Upload 42 files

88e90c6 verified 24 days ago

11.5 kB

<p align="center"><img src="mobil/ikon.png" width="96" alt="Genetik YZ simgesi"></p>
<h1 align="center">Genetik YZ</h1>
<p align="center"><i>Karyotip analizi ve DNA dizisinin görüntüsü</i></p>
<p align="center"><b>Türkçe</b> · <a href="README.en.md">English</a></p>
<p align="center">
  <img alt="Android 5.0+" src="https://img.shields.io/badge/Android-5.0%2B-3DDC84?logo=android&logoColor=white">
  <img alt="Çevrimdışı" src="https://img.shields.io/badge/internet-gerekmez-0B5CAD">
  <img alt="Eğitim amaçlı" src="https://img.shields.io/badge/kullan%C4%B1m-e%C4%9Fitim%20ama%C3%A7l%C4%B1-E0A526">
</p>

İki bölümlü eğitim uygulaması: Karyotip sekmesi bir metafaz görüntüsünden kromozomları sayar, tiplerini tanır ve karyotip formülünü (ör. 47,XX,+21) verir; DNA → Görüntü sekmesi bir gen dizisini Kaos Oyunu ile görüntüye çevirip gen ailesini tahmin eder.

<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g2_formul.png" width="280" alt="Genetik YZ ekran görüntüsü">&nbsp;&nbsp;<img src="ekran_goruntuleri/g6_dna_sonuc.png" width="280" alt="Genetik YZ ekran görüntüsü"></p>

> [!IMPORTANT]
> **Yalnızca eğitim amaçlıdır.** Klinik tanı veya tedavi kararında kullanılamaz.

## Özet

| Özellik | Değer |
| --- | --- |
| Paket adı | tr.saglikyz.genetik |
| Sürüm | 1.0 |
| Gereksinim | Android 5.0 ve üzeri |
| Boyut | 2,3 MB |
| İnternet izni | Yok |
| Karyotip modeli | Otsu eşikleme + 24 sınıflı CNN; kromozom başına %99 doğru tip |
| DNA modeli | 6-mer FCGR + lojistik regresyon; sızıntısız test %79 |
| Veri | 160 simüle metafaz (test) · 4.380 insan gen dizisi |

**İndir:** [`Genetik_YZ.apk`](Genetik_YZ.apk)

## İçindekiler

- [Kurulum](#kurulum)
- [Karyotip sekmesi](#karyotip-sekmesi)
- [DNA → Görüntü sekmesi](#dna--görüntü-sekmesi)
- [Sorun giderme](#sorun-giderme)
- [Sunumda kullanım](#sunumda-kullanım)
- [Veri ve model](#veri-ve-model)
- [Geliştiriciler için](#geliştiriciler-için)

## Kurulum

Uygulama Play Store'da değildir; APK dosyasıyla doğrudan kurulur. Android 5.0 ve üzeri gerekir.

1. `Genetik_YZ.apk` dosyasını telefona aktarın (WhatsApp, e-posta, Google Drive veya USB kablo).
2. Telefonda **Dosyalar** veya **İndirilenler** klasöründen APK'ya dokunun.
3. "Bilinmeyen uygulamaları yükle" uyarısı çıkarsa **Ayarlar**'a dokunun, dosyayı açtığınız uygulama (ör. Dosyalar, Chrome) için **Bu kaynaktan izin ver**'i açın ve geri dönün.
4. **Yükle**'ye dokunun. Play Protect "tanınmayan geliştirici" uyarısı verirse **Ayrıntılar → Yine de yükle**'yi seçin.
5. Uygulama simgesi ana ekranda veya uygulama listesinde görünür.

**Bilgisayarda açmak için:** `mobil/www/index.html` dosyasını Chrome veya Edge ile açın; kurulum ve internet gerekmez. Sunumda projeksiyona yansıtmanın en kolay yolu budur (telefon görünümü için F12 → cihaz simgesi).

## Karyotip sekmesi

1. Uygulama Karyotip sekmesinde açılır. Sekiz örnek hücreden birine dokunun: 46,XX · 46,XY · iki Down · Edwards · Patau · Turner · Klinefelter. Ya da **Galeriden görüntü seç** ile kendi görüntünüzü yükleyin.
2. Yaklaşık 1 saniye içinde sonuç kartı açılır: en üstte modelin karyotip formülü ve klinik yorumu.
3. Altındaki görüntüde her nesne bir kutuyla işaretlenir ve her kromozomun yanına modelin verdiği numara yazılır.

