "K",
 "F",
 "F",
 "E",
 "Q",
 "M",
 "Q",
 "N"
 ),
 Annotations = list(
 Site = structure(list(), names = character(0)),
 Region = structure(list(), names = character(0)),
 PTM = structure(list(), names = character(0)),
 Cleavage_site = list(
 AEP = c(
 23L,
 25L,
 42L,
 64L,
 81L,
 83L,
 84L,
 106L,
 112L,
 124L,
 125L,
 127L,
 131L,
 142L,
 145L,
 163L,
 164L,
 167L,
 178L,
 194L,
 195L,
 200L,
 204L,
 205L,
 206L,
 207L,
 214L,
 216L,
 219L,
 274L,
 277L,
 279L,
 288L,
 327L,
 328L,
 329L,
 330L,
 373L,
 376L,
 386L,
 405L,
 448L,
 466L,
 475L,
 482L,
 492L,
 537L,
 541L,
 542L,
 549L,
 550L,
 563L,
 571L,
 574L,
 579L,
 590L,
 610L,
 616L,
 617L,
 627L,
 632L,
 641L,
 668L,
 672L,
 678L,
 681L,
 692L,
 694L,
 697L,
 698L,
 716L,
 738L,
 739L,
 755L,
 757L,
 758L,
 759L
 ),
 CTSA = c(
 6L,
 9L,
 10L,
 28L,
 30L,
 36L,
 73L,
 115L,
 120L,
 125L,
 134L,
 158L,
 176L,
 177L,
 178L,
 183L,
 186L,
 220L,
 305L,
 316L,
 379L,
 404L,
 405L,
 492L,
 508L,
 535L,
 537L,
 542L,
 543L,
 544L,
 545L,
 546L,
 547L,
 548L,
 549L,
 599L,
 614L,
 616L,
 621L,
 623L,
 624L,
 628L,
 710L,
 729L,
 733L,
 735L
 ),
 CTSB = c(
 7L,
 17L,
 33L,
 43L,
 66L,
 67L,
 68L,
 79L,
 80L,
 81L,
 116L,
 132L,
 134L,
 147L,
 152L,
 155L,
 174L,
 175L,
 181L,
 184L,
 301L,
 306L,
 337L,
 363L,
 390L,
 496L,
 522L,
 538L,
 541L,
 543L,
 547L,
 548L,
 549L,
 554L,
 561L,
 585L,
 596L,
 597L,
 614L,
 615L,
 622L,
 624L,
 625L,
 626L,
 628L,
 663L,
 680L,
 704L,
 720L,
 725L,
 726L,
 727L
 ),
 CTSD = c(
 7L,
 8L,
 9L,
 20L,
 36L,
 37L,
 61L,
 81L,
 90L,
 118L,
 122L,
 125L,
 172L,
 183L,
 184L,
 186L,
 307L,
 308L,
 309L,
 479L,
 480L,
 534L,
 541L,
 548L,
 557L,
 561L,
 607L,
 612L,
 613L,
 624L,
 690L,
 691L,
 720L,
 721L,
 764L
 ),
 CTSE = c(
 7L,
 8L,
 9L,
 31L,
 36L,
 37L,
 45L,
 71L,
 72L,
 111L,
 118L,
 121L,
 122L,
 136L,
 170L,
 172L,
 184L,
 186L,
 211L,
 303L,
 309L,
 338L,
 349L,
 368L,
 410L,
 475L,
 476L,
 478L,
 479L,
 480L,
 514L,
 534L,
 547L,
 548L,
 577L,
 602L,
 606L,
 607L,
 613L,
 615L,
 624L,
 690L,
 691L,
 704L,
 705L,
 714L,
 716L,
 719L,
 720L,
 721L,
 737L,
 740L,
 764L,
 765L
 ),
 CTSF = c(90L, 131L, 194L, 547L, 722L),
 CTSG = c(
 8L,
 9L,
 37L,
 72L,
 113L,
 115L,
 121L,
 143L,
 177L,
 179L,
 184L,
 197L,
 205L,
 217L,
 230L,
 288L,
 289L,
 294L,
 302L,
 319L,
 372L,
 378L,
 384L,
 413L,
 435L,
 479L,
 495L,
 498L,
 504L,
 557L,
 572L,
 575L,
 580L,
 593L,
 615L,
 672L,
 691L,
 705L,
 720L,
 755L,
 757L
 ),
 CTSK = c(
 9L,
 29L,
 30L,
 31L,
 33L,
 71L,
 74L,
 79L,
 81L,
 90L,
 119L,
 120L,
