Update Dockerfile

Dockerfile

@@ -1,5 +1,12 @@
 FROM python:3.10
 
+# 安装编译依赖
+RUN apt-get update && apt-get install -y \
+    gcc \
+    g++ \
+    make \
+    && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
+
 RUN useradd -m -u 1000 user && \
     python -m pip install --upgrade pip
 
@@ -13,15 +20,13 @@ RUN pip install --no-cache-dir --upgrade -r requirements.txt
 
 COPY --chown=user . /app
 
-# ❌ 删除或注释掉这行
-# ENV PYTHONPATH=/app/biopython/source:$PYTHONPATH
+# ✅ 编译 Biopython 源码（生成 C 扩展）
+RUN cd /app/biopython/source && \
+    python setup.py build_ext --inplace && \
+    cd /app
 
-# ✅ 如果需要从源代码安装 Biopython，先编译安装
-RUN if [ -d "/app/biopython/source" ]; then \
-        cd /app/biopython/source && \
-        pip install --no-cache-dir . && \
-        cd /app; \
-    fi
+# ✅ 现在可以安全地设置 PYTHONPATH
+ENV PYTHONPATH=/app/biopython/source:$PYTHONPATH
 
 EXPOSE 7860
 ENV MCP_TRANSPORT=http