<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g1_acilis.png" width="280" alt="Şekil 1. Sol: Karyotip sekmesi ve örnek hücreler. Sağ: 47,XX,+21 sonucu ve işaretli kromozomlar.">&nbsp;&nbsp;<img src="ekran_goruntuleri/g2_formul.png" width="280" alt="Şekil 1. Sol: Karyotip sekmesi ve örnek hücreler. Sağ: 47,XX,+21 sonucu ve işaretli kromozomlar."></p>
<p align="center"><sub>Şekil 1. Sol: Karyotip sekmesi ve örnek hücreler. Sağ: 47,XX,+21 sonucu ve işaretli kromozomlar.</sub></p>

| Kutu rengi | Anlamı |
| --- | --- |
| Yeşil | Tek kromozom; sayıma ve sınıflandırmaya katıldı |
| Turuncu | Küme: değen veya üst üste binen kromozomlar; sayılamadı, sonuçta uyarı çıkar |
| Mavi | Ara faz çekirdeği; sayıma katılmaz |

4. Aşağı kaydırın: **Dijital karyogram**, kromozomları 1'den 22'ye ve X, Y'ye dizer. Sayısı beklenenden farklı olan tip kırmızı yazılır ve parantez içinde adedi gösterilir, örneğin **21 (3)**.
5. En altta bulunan nesne sayıları ve analiz süresi yer alır.

<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g3_karyogram.png" width="280" alt="Şekil 2. Sol: dijital karyogram, 21 numaralı kromozomdan 3 adet. Sağ: Turner örneğinde 45,X.">&nbsp;&nbsp;<img src="ekran_goruntuleri/g4_turner.png" width="280" alt="Şekil 2. Sol: dijital karyogram, 21 numaralı kromozomdan 3 adet. Sağ: Turner örneğinde 45,X."></p>
<p align="center"><sub>Şekil 2. Sol: dijital karyogram, 21 numaralı kromozomdan 3 adet. Sağ: Turner örneğinde 45,X.</sub></p>

```mermaid
flowchart LR
  A[Metafaz görüntüsü] --> B[Otsu eşikleme]
  B --> C[Bağlı bileşenler]
  C --> D{Nesne türü}
  D -->|tek kromozom| E[Dik çevir, 80×24 kes]
  D -->|küme / çekirdek| X[Sayıma katılmaz]
  E --> F[CNN: 24 sınıf]
  F --> G[Her tipe en fazla 2 kromozom]
  G --> H[Karyotip formülü + karyogram]
```

> [!NOTE]
> **Karyotip sekmesinin sınırları:** Model yalnızca bilgisayarda **simüle edilmiş** G-bantlı metafazlarla eğitildi; gerçek mikroskop fotoğraflarında sonuç güvenilir değildir. Yalnızca sayısal anomalileri yakalar; translokasyon ve delesyon gibi yapısal anomalileri göremez. Ayrık kromozomlu hücrelerde formülü tam doğru bulma oranı yaklaşık %79'dur.

## DNA → Görüntü sekmesi

1. Üstteki **DNA → Görüntü** sekmesine dokunun.
2. Dokuz örnek genden birini seçin (yedi insan geni, her gen ailesinden bir tane; bir şempanze ve bir köpek geni) ya da kutuya kendi dizinizi yapıştırın. FASTA biçimi (`>` ile başlayan başlık satırı) kabul edilir; en az 50 nükleotit gerekir.
3. **Görüntüye çevir ve sınıflandır**'a dokunun (örnek seçildiğinde kendiliğinden çalışır).