 124L,
 137L,
 171L,
 174L,
 188L,
 231L,
 300L,
 301L,
 304L,
 305L,
 314L,
 341L,
 351L,
 366L,
 367L,
 433L,
 472L,
 474L,
 478L,
 481L,
 488L,
 495L,
 510L,
 527L,
 535L,
 548L,
 585L,
 596L,
 605L,
 651L,
 659L,
 691L,
 719L,
 724L
 ),
 CTSL = c(
 7L,
 8L,
 9L,
 11L,
 19L,
 29L,
 30L,
 35L,
 37L,
 38L,
 42L,
 54L,
 58L,
 62L,
 71L,
 73L,
 74L,
 81L,
 87L,
 93L,
 95L,
 99L,
 106L,
 112L,
 116L,
 118L,
 119L,
 124L,
 128L,
 136L,
 137L,
 151L,
 155L,
 166L,
 169L,
 171L,
 174L,
 180L,
 181L,
 182L,
 183L,
 186L,
 187L,
 188L,
 194L,
 231L,
 263L,
 273L,
 274L,
 275L,
 276L,
 280L,
 281L,
 287L,
 288L,
 291L,
 303L,
 305L,
 306L,
 308L,
 321L,
 322L,
 331L,
 332L,
 333L,
 337L,
 341L,
 342L,
 350L,
 351L,
 352L,
 353L,
 358L,
 359L,
 360L,
 379L,
 392L,
 399L,
 407L,
 410L,
 414L,
 433L,
 436L,
 440L,
 443L,
 455L,
 466L,
 472L,
 473L,
 478L,
 481L,
 491L,
 492L,
 513L,
 516L,
 527L,
 531L,
 535L,
 537L,
 538L,
 539L,
 540L,
 548L,
 549L,
 550L,
 555L,
 559L,
 566L,
 567L,
 572L,
 573L,
 578L,
 582L,
 587L,
 589L,
 590L,
 596L,
 598L,
 602L,
 603L,
 605L,
 606L,
 610L,
 613L,
 614L,
 616L,
 622L,
 625L,
 651L,
 652L,
 659L,
 662L,
 676L,
 690L,
 691L,
 692L,
 694L,
 696L,
 704L,
 706L,
 719L,
 720L,
 722L,
 724L,
 725L,
 728L,
 729L,
 737L,
 739L,
 751L,
 763L,
 765L,
 766L
 ),
 CTSS = c(
 18L,
 19L,
 29L,
 30L,
 35L,
 37L,
 42L,
 58L,
 69L,
 71L,
 73L,
 74L,
 75L,
 81L,
 83L,
 87L,
 93L,
 106L,
 111L,
 112L,
 116L,
 120L,
 124L,
 127L,
 128L,
 133L,
 137L,
 142L,
 144L,
 155L,
 166L,
 171L,
 172L,
 180L,
 183L,
 184L,
 185L,
 186L,
 187L,
 188L,
 191L,
 192L,
 263L,
 274L,
 280L,
 288L,
 291L,
 303L,
 304L,
 306L,
 312L,
 315L,
 333L,
 339L,
 341L,
 342L,
 346L,
 350L,
 351L,
 353L,
 358L,
 359L,
 367L,
 368L,
 369L,
 379L,
 380L,
 399L,
 407L,
 410L,
 411L,
 436L,
 440L,
 443L,
 444L,
 455L,
 461L,
 462L,
 463L,
 470L,
 472L,
 473L,
 479L,
 480L,
 481L,
 482L,
 495L,
 516L,
 532L,
 535L,
 538L,
 540L,
 541L,
 542L,
 546L,
 547L,
 548L,
 549L,
 555L,
 556L,
 562L,
 563L,
 566L,
 567L,
 568L,
 577L,
 578L,
 582L,
 587L,
 598L,
 602L,
 603L,
 604L,
 605L,
 606L,
 607L,
 610L,
 612L,
 614L,
 615L,
 616L,
 622L,
 628L,
 641L,
 651L,
 657L,
 670L,
 672L,
 687L,
 690L,
 691L,
 692L,
 693L,
 696L,
 704L,
 706L,
 707L,
 708L,
 719L,
 722L,
 724L,
 739L,
 753L,
 757L,
 758L,
 763L,
 765L,
 769L
 ),
 CTSV = c(
 8L,
 9L,
 11L,
 16L,
 19L,
 29L,
 30L,
 35L,
 37L,
 38L,
 42L,
 71L,
 72L,
 73L,
 74L,
 81L,
 87L,
 90L,
 93L,
 95L,
 106L,
 116L,
 120L,
 124L,
 128L,
 137L,
 144L,
 169L,
 170L,
