vis_res/method_comparison/README.md

Method Comparison Visualization

本文件夹包含 GliomaSAM3-MoE 和 SegMamba 两种方法在不同 checkpoint 下的可视化对比结果。

文件结构

method_comparison/
├── README.md                    # 本说明文件
├── comparison_grid.png          # 总体对比网格图
├── BraTS-GLI-00005-000/         # Case 1
│   ├── input_T1.png             # 原始 T1 图像
│   ├── input_T1ce.png           # 原始 T1ce 图像
│   ├── input_FLAIR.png          # 原始 FLAIR 图像
│   ├── input_T2.png             # 原始 T2 图像
│   ├── gt_overlay.png           # Ground Truth (WT+TC+ET 叠加)
│   ├── gt_WT.png                # Ground Truth - 全肿瘤区域
│   ├── gt_TC.png                # Ground Truth - 肿瘤核心区域
│   ├── gt_ET.png                # Ground Truth - 增强肿瘤区域
│   ├── pred_gliomasam_step2000_overlay.png    # GliomaSAM3-MoE step2000 预测
│   ├── pred_gliomasam_step2600_overlay.png    # GliomaSAM3-MoE step2600 预测
│   ├── pred_gliomasam_step3000_overlay.png    # GliomaSAM3-MoE step3000 预测
│   ├── pred_segmamba_segmamba_default_overlay.png  # SegMamba 默认预测
│   └── pred_segmamba_segmamba_ep799_overlay.png    # SegMamba ep799 预测
├── BraTS-GLI-00006-000/         # Case 2
├── BraTS-GLI-00012-000/         # Case 3 (无 SegMamba 预测)
├── BraTS-GLI-00017-000/         # Case 4
├── BraTS-GLI-00018-000/         # Case 5 (无 SegMamba 预测)
└── BraTS-GLI-00020-000/         # Case 6

方法和 Checkpoint

GliomaSAM3-MoE (3 checkpoints)

• step2000: /root/githubs/gliomasam3_moe/logs/segmamba/model/ckpt_step2000.pt
• step2600: /root/githubs/gliomasam3_moe/logs/segmamba/model/ckpt_step2600.pt
• step3000: /root/githubs/gliomasam3_moe/logs/segmamba/model/ckpt_step3000.pt

SegMamba (2 预生成结果)

• segmamba_default: /root/githubs/SegMamba/prediction_results/segmamba_brats23/
• segmamba_ep799: /root/githubs/SegMamba/prediction_results/segmamba_brats23_ep799/

颜色编码

• WT (全肿瘤): 青色 (#00BBD4)
• TC (肿瘤核心): 品红色 (#D81B60)
• ET (增强肿瘤): 黄色 (#FBC02D)

选择的案例

共选择 6 个案例进行可视化:

1. BraTS-GLI-00005-000
2. BraTS-GLI-00006-000
3. BraTS-GLI-00012-000 (无 SegMamba 预测)
4. BraTS-GLI-00017-000
5. BraTS-GLI-00018-000 (无 SegMamba 预测)
6. BraTS-GLI-00020-000

文件命名规则

• input_{modality}.png: 原始输入图像
• gt_overlay.png: Ground Truth 叠加显示
• gt_{region}.png: Ground Truth 单区域显示 (WT/TC/ET)
• pred_gliomasam_{checkpoint}_overlay.png: GliomaSAM3-MoE 预测叠加
• pred_gliomasam_{checkpoint}_{region}.png: GliomaSAM3-MoE 预测单区域
• pred_segmamba_{name}_overlay.png: SegMamba 预测叠加
• pred_segmamba_{name}_{region}.png: SegMamba 预测单区域

生成方式

cd /root/githubs/gliomasam3_moe
PYTHONPATH=/root/githubs/sam3:$PYTHONPATH python visualizations/vis_method_comparison.py

可以通过 --cases 参数指定特定的 case ID。