<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g5_dna_acilis.png" width="280" alt="Şekil 3. Sol: DNA sekmesi ve örnek genler. Sağ: iyon kanalı geninin Kaos Oyunu görüntüsü ve tahmin.">&nbsp;&nbsp;<img src="ekran_goruntuleri/g6_dna_sonuc.png" width="280" alt="Şekil 3. Sol: DNA sekmesi ve örnek genler. Sağ: iyon kanalı geninin Kaos Oyunu görüntüsü ve tahmin."></p>
<p align="center"><sub>Şekil 3. Sol: DNA sekmesi ve örnek genler. Sağ: iyon kanalı geninin Kaos Oyunu görüntüsü ve tahmin.</sub></p>

| Ekrandaki öğe | Anlamı |
| --- | --- |
| Kaos oyunu (sol kare) | Her nükleotit bir nokta. Köşeler A (sol alt), C (sol üst), G (sağ üst), T (sağ alt) |
| FCGR 64×64 (sağ kare) | Her piksel bir 6 harflik dizi parçasının (6-mer) sıklığı; parlak = sık |
| Gen ailesi tahmini | Yedi gen ailesinin olasılıkları, en olasıdan en aza |
| Alt satır | Dizi uzunluğu, sayılan 6-mer adedi; örnek gende gerçek aile |

4. **Karara katkı veren 6-mer'leri göster** kutusunu işaretleyin: sağ kare, tahmin edilen aile lehine (kırmızı) ve aleyhine (mavi) oy veren dizi parçalarını gösterir.

<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g7_dna_katki.png" width="300" alt="Şekil 4. Karara katkı veren 6-mer'ler açıkken."></p>
<p align="center"><sub>Şekil 4. Karara katkı veren 6-mer'ler açıkken.</sub></p>

**Kaos Oyunu nedir?** Karenin köşelerine A, C, G, T konur; ortadan başlanır ve her harfte, bulunulan nokta ile o harfin köşesinin tam ortasına gidilir (Jeffrey, 1990). Ortaya çıkan desen dizideki tüm k-mer'lerin sıklığını tek bir resimde gösterir.

> [!NOTE]
> **DNA sekmesinin sınırları:** Model yalnızca yedi gen ailesini tanır (G-proteine bağlı reseptör, tirozin kinaz, tirozin fosfataz, sentetaz, sentaz, iyon kanalı, transkripsiyon faktörü); başka bir dizi verilse de bu yedisinden birini seçer. Benzer diziler ayrılarak ölçülen doğruluk insan genlerinde yaklaşık %79'dur.

## Sorun giderme

| Sorun | Çözüm |
| --- | --- |
| "Uygulama yüklenmedi" | Aynı paket adıyla eski bir sürüm var: önce eskisini kaldırın, sonra tekrar yükleyin. |
| "Bu tür dosya cihazınıza zarar verebilir" | Tarayıcının indirme uyarısıdır; **Yine de indir** deyin. Uygulama internet izni istemez. |
| Kurulumda Play Protect uyarısı | **Ayrıntılar → Yine de yükle**. |
| Sonuç geç geliyor | Eski telefonlarda karyotip analizi birkaç saniye sürebilir; düğmeye tekrar basmayın. |
| Turuncu kutular ve "sayılamadı" uyarısı | Kromozomlar birbirine değiyor; bu hücre sayım için uygun değil, daha iyi yayılmış bir hücre seçin. |
| "En az 50 nükleotit" uyarısı | Dizide yalnızca A, C, G, T sayılır; protein (amino asit) dizisi kabul edilmez. |

## Sunumda kullanım

46,XX ile 47,XX,+21'i art arda açıp karyogramdaki kırmızı **21 (3)** etiketini gösterin. Sonra DNA sekmesinde aynı aileden insan ve köpek geninin Kaos Oyunu desenlerini karşılaştırın.

## Veri ve model

Metafaz görüntüleri bu proje için `karyotip_sim.py` ile **simüle edildi** (gerçek göreli uzunluklar, sentromer konumları, tipe özgü bant desenleri); gerçek hasta verisi değildir. DNA dizileri: N. Singh, *DNA sequence dataset* (Kaggle) — 4.380 insan, 1.682 şempanze, 820 köpek geni. Ayrıntılar: not defterleri 3.1–3.3.