 171L,
 172L,
 180L,
 181L,
 183L,
 186L,
 237L,
 291L,
 303L,
 305L,
 309L,
 310L,
 312L,
 314L,
 321L,
 322L,
 341L,
 350L,
 351L,
 358L,
 379L,
 407L,
 410L,
 433L,
 440L,
 443L,
 454L,
 455L,
 466L,
 474L,
 477L,
 478L,
 479L,
 481L,
 510L,
 513L,
 531L,
 532L,
 535L,
 546L,
 548L,
 549L,
 550L,
 555L,
 559L,
 563L,
 567L,
 578L,
 582L,
 585L,
 586L,
 587L,
 598L,
 602L,
 605L,
 606L,
 612L,
 614L,
 616L,
 622L,
 625L,
 659L,
 662L,
 667L,
 670L,
 672L,
 676L,
 684L,
 691L,
 692L,
 696L,
 706L,
 708L,
 719L,
 722L,
 723L,
 724L,
 729L,
 758L,
 762L,
 765L,
 766L
 ),
 CTSX = c(
 9L,
 14L,
 15L,
 17L,
 28L,
 29L,
 30L,
 64L,
 71L,
 79L,
 81L,
 82L,
 106L,
 125L,
 131L,
 133L,
 134L,
 172L,
 178L,
 183L,
 184L,
 185L,
 186L,
 274L,
 350L,
 404L,
 405L,
 471L,
 472L,
 481L,
 508L,
 518L,
 559L,
 563L,
 572L,
 576L,
 612L,
 613L,
 614L,
 641L,
 681L,
 692L,
 705L,
 706L,
 716L,
 719L,
 741L,
 757L
 )
 ),
 Variant = structure(list(), names = character(0))
 ),
 UniprotID = "P05067-1",
 Description = "APP cleavage data - pH 4.5",
 Reference = "Ackley et al preprint"
 ),
 class = c("a3", "list")
)
MAPT_APP_Cleavage_5_5 <- structure(
 list(
 Sequence = c(
 "M",
 "L",
 "P",
 "G",
 "L",
 "A",
 "L",
 "L",
 "L",
 "L",
 "A",
 "A",
 "W",
 "T",
 "A",
 "R",
 "A",
 "L",
 "E",
 "V",
 "P",
 "T",
 "D",
 "G",
 "N",
 "A",
 "G",
 "L",
 "L",
 "A",
 "E",
 "P",
 "Q",
 "I",
 "A",
 "M",
 "F",
 "C",
 "G",
 "R",
 "L",
 "N",
 "M",
 "H",
 "M",
 "N",
 "V",
 "Q",
 "N",
 "G",
 "K",
 "W",
 "D",
 "S",
 "D",
 "P",
 "S",
 "G",
 "T",
 "K",
 "T",
 "C",
 "I",
 "D",
 "T",
 "K",
 "E",
 "G",
 "I",
 "L",
 "Q",
 "Y",
 "C",
 "Q",
 "E",
 "V",
 "Y",
 "P",
 "E",
 "L",
 "Q",
 "I",
 "T",
 "N",
 "V",
 "V",
 "E",
 "A",
 "N",
 "Q",
 "P",
 "V",
 "T",
 "I",
 "Q",
 "N",
 "W",
 "C",
 "K",
 "R",
 "G",
 "R",
 "K",
 "Q",
 "C",
 "K",
 "T",
 "H",
 "P",
 "H",
 "F",
 "V",
 "I",
 "P",
 "Y",
 "R",
 "C",
 "L",
 "V",
 "G",
 "E",
 "F",
 "V",
 "S",
 "D",
 "A",
 "L",
 "L",
 "V",
 "P",
 "D",
 "K",
 "C",
 "K",
 "F",
 "L",
 "H",
 "Q",
 "E",
 "R",
 "M",
 "D",
 "V",
 "C",
 "E",
 "T",
 "H",
 "L",
 "H",
 "W",
 "H",
 "T",
 "V",
 "A",
 "K",
 "E",
 "T",
 "C",
 "S",
 "E",
 "K",
 "S",
 "T",
 "N",
 "L",
 "H",
 "D",
 "Y",
 "G",
 "M",
 "L",
 "L",
 "P",
 "C",
 "G",
 "I",
 "D",
 "K",
 "F",
 "R",
 "G",
 "V",
 "E",
 "F",
 "V",
 "C",
 "C",
 "P",
 "L",
 "A",
 "E",
 "E",
 "S",
 "D",
 "N",
 "V",
 "D",
 "S",
 "A",
 "D",
 "A",
 "E",
 "E",
 "D",
 "D",
 "S",
 "D",
 "V",
 "W",
 "W",
 "G",
 "G",
 "A",
 "D",
 "T",
 "D",
 "Y",
 "A",
 "D",
 "G",
 "S",
 "E",
 "D",
 "K",
 "V",
 "V",
 "E",
