Datasets:
LiteFold
/
SwissSidechain

Dataset card Data Studio Files
xet
 Community
entry_id
string
residue_code
string
stereochemistry
string
smiles
string
smiles_reference_file
string
source_smi_path
string
source_pdb_path
string
source_mol2_path
string
source_top_path
string
source_rtp_path
string
source_hdb_path
string
has_smi
bool
has_pdb
bool
has_mol2
bool
has_top
bool
has_rtp
bool
has_hdb
bool
has_bundle
bool
has_png
bool
has_bundle_bbdep_lib
bool
has_bundle_bbind_lib
bool
bundle_file_extensions
list
pdb_residue_names
list
pdb_atom_names
list
pdb_elements
list
pdb_atom_count
int64
pdb_heavy_atom_count
int64
pdb_hydrogen_atom_count
int64
mol2_molecule_name
string
mol2_molecule_type
string
mol2_charge_type
string
mol2_atom_names
list
mol2_atom_types
list
mol2_atom_charges
list
mol2_atom_count
int64
mol2_bond_count
int64
mol2_total_partial_charge
float64
charmm_residue_name
string
charmm_residue_charge
float64
charmm_residue_comment
string
charmm_atom_names
list
charmm_atom_types
list
charmm_atom_charges
list
charmm_atom_count
int64
charmm_bond_count
int64
gromacs_residue_name
string
gromacs_residue_comment
string
gromacs_atom_names
list
gromacs_atom_types
list
gromacs_atom_charges
list
gromacs_atom_count
int64
gromacs_bond_count
int64
gromacs_improper_count
int64
hdb_rule_count
int64
hdb_declared_rule_count
float64
bbind_rotamer_rows
int64
bbdep_rotamer_rows
int64
split_bucket
int64
L:HSER
HSER
L
OCC[C@@H](C(=O)O)[NH3]
HSER.pdb
L_SMI/HSER.smi
L_PDB/HSER.pdb
L_MOL2/HSER.mol2
L_top/HSER.top
L_rtp/HSER.rtp
L_rtp/HSER.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "HSE" ]
[ "N", "CA", "C", "CB", "O", "OXT", "CG", "OD", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HN1", "HN2", "HN3", "HD" ]
[ "N", "C", "C", "C", "O", "O", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
17
8
9
HSER.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "CB", "O", "OXT", "CG", "OD", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HN1", "HN2", "HN3", "HD" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "C.3", "O.co2", "O.co2", "C.3", "O.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8386, -0.0685, 0.9356, -0.1254, -0.8013, -0.7153, 0.1064, -0.6378, 0.0877, 0.0647, 0.1177, 0.0677, 0.0497, 0.4438, 0.4228, 0.4798, 0.413 ]
17
16
0.002
HSER
0
homoserine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "OD", "HD", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
14
14
HSER
homoserine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "OD", "HD", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
14
14
2
5
5
9
12,321
4
L:HTR
HTR
L
OC(=O)[C@H]([C@H](c1c[nH]c2c1cccc2)O)[NH3]
HTR.pdb
L_SMI/HTR.smi
L_PDB/HTR.pdb
L_MOL2/HTR.mol2
L_top/HTR.top
L_rtp/HTR.rtp
L_rtp/HTR.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "HTR" ]
[ "N", "CA", "CB", "OH", "CG", "CD1", "NE1", "CE2", "CZ2", "CH2", "CZ3", "CE3", "CD2", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB", "HH", "HD1", "HE1", "HZ2", "HH2", "HZ3", "HE3", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "N", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
28
16
12
HTR.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "OH", "CG", "CD1", "NE1", "CE2", "CZ2", "CH2", "CZ3", "CE3", "CD2", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB", "HH", "HD1", "HE1", "HZ2", "HH2", "HZ3", "HE3", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "O.3", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8216, -0.1175, 0.2433, -0.6088, -0.2182, -0.019, -0.2394, -0.0303, -0.133, -0.115, -0.141, -0.123, -0.098, 0.9346, -0.7933, -0.7363, 0.4418, 0.4808, 0.0997, 0.0677, 0.459, 0.189, 0.3047, 0.139, 0.137, 0.138, 0.138, 0.4208 ]
28
29
-0.001
HTR
0
beta-hydroxytryptophane
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OH", "HH", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
HTR
beta-hydroxytryptophane
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OH", "HH", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
2
10
10
9
12,321
9
L:HVA
HVA
L
[NH3][C@@H](C(O)(C)C)[C](=O)=O
HVA.pdb
L_SMI/HVA.smi
L_PDB/HVA.pdb
L_MOL2/HVA.mol2
L_top/HVA.top
L_rtp/HVA.rtp
L_rtp/HVA.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "HVA" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "OG3", "OXT", "HA", "HG11", "HG12", "HG13", "HG21", "HG22", "HG23", "HG3", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
9
11
HVA.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "OG3", "OXT", "HA", "HG11", "HG12", "HG13", "HG21", "HG22", "HG23", "HG3", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "O.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8276, -0.0565, 0.9326, -0.8023, 0.1548, -0.1281, -0.1291, -0.6558, -0.7153, 0.0967, 0.0927, 0.0437, 0.0287, 0.0477, 0.0377, 0.1097, 0.423, 0.4398, 0.4798, 0.4288 ]
20
19
0.001
HVA
0
3-hydroxy-l-valine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "OG3", "HG3", "CG1", "HG11", "HG12", "HG13", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT0", "OH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.23, -0.66, 0.43, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
HVA
3-hydroxy-l-valine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "OG3", "HG3", "CG1", "HG11", "HG12", "HG13", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT0", "OH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.23, -0.66, 0.43, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
2
5
5
3
4,107
4
L:I2M
I2M
L
CCC([C@@H](C(=O)O)[NH3])(C)C
I2M.pdb
L_SMI/I2M.smi
L_PDB/I2M.pdb
L_MOL2/I2M.mol2
L_top/I2M.top
L_rtp/I2M.rtp
L_rtp/I2M.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "I2M" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG3", "CG2", "CG1", "CD1", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HG31", "HG32", "HG33", "HG21", "HG22", "HG23", "HG11", "HG12", "HD11", "HD12", "HD13", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
25
10
15
I2M.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG3", "CG2", "CG1", "CD1", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HG31", "HG32", "HG33", "HG21", "HG22", "HG23", "HG11", "HG12", "HD11", "HD12", "HD13", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8326, -0.0625, -0.047, -0.1061, -0.0891, -0.0844, -0.0911, 0.9316, -0.8083, -0.7123, 0.4828, 0.4188, 0.0887, 0.0867, 0.0497, 0.0077, 0.0397, 0.0377, 0.0897, 0.0377, 0.0087, 0.0417, 0.0467, 0.0337, 0.4308 ]
25
24
-0.001
I2M
0
3-methyl-l-alloisoleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "CG3", "HG31", "HG32", "HG33", "CG2", "HG22", "HG21", "HG23", "CG1", "HG11", "HG12", "CD1", "HD11", "HD12", "HD13", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT0", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
22
22
I2M
3-methyl-l-alloisoleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "CG3", "HG31", "HG32", "HG33", "CG2", "HG22", "HG21", "HG23", "CG1", "HG11", "HG12", "CD1", "HD11", "HD12", "HD13", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT0", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
22
22
2
6
6
9
12,321
4
L:IGL
IGL
L
[NH3][C@H]([C](=O)=O)[C@@H]1Cc2c(C1)cccc2
IGL.pdb
L_SMI/IGL.smi
L_PDB/IGL.pdb
L_MOL2/IGL.mol2
L_top/IGL.top
L_rtp/IGL.rtp
L_rtp/IGL.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "IGL" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CH1", "CH2", "OXT", "HA", "HB", "HG11", "HG12", "HG21", "HG22", "HE1", "HE2", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
27
14
13
IGL.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CH1", "CH2", "OXT", "HA", "HB", "HG11", "HG12", "HG21", "HG22", "HE1", "HE2", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8366, -0.0675, 0.9346, -0.8023, -0.0697, -0.0321, -0.0491, -0.0743, -0.1033, -0.115, -0.114, -0.122, -0.135, -0.7123, 0.0947, 0.0697, 0.0757, 0.1077, 0.0307, 0.0487, 0.142, 0.129, 0.133, 0.131, 0.4188, 0.4298, 0.4848 ]
27
28
-0.003
IGL
-0
3-methyl-l-alloisoleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG1", "HG11", "HG12", "CG2", "HG21", "HG22", "CD1", "CD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
24
26
IGL
3-methyl-l-alloisoleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG1", "HG11", "HG12", "CG2", "HG21", "HG22", "CD1", "CD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
24
26
2
9
9
3
4,107
6
L:ILE
ILE
L
[NH3][C@@H]([C@H](CC)C)C(=O)O
ILE.pdb
L_SMI/ILE.smi
L_PDB/ILE.pdb
L_MOL2/ILE.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "ILE" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG1", "CG2", "CD1", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB", "HG11", "HG12", "HG21", "HG22", "HG23", "HD11", "HD12", "HD13", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
22
9
13
ILE.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG1", "CG2", "CD1", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB", "HG11", "HG12", "HG21", "HG22", "HG23", "HD11", "HD12", "HD13", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3872, 0.0231, -0.2482, -0.047, -0.0543, -0.0634, -0.0651, 0.3423, -0.2482, -0.0889, 0.0201, 0.0287, 0.0265, 0.0265, 0.0232, 0.0232, 0.0232, 0.023, 0.023, 0.023, -0.0889, -0.0889 ]
22
21
0.0001
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
9
12,321
3
L:ILX
ILX
L
OC[C@@H]([C@@H]([C@@H]([C](=O)=O)[NH3])C)O
ILX.pdb
L_SMI/ILX.smi
L_PDB/ILX.pdb
L_MOL2/ILX.mol2
L_top/ILX.top
L_rtp/ILX.rtp
L_rtp/ILX.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "ILX" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "OG1", "CD1", "OD1", "OXT", "HA", "HB", "HG1", "HG21", "HG22", "HG23", "HD11", "HD12", "HOD1", "HOG1", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
24
11
13
ILX.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "OG1", "CD1", "OD1", "OXT", "HA", "HB", "HG1", "HG21", "HG22", "HG23", "HD11", "HD12", "HOD1", "HOG1", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "O.3", "C.3", "O.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8266, -0.0655, 0.9306, -0.7993, -0.0617, 0.1291, -0.1031, -0.6518, 0.0984, -0.6228, -0.7223, 0.0867, 0.0867, 0.0437, 0.0347, 0.1047, 0.0357, 0.0497, 0.0457, 0.418, 0.441, 0.4418, 0.4308, 0.4748 ]
24
23
-0.001
ILX
0
4,5-dihydroxyisoleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG1", "HG1", "OG1", "HOG1", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "CD1", "HD11", "HD12", "OD1", "HOD1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