## Geliştiriciler için

### Klasör yapısı

```
03_Genetik/
├── 3_1_Metafazdan_Kromozom_Sayimina.ipynb
├── 3_2_YZ_ile_Kromozom_Tanima_ve_Karyogram.ipynb  ← kromozom_model.js
├── 3_3_DNA_Dizisinden_Goruntuye_CGR.ipynb         ← dna_model.js
├── karyotip_sim.py      ← sentetik metafaz üreteci
├── kromozom_isleme.py   ← sayım ve kesme (karyotip.js ile birebir)
├── dna_goruntu.py       ← Kaos Oyunu / FCGR (dna.js ile birebir)
├── yz_aktar.py
├── veri/  metafaz/ (160 görüntü + etiketler.json) · dna/
├── model/
├── mobil/
│   ├── www/  index.html · app.js · karyotip.js · dna.js · yzmotor.js · *_model.js · ornek_*.js
│   ├── ikon.png
│   └── apk_derleme/
└── Genetik_YZ.apk
```

### APK'yı yeniden derlemek

Uygulama, `mobil/www/` içindeki HTML + JavaScript'i gösteren çok küçük bir Android WebView kabuğudur; Gradle veya Android Studio gerekmez. Ubuntu/Debian'da:

```bash
sudo apt install android-sdk android-sdk-platform-23 openjdk-17-jdk
./mobil/apk_derleme/build_apk.sh mobil/www tr.saglikyz.genetik "Genetik YZ" "#0a5257" mobil/ikon.png Genetik_YZ.apk
```

`mobil/apk_derleme/saglikyz.keystore` yalnızca eğitim için oluşturulmuş bir imza anahtarıdır (parolası betikte yazılıdır). Uygulamayı dağıtacaksanız kendi anahtarınızı üretin: `keytool -genkeypair -keystore benim.keystore -alias benim -keyalg RSA -keysize 2048 -validity 10000`.

### Modeli yeniden eğitmek

Model dosyaları (`mobil/www/*model*.js`) not defterlerinin son bölümünde üretilir. Not defterini baştan çalıştırıp yukarıdaki derleme komutunu tekrarlamak yeterlidir. Not defteri, telefondaki JavaScript motorunun Python modeliyle aynı sonucu verdiğini de otomatik olarak doğrular.

## Lisans ve atıf

Kod ve kılavuz eğitim amacıyla paylaşılmıştır. Kullanılan veri setleri kendi lisanslarına tabidir; yayınlarda veri setinin özgün kaynağına atıf yapın. Uygulamanın verdiği sonuçlar tıbbi tavsiye değildir.

	<p align="center"><img src="mobil/ikon.png" width="96" alt="Genetik YZ simgesi"></p>
	<h1 align="center">Genetik YZ</h1>
	<p align="center"><i>Karyotip analizi ve DNA dizisinin görüntüsü</i></p>
	<p align="center"><b>Türkçe</b> · <a href="README.en.md">English</a></p>
	<p align="center">
	<img alt="Android 5.0+" src="https://img.shields.io/badge/Android-5.0%2B-3DDC84?logo=android&logoColor=white">
	<img alt="Çevrimdışı" src="https://img.shields.io/badge/internet-gerekmez-0B5CAD">
	<img alt="Eğitim amaçlı" src="https://img.shields.io/badge/kullan%C4%B1m-e%C4%9Fitim%20ama%C3%A7l%C4%B1-E0A526">
	</p>

	İki bölümlü eğitim uygulaması: Karyotip sekmesi bir metafaz görüntüsünden kromozomları sayar, tiplerini tanır ve karyotip formülünü (ör. 47,XX,+21) verir; DNA → Görüntü sekmesi bir gen dizisini Kaos Oyunu ile görüntüye çevirip gen ailesini tahmin eder.

	<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g2_formul.png" width="280" alt="Genetik YZ ekran görüntüsü">  <img src="ekran_goruntuleri/g6_dna_sonuc.png" width="280" alt="Genetik YZ ekran görüntüsü"></p>

	> [!IMPORTANT]
	> Yalnızca eğitim amaçlıdır. Klinik tanı veya tedavi kararında kullanılamaz.

	## Özet

	\| Özellik \| Değer \|
	\| --- \| --- \|
	\| Paket adı \| tr.saglikyz.genetik \|
	\| Sürüm \| 1.0 \|
	\| Gereksinim \| Android 5.0 ve üzeri \|
	\| Boyut \| 2,3 MB \|
	\| İnternet izni \| Yok \|
	\| Karyotip modeli \| Otsu eşikleme + 24 sınıflı CNN; kromozom başına %99 doğru tip \|
	\| DNA modeli \| 6-mer FCGR + lojistik regresyon; sızıntısız test %79 \|
	\| Veri \| 160 simüle metafaz (test) · 4.380 insan gen dizisi \|