 "V",
 "A",
 "E",
 "E",
 "E",
 "E",
 "V",
 "A",
 "E",
 "V",
 "E",
 "E",
 "E",
 "E",
 "A",
 "D",
 "D",
 "D",
 "E",
 "D",
 "D",
 "E",
 "D",
 "G",
 "D",
 "E",
 "V",
 "E",
 "E",
 "E",
 "A",
 "E",
 "E",
 "P",
 "Y",
 "E",
 "E",
 "A",
 "T",
 "E",
 "R",
 "T",
 "T",
 "S",
 "I",
 "A",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "E",
 "S",
 "V",
 "E",
 "E",
 "V",
 "V",
 "R",
 "E",
 "V",
 "C",
 "S",
 "E",
 "Q",
 "A",
 "E",
 "T",
 "G",
 "P",
 "C",
 "R",
 "A",
 "M",
 "I",
 "S",
 "R",
 "W",
 "Y",
 "F",
 "D",
 "V",
 "T",
 "E",
 "G",
 "K",
 "C",
 "A",
 "P",
 "F",
 "F",
 "Y",
 "G",
 "G",
 "C",
 "G",
 "G",
 "N",
 "R",
 "N",
 "N",
 "F",
 "D",
 "T",
 "E",
 "E",
 "Y",
 "C",
 "M",
 "A",
 "V",
 "C",
 "G",
 "S",
 "A",
 "M",
 "S",
 "Q",
 "S",
 "L",
 "L",
 "K",
 "T",
 "T",
 "Q",
 "E",
 "P",
 "L",
 "A",
 "R",
 "D",
 "P",
 "V",
 "K",
 "L",
 "P",
 "T",
 "T",
 "A",
 "A",
 "S",
 "T",
 "P",
 "D",
 "A",
 "V",
 "D",
 "K",
 "Y",
 "L",
 "E",
 "T",
 "P",
 "G",
 "D",
 "E",
 "N",
 "E",
 "H",
 "A",
 "H",
 "F",
 "Q",
 "K",
 "A",
 "K",
 "E",
 "R",
 "L",
 "E",
 "A",
 "K",
 "H",
 "R",
 "E",
 "R",
 "M",
 "S",
 "Q",
 "V",
 "M",
 "R",
 "E",
 "W",
 "E",
 "E",
 "A",
 "E",
 "R",
 "Q",
 "A",
 "K",
 "N",
 "L",
 "P",
 "K",
 "A",
 "D",
 "K",
 "K",
 "A",
 "V",
 "I",
 "Q",
 "H",
 "F",
 "Q",
 "E",
 "K",
 "V",
 "E",
 "S",
 "L",
 "E",
 "Q",
 "E",
 "A",
 "A",
 "N",
 "E",
 "R",
 "Q",
 "Q",
 "L",
 "V",
 "E",
 "T",
 "H",
 "M",
 "A",
 "R",
 "V",
 "E",
 "A",
 "M",
 "L",
 "N",
 "D",
 "R",
 "R",
 "R",
 "L",
 "A",
 "L",
 "E",
 "N",
 "Y",
 "I",
 "T",
 "A",
 "L",
 "Q",
 "A",
 "V",
 "P",
 "P",
 "R",
 "P",
 "R",
 "H",
 "V",
 "F",
 "N",
 "M",
 "L",
 "K",
 "K",
 "Y",
 "V",
 "R",
 "A",
 "E",
 "Q",
 "K",
 "D",
 "R",
 "Q",
 "H",
 "T",
 "L",
 "K",
 "H",
 "F",
 "E",
 "H",
 "V",
 "R",
 "M",
 "V",
 "D",
 "P",
 "K",
 "K",
 "A",
 "A",
 "Q",
 "I",
 "R",
 "S",
 "Q",
 "V",
 "M",
 "T",
 "H",
 "L",
 "R",
 "V",
 "I",
 "Y",
 "E",
 "R",
 "M",
 "N",
 "Q",
 "S",
 "L",
 "S",
 "L",
 "L",
 "Y",
 "N",
 "V",
 "P",
 "A",
 "V",
 "A",
 "E",
 "E",
 "I",
 "Q",
 "D",
 "E",
 "V",
 "D",
 "E",
 "L",
 "L",
 "Q",
 "K",
 "E",
 "Q",
 "N",
 "Y",
 "S",
 "D",
 "D",
 "V",
 "L",
 "A",
 "N",
 "M",
 "I",
 "S",
 "E",
 "P",
 "R",
 "I",
 "S",
 "Y",
 "G",
 "N",
 "D",
 "A",
 "L",
 "M",
 "P",
 "S",
 "L",
 "T",
 "E",
 "T",
 "K",
 "T",
 "T",
 "V",
 "E",
 "L",
 "L",
 "P",
 "V",
 "N",
 "G",
 "E",
 "F",
 "S",
 "L",
 "D",
 "D",
 "L",
 "Q",
 "P",
 "W",
 "H",
 "S",
 "F",
 "G",
 "A",
 "D",
 "S",
 "V",
 "P",
 "A",
 "N",
 "T",
 "E",
 "N",
 "E",
 "V",
 "E",
 "P",
 "V",
 "D",
 "A",
 "R",
 "P",
 "A",
 "A",
 "D",