21
21
ILX
4,5-dihydroxyisoleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG1", "HG1", "OG1", "HOG1", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "CD1", "HD11", "HD12", "OD1", "HOD1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
21
21
2
8
8
27
36,963
8
L:IYR
IYR
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccc(c(c1)I)O)[NH3]
IYR.pdb
L_SMI/IYR.smi
L_PDB/IYR.pdb
L_MOL2/IYR.mol2
L_top/IYR.top
L_rtp/IYR.rtp
L_rtp/IYR.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "IYR" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD1", "CE1", "IE1", "CZ", "OZ", "CE2", "CD2", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HZ", "HE2", "HD2", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "C", "I", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
24
14
10
IYR.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD1", "CE1", "IE1", "CZ", "OZ", "CE2", "CD2", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HZ", "HE2", "HD2", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "I", "C.ar", "O.3", "C.ar", "C.ar", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8346, -0.0725, -0.0451, -0.1563, -0.054, -0.0641, -0.1239, 0.1681, -0.4851, -0.158, -0.104, 0.9376, -0.8003, -0.7083, 0.4238, 0.4838, 0.0897, 0.0707, 0.1167, 0.157, 0.435, 0.161, 0.138, 0.4258 ]
24
24
0.001
IYR
0
3-iodo-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "IE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "I", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.08, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
21
22
IYR
3-iodo-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "IE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "I", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.08, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
21
22
2
7
7
12
16,428
2
L:KYN
KYN
L
OC(=O)[C@H](CC(=O)c1ccccc1N)[NH3]
KYN.pdb
L_SMI/KYN.smi
L_PDB/KYN.pdb
L_MOL2/KYN.mol2
L_top/KYN.top
L_rtp/KYN.rtp
L_rtp/KYN.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "KYN" ]
[ "C", "N", "OXT", "CG", "NE2", "OG", "CA", "CB", "CE2", "CZ1", "CZ2", "CD", "CH", "CE1", "O", "H3", "H2", "HE21", "HE22", "HA", "HB1", "HB2", "HZ1", "HZ2", "HH", "HE1", "H1" ]
[ "C", "N", "O", "C", "N", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
27
15
12
KYN.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "C", "N", "OXT", "CG", "NE2", "OG", "CA", "CB", "CE2", "CZ1", "CZ2", "CD", "CH", "CE1", "O", "H3", "H2", "HE21", "HE22", "HA", "HB1", "HB2", "HZ1", "HZ2", "HH", "HE1", "H1" ]
[ "C.2", "N.4", "O.co2", "C.2", "N.pl3", "O.2", "C.3", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.9346, -0.8306, -0.7153, 0.6077, -0.8512, -0.6381, -0.0655, -0.1924, 0.2516, -0.198, -0.228, -0.2716, -0.044, -0.041, -0.8003, 0.4298, 0.4748, 0.4178, 0.4418, 0.0947, 0.1317, 0.0887, 0.143, 0.137, 0.137, 0.139, 0.4458 ]
27
27
-0.001
KYN
0
kynurenine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "OG", "CD", "CE2", "NE2", "HE21", "HE22", "CE1", "HE1", "CZ2", "HZ2", "CZ1", "HZ1", "CH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "CA", "CA", "NH2", "H", "H", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.55, -0.55, 0, 0.1, -0.9, 0.4, 0.4, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
24
25
KYN
kynurenine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "OG", "CD", "CE2", "NE2", "HE21", "HE22", "CE1", "HE1", "CZ2", "HZ2", "CZ1", "HZ1", "CH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "CA", "CA", "NH2", "H", "H", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.55, -0.55, 0, 0.1, -0.9, 0.4, 0.4, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
24
25
4
8
8
36
49,284
1
L:LDO
LDO
L
OCCCC[C@@H](C(=O)O)[NH3]
LDO.pdb
L_SMI/LDO.smi
L_PDB/LDO.pdb
L_MOL2/LDO.mol2
L_top/LDO.top
L_rtp/LDO.rtp
L_rtp/LDO.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "LDO" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD", "CE", "OZ", "C", "O", "OXT", "HN1", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HOZ", "HN3" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
10
13
LDO.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD", "CE", "OZ", "C", "O", "OXT", "HN1", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HOZ", "HN3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "O.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8386, -0.0735, -0.0964, -0.0864, -0.0854, 0.1334, -0.5978, 0.9366, -0.8023, -0.7083, 0.4878, 0.4228, 0.0887, 0.0567, 0.1187, 0.0487, 0.0087, 0.0597, 0.0687, 0.0237, 0.0147, 0.402, 0.4188 ]
23
22
0.001
LDO
0
6-hydroxy-l-norleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD1", "HD2", "CE", "HE1", "HE2", "OZ", "HOZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
20
20
LDO
6-hydroxy-l-norleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD1", "HD2", "CE", "HE1", "HE2", "OZ", "HOZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
20
20
2
7
7
81
110,889
8
L:LE1
LE1
L
[NH3][C@@H](C(S)(C)C)C(=O)O
LE1.pdb
L_SMI/LE1.smi
L_PDB/LE1.pdb
L_MOL2/LE1.mol2
L_top/LE1.top
L_rtp/LE1.rtp
L_rtp/LE1.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "LE1" ]
[ "O", "C", "CA", "N", "CB", "CG1", "CG2", "SG3", "OXT", "HA", "HN1", "HN2", "HG11", "HG12", "HG13", "HG21", "HG22", "HG23", "HG3", "HN3" ]
[ "O", "C", "C", "N", "C", "C", "C", "S", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
9
11
LE1.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "O", "C", "CA", "N", "CB", "CG1", "CG2", "SG3", "OXT", "HA", "HN1", "HN2", "HG11", "HG12", "HG13", "HG21", "HG22", "HG23", "HG3", "HN3" ]
[ "O.co2", "C.2", "C.3", "N.4", "C.3", "C.3", "C.3", "S.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.7963, 0.9386, -0.0695, -0.8386, 0.1031, -0.1161, -0.0981, -0.5009, -0.7083, 0.1037, 0.4318, 0.4758, 0.0997, 0.0497, 0.0297, 0.0557, 0.0447, 0.1037, 0.2448, 0.4458 ]
20
19
-0.001
LE1
0
Penicillamine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "SG3", "HG3", "CG2", "HG23", "HG21", "HG22", "CG1", "HG11", "HG12", "HG13", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT0", "S", "HS", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.07, -0.23, 0.16, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
LE1
Penicillamine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "SG3", "HG3", "CG2", "HG23", "HG21", "HG22", "CG1", "HG11", "HG12", "HG13", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT0", "S", "HS", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.07, -0.23, 0.16, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
2
5
5
3
4,107
3
L:LED
LED
L
O=C[C@@H](C[C@@H](C(=O)O)[NH3])C
LED.pdb
L_SMI/LED.smi
L_PDB/LED.pdb
L_MOL2/LED.mol2
L_top/LED.top
L_rtp/LED.rtp
L_rtp/LED.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "LED" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "OE", "C", "O", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HD2", "H1", "H2", "H3", "HD11", "HD12", "HD13" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
21
10
11
LED.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "OE", "C", "O", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HD2", "H1", "H2", "H3", "HD11", "HD12", "HD13" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.2", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8296, -0.0825, -0.0814, -0.2007, -0.0931, 0.5869, -0.5761, 0.9396, -0.8003, -0.7173, 0.0917, 0.0717, 0.1137, 0.0557, 0.0242, 0.4428, 0.4828, 0.4228, 0.0417, 0.0507, 0.0557 ]
21
20
-0.001
LED
0
(4r)-5-oxo-l-leucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG", "CD1", "HD11", "HD12", "HD13", "CD2", "HD2", "OE", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "HCO", "O", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, 0.06, -0.57, 0.51, -0.51 ]
18
18
LED
(4r)-5-oxo-l-leucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG", "CD1", "HD11", "HD12", "HD13", "CD2", "HD2", "OE", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "HCO", "O", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, 0.06, -0.57, 0.51, -0.51 ]
18
18
3
6
6
27
36,963
1
L:LEF
LEF
L
FC[C@H](C[C@@H](C(=O)O)[NH3])C
LEF.pdb
L_SMI/LEF.smi
L_PDB/LEF.pdb
L_MOL2/LEF.mol2
L_top/LEF.top
L_rtp/LEF.rtp
L_rtp/LEF.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "LEF" ]
[ "CD1", "CD2", "CG", "CB", "N", "CA", "C", "O", "F1", "OXT", "HD11", "HD12", "HD21", "HD22", "HD23", "HG", "HB1", "HB2", "H3", "H2", "HA", "H1" ]
[ "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "F", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
22
10
12
LEF.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "CD1", "CD2", "CG", "CB", "N", "CA", "C", "O", "F1", "OXT", "HD11", "HD12", "HD21", "HD22", "HD23", "HG", "HB1", "HB2", "H3", "H2", "HA", "H1" ]
[ "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "F", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.1609, -0.0971, -0.1097, -0.0934, -0.8356, -0.0755, 0.9376, -0.8003, -0.2453, -0.7083, 0.0447, 0.0567, 0.0557, 0.0257, 0.0537, 0.0307, 0.1187, 0.0557, 0.4888, 0.4248, 0.0937, 0.4178 ]
22
21
-0
LEF
0
(4s)-5-fluoro-l-leucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "HG", "CD1", "HD11", "HD12", "F1", "CD2", "HD21", "HD22", "HD23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "CT2", "HA", "HA", "F1", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.09, 0.09, 0.16, 0.09, 0.09, -0.34, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
19
19
LEF
(4s)-5-fluoro-l-leucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "HG", "CD1", "HD11", "HD12", "F1", "CD2", "HD21", "HD22", "HD23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "CT2", "HA", "HA", "F1", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.09, 0.09, 0.16, 0.09, 0.09, -0.34, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
19
19
2
6
6
27
36,963
3
L:LEU
LEU
L
[NH3][C@@H](CC(C)C)C(=O)O
LEU.pdb
L_SMI/LEU.smi
L_PDB/LEU.pdb
L_MOL2/LEU.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "LEU" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HD11", "HD12", "HD13", "HD21", "HD22", "HD23", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
22
9
13
LEU.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HD11", "HD12", "HD13", "HD21", "HD22", "HD23", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3871, 0.0207, -0.2483, -0.0536, -0.0477, -0.0627, -0.0627, 0.342, -0.2483, -0.0889, 0.0198, 0.0257, 0.0257, 0.0295, 0.0232, 0.0232, 0.0232, 0.0232, 0.0232, 0.0232, -0.0889, -0.0889 ]
