vis_res/method_comparison/README.md

# Method Comparison Visualization

本文件夹包含 GliomaSAM3-MoE 和 SegMamba 两种方法在不同 checkpoint 下的可视化对比结果。

## 文件结构

```
method_comparison/
├── README.md                    # 本说明文件
├── comparison_grid.png          # 总体对比网格图
├── BraTS-GLI-00005-000/         # Case 1
│   ├── input_T1.png             # 原始 T1 图像
│   ├── input_T1ce.png           # 原始 T1ce 图像
│   ├── input_FLAIR.png          # 原始 FLAIR 图像
│   ├── input_T2.png             # 原始 T2 图像
│   ├── gt_overlay.png           # Ground Truth (WT+TC+ET 叠加)
│   ├── gt_WT.png                # Ground Truth - 全肿瘤区域
│   ├── gt_TC.png                # Ground Truth - 肿瘤核心区域
│   ├── gt_ET.png                # Ground Truth - 增强肿瘤区域
│   ├── pred_gliomasam_step2000_overlay.png    # GliomaSAM3-MoE step2000 预测
│   ├── pred_gliomasam_step2600_overlay.png    # GliomaSAM3-MoE step2600 预测
│   ├── pred_gliomasam_step3000_overlay.png    # GliomaSAM3-MoE step3000 预测
│   ├── pred_segmamba_segmamba_default_overlay.png  # SegMamba 默认预测
│   └── pred_segmamba_segmamba_ep799_overlay.png    # SegMamba ep799 预测
├── BraTS-GLI-00006-000/         # Case 2
├── BraTS-GLI-00012-000/         # Case 3 (无 SegMamba 预测)
├── BraTS-GLI-00017-000/         # Case 4
├── BraTS-GLI-00018-000/         # Case 5 (无 SegMamba 预测)
└── BraTS-GLI-00020-000/         # Case 6
```

## 方法和 Checkpoint

### GliomaSAM3-MoE (3 checkpoints)
- `step2000`: /root/githubs/gliomasam3_moe/logs/segmamba/model/ckpt_step2000.pt
- `step2600`: /root/githubs/gliomasam3_moe/logs/segmamba/model/ckpt_step2600.pt
- `step3000`: /root/githubs/gliomasam3_moe/logs/segmamba/model/ckpt_step3000.pt

### SegMamba (2 预生成结果)
- `segmamba_default`: /root/githubs/SegMamba/prediction_results/segmamba_brats23/
- `segmamba_ep799`: /root/githubs/SegMamba/prediction_results/segmamba_brats23_ep799/

## 颜色编码

- **WT (全肿瘤)**: 青色 (#00BBD4)
- **TC (肿瘤核心)**: 品红色 (#D81B60)
- **ET (增强肿瘤)**: 黄色 (#FBC02D)

## 选择的案例

共选择 6 个案例进行可视化:
1. BraTS-GLI-00005-000
2. BraTS-GLI-00006-000
3. BraTS-GLI-00012-000 (无 SegMamba 预测)
4. BraTS-GLI-00017-000
5. BraTS-GLI-00018-000 (无 SegMamba 预测)
6. BraTS-GLI-00020-000

## 文件命名规则

- `input_{modality}.png`: 原始输入图像
- `gt_overlay.png`: Ground Truth 叠加显示
- `gt_{region}.png`: Ground Truth 单区域显示 (WT/TC/ET)
- `pred_gliomasam_{checkpoint}_overlay.png`: GliomaSAM3-MoE 预测叠加
- `pred_gliomasam_{checkpoint}_{region}.png`: GliomaSAM3-MoE 预测单区域
- `pred_segmamba_{name}_overlay.png`: SegMamba 预测叠加
- `pred_segmamba_{name}_{region}.png`: SegMamba 预测单区域

## 生成方式

```bash
cd /root/githubs/gliomasam3_moe
PYTHONPATH=/root/githubs/sam3:$PYTHONPATH python visualizations/vis_method_comparison.py
```

可以通过 `--cases` 参数指定特定的 case ID。