 "R",
 "G",
 "L",
 "T",
 "T",
 "R",
 "P",
 "G",
 "S",
 "G",
 "L",
 "T",
 "N",
 "I",
 "K",
 "T",
 "E",
 "E",
 "I",
 "S",
 "E",
 "V",
 "K",
 "M",
 "D",
 "A",
 "E",
 "F",
 "R",
 "H",
 "D",
 "S",
 "G",
 "Y",
 "E",
 "V",
 "H",
 "H",
 "Q",
 "K",
 "L",
 "V",
 "F",
 "F",
 "A",
 "E",
 "D",
 "V",
 "G",
 "S",
 "N",
 "K",
 "G",
 "A",
 "I",
 "I",
 "G",
 "L",
 "M",
 "V",
 "G",
 "G",
 "V",
 "V",
 "I",
 "A",
 "T",
 "V",
 "I",
 "V",
 "I",
 "T",
 "L",
 "V",
 "M",
 "L",
 "K",
 "K",
 "K",
 "Q",
 "Y",
 "T",
 "S",
 "I",
 "H",
 "H",
 "G",
 "V",
 "V",
 "E",
 "V",
 "D",
 "A",
 "A",
 "V",
 "T",
 "P",
 "E",
 "E",
 "R",
 "H",
 "L",
 "S",
 "K",
 "M",
 "Q",
 "Q",
 "N",
 "G",
 "Y",
 "E",
 "N",
 "P",
 "T",
 "Y",
 "K",
 "F",
 "F",
 "E",
 "Q",
 "M",
 "Q",
 "N"
 ),
 Annotations = list(
 Site = structure(list(), names = character(0)),
 Region = structure(list(), names = character(0)),
 PTM = structure(list(), names = character(0)),
 Cleavage_site = list(
 AEP = c(
 42L,
 71L,
 81L,
 84L,
 112L,
 118L,
 125L,
 131L,
 133L,
 164L,
 192L,
 193L,
 205L,
 274L,
 288L,
 304L,
 329L,
 347L,
 386L,
 404L,
 466L,
 475L,
 509L,
 511L,
 542L,
 562L,
 572L,
 575L,
 579L,
 590L,
 594L,
 610L,
 613L,
 616L,
 641L,
 668L,
 681L,
 698L,
 716L,
 717L,
 755L
 ),
 CTSA = c(
 30L,
 32L,
 35L,
 49L,
 78L,
 115L,
 120L,
 126L,
 183L,
 186L,
 194L,
 223L,
 294L,
 301L,
 302L,
 305L,
 321L,
 328L,
 383L,
 496L,
 508L,
 516L,
 520L,
 523L,
 535L,
 537L,
 544L,
 545L,
 546L,
 550L,
 628L,
 688L,
 691L,
 704L,
 718L,
 720L,
 724L,
 735L
 ),
 CTSB = c(
 16L,
 20L,
 33L,
 34L,
 66L,
 67L,
 71L,
 74L,
 79L,
 80L,
 81L,
 99L,
 101L,
 103L,
 104L,
 115L,
 116L,
 132L,
 134L,
 150L,
 174L,
 175L,
 180L,
 181L,
 184L,
 194L,
 209L,
 211L,
 220L,
 235L,
 269L,
 301L,
 303L,
 306L,
 337L,
 341L,
 342L,
 352L,
 363L,
 366L,
 389L,
 390L,
 392L,
 394L,
 414L,
 418L,
 446L,
 455L,
 457L,
 470L,
 473L,
 475L,
 479L,
 522L,
 539L,
 541L,
 543L,
 548L,
 550L,
 585L,
 596L,
 614L,
 615L,
 622L,
 625L,
 626L,
 628L,
 663L,
 680L,
 704L,
 720L,
 725L,
 727L,
 733L,
 737L,
 763L
 ),
 CTSG = c(
 8L,
 9L,
 10L,
 34L,
 37L,
 49L,
 55L,
 72L,
 73L,
 77L,
 87L,
 115L,
 120L,
 125L,
 179L,
 184L,
 186L,
 189L,
 205L,
 206L,
 209L,
 214L,
 217L,
 302L,
 304L,
 308L,
 372L,
 378L,
 384L,
 435L,
 479L,
 480L,
 484L,
 498L,
 500L,
 504L,
 509L,
 541L,
 548L,
 549L,
 550L,
 559L,
 572L,
 576L,
 601L,
 615L,
 621L,
 622L,
 628L,
 647L,
 653L,
 668L,
 690L,
 691L,
 702L,
 705L,
 720L,
 740L,
 764L
 ),
 CTSL = c(
 9L,
 29L,
 30L,
 38L,
 71L,
 75L,
 112L,
 120L,
 122L,
 305L,