22
21
-0.0003
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
9
12,321
1
L:LME
LME
L
O=[C](=O)C[C@H]([C@@H](C(=O)O)[NH3])C
LME.pdb
L_SMI/LME.smi
L_PDB/LME.pdb
L_MOL2/LME.mol2
L_top/LME.top
L_rtp/LME.rtp
L_rtp/LME.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "LME" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG2", "CG1", "CD", "OE1", "OE2", "C", "O", "H2", "H3", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "HG11", "HG12", "OXT", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "O", "H" ]
21
11
10
LME.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG2", "CG1", "CD", "OE1", "OE2", "C", "O", "H2", "H3", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "HG11", "HG12", "OXT", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "O.co2", "H" ]
[ -1.1216, 0.0055, -0.0507, -0.0971, -0.1654, 0.8926, -0.6413, -0.5953, 0.8936, -0.8403, 0.3578, 0.4828, 0.0417, 0.0827, 0.0267, 0.0717, 0.0167, 0.0597, 0.0637, -0.8243, 0.3398 ]
21
20
-1.001
LME
-1
(3r)-3-methyl-l-glutamic acid
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "CG1", "HG12", "HG11", "CD", "OE1", "OE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.28, 0.09, 0.09, 0.62, -0.76, -0.76, 0.51, -0.51 ]
18
18
LME
(3r)-3-methyl-l-glutamic acid
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "CG1", "HG12", "HG11", "CD", "OE1", "OE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.28, 0.09, 0.09, 0.62, -0.76, -0.76, 0.51, -0.51 ]
18
18
3
5
5
27
36,963
8
L:LMQ
LMQ
L
NC(=O)C[C@@H]([C@@H](C(=O)O)[NH3])C
LMQ.pdb
L_SMI/LMQ.smi
L_PDB/LMQ.pdb
L_MOL2/LMQ.mol2
L_top/LMQ.top
L_rtp/LMQ.rtp
L_rtp/LMQ.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "LMQ" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG2", "CG1", "CD", "OE1", "NE2", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "HG11", "HG12", "HE21", "HE22", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
11
12
LMQ.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG2", "CG1", "CD", "OE1", "NE2", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "HG11", "HG12", "HE21", "HE22", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.2", "N.am", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8266, -0.0775, -0.0567, -0.1011, -0.1754, 0.6611, -0.6781, -0.645, 0.9326, -0.7973, -0.7233, 0.4348, 0.4718, 0.0897, 0.0797, 0.0357, 0.0327, 0.1047, 0.0757, 0.0697, 0.3185, 0.3265, 0.4488 ]
23
22
0.001
LMQ
-0
3-methyl-l-glutamine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG2", "HG23", "HG21", "HG22", "CG1", "HG11", "HG12", "CD", "OE1", "NE2", "HE21", "HE22", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "NH2", "H", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.55, -0.55, -0.62, 0.32, 0.3, 0.51, -0.51 ]
20
20
LMQ
3-methyl-l-glutamine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG2", "HG23", "HG21", "HG22", "CG1", "HG11", "HG12", "CD", "OE1", "NE2", "HE21", "HE22", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "NH2", "H", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.55, -0.55, -0.62, 0.32, 0.3, 0.51, -0.51 ]
20
20
6
6
6
36
49,284
7
L:LVG
LVG
L
C=C[C@@H]([C](=O)=O)[NH3]
LVG.pdb
L_SMI/LVG.smi
L_PDB/LVG.pdb
L_MOL2/LVG.mol2
L_top/LVG.top
L_rtp/LVG.rtp
L_rtp/LVG.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "LVG" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "OXT", "HA", "HB", "HG1", "HG2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
14
7
7
LVG.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "OXT", "HA", "HB", "HG1", "HG2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.2", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8336, -0.0603, 0.9456, -0.7963, -0.1462, -0.257, -0.7013, 0.1017, 0.19, 0.134, 0.087, 0.4158, 0.4308, 0.4888 ]
14
13
-0.001
LVG
0
vinylglycine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG", "HG1", "HG2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "HE2", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.15, 0.15, -0.3, 0.15, 0.15, 0.51, -0.51 ]
11
11
LVG
vinylglycine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG", "HG1", "HG2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "HE2", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.15, 0.15, -0.3, 0.15, 0.15, 0.51, -0.51 ]
11
11
3
4
4
3
4,107
7
L:LVN
LVN
L
O=C[C@H]([C@@H]([C](=O)=O)[NH3])C
LVN.pdb
L_SMI/LVN.smi
L_PDB/LVN.pdb
L_MOL2/LVN.mol2
L_top/LVN.top
L_rtp/LVN.rtp
L_rtp/LVN.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "LVN" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "OG1", "OXT", "HA", "HB", "HG11", "HG21", "HG22", "HG23", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
18
9
9
LVN.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "OG1", "OXT", "HA", "HB", "HG11", "HG21", "HG22", "HG23", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.2", "C.3", "O.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8306, -0.0705, 0.9336, -0.7913, -0.1997, 0.5679, -0.1161, -0.5281, -0.7153, 0.0917, 0.0977, 0.0762, 0.0887, 0.0337, 0.0207, 0.4238, 0.4838, 0.4338 ]
18
17
-0
LVN
0
4-oxo-l-valine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG1", "HG11", "OG1", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "C", "HCO", "O", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, 0.51, 0.06, -0.57, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
15
15
LVN
4-oxo-l-valine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG1", "HG11", "OG1", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "C", "HCO", "O", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, 0.51, 0.06, -0.57, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
15
15
3
5
5
9
12,321
6
L:LYS
LYS
L
[NH3][C@@H](CCCC[NH3])C(=O)O
LYS.pdb
L_SMI/LYS.smi
L_PDB/LYS.pdb
L_MOL2/LYS.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "LYS" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD", "CE", "NZ", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ1", "HZ2", "HZ3", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
25
10
15
LYS.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD", "CE", "NZ", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ1", "HZ2", "HZ3", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "N.4", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3871, 0.0205, -0.2483, -0.0561, -0.0558, -0.069, -0.0963, 0.3781, 0.342, -0.2483, -0.0889, 0.0198, 0.0254, 0.0254, 0.0264, 0.0264, 0.0247, 0.0247, 0.0049, 0.0049, -0.0901, -0.0901, -0.0901, -0.0889, -0.0889 ]
25
24
-0.0005
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
81
110,889
1
L:ME0
ME0
L
OCSCC[C@@H](C(=O)O)[NH3]
ME0.pdb
L_SMI/ME0.smi
L_PDB/ME0.pdb
L_MOL2/ME0.mol2
L_top/ME0.top
L_rtp/ME0.rtp
L_rtp/ME0.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "ME0" ]
[ "C", "N", "O", "CA", "CB", "SD", "CE", "OZ", "CG", "OXT", "HN1", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HE1", "HE2", "HZ", "HG1", "HG2", "HN3" ]
[ "C", "N", "O", "C", "C", "S", "C", "O", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
21
10
11
ME0.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "C", "N", "O", "CA", "CB", "SD", "CE", "OZ", "CG", "OXT", "HN1", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HE1", "HE2", "HZ", "HG1", "HG2", "HN3" ]
[ "C.2", "N.4", "O.co2", "C.3", "C.3", "S.3", "C.3", "O.3", "C.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.9356, -0.8396, -0.8003, -0.0705, -0.0864, -0.2962, 0.1925, -0.6398, -0.0213, -0.7253, 0.4268, 0.4738, 0.0837, 0.0707, 0.1207, 0.0777, 0.0627, 0.42, 0.0907, 0.0747, 0.4488 ]
21
20
-0.001
ME0
-0
hydroxy-l-methionine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "SD", "CE", "HE1", "HE2", "OZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "S", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.14, 0.09, 0.09, -0.09, 0.1, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
18
18
ME0
hydroxy-l-methionine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "SD", "CE", "HE1", "HE2", "OZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "S", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.14, 0.09, 0.09, -0.09, 0.1, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
18
18
2
6
6
81
110,889
3
L:MEG
MEG
L
O=[C](=O)C[C@@H]([C@@H](C(=O)O)[NH3])C
MEG.pdb
L_SMI/MEG.smi
L_PDB/MEG.pdb
L_MOL2/MEG.mol2
L_top/MEG.top
L_rtp/MEG.rtp
L_rtp/MEG.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "MEG" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG1", "CD", "OE1", "OE2", "C", "O", "CG2", "H3", "H2", "HA", "HB", "HG11", "HG12", "HG21", "HG22", "HG23", "OXT", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "C", "O", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "O", "H" ]
21
11
10
MEG.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG1", "CD", "OE1", "OE2", "C", "O", "CG2", "H3", "H2", "HA", "HB", "HG11", "HG12", "HG21", "HG22", "HG23", "OXT", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "C.2", "O.co2", "C.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "O.co2", "H" ]
[ -1.1326, 0.0115, -0.0397, -0.1694, 0.8896, -0.5923, -0.6383, 0.8946, -0.8373, -0.0871, 0.3648, 0.4798, 0.0427, 0.0567, 0.0627, 0.0647, 0.0047, 0.0757, 0.0387, -0.8243, 0.3348 ]
21
20
-1
MEG
-1
(3s)-3-methyl-l-glutamic acid
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG1", "HG12", "HG11", "CD", "OE1", "OE2", "CG2", "HG22", "HG21", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "OC", "OC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, -0.28, 0.09, 0.09, 0.62, -0.76, -0.76, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
MEG
(3s)-3-methyl-l-glutamic acid
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "CG1", "HG12", "HG11", "CD", "OE1", "OE2", "CG2", "HG22", "HG21", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "OC", "OC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.09, 0.09, -0.28, 0.09, 0.09, 0.62, -0.76, -0.76, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
3
5
5
27
36,963
8
L:MEN
MEN
L
CNC(=O)C[C@@H](C(=O)O)[NH3]
MEN.pdb
L_SMI/MEN.smi
L_PDB/MEN.pdb
L_MOL2/MEN.mol2
L_top/MEN.top
L_rtp/MEN.rtp
L_rtp/MEN.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "MEN" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "OD1", "ND", "CE", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD", "HE1", "HE2", "HE3", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "N", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