	İndir: [`Genetik_YZ.apk`](Genetik_YZ.apk)

	## İçindekiler

	- [Kurulum](#kurulum)
	- [Karyotip sekmesi](#karyotip-sekmesi)
	- [DNA → Görüntü sekmesi](#dna--görüntü-sekmesi)
	- [Sorun giderme](#sorun-giderme)
	- [Sunumda kullanım](#sunumda-kullanım)
	- [Veri ve model](#veri-ve-model)
	- [Geliştiriciler için](#geliştiriciler-için)

	## Kurulum

	Uygulama Play Store'da değildir; APK dosyasıyla doğrudan kurulur. Android 5.0 ve üzeri gerekir.

	1. `Genetik_YZ.apk` dosyasını telefona aktarın (WhatsApp, e-posta, Google Drive veya USB kablo).
	2. Telefonda Dosyalar veya İndirilenler klasöründen APK'ya dokunun.
	3. "Bilinmeyen uygulamaları yükle" uyarısı çıkarsa Ayarlar'a dokunun, dosyayı açtığınız uygulama (ör. Dosyalar, Chrome) için Bu kaynaktan izin ver'i açın ve geri dönün.
	4. Yükle'ye dokunun. Play Protect "tanınmayan geliştirici" uyarısı verirse Ayrıntılar → Yine de yükle'yi seçin.
	5. Uygulama simgesi ana ekranda veya uygulama listesinde görünür.

	Bilgisayarda açmak için: `mobil/www/index.html` dosyasını Chrome veya Edge ile açın; kurulum ve internet gerekmez. Sunumda projeksiyona yansıtmanın en kolay yolu budur (telefon görünümü için F12 → cihaz simgesi).

	## Karyotip sekmesi

	1. Uygulama Karyotip sekmesinde açılır. Sekiz örnek hücreden birine dokunun: 46,XX · 46,XY · iki Down · Edwards · Patau · Turner · Klinefelter. Ya da Galeriden görüntü seç ile kendi görüntünüzü yükleyin.
	2. Yaklaşık 1 saniye içinde sonuç kartı açılır: en üstte modelin karyotip formülü ve klinik yorumu.
	3. Altındaki görüntüde her nesne bir kutuyla işaretlenir ve her kromozomun yanına modelin verdiği numara yazılır.

	<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g1_acilis.png" width="280" alt="Şekil 1. Sol: Karyotip sekmesi ve örnek hücreler. Sağ: 47,XX,+21 sonucu ve işaretli kromozomlar.">  <img src="ekran_goruntuleri/g2_formul.png" width="280" alt="Şekil 1. Sol: Karyotip sekmesi ve örnek hücreler. Sağ: 47,XX,+21 sonucu ve işaretli kromozomlar."></p>
	<p align="center"><sub>Şekil 1. Sol: Karyotip sekmesi ve örnek hücreler. Sağ: 47,XX,+21 sonucu ve işaretli kromozomlar.</sub></p>

	\| Kutu rengi \| Anlamı \|
	\| --- \| --- \|
	\| Yeşil \| Tek kromozom; sayıma ve sınıflandırmaya katıldı \|
	\| Turuncu \| Küme: değen veya üst üste binen kromozomlar; sayılamadı, sonuçta uyarı çıkar \|
	\| Mavi \| Ara faz çekirdeği; sayıma katılmaz \|

	4. Aşağı kaydırın: Dijital karyogram, kromozomları 1'den 22'ye ve X, Y'ye dizer. Sayısı beklenenden farklı olan tip kırmızı yazılır ve parantez içinde adedi gösterilir, örneğin 21 (3).
	5. En altta bulunan nesne sayıları ve analiz süresi yer alır.

	<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g3_karyogram.png" width="280" alt="Şekil 2. Sol: dijital karyogram, 21 numaralı kromozomdan 3 adet. Sağ: Turner örneğinde 45,X.">  <img src="ekran_goruntuleri/g4_turner.png" width="280" alt="Şekil 2. Sol: dijital karyogram, 21 numaralı kromozomdan 3 adet. Sağ: Turner örneğinde 45,X."></p>
	<p align="center"><sub>Şekil 2. Sol: dijital karyogram, 21 numaralı kromozomdan 3 adet. Sağ: Turner örneğinde 45,X.</sub></p>

	```mermaid
	flowchart LR
	A[Metafaz görüntüsü] --> B[Otsu eşikleme]
	B --> C[Bağlı bileşenler]
	C --> D{Nesne türü}
	D -->\|tek kromozom\| E[Dik çevir, 80×24 kes]
	D -->\|küme / çekirdek\| X[Sayıma katılmaz]
	E --> F[CNN: 24 sınıf]
	F --> G[Her tipe en fazla 2 kromozom]
	G --> H[Karyotip formülü + karyogram]
	```

