| #SBATCH --time=16:00:00 | |
| #SBATCH --mem=256G | |
| #SBATCH --cpus-per-task=4 | |
| #SBATCH --gpus-per-node=h100:1 | |
| # Argument parsing | |
| while [[ $# -gt 0 ]]; do | |
| case "$1" in | |
| --input_dir) | |
| INPUT_DIR="$2" | |
| shift 2 | |
| ;; | |
| --output_dir) | |
| OUTPUT_DIR="$2" | |
| shift 2 | |
| ;; | |
| *) | |
| echo "❌ Unknown option: $1" | |
| exit 1 | |
| ;; | |
| esac | |
| done | |
| # Run job | |
| module load apptainer | |
| apptainer run --nv -B "${INPUT_DIR}:/input_dir" -B "${OUTPUT_DIR}:/output_dir" miracl_ace_container.sif miracl flow ace --single /input_dir --sa_output_folder /output_dir --sa_model_type unet --rca_orient_code ARI --sa_resolution 3.5 3.5 4.0 --ctn_down 10 --rca_voxel_size 25 --ctn_channame Signal --sa_batch_size 2 | |