10
10
MEN.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "OD1", "ND", "CE", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD", "HE1", "HE2", "HE3", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.2", "O.2", "N.am", "C.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8326, -0.0685, 0.9376, -0.7933, -0.1614, 0.6521, -0.6801, -0.5479, 0.0713, -0.7193, 0.4568, 0.4748, 0.0937, 0.1207, 0.0907, 0.3225, 0.0377, 0.0367, 0.0797, 0.4298 ]
20
19
0.001
MEN
-0
n-methyl asparagine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "OD1", "ND", "HD", "CE", "HE2", "HE1", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "NH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.12, 0.09, 0.09, 0.57, -0.57, -0.73, 0.37, 0.03, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
MEN
n-methyl asparagine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "OD1", "ND", "HD", "CE", "HE2", "HE1", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "NH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.12, 0.09, 0.09, 0.57, -0.57, -0.73, 0.37, 0.03, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
4
5
5
18
24,642
7
L:MEQ
MEQ
L
CNC(=O)CC[C@@H](C(=O)O)[NH3]
MEQ.pdb
L_SMI/MEQ.smi
L_PDB/MEQ.pdb
L_MOL2/MEQ.mol2
L_top/MEQ.top
L_rtp/MEQ.rtp
L_rtp/MEQ.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "MEQ" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD", "OE1", "NE2", "CZ", "C", "O", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE2", "HZ1", "HZ2", "HZ3", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
11
12
MEQ.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD", "OE1", "NE2", "CZ", "C", "O", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE2", "HZ1", "HZ2", "HZ3", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.2", "N.am", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8196, -0.0745, -0.0854, -0.1644, 0.6631, -0.6901, -0.5519, 0.0713, 0.9366, -0.8003, -0.7243, 0.0847, 0.1237, 0.0617, 0.0667, 0.0767, 0.3185, 0.0387, 0.0377, 0.0787, 0.4418, 0.4318, 0.4768 ]
23
22
-0.002
MEQ
-0
n5-methylglutamine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "OE1", "NE2", "HE2", "CZ", "HZ1", "HZ2", "HZ3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "NH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.12, 0.09, 0.09, 0.57, -0.57, -0.73, 0.37, 0.03, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
20
20
MEQ
n5-methylglutamine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "OE1", "NE2", "HE2", "CZ", "HZ1", "HZ2", "HZ3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "NH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.12, 0.09, 0.09, 0.57, -0.57, -0.73, 0.37, 0.03, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
20
20
4
6
6
54
73,926
9
L:MET
MET
L
[NH3][C@@H](CCSC)C(=O)O
MET.pdb
L_SMI/MET.smi
L_PDB/MET.pdb
L_MOL2/MET.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "MET" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "SD", "CE", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE1", "HE2", "HE3", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "S", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
9
11
MET.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "SD", "CE", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE1", "HE2", "HE3", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.3", "S.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3871, 0.0212, -0.2483, -0.0469, -0.0076, -0.1642, -0.0181, 0.3421, -0.2483, -0.0889, 0.0198, 0.0262, 0.0262, 0.0376, 0.0376, 0.034, 0.034, 0.034, -0.0889, -0.0889 ]
20
19
-0.0003
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
27
36,963
6
L:MOT5
MOT5
L
COc1ccc2c(c1)c(c[nH]2)C[C@@H](C(=O)O)[NH3]
MOT5.pdb
L_SMI/MOT5.smi
L_PDB/MOT5.pdb
L_MOL2/MOT5.mol2
L_top/MOT5.top
L_rtp/MOT5.rtp
L_rtp/MOT5.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "MOT" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "OZ3", "CH2", "OXT", "CJ3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "HH2", "H1", "H2", "H3", "HJ31", "HJ32", "HJ33" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
31
17
14
MOT5.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "OZ3", "CH2", "OXT", "CJ3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "HH2", "H1", "H2", "H3", "HJ31", "HJ32", "HJ33" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "C.ar", "O.co2", "C.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8316, -0.0655, 0.9336, -0.8083, -0.0172, -0.1982, -0.071, -0.074, -0.0443, -0.107, -0.2354, -0.123, 0.0791, -0.3429, -0.14, -0.7133, 0.1177, 0.0897, 0.1077, 0.0687, 0.174, 0.3037, 0.156, 0.139, 0.144, 0.4268, 0.4288, 0.4798, 0.0657, 0.0347, 0.0247 ]
31
32
0.002
MOT5
-0
5-Methoxy-tryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "OZ3", "CJ3", "HJ31", "HJ32", "HJ33", "CH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OCC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.36, 0.01, 0.09, 0.09, 0.09, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
28
30
MOT5
5-Methoxy-tryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "OZ3", "CJ3", "HJ31", "HJ32", "HJ33", "CH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OCC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.36, 0.01, 0.09, 0.09, 0.09, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
28
30
2
9
9
18
24,642
2
L:MP34
MP34
L
O=[C](=O)[C@H](Cc1ccc(c(c1)C)C)[NH3]
MP34.pdb
L_SMI/MP34.smi
L_PDB/MP34.pdb
L_MOL2/MP34.mol2
L_top/MP34.top
L_rtp/MP34.rtp
L_rtp/MP34.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "MP3" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CH", "CJ", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HH1", "HH2", "HH3", "HJ1", "HJ2", "HJ3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
29
14
15
MP34.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CH", "CJ", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HH1", "HH2", "HH3", "HJ1", "HJ2", "HJ3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.3", "C.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0675, 0.9356, -0.8033, -0.0491, -0.1153, -0.12, -0.16, -0.0693, -0.123, -0.0743, -0.0558, -0.0578, -0.7113, 0.4278, 0.4248, 0.4828, 0.0887, 0.1147, 0.0707, 0.143, 0.129, 0.135, 0.0447, 0.0467, 0.0527, 0.0467, 0.0477, 0.0517 ]
29
29
-0
MP34
-0
3,4-Dimethyl-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "HD1", "CE2", "HE2", "CE1", "CZ", "CJ", "HJ1", "HJ2", "HJ3", "CH", "HH1", "HH2", "HH3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, 0, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
26
27
MP34
3,4-Dimethyl-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "HD1", "CE2", "HE2", "CE1", "CZ", "CJ", "HJ1", "HJ2", "HJ3", "CH", "HH1", "HH2", "HH3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, 0, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
26
27
2
8
8
12
16,428
9
L:MPH2
MPH2
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccccc1C)[NH3]
MPH2.pdb
L_SMI/MPH2.smi
L_PDB/MPH2.pdb
L_MOL2/MPH2.mol2
L_top/MPH2.top
L_rtp/MPH2.rtp
L_rtp/MPH2.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "MPH" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CH", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ", "HH1", "HH2", "HH3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
26
13
13
MPH2.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD2", "CD1", "CE2", "CE1", "CZ", "OXT", "CH", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HZ", "HH1", "HH2", "HH3", "HE2", "HE1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "C.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0665, 0.9356, -0.8043, -0.0521, -0.1173, -0.124, -0.0933, -0.129, -0.129, -0.123, -0.7113, -0.0558, 0.4288, 0.4248, 0.4818, 0.0877, 0.1137, 0.0737, 0.142, 0.138, 0.0247, 0.0487, 0.0647, 0.139, 0.136 ]
26
26
-0.002
MPH2
-0
2-Methyl-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "CE2", "HE2", "CE1", "HE1", "CH", "HH1", "HH2", "HH3", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
23
24
MPH2
2-Methyl-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "CE2", "HE2", "CE1", "HE1", "CH", "HH1", "HH2", "HH3", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
23
24
2
8
8
12
16,428
6
L:MTR6
MTR6
L
OC(=O)[C@H](Cc1c[nH]c2c1ccc(c2)C)[NH3]
MTR6.pdb
L_SMI/MTR6.smi
L_PDB/MTR6.pdb
L_MOL2/MTR6.mol2
L_top/MTR6.top
L_rtp/MTR6.rtp
L_rtp/MTR6.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "MTR" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "CH2", "OXT", "CJ2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "H1", "H2", "H3", "HJ21", "HJ22", "HJ23", "HZ3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "C", "O", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
30
16
14
MTR6.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "CH2", "OXT", "CJ2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "H1", "H2", "H3", "HJ21", "HJ22", "HJ23", "HZ3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "C.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8326, -0.0635, 0.9336, -0.8083, -0.0182, -0.1912, -0.086, -0.093, -0.0263, -0.086, -0.2374, -0.144, -0.151, -0.0533, -0.7133, -0.0568, 0.0877, 0.1097, 0.0677, 0.171, 0.3007, 0.143, 0.137, 0.4248, 0.4288, 0.4798, 0.0477, 0.0517, 0.0417, 0.136 ]
30
31
-0
MTR6
0
6-Methyl-tryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "CJ2", "HJ21", "HJ22", "HJ23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
27
29
MTR6
6-Methyl-tryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "CJ2", "HJ21", "HJ22", "HJ23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
27
29
2
9
9
9
12,321
7
L:MTY
MTY
L
OC(=O)[C@H](Cc1cccc(c1)O)[NH3]
mTYR_ox.pdb
L_SMI/MTY.smi
L_PDB/MTY.pdb
L_MOL2/MTY.mol2
L_top/MTY.top
L_rtp/MTY.rtp
L_rtp/MTY.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "MTY" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OE1", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HZ", "HE1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
24
13
11
mTYR_ox.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OE1", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HZ", "HE1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8343, -0.0204, 0.3564, -0.5363, -0.0525, -0.0685, -0.2078, -0.2006, 0.1359, -0.0906, -0.1556, -0.4923, -0.446, 0.427, 0.428, 0.4821, 0.0897, 0.1153, 0.0725, 0.1475, 0.129, 0.1391, 0.1568, 0.4257 ]