	> [!NOTE]
	> Karyotip sekmesinin sınırları: Model yalnızca bilgisayarda simüle edilmiş G-bantlı metafazlarla eğitildi; gerçek mikroskop fotoğraflarında sonuç güvenilir değildir. Yalnızca sayısal anomalileri yakalar; translokasyon ve delesyon gibi yapısal anomalileri göremez. Ayrık kromozomlu hücrelerde formülü tam doğru bulma oranı yaklaşık %79'dur.

	## DNA → Görüntü sekmesi

	1. Üstteki DNA → Görüntü sekmesine dokunun.
	2. Dokuz örnek genden birini seçin (yedi insan geni, her gen ailesinden bir tane; bir şempanze ve bir köpek geni) ya da kutuya kendi dizinizi yapıştırın. FASTA biçimi (`>` ile başlayan başlık satırı) kabul edilir; en az 50 nükleotit gerekir.
	3. Görüntüye çevir ve sınıflandır'a dokunun (örnek seçildiğinde kendiliğinden çalışır).

	<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g5_dna_acilis.png" width="280" alt="Şekil 3. Sol: DNA sekmesi ve örnek genler. Sağ: iyon kanalı geninin Kaos Oyunu görüntüsü ve tahmin.">  <img src="ekran_goruntuleri/g6_dna_sonuc.png" width="280" alt="Şekil 3. Sol: DNA sekmesi ve örnek genler. Sağ: iyon kanalı geninin Kaos Oyunu görüntüsü ve tahmin."></p>
	<p align="center"><sub>Şekil 3. Sol: DNA sekmesi ve örnek genler. Sağ: iyon kanalı geninin Kaos Oyunu görüntüsü ve tahmin.</sub></p>

	\| Ekrandaki öğe \| Anlamı \|
	\| --- \| --- \|
	\| Kaos oyunu (sol kare) \| Her nükleotit bir nokta. Köşeler A (sol alt), C (sol üst), G (sağ üst), T (sağ alt) \|
	\| FCGR 64×64 (sağ kare) \| Her piksel bir 6 harflik dizi parçasının (6-mer) sıklığı; parlak = sık \|
	\| Gen ailesi tahmini \| Yedi gen ailesinin olasılıkları, en olasıdan en aza \|
	\| Alt satır \| Dizi uzunluğu, sayılan 6-mer adedi; örnek gende gerçek aile \|

	4. Karara katkı veren 6-mer'leri göster kutusunu işaretleyin: sağ kare, tahmin edilen aile lehine (kırmızı) ve aleyhine (mavi) oy veren dizi parçalarını gösterir.

	<p align="center"><img src="ekran_goruntuleri/g7_dna_katki.png" width="300" alt="Şekil 4. Karara katkı veren 6-mer'ler açıkken."></p>
	<p align="center"><sub>Şekil 4. Karara katkı veren 6-mer'ler açıkken.</sub></p>

	Kaos Oyunu nedir? Karenin köşelerine A, C, G, T konur; ortadan başlanır ve her harfte, bulunulan nokta ile o harfin köşesinin tam ortasına gidilir (Jeffrey, 1990). Ortaya çıkan desen dizideki tüm k-mer'lerin sıklığını tek bir resimde gösterir.

	> [!NOTE]
	> DNA sekmesinin sınırları: Model yalnızca yedi gen ailesini tanır (G-proteine bağlı reseptör, tirozin kinaz, tirozin fosfataz, sentetaz, sentaz, iyon kanalı, transkripsiyon faktörü); başka bir dizi verilse de bu yedisinden birini seçer. Benzer diziler ayrılarak ölçülen doğruluk insan genlerinde yaklaşık %79'dur.