 433L,
 472L,
 492L,
 510L,
 531L,
 535L,
 547L,
 548L,
 549L,
 550L,
 690L,
 691L,
 722L,
 725L,
 729L
 ),
 CTSO = c(9L, 71L, 86L, 92L, 133L, 192L, 511L, 590L, 613L, 614L, 668L),
 CTSS = c(
 9L,
 18L,
 19L,
 21L,
 27L,
 29L,
 30L,
 31L,
 33L,
 35L,
 36L,
 37L,
 42L,
 69L,
 71L,
 73L,
 74L,
 75L,
 81L,
 83L,
 86L,
 87L,
 93L,
 95L,
 106L,
 111L,
 112L,
 116L,
 118L,
 119L,
 120L,
 121L,
 123L,
 124L,
 126L,
 127L,
 128L,
 133L,
 137L,
 142L,
 144L,
 154L,
 155L,
 166L,
 171L,
 172L,
 173L,
 175L,
 178L,
 180L,
 181L,
 183L,
 185L,
 186L,
 187L,
 188L,
 263L,
 274L,
 278L,
 279L,
 280L,
 288L,
 291L,
 303L,
 304L,
 305L,
 306L,
 312L,
 315L,
 339L,
 341L,
 342L,
 346L,
 350L,
 351L,
 353L,
 358L,
 359L,
 363L,
 366L,
 367L,
 368L,
 369L,
 379L,
 380L,
 399L,
 407L,
 408L,
 410L,
 411L,
 433L,
 436L,
 440L,
 443L,
 455L,
 461L,
 462L,
 463L,
 470L,
 472L,
 478L,
 479L,
 480L,
 481L,
 482L,
 492L,
 495L,
 499L,
 511L,
 516L,
 531L,
 532L,
 535L,
 540L,
 541L,
 542L,
 544L,
 546L,
 547L,
 548L,
 549L,
 550L,
 555L,
 556L,
 562L,
 566L,
 567L,
 568L,
 572L,
 575L,
 577L,
 578L,
 582L,
 587L,
 598L,
 603L,
 604L,
 605L,
 606L,
 610L,
 612L,
 614L,
 616L,
 618L,
 622L,
 640L,
 641L,
 651L,
 653L,
 670L,
 681L,
 687L,
 690L,
 691L,
 692L,
 696L,
 704L,
 706L,
 716L,
 717L,
 719L,
 722L,
 724L,
 729L,
 739L,
 753L,
 758L,
 765L,
 766L,
 769L
 )
 ),
 Variant = structure(list(), names = character(0))
 ),
 UniprotID = "P05067-1",
 Description = "APP cleavage data - pH 5.5",
 Reference = "Ackley et al preprint"
 ),
 class = c("a3", "list")
)
MAPT_APP_Cleavage_7_4 <- structure(
 list(
 Sequence = c(
 "M",
 "L",
 "P",
 "G",
 "L",
 "A",
 "L",
 "L",
 "L",
 "L",
 "A",
 "A",
 "W",
 "T",
 "A",
 "R",
 "A",
 "L",
 "E",
 "V",
 "P",
 "T",
 "D",
 "G",
 "N",
 "A",
 "G",
 "L",
 "L",
 "A",
 "E",
 "P",
 "Q",
 "I",
 "A",
 "M",
 "F",
 "C",
 "G",
 "R",
 "L",
 "N",
 "M",
 "H",
 "M",
 "N",
 "V",
 "Q",
 "N",
 "G",
 "K",
 "W",
 "D",
 "S",
 "D",
 "P",
 "S",
 "G",
 "T",
 "K",
 "T",
 "C",
 "I",
 "D",
 "T",
 "K",
 "E",
 "G",
 "I",
 "L",
 "Q",
 "Y",
 "C",
 "Q",
 "E",
 "V",
 "Y",
 "P",
 "E",
 "L",
 "Q",
 "I",
 "T",
 "N",
 "V",
 "V",
 "E",
 "A",
 "N",
 "Q",
 "P",
 "V",
 "T",
 "I",
 "Q",
 "N",
 "W",
 "C",
 "K",
 "R",
 "G",
 "R",
 "K",
 "Q",
 "C",
 "K",
 "T",
 "H",
 "P",
 "H",
 "F",
 "V",
 "I",
 "P",
 "Y",
 "R",
 "C",
 "L",
 "V",
 "G",
 "E",
 "F",
 "V",
 "S",
 "D",
 "A",
 "L",
 "L",
 "V",
 "P",
 "D",
 "K",
 "C",
 "K",
 "F",
 "L",
 "H",
 "Q",
 "E",
 "R",
 "M",
 "D",
 "V",
 "C",
 "E",
 "T",
 "H",
 "L",
 "H",
 "W",
 "H",
 "T",
 "V",