24
24
0.0001
MTY
0
m-Tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "HD1", "CE2", "HE2", "CE1", "OE1", "HE1", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
21
22
MTY
m-Tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "HD1", "CE2", "HE2", "CE1", "OE1", "HE1", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
21
22
2
8
8
12
16,428
1
L:NAL
NAL
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccc2c(c1)cccc2)[NH3]
*****
L_SMI/NAL.smi
L_PDB/NAL.pdb
L_MOL2/NAL.mol2
L_top/NAL.top
L_rtp/NAL.rtp
L_rtp/NAL.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "NAL" ]
[ "CA", "CB", "CG", "CE2", "CD2", "CD1", "CE1", "CZ", "CH1", "CJ1", "CJ2", "CH2", "N", "C", "O", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HD1", "HE1", "HH1", "HJ1", "HJ1", "HH2", "HN1", "HN2", "HN3" ]
[ "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
29
16
13
*****
SMALL
GASTEIGER
[ "CA", "CB", "CG", "CE2", "CD2", "CD1", "CE1", "CZ", "CH1", "CJ1", "CJ2", "CH2", "N", "C", "O", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HD1", "HE1", "HH1", "HJ1", "HJ1", "HH2", "HN1", "HN2", "HN3" ]
[ "C.3", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.4", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.02, 0.0209, -0.0411, -0.0176, -0.0506, -0.0578, -0.0538, -0.0179, -0.054, -0.0612, -0.0612, -0.054, 0.2251, 0.0897, -0.5442, -0.5442, 0.0918, 0.0372, 0.0372, 0.0626, 0.062, 0.0624, 0.0624, 0.0618, 0.0618, 0.0624, 0.2001, 0.2001, 0.2001 ]
29
30
-0
NAL
0
2-Naphtalene
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "HD1", "CE2", "CE1", "HE1", "CZ", "CH2", "HH2", "CH1", "HH1", "CJ2", "HJ2", "CJ1", "HJ1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
26
28
NAL
2-Naphtalene
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "HD1", "CE2", "CE1", "HE1", "CZ", "CH2", "HH2", "CH1", "HH1", "CJ2", "HJ2", "CJ1", "HJ1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
26
28
2
10
10
12
16,428
8
L:NAO1
NAO1
L
OC(=O)[C@H](Cc1cccc2c1cc(O)cc2)[NH3]
NAO1.pdb
L_SMI/NAO1.smi
L_PDB/NAO1.pdb
L_MOL2/NAO1.mol2
L_top/NAO1.top
L_rtp/NAO1.rtp
L_rtp/NAO1.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "NAO" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CJ1", "CJ2", "OXT", "OJ1", "CH1", "CH2", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "HZ", "HJ2", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3", "HJ1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "C", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
30
17
13
NAO1.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CJ1", "CJ2", "OXT", "OJ1", "CH1", "CH2", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "HZ", "HJ2", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3", "HJ1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "O.3", "C.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8326, -0.0715, 0.9376, -0.7193, -0.0511, -0.1093, 0.009, -0.142, -0.068, -0.145, -0.097, 0.1431, -0.136, -0.7993, -0.4941, -0.233, -0.092, 0.0927, 0.1167, 0.0667, 0.127, 0.137, 0.137, 0.157, 0.158, 0.139, 0.4278, 0.4258, 0.4818, 0.431 ]
30
31
-0.003
NAO1
-0
null
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "CD2", "HD2", "CE1", "CH1", "HH1", "CE2", "HE2", "CH2", "HH2", "CZ", "HZ", "CJ1", "OJ1", "HJ1", "CJ2", "HJ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
27
29
NAO1
null
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "CD2", "HD2", "CE1", "CH1", "HH1", "CE2", "HE2", "CH2", "HH2", "CZ", "HZ", "CJ1", "OJ1", "HJ1", "CJ2", "HJ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
27
29
2
10
10
12
16,428
8
L:NAO2
NAO2
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccc2c(c1)cc(cc2)O)[NH3]
NAO2.pdb
L_SMI/NAO2.smi
L_PDB/NAO2.pdb
L_MOL2/NAO2.mol2
L_top/NAO2.top
L_rtp/NAO2.rtp
L_rtp/NAO2.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "NAO" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CJ1", "CJ2", "CH2", "OXT", "OJ2", "CH1", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HJ1", "HH1", "HH2", "HJ2", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
30
17
13
NAO2.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CJ1", "CJ2", "OXT", "OJ2", "CH1", "CH2", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HJ1", "HH1", "HH2", "HJ2", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "O.3", "C.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0685, 0.9366, -0.7103, -0.0511, -0.1063, -0.169, -0.113, -0.096, -0.001, -0.073, -0.189, 0.1291, -0.8033, -0.4921, -0.079, -0.16, 0.4828, 0.0897, 0.1157, 0.0717, 0.131, 0.147, 0.136, 0.139, 0.138, 0.158, 0.422, 0.4248, 0.4268 ]
30
31
0.001
NAO2
-0
null
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "CZ", "CH2", "HH2", "CH1", "HH1", "CJ2", "OJ2", "HJ2", "CJ1", "HJ1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
27
29
NAO2
null
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "CZ", "CH2", "HH2", "CH1", "HH1", "CJ2", "OJ2", "HJ2", "CJ1", "HJ1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
27
29
2
10
10
12
16,428
9
L:NIY
NIY
L
O=[C](=O)[C@H](Cc1ccc(c(c1)N(=O)=O)O)[NH3]
NIY.pdb
L_SMI/NIY.smi
L_PDB/NIY.pdb
L_MOL2/NIY.mol2
L_top/NIY.top
L_rtp/NIY.rtp
L_rtp/NIY.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "NIY" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "NN", "ON1", "ON2", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HH", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "O", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
26
16
10
NIY.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "NN", "ON1", "ON2", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HH", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "N.2", "O.co2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8336, -0.0795, 0.9396, -0.7963, -0.0461, -0.1633, -0.036, -0.068, -0.2712, -0.176, 0.2241, -0.4861, 0.3242, -0.182, -0.241, -0.7033, 0.0917, 0.1227, 0.0727, 0.18, 0.149, 0.171, 0.472, 0.4208, 0.4868, 0.4278 ]
26
26
0
NIY
-0
meta-nitro-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "NN", "ON1", "ON2", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NH2", "OC", "OC", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, 0.83, -0.47, -0.47, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
23
24
NIY
meta-nitro-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "NN", "ON1", "ON2", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NH2", "OC", "OC", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, 0.83, -0.47, -0.47, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
23
24
3
7
7
12
16,428
6
L:NLE
NLE
L
CCCC[C@@H]([C](=O)=O)[NH3]
NLE.pdb
L_SMI/NLE.smi
L_PDB/NLE.pdb
L_MOL2/NLE.mol2
L_top/NLE.top
L_rtp/NLE.rtp
L_rtp/NLE.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "NLE" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "CE", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HE3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
22
9
13
NLE.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "CE", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HE3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8366, -0.0715, 0.9356, -0.8043, -0.0974, -0.0884, -0.0804, -0.0941, -0.7093, 0.4168, 0.4878, 0.4248, 0.0887, 0.1177, 0.0547, 0.0087, 0.0467, 0.0537, 0.0417, 0.0287, 0.0357, 0.0407 ]
22
21
-0
NLE
0
Nor-leucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD2", "HD1", "CE", "HE1", "HE2", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
19
19
NLE
Nor-leucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD2", "HD1", "CE", "HE1", "HE2", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
19
19
2
6
6
27
36,963
7
L:NVA
NVA
L
CCC[C@@H]([C](=O)=O)[NH3]
NVA.pdb
L_SMI/NVA.smi
L_PDB/NVA.pdb
L_MOL2/NVA.mol2
L_top/NVA.top
L_rtp/NVA.rtp
L_rtp/NVA.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "NVA" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HD3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
19
8
11
NVA.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HD3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8376, -0.0715, 0.9356, -0.8043, -0.0974, -0.0874, -0.0941, -0.7093, 0.4168, 0.4878, 0.4238, 0.0887, 0.1177, 0.0547, 0.0077, 0.0457, 0.0367, 0.0367, 0.0487 ]
19
18
-0.001
NVA
0
Norvaline
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD1", "HD2", "HD3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
16
16
NVA
Norvaline
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD1", "HD2", "HD3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
16
16
2
5
5
9
12,321
9
L:OAS
OAS
L
CC(=O)OC[C@@H](C(=O)O)[NH3]
OAS.pdb
L_SMI/OAS.smi
L_PDB/OAS.pdb
L_MOL2/OAS.mol2
L_top/OAS.top
L_rtp/OAS.rtp
L_rtp/OAS.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "OAS" ]
[ "N", "CA", "CB", "OG", "C", "O", "CE", "CD", "OD", "OXT", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HE1", "HE2", "HE3", "H1", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
19
10
9
OAS.pdb
SMALL
NO_CHARGES
[ "N", "CA", "CB", "OG", "C", "O", "CE", "CD", "OD", "OXT", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HE1", "HE2", "HE3", "H1", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "O.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.2", "O.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
19
18
0
OAS
0
o-acetylserine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "OG", "CD", "OD", "CE", "HE3", "HE1", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "OCC", "CC", "O", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.1, 0.09, 0.09, -0.43, 0.66, -0.57, -0.21, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
16
16
OAS
o-acetylserine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "OG", "CD", "OD", "CE", "HE3", "HE1", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "OCC", "CC", "O", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.1, 0.09, 0.09, -0.43, 0.66, -0.57, -0.21, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
16
16
3
4
4
27
36,963
7
L:OBF
OBF
L
[NH3][C@H](C(=O)O)CC(F)F
OBF.pdb
L_SMI/OBF.smi
L_PDB/OBF.pdb
L_MOL2/OBF.mol2
L_top/OBF.top
L_rtp/OBF.rtp
L_rtp/OBF.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "OBF" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG", "FG1", "FG2", "C", "O", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HN1", "OXT", "HN2" ]