	## Sorun giderme

	\| Sorun \| Çözüm \|
	\| --- \| --- \|
	\| "Uygulama yüklenmedi" \| Aynı paket adıyla eski bir sürüm var: önce eskisini kaldırın, sonra tekrar yükleyin. \|
	\| "Bu tür dosya cihazınıza zarar verebilir" \| Tarayıcının indirme uyarısıdır; Yine de indir deyin. Uygulama internet izni istemez. \|
	\| Kurulumda Play Protect uyarısı \| Ayrıntılar → Yine de yükle. \|
	\| Sonuç geç geliyor \| Eski telefonlarda karyotip analizi birkaç saniye sürebilir; düğmeye tekrar basmayın. \|
	\| Turuncu kutular ve "sayılamadı" uyarısı \| Kromozomlar birbirine değiyor; bu hücre sayım için uygun değil, daha iyi yayılmış bir hücre seçin. \|
	\| "En az 50 nükleotit" uyarısı \| Dizide yalnızca A, C, G, T sayılır; protein (amino asit) dizisi kabul edilmez. \|

	## Sunumda kullanım

	46,XX ile 47,XX,+21'i art arda açıp karyogramdaki kırmızı 21 (3) etiketini gösterin. Sonra DNA sekmesinde aynı aileden insan ve köpek geninin Kaos Oyunu desenlerini karşılaştırın.

	## Veri ve model

	Metafaz görüntüleri bu proje için `karyotip_sim.py` ile simüle edildi (gerçek göreli uzunluklar, sentromer konumları, tipe özgü bant desenleri); gerçek hasta verisi değildir. DNA dizileri: N. Singh, DNA sequence dataset (Kaggle) — 4.380 insan, 1.682 şempanze, 820 köpek geni. Ayrıntılar: not defterleri 3.1–3.3.

	## Geliştiriciler için

	### Klasör yapısı

	```
	03_Genetik/
	├── 3_1_Metafazdan_Kromozom_Sayimina.ipynb
	├── 3_2_YZ_ile_Kromozom_Tanima_ve_Karyogram.ipynb ← kromozom_model.js
	├── 3_3_DNA_Dizisinden_Goruntuye_CGR.ipynb ← dna_model.js
	├── karyotip_sim.py ← sentetik metafaz üreteci
	├── kromozom_isleme.py ← sayım ve kesme (karyotip.js ile birebir)
	├── dna_goruntu.py ← Kaos Oyunu / FCGR (dna.js ile birebir)
	├── yz_aktar.py
	├── veri/ metafaz/ (160 görüntü + etiketler.json) · dna/
	├── model/
	├── mobil/
	│ ├── www/ index.html · app.js · karyotip.js · dna.js · yzmotor.js · _model.js · ornek_.js
	│ ├── ikon.png
	│ └── apk_derleme/
	└── Genetik_YZ.apk
	```

	### APK'yı yeniden derlemek

	Uygulama, `mobil/www/` içindeki HTML + JavaScript'i gösteren çok küçük bir Android WebView kabuğudur; Gradle veya Android Studio gerekmez. Ubuntu/Debian'da:

	```bash
	sudo apt install android-sdk android-sdk-platform-23 openjdk-17-jdk
	./mobil/apk_derleme/build_apk.sh mobil/www tr.saglikyz.genetik "Genetik YZ" "#0a5257" mobil/ikon.png Genetik_YZ.apk
	```

	`mobil/apk_derleme/saglikyz.keystore` yalnızca eğitim için oluşturulmuş bir imza anahtarıdır (parolası betikte yazılıdır). Uygulamayı dağıtacaksanız kendi anahtarınızı üretin: `keytool -genkeypair -keystore benim.keystore -alias benim -keyalg RSA -keysize 2048 -validity 10000`.

	### Modeli yeniden eğitmek

	Model dosyaları (`mobil/www/model.js`) not defterlerinin son bölümünde üretilir. Not defterini baştan çalıştırıp yukarıdaki derleme komutunu tekrarlamak yeterlidir. Not defteri, telefondaki JavaScript motorunun Python modeliyle aynı sonucu verdiğini de otomatik olarak doğrular.

	## Lisans ve atıf

	Kod ve kılavuz eğitim amacıyla paylaşılmıştır. Kullanılan veri setleri kendi lisanslarına tabidir; yayınlarda veri setinin özgün kaynağına atıf yapın. Uygulamanın verdiği sonuçlar tıbbi tavsiye değildir.