 "A",
 "K",
 "E",
 "T",
 "C",
 "S",
 "E",
 "K",
 "S",
 "T",
 "N",
 "L",
 "H",
 "D",
 "Y",
 "G",
 "M",
 "L",
 "L",
 "P",
 "C",
 "G",
 "I",
 "D",
 "K",
 "F",
 "R",
 "G",
 "V",
 "E",
 "F",
 "V",
 "C",
 "C",
 "P",
 "L",
 "A",
 "E",
 "E",
 "S",
 "D",
 "N",
 "V",
 "D",
 "S",
 "A",
 "D",
 "A",
 "E",
 "E",
 "D",
 "D",
 "S",
 "D",
 "V",
 "W",
 "W",
 "G",
 "G",
 "A",
 "D",
 "T",
 "D",
 "Y",
 "A",
 "D",
 "G",
 "S",
 "E",
 "D",
 "K",
 "V",
 "V",
 "E",
 "V",
 "A",
 "E",
 "E",
 "E",
 "E",
 "V",
 "A",
 "E",
 "V",
 "E",
 "E",
 "E",
 "E",
 "A",
 "D",
 "D",
 "D",
 "E",
 "D",
 "D",
 "E",
 "D",
 "G",
 "D",
 "E",
 "V",
 "E",
 "E",
 "E",
 "A",
 "E",
 "E",
 "P",
 "Y",
 "E",
 "E",
 "A",
 "T",
 "E",
 "R",
 "T",
 "T",
 "S",
 "I",
 "A",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "T",
 "E",
 "S",
 "V",
 "E",
 "E",
 "V",
 "V",
 "R",
 "E",
 "V",
 "C",
 "S",
 "E",
 "Q",
 "A",
 "E",
 "T",
 "G",
 "P",
 "C",
 "R",
 "A",
 "M",
 "I",
 "S",
 "R",
 "W",
 "Y",
 "F",
 "D",
 "V",
 "T",
 "E",
 "G",
 "K",
 "C",
 "A",
 "P",
 "F",
 "F",
 "Y",
 "G",
 "G",
 "C",
 "G",
 "G",
 "N",
 "R",
 "N",
 "N",
 "F",
 "D",
 "T",
 "E",
 "E",
 "Y",
 "C",
 "M",
 "A",
 "V",
 "C",
 "G",
 "S",
 "A",
 "M",
 "S",
 "Q",
 "S",
 "L",
 "L",
 "K",
 "T",
 "T",
 "Q",
 "E",
 "P",
 "L",
 "A",
 "R",
 "D",
 "P",
 "V",
 "K",
 "L",
 "P",
 "T",
 "T",
 "A",
 "A",
 "S",
 "T",
 "P",
 "D",
 "A",
 "V",
 "D",
 "K",
 "Y",
 "L",
 "E",
 "T",
 "P",
 "G",
 "D",
 "E",
 "N",
 "E",
 "H",
 "A",
 "H",
 "F",
 "Q",
 "K",
 "A",
 "K",
 "E",
 "R",
 "L",
 "E",
 "A",
 "K",
 "H",
 "R",
 "E",
 "R",
 "M",
 "S",
 "Q",
 "V",
 "M",
 "R",
 "E",
 "W",
 "E",
 "E",
 "A",
 "E",
 "R",
 "Q",
 "A",
 "K",
 "N",
 "L",
 "P",
 "K",
 "A",
 "D",
 "K",
 "K",
 "A",
 "V",
 "I",
 "Q",
 "H",
 "F",
 "Q",
 "E",
 "K",
 "V",
 "E",
 "S",
 "L",
 "E",
 "Q",
 "E",
 "A",
 "A",
 "N",
 "E",
 "R",
 "Q",
 "Q",
 "L",
 "V",
 "E",
 "T",
 "H",
 "M",
 "A",
 "R",
 "V",
 "E",
 "A",
 "M",
 "L",
 "N",
 "D",
 "R",
 "R",
 "R",
 "L",
 "A",
 "L",
 "E",
 "N",
 "Y",
 "I",
 "T",
 "A",
 "L",
 "Q",
 "A",
 "V",
 "P",
 "P",
 "R",
 "P",
 "R",
 "H",
 "V",
 "F",
 "N",
 "M",
 "L",
 "K",
 "K",
 "Y",
 "V",
 "R",
 "A",
 "E",
 "Q",
 "K",
 "D",
 "R",
 "Q",
 "H",
 "T",
 "L",
 "K",
 "H",
 "F",
 "E",
 "H",
 "V",
 "R",
 "M",
 "V",
 "D",
 "P",
 "K",
 "K",
 "A",
 "A",
 "Q",
 "I",
 "R",
 "S",
 "Q",
 "V",
 "M",
 "T",
 "H",
 "L",
 "R",
 "V",
 "I",
 "Y",
 "E",
 "R",
 "M",
 "N",
 "Q",
 "S",
 "L",
 "S",
 "L",
 "L",
 "Y",
 "N",
 "V",
 "P",
 "A",
 "V",
 "A",
 "E",
 "E",
 "I",
 "Q",
 "D",
 "E",
 "V",
 "D",
 "E",
 "L",
 "L",
 "Q",
 "K",
 "E",
 "Q",
 "N",
 "Y",