[ "N", "C", "C", "C", "F", "F", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "O", "H" ]
16
9
7
OBF.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG", "FG1", "FG2", "C", "O", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HN1", "OXT", "HN2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.3", "F", "F", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "O.co2", "H" ]
[ -0.8346, -0.0855, -0.1444, 0.3809, -0.2763, -0.2313, 0.9446, -0.7883, 0.4298, 0.0927, 0.0837, 0.1377, 0.0787, 0.4848, -0.7053, 0.4328 ]
16
15
0
OBF
0
(2s)-2-amino-4,4-difluorobutanoic acid
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG", "FG1", "FG2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "F2", "F2", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.59, 0.09, -0.34, -0.34, 0.51, -0.51 ]
13
13
OBF
(2s)-2-amino-4,4-difluorobutanoic acid
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG", "FG1", "FG2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "F2", "F2", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.59, 0.09, -0.34, -0.34, 0.51, -0.51 ]
13
13
2
4
4
9
12,321
7
L:OCY
OCY
L
OCCSC[C@@H]([C](=O)=O)[NH3]
OCY.pdb
L_SMI/OCY.smi
L_PDB/OCY.pdb
L_MOL2/OCY.mol2
L_top/OCY.top
L_rtp/OCY.rtp
L_rtp/OCY.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "OCY" ]
[ "N", "CA", "CB", "SG", "CD", "CE", "OZ", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "S", "C", "C", "O", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
21
10
11
OCY.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "SG", "CD", "CE", "OZ", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "S.3", "C.3", "C.3", "O.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8366, -0.0765, -0.0013, -0.3822, -0.0003, 0.1434, -0.6008, 0.9416, -0.7943, -0.7033, 0.4408, 0.4788, 0.1007, 0.0867, 0.1237, 0.0797, 0.0837, 0.0417, 0.0357, 0.408, 0.4298 ]
21
20
-0.001
OCY
0
s-(2-hydroxyethyl)-l-cysteine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "SG", "CD", "HD1", "HD2", "CE", "HE2", "HE1", "OZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "S", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.14, 0.09, 0.09, -0.09, -0.13, 0.09, 0.09, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
18
18
OCY
s-(2-hydroxyethyl)-l-cysteine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "SG", "CD", "HD1", "HD2", "CE", "HE2", "HE1", "OZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "S", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.14, 0.09, 0.09, -0.09, -0.13, 0.09, 0.09, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
18
18
2
6
6
81
110,889
2
L:OLT
OLT
L
CO[C@@H]([C@@H](C(=O)O)[NH3])C
OLT.pdb
L_SMI/OLT.smi
L_PDB/OLT.pdb
L_MOL2/OLT.mol2
L_top/OLT.top
L_rtp/OLT.rtp
L_rtp/OLT.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "OLT" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG2", "OG1", "CD1", "OXT", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "HD11", "HD12", "HD13", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
9
11
OLT.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "OG1", "CG2", "CD1", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "HD11", "HD12", "HD13", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "O.3", "C.3", "C.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8246, -0.1005, 0.9346, -0.7993, 0.1291, -0.4586, -0.1091, 0.1067, -0.7243, 0.4838, 0.4488, 0.0927, 0.1177, 0.0217, 0.0627, 0.0487, 0.0327, 0.0517, 0.0717, 0.4148 ]
20
19
0.001
OLT
0
o-methyl-l-threonine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG1", "CD1", "HD11", "HD12", "HD13", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OCC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.19, 0.09, -0.56, 0.01, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
OLT
o-methyl-l-threonine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG1", "CD1", "HD11", "HD12", "HD13", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OCC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.19, 0.09, -0.56, 0.01, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
2
5
5
9
12,321
5
L:OMT
OMT
L
OC(=O)[C@H](CCS(=O)(=O)C)[NH3]
OMT.pdb
L_SMI/OMT.smi
L_PDB/OMT.pdb
L_MOL2/OMT.mol2
L_top/OMT.top
L_rtp/OMT.rtp
L_rtp/OMT.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "OMT" ]
[ "CB", "CG", "CE", "OE1", "OE2", "SD", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE1", "HE2", "HE3", "N", "CA", "C", "O", "OXT", "HA", "H1", "H2", "H3" ]
[ "C", "C", "C", "O", "O", "S", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "N", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H" ]
22
11
11
OMT.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "CB", "CG", "CE", "OE1", "OE2", "SD", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE1", "HE2", "HE3", "N", "CA", "C", "O", "OXT", "HA", "H1", "H2", "H3" ]
[ "C.3", "C.3", "C.3", "O.2", "O.2", "S.o2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.0584, -0.3426, -0.3773, -0.6368, -0.7128, 1.342, 0.0587, 0.1367, 0.1177, 0.1287, 0.1337, 0.1227, 0.1247, -0.8226, -0.0845, 0.9396, -0.7943, -0.7173, 0.0857, 0.4798, 0.4338, 0.4428 ]
22
21
0
OMT
0
Methionine sulfone
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "SD", "OE1", "OE2", "CE", "HE1", "HE2", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "SO2", "OC", "OC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.07, 0.09, 0.09, 1.08, -0.65, -0.65, -0.16, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
19
19
OMT
Methionine sulfone
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "SD", "OE1", "OE2", "CE", "HE1", "HE2", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "SO2", "OC", "OC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.07, 0.09, 0.09, 1.08, -0.65, -0.65, -0.16, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
19
19
2
5
5
27
36,963
2
L:OMX
OMX
L
OC(=O)[C@H]([C@@H](c1ccc(cc1)O)O)[NH3]
OMX.pdb
L_SMI/OMX.smi
L_PDB/OMX.pdb
L_MOL2/OMX.mol2
L_top/OMX.top
L_rtp/OMX.rtp
L_rtp/OMX.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "OMX" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "OG", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "OXT", "HN1", "HN2", "HA", "HB", "HG", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HH", "HN3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
25
14
11
OMX.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "OG", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "OXT", "HN1", "HN2", "HA", "HB", "HG", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HH", "HN3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "O.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8186, -0.1155, 0.9246, -0.8073, 0.1954, -0.6218, -0.1603, -0.082, -0.091, -0.213, -0.162, 0.1331, -0.4931, -0.7033, 0.4328, 0.4808, 0.1007, 0.0947, 0.451, 0.146, 0.155, 0.141, 0.156, 0.424, 0.4318 ]
25
25
-0.001
OMX
-0
(betar)-beta-hydroxy-l-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG", "HG", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
22
23
OMX
(betar)-beta-hydroxy-l-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG", "HG", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
22
23
2
9
9
12
16,428
8
L:OMY
OMY
L
OC(=O)[C@H]([C@@H](c1ccc(c(c1)Cl)O)O)[NH3]
OMY.pdb
L_SMI/OMY.smi
L_PDB/OMY.pdb
L_MOL2/OMY.mol2
L_top/OMY.top
L_rtp/OMY.rtp
L_rtp/OMY.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "OMY" ]
[ "N", "CA", "OH", "CE2", "CE1", "CZ", "CG", "CD2", "CD1", "CB", "CL", "O", "C", "OG", "OXT", "HN1", "HN2", "HA", "HH", "HE2", "HD2", "HD1", "HB", "HG", "HN3" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "CL", "O", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
25
15
10
OMY.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "OH", "CE2", "CE1", "CZ", "CG", "CD2", "CD1", "CB", "CL", "O", "C", "OG", "OXT", "HN1", "HN2", "HA", "HH", "HE2", "HD2", "HD1", "HB", "HG", "HN3" ]
[ "N.4", "C.3", "O.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.3", "Cl", "O.co2", "C.2", "O.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8176, -0.1185, -0.4851, -0.156, -0.0736, 0.1451, -0.1523, -0.088, -0.078, 0.1954, -0.0804, -0.8063, 0.9246, -0.6228, -0.7003, 0.4808, 0.4308, 0.1027, 0.435, 0.161, 0.159, 0.16, 0.0967, 0.454, 0.4348 ]
25
25
0.001
OMY
0
(betar)-3-chloro-beta-hydroxy-l-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG", "HG", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "CL", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CLAL", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.17, -0.17, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
22
23
OMY
(betar)-3-chloro-beta-hydroxy-l-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG", "HG", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "CL", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CLAL", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.17, -0.17, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
22
23
2
8
8
12
16,428
6
L:ONL
ONL
L
CC(=O)CC[C@@H](C(=O)O)[NH3]
ONL.pdb
L_SMI/ONL.smi
L_PDB/ONL.pdb
L_MOL2/ONL.mol2
L_top/ONL.top
L_rtp/ONL.rtp
L_rtp/ONL.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "ONL" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "OXT", "CB", "CG", "CD", "OD", "CE", "HN1", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE1", "HE2", "HE3", "HN3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "O", "C", "C", "C", "O", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
21
10
11
ONL.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "OXT", "CB", "CG", "CD", "OD", "CE", "HN1", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE1", "HE2", "HE3", "HN3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.2", "O.2", "C.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8256, -0.0745, 0.9366, -0.7993, -0.7203, -0.0844, -0.2014, 0.5861, -0.5991, -0.2061, 0.4208, 0.4808, 0.0837, 0.0577, 0.1247, 0.0767, 0.0777, 0.0687, 0.0737, 0.0767, 0.4448 ]
21
20
-0.002
ONL
0
5-oxo-l-norleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "OD", "CE", "HE1", "HE2", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.12, 0.09, 0.09, 0.45, -0.57, -0.21, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
ONL
