| # HPP eval_agent — v2(纵向 + E3 + 数据驱动亚组) |
| |
| > 因果验证引擎(cev)+ HPP 合成伪数据集。**v2 是 v1 的更新版**:把数据从"单时间点横截面"升级为"纵向多期",并让下游 planner 能规划纵向/剂量反应分析、且按数据自发发现亚组。 |
| > |
| > *Causal-validation engine (cev) + a synthetic HPP pseudo-dataset. v2 upgrades the data from single-timepoint cross-sectional to longitudinal, and unlocks longitudinal / dose-response planning plus data-driven subgroup discovery in the downstream planner.* |
| |
| --- |
| |
| ## v1 → v2 改了什么(3 件事) |
| |
| **1. 纵向伪数据集(v11)** — `pseudo_dataset_v11_longitudinal/` |
| - 32 张队列横截面表从"每人 1 行"扩成跨 `research_stage` 的多行:`00_00_visit`(基线)/`01_00_visit`(≈+2y)/`02_00_visit`(≈+4y),带真实随访流失(100% / 60% / 34%)。 |
| - `events.parquet` 重建,覆盖全部 3000 参与者 × 各自随访期。 |
| - schema/dtype 与 v1 严格一致;stage0 与 v1 基线逐字相同。 |
| - 构建脚本 `build_v11_longitudinal.py`(`seed=20260618`,可复现);漂移为中性 AR(1),**非真实纵向效应**。 |
|
|
| **2. E3-纵向接入(planner 切片)** — `validation_agent/core/feasibility_judge.py` + `cev/core/planner.py` |
| - feasibility 新增 `longitudinal` 块:角色表 ≥2 个时间点 → E3 可行(`e3_change` / `e3_lmm`),与横截面 E1 推断独立、不冲突。 |
| - planner 新增确定性 `single_timepoint` 门控 + 提示词:多时间点时规划纵向 / within-subject 变化的 `dose_response`(T5)。 |
|
|
| **3. 数据驱动亚组发现(退役固定 D01–D09 白名单)** — `validation_agent/core/data_inventory.py` |
| - 通用扫描所有 cohort 重叠的扁平表,按**数据属性**(基数 / 分层规模 / dtype)发现可分层字段,产出 `subgroup_candidates`(无任何实体名清单)。 |
| - 效果:planner 自发提出**绝经状态 / 体成分 / 合并症**等分层(此前缺失)。 |
|
|
| --- |
|
|
| ## 仓库内容 |
|
|
| | 目录 | 说明 | |
| |---|---| |
| | `cev/`, `validation_agent/`, `orchestrator/` | 代码:因果验证引擎 + 下游管线 | |
| | `pseudo_dataset_v11_longitudinal/` | 纵向伪数据集(v11) | |
| | `metadata/`, `casual_edges_0529/` | 字段字典 / 元数据 + 边(edge)输入 | |
| | `cev/runs_v11_*`, `cev/runs_v10_batch/` | 运行结果(intent_battery / feasibility / data_inventory) | |
| | `docs/` | 下游管线设计(SPEC / REBUILD_DESIGN / B0–B11 / validation_agent 设计) | |
| | `build_v11_longitudinal.py` | 纵向数据集构建脚本(可复现) | |
|
|
| --- |
|
|
| ## 重要说明 / 限制 |
|
|
| - **目前是 planner 切片(planner slice):只"规划"分析,不执行统计。** `e1_logistic` / `e3_lmm` 等估计器尚未在执行层接入(`validators/registry.py` 仅 `e1_logistic`)。 |
| - **数据是合成的(pseudo),非真实 HPP 参与者。** 随访值是种子化 AR(1) 漂移,**不含真实纵向效应** → 适合测管线/结构,不适合估计真实效应量。 |
| - 提示词改动后,回放测试 fixtures 需用 `regenerate_fixtures.py` 重录(已知,非回归)。 |
| - 旧固定亚组目录 `D01–D09` 暂保留为兼容子集,尚未彻底删除。 |
|
|
| --- |
|
|
| ## 快速复现 |
|
|
| ```bash |
| # 1) 重建纵向数据集(需要 v1 的 pseudo_dataset_v10 作为输入源) |
| python build_v11_longitudinal.py # seed=20260618 → pseudo_dataset_v11_longitudinal/ |
| |
| # 2) 跑单条边的 planner 切片(需 ANTHROPIC_API_KEY + claude CLI) |
| python -m cev.cli run-edge --pmid 22683134 \ |
| --edge_id "EV-2012-PerreaultPreDiabetesRegression#23" --out-root cev/runs_v11_e3 |
| ``` |
|
|
| --- |
|
|
| *v2 发布:2026-06-19。v1(`eval_agent`,横截面/单时间点基线 —— v10 批量分析报告所基于的版本)请保持冻结以便前后对照。* |
|
|