 "S",
 "D",
 "D",
 "V",
 "L",
 "A",
 "N",
 "M",
 "I",
 "S",
 "E",
 "P",
 "R",
 "I",
 "S",
 "Y",
 "G",
 "N",
 "D",
 "A",
 "L",
 "M",
 "P",
 "S",
 "L",
 "T",
 "E",
 "T",
 "K",
 "T",
 "T",
 "V",
 "E",
 "L",
 "L",
 "P",
 "V",
 "N",
 "G",
 "E",
 "F",
 "S",
 "L",
 "D",
 "D",
 "L",
 "Q",
 "P",
 "W",
 "H",
 "S",
 "F",
 "G",
 "A",
 "D",
 "S",
 "V",
 "P",
 "A",
 "N",
 "T",
 "E",
 "N",
 "E",
 "V",
 "E",
 "P",
 "V",
 "D",
 "A",
 "R",
 "P",
 "A",
 "A",
 "D",
 "R",
 "G",
 "L",
 "T",
 "T",
 "R",
 "P",
 "G",
 "S",
 "G",
 "L",
 "T",
 "N",
 "I",
 "K",
 "T",
 "E",
 "E",
 "I",
 "S",
 "E",
 "V",
 "K",
 "M",
 "D",
 "A",
 "E",
 "F",
 "R",
 "H",
 "D",
 "S",
 "G",
 "Y",
 "E",
 "V",
 "H",
 "H",
 "Q",
 "K",
 "L",
 "V",
 "F",
 "F",
 "A",
 "E",
 "D",
 "V",
 "G",
 "S",
 "N",
 "K",
 "G",
 "A",
 "I",
 "I",
 "G",
 "L",
 "M",
 "V",
 "G",
 "G",
 "V",
 "V",
 "I",
 "A",
 "T",
 "V",
 "I",
 "V",
 "I",
 "T",
 "L",
 "V",
 "M",
 "L",
 "K",
 "K",
 "K",
 "Q",
 "Y",
 "T",
 "S",
 "I",
 "H",
 "H",
 "G",
 "V",
 "V",
 "E",
 "V",
 "D",
 "A",
 "A",
 "V",
 "T",
 "P",
 "E",
 "E",
 "R",
 "H",
 "L",
 "S",
 "K",
 "M",
 "Q",
 "Q",
 "N",
 "G",
 "Y",
 "E",
 "N",
 "P",
 "T",
 "Y",
 "K",
 "F",
 "F",
 "E",
 "Q",
 "M",
 "Q",
 "N"
 ),
 Annotations = list(
 Site = structure(list(), names = character(0)),
 Region = structure(list(), names = character(0)),
 PTM = structure(list(), names = character(0)),
 Cleavage_site = list(
 CTSA = c(28L, 49L, 177L, 384L, 550L, 690L, 716L, 742L),
 CTSG = c(
 8L,
 9L,
 10L,
 28L,
 36L,
 37L,
 38L,
 39L,
 42L,
 49L,
 51L,
 66L,
 70L,
 72L,
 73L,
 76L,
 77L,
 111L,
 115L,
 117L,
 120L,
 122L,
 133L,
 134L,
 135L,
 140L,
 141L,
 150L,
 161L,
 165L,
 168L,
 170L,
 177L,
 179L,
 184L,
 189L,
 192L,
 205L,
 216L,
 217L,
 262L,
 289L,
 301L,
 302L,
 307L,
 308L,
 315L,
 321L,
 332L,
 336L,
 343L,
 345L,
 350L,
 351L,
 355L,
 357L,
 370L,
 378L,
 381L,
 405L,
 410L,
 413L,
 425L,
 435L,
 438L,
 460L,
 464L,
 465L,
 469L,
 472L,
 479L,
 480L,
 491L,
 495L,
 502L,
 504L,
 507L,
 509L,
 510L,
 513L,
 524L,
 527L,
 531L,
 533L,
 534L,
 545L,
 547L,
 548L,
 549L,
 550L,
 557L,
 562L,
 565L,
 572L,
 577L,
 580L,
 588L,
 599L,
 601L,
 602L,
 615L,
 621L,
 624L,
 628L,
 638L,
 641L,
 649L,
 662L,
 670L,
 673L,
 676L,
 679L,
 687L,
 688L,
 690L,
 691L,
 702L,
 705L,
 706L,
 720L,
 724L,
 728L,
 729L,
 731L,
 744L,
 763L,
 764L,
 765L
 )
 ),
 Variant = structure(list(), names = character(0))
 ),
 UniprotID = "P05067-1",
 Description = "APP cleavage data - pH 7.4",
 Reference = "Ackley et al preprint"
 ),
 class = c("a3", "list")
)