5-oxo-l-norleucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "OD", "CE", "HE1", "HE2", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.12, 0.09, 0.09, 0.45, -0.57, -0.21, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
3
5
5
27
36,963
6
L:ORN
ORN
L
[NH3]CCC[C@@H]([C](=O)=O)[NH3]
ORN.pdb
L_SMI/ORN.smi
L_PDB/ORN.pdb
L_MOL2/ORN.mol2
L_top/ORN.top
L_rtp/ORN.rtp
L_rtp/ORN.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "ORN" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "NE", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HE3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
22
9
13
ORN.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "NE", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HE3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "N.4", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8246, -0.0425, 0.8966, -0.7453, -0.0924, -0.1054, 0.1138, -0.8636, -0.8133, 0.4398, 0.4808, 0.4608, 0.1217, 0.0677, 0.0637, 0.1097, 0.0957, 0.0977, 0.1027, 0.4478, 0.4918, 0.4958 ]
22
21
0.999
ORN
1
Ornithine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD1", "HD2", "NE", "HE1", "HE2", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "NH3", "HC", "HC", "HC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.21, 0.05, 0.05, -0.3, 0.33, 0.33, 0.33, 0.51, -0.51 ]
19
19
ORN
Ornithine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD1", "HD2", "NE", "HE1", "HE2", "HE3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "NH3", "HC", "HC", "HC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.21, 0.05, 0.05, -0.3, 0.33, 0.33, 0.33, 0.51, -0.51 ]
19
19
2
6
6
27
36,963
3
L:OTYR
OTYR
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccccc1O)[NH3]
OTYR.pdb
L_SMI/OTYR.smi
L_PDB/OTYR.pdb
L_MOL2/OTYR.mol2
L_top/OTYR.top
L_rtp/OTYR.rtp
L_rtp/OTYR.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "OTY" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD2", "CD1", "CE2", "CE1", "CZ", "OXT", "OD1", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "H1", "H2", "H3", "HD1", "HE1", "HZ" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
24
13
11
OTYR.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD2", "CD1", "CE2", "CE1", "CZ", "OXT", "OD1", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "H1", "H2", "H3", "HD1", "HE1", "HZ" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "O.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8286, -0.0645, 0.9356, -0.8053, -0.0421, -0.1163, -0.091, 0.0911, -0.147, -0.194, -0.095, -0.7193, -0.5521, 0.0877, 0.1227, 0.0687, 0.152, 0.143, 0.4448, 0.4168, 0.4798, 0.435, 0.137, 0.14 ]
24
24
-0.001
OTYR
0
o-Tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "OD1", "HD1", "CE2", "HE2", "CE1", "HE1", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
21
22
OTYR
o-Tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "OD1", "HD1", "CE2", "HE2", "CE1", "HE1", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
21
22
2
8
8
12
16,428
6
L:PBF
PBF
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cc1ccc(cc1)C(=O)c1ccccc1
PBF.pdb
L_SMI/PBF.smi
L_PDB/PBF.pdb
L_MOL2/PBF.mol2
L_top/PBF.top
L_rtp/PBF.rtp
L_rtp/PBF.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PBF" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "CJ", "CH1", "CM1", "CL", "CM2", "CH2", "CF", "OF", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HE1", "HH1", "HM1", "HL", "HM2", "HH2" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
35
20
15
PBF.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "CJ", "CH1", "CM1", "CL", "CM2", "CH2", "CF", "OF", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HE1", "HH1", "HM1", "HL", "HM2", "HH2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.2", "O.2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0715, 0.9376, -0.7993, -0.0551, -0.0903, -0.135, -0.169, -0.089, -0.077, -0.1626, -0.7103, -0.1746, -0.075, -0.143, -0.099, -0.143, -0.09, 0.5883, -0.5281, 0.4268, 0.4268, 0.4838, 0.0907, 0.1187, 0.0727, 0.149, 0.135, 0.155, 0.15, 0.153, 0.14...
35
36
-0.001
PBF
0
4-benzoyl-Phe
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "CF", "CJ", "OF", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "CM1", "HM1", "CM2", "HM2", "CL", "HL", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CC", "CA", "O", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.09, 0.39, 0.09, -0.57, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
32
34
PBF
4-benzoyl-Phe
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "CF", "CJ", "OF", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "CM1", "HM1", "CM2", "HM2", "CL", "HL", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CC", "CA", "O", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.09, 0.39, 0.09, -0.57, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
32
34
3
12
12
48
65,712
1
L:PF5
PF5
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cc1c(F)c(F)c(c(c1F)F)F
PF5.pdb
L_SMI/PF5.smi
L_PDB/PF5.pdb
L_MOL2/PF5.mol2
L_top/PF5.top
L_rtp/PF5.rtp
L_rtp/PF5.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PF5" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "FD2", "FE2", "FZ", "FE1", "FD1", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "F", "F", "F", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
17
6
PF5.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "FD2", "FE2", "FZ", "FE1", "FD1", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "F", "F", "F", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8346, -0.0815, 0.9426, -0.7913, -0.0541, -0.1293, 0.1409, 0.0899, 0.0799, 0.0799, 0.1059, -0.7033, -0.1349, -0.0979, -0.0909, -0.0919, -0.0909, 0.4168, 0.4898, 0.4358, 0.0947, 0.1457, 0.0787 ]
23
23
-0
PF5
0
pentafluoro-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "FD1", "CD2", "FD2", "CE1", "FE1", "CE2", "FE2", "CZ", "FZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "F1", "CA", "F1", "CA", "F1", "CA", "F1", "CA", "F1", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, 0.51, -0.51 ]
20
21
PF5
pentafluoro-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "FD1", "CD2", "FD2", "CE1", "FE1", "CE2", "FE2", "CZ", "FZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "F1", "CA", "F1", "CA", "F1", "CA", "F1", "CA", "F1", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, 0.51, -0.51 ]
20
21
2
3
3
6
8,214
3
L:PFF
PFF
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cc1ccc(cc1)F
PFF.pdb
L_SMI/PFF.smi
L_PDB/PFF.pdb
L_MOL2/PFF.mol2
L_top/PFF.top
L_rtp/PFF.rtp
L_rtp/PFF.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PFF" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "FZ", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HE1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
13
10
PFF.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "FZ", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HE1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0715, 0.9376, -0.8003, -0.0491, -0.1283, -0.097, -0.13, -0.159, -0.163, 0.1299, -0.7093, -0.1339, 0.4248, 0.4258, 0.4848, 0.0897, 0.1177, 0.0707, 0.151, 0.136, 0.154, 0.157 ]
23
23
0.002
PFF
-0
4-Fluoro-Phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "FZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "F1", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.19, -0.19, 0.51, -0.51 ]
20
21
PFF
4-Fluoro-Phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "FZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "F1", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.19, -0.19, 0.51, -0.51 ]
20
21
2
7
7
6
8,214
4
L:PHE
PHE
L
[NH3][C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)O
PHE.pdb
L_SMI/PHE.smi
L_PDB/PHE.pdb
L_MOL2/PHE.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "PHE" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
12
11
PHE.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3873, 0.0245, -0.2482, -0.0306, -0.0484, -0.0586, -0.0586, -0.0615, -0.0615, -0.0617, 0.3423, -0.2482, -0.0889, 0.0201, 0.0302, 0.0302, 0.062, 0.062, 0.0618, 0.0618, 0.0618, -0.0889, -0.0889 ]
23
23
0
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
6
8,214
3
L:PHI
PHI
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cc1ccc(cc1)I
PHI.pdb
L_SMI/PHI.smi
L_PDB/PHI.pdb
L_MOL2/PHI.mol2
L_top/PHI.top
L_rtp/PHI.rtp
L_rtp/PHI.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PHI" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "IZ", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "I", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
13
10
PHI.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "IZ", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "I", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0715, 0.9376, -0.7993, -0.0541, -0.0933, -0.127, -0.162, -0.089, -0.092, 0.0199, -0.7083, -0.1279, 0.4248, 0.4268, 0.4848, 0.0907, 0.1197, 0.0727, 0.15, 0.135, 0.152, 0.148 ]
23
23
0.002
PHI
-0
4-Iodo-Phe
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "IZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "I", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.08, 0.51, -0.51 ]
20
21
PHI
4-Iodo-Phe
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "IZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "I", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.08, 0.51, -0.51 ]
20
21
2
7
7
6
8,214
1
L:PPN
PPN
L
O=[C](=O)[C@H](Cc1ccc(cc1)N(=O)=O)[NH3]
PPN.pdb
L_SMI/PPN.smi
L_PDB/PPN.pdb
L_MOL2/PPN.mol2
L_top/PPN.top
L_rtp/PPN.rtp
L_rtp/PPN.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PPN" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "NH", "OJ1", "OJ2", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "N", "O", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
25
15
10
PPN.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "NH", "OJ1", "OJ2", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.2", "O.co2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0785, 0.9406, -0.7923, -0.0611, -0.0653, -0.135, -0.168, -0.06, -0.063, -0.1782, 0.3132, -0.199, -0.204, -0.7043, 0.4218, 0.4278, 0.4868, 0.0927, 0.1267, 0.0757, 0.162, 0.144, 0.178, 0.175 ]
25
25
-0
PPN
-0
4-Nitrophenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "NH", "OJ1", "OJ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NH2", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, 0.83, -0.47, -0.47, 0.51, -0.51 ]
22
23
PPN
4-Nitrophenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "NH", "OJ1", "OJ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NH2", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, 0.83, -0.47, -0.47, 0.51, -0.51 ]
22
23
3
7
7
6
8,214
8
L:PRO
PRO
L
[NH2]1[C@H](C(=O)O)CCC1
PRO.pdb
L_SMI/PRO.smi
L_PDB/PRO.pdb
L_MOL2/PRO.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
false
false
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi" ]
[ "PRO" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
17
8
9
PRO.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.388, 0.0232, 0.3425, -0.2482, -0.0572, -0.0694, -0.0924, -0.2482, 0.0203, 0.0254, 0.0254, 0.0247, 0.0247, 0.0054, 0.0054, -0.0847, -0.0847 ]
17
17
0.0002
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
0
0
5
L:PTR
PTR
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccc(cc1)OP(=O)(O)O)[NH3]
PTR.pdb
L_SMI/PTR.smi
L_PDB/PTR.pdb
L_MOL2/PTR.mol2
L_top/PTR.top
L_rtp/PTR.rtp
L_rtp/PTR.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PTR" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "OXT", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HN3", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HO3P", "HN1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "P", "O", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
28
17
11
PTR.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "OXT", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HN3", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HO3P", "HN1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "P.3", "O.co2", "O.co2", "O.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8366, -0.0455, 0.9266, -0.8273, -0.7313, -0.0271, -0.2043, -0.134, -0.102, -0.2, -0.182, 0.2701, -0.4855, 1.4368, -0.8015, -0.8185, -0.7804, 0.4718, 0.4458, 0.0827, 0.0617, 0.0937, 0.114, 0.121, 0.149, 0.15, 0.432, 0.4188 ]
28
28
-1.002
PTR
-1
phosphonotyrosine (charge: -1)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HO3P", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.35, 1.44, -0.95, -0.95, -0.77, 0.5, 0.51, -0.51 ]
25
26
PTR
phosphonotyrosine (charge: -1)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HO3P", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.35, 1.44, -0.95, -0.95, -0.77, 0.5, 0.51, -0.51 ]
25
26
2
8
8
36
49,284
4
L:PTR2
PTR2
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccc(cc1)OP(=O)(O)O)[NH3]
PTR2.pdb
L_SMI/PTR2.smi
L_PDB/PTR2.pdb
L_MOL2/PTR2.mol2
L_top/PTR2.top
L_rtp/PTR2.rtp
L_rtp/PTR2.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PTR" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "OXT", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HN3", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HN1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "P", "O", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
27
17
10
PTR2.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "OXT", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HN3", "HN2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HN1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "P.3", "O.co2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8036, -0.0195, 0.9106, -0.8423, -0.8093, 0.0239, -0.3633, -0.061, -0.051, -0.34, -0.331, 0.3441, -0.3475, 1.3159, -0.8315, -0.8905, -0.8315, 0.4368, 0.4978, 0.0697, 0.0347, 0.0407, 0.084, 0.084, 0.113, 0.113, 0.4528 ]
27
27
-2.001
PTR2
-2
phosphonotyrosine (charge: -2)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.35, 1.36, -1.03, -1.03, -1.03, 0.51, -0.51 ]
24
25
PTR2
phosphonotyrosine (charge: -2)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.35, 1.36, -1.03, -1.03, -1.03, 0.51, -0.51 ]
24
25
2
7
7
36
49,284
4
L:PYR2
PYR2
L
O=[C](=O)[C@H](Cc1ccccn1)[NH3]
PYR2.pdb
L_SMI/PYR2.smi
L_PDB/PYR2.pdb
L_MOL2/PYR2.mol2
L_top/PYR2.top
L_rtp/PYR2.rtp
L_rtp/PYR2.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PYR" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "ND1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "H1", "HA", "HB2", "HB3", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "N", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
22
12
10
PYR2.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "ND1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "H1", "HA", "HB2", "HB3", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8196, -0.0615, 0.9346, -0.7203, -0.1447, 0.3976, -0.736, -0.2293, 0.4062, -0.081, -0.2433, -0.8013, 0.4788, 0.0917, 0.1247, 0.0717, 0.157, 0.0201, 0.146, 0.149, 0.4328, 0.4288 ]
22
22
0.002
PYR2
-0
3-(2-Pyridyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "ND1", "CE1", "HE1", "CD2", "HD2", "CE2", "HE2", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "NPYD", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.31, -0.62, 0.16, 0.15, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
19
20
PYR2
3-(2-Pyridyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "ND1", "CE1", "HE1", "CD2", "HD2", "CE2", "HE2", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "NPYD", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.31, -0.62, 0.16, 0.15, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
19
20
2
7
7
12
16,428
8
L:PYR3
PYR3
L
OC(=O)[C@H](Cc1cccnc1)[NH3]
PYR3.pdb
L_SMI/PYR3.smi
L_PDB/PYR3.pdb
L_MOL2/PYR3.mol2
L_top/PYR3.top
L_rtp/PYR3.rtp
L_rtp/PYR3.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PYR" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "NE1", "CE2", "CZ", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HZ", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
22
12
10
PYR3.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "NE1", "CE2", "CZ", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HZ", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8346, -0.0725, 0.9376, -0.7073, -0.0461, -0.2326, 0.4012, -0.114, -0.654, -0.2423, 0.3962, -0.7993, 0.0907, 0.1207, 0.0717, 0.0341, 0.138, 0.149, 0.0291, 0.4258, 0.4228, 0.4848 ]
22
22
-0.001
PYR3
0
3-(3-Pyridyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "NE1", "CZ", "HZ", "CD2", "HD2", "CE2", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.16, 0.15, -0.62, 0.16, 0.15, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
19
20
PYR3
3-(3-Pyridyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "NE1", "CZ", "HZ", "CD2", "HD2", "CE2", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.16, 0.15, -0.62, 0.16, 0.15, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
19
20
2
7
7
12
16,428
1
L:PYR4
PYR4
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cc1ccncc1
PYR4.pdb
L_SMI/PYR4.smi
L_PDB/PYR4.pdb
L_MOL2/PYR4.mol2
L_top/PYR4.top
L_rtp/PYR4.rtp
L_rtp/PYR4.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PYR" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "NZ", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "N", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
22
12
10
PYR4.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "NZ", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0725, 0.9386, -0.7073, -0.0571, -0.0703, -0.2403, -0.2793, 0.4022, 0.4002, -0.659, -0.7983, 0.0917, 0.0737, 0.1217, 0.157, 0.14, 0.0301, 0.0271, 0.4268, 0.4248, 0.4848 ]
22
22
-0.001
PYR4
0
3-(4-Pyridyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "NZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "NPYD", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.16, 0.15, 0.16, 0.15, -0.62, 0.51, -0.51 ]
19
20
PYR4
3-(4-Pyridyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "NZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "NPYD", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.16, 0.15, 0.16, 0.15, -0.62, 0.51, -0.51 ]
19
20
2
7
7
6
8,214
8
L:PYZ1
PYZ1
L
OC(=O)[C@H](Cn1cccn1)[NH3]
PYZ1.mol2
L_SMI/PYZ1.smi
L_PDB/PYZ1.pdb
L_MOL2/PYZ1.mol2
L_top/PYZ1.top
L_rtp/PYZ1.rtp
L_rtp/PYZ1.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "PYZ" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "NG", "CD2", "ND1", "CE1", "CE2", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE1", "HE2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "N", "C", "N", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
11
9
PYZ1.mol2
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "O", "CB", "C", "OXT", "NG", "CD2", "CE2", "CE1", "ND1", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "HE1", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.2", "O.co2", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8166, -0.0945, -0.7883, 0.0453, 0.9426, -0.7163, -0.1024, -0.1173, -0.3023, 0.0562, -0.162, 0.0997, 0.0737, 0.1297, 0.186, 0.172, 0.0431, 0.4328, 0.4798, 0.4388 ]
20
20
-0
PYZ1
-0
3-(1-Pyrazolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "NG", "CD2", "HD2", "ND1", "CE2", "HE2", "CE1", "HE1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "NY", "C5A", "HP", "N5A", "C5B", "HP", "C5B", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.07, 0.09, 0.09, 0.32, -0.3, 0.15, -0.71, -0.15, 0.15, 0.14, 0.15, 0.51, -0.51 ]
17
18
PYZ1
3-(1-Pyrazolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "NG", "CD2", "HD2", "ND1", "CE2", "HE2", "CE1", "HE1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "NY", "C5A", "HP", "N5A", "C5B", "HP", "C5B", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.07, 0.09, 0.09, 0.32, -0.3, 0.15, -0.71, -0.15, 0.15, 0.14, 0.15, 0.51, -0.51 ]
17
18
6
6
6
9
12,321
6
L:QU33
QU33
L
OC(=O)[C@H](Cc1cnc2c(c1)cccc2)[NH3]
QU33.pdb
L_SMI/QU33.smi
L_PDB/QU33.pdb
L_MOL2/QU33.mol2
L_top/QU33.top
L_rtp/QU33.rtp
L_rtp/QU33.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "QU3" ]
[ "NE1", "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CE2", "CZ", "CJ1", "CJ2", "OXT", "CD2", "CH1", "CH2", "HA", "H1", "H2", "H3", "HB1", "HB2", "HD1", "HJ1", "HJ2", "HD2", "HH1", "HH2" ]
[ "N", "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
28
16
12
QU33.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "NE1", "CE2", "CZ", "CJ1", "CJ2", "OXT", "CD2", "CH1", "CH2", "HA", "H1", "H2", "H3", "HB1", "HB2", "HD1", "HJ1", "HJ2", "HD2", "HH1", "HH2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8346, -0.0735, 0.9376, -0.7993, -0.0461, -0.2346, 0.4102, -0.645, -0.1493, 0.3906, -0.119, -0.12, -0.7073, -0.096, -0.1623, -0.115, 0.0897, 0.4268, 0.4238, 0.4848, 0.1207, 0.0717, 0.0331, 0.141, 0.14, 0.14, 0.155, 0.136 ]
28
29
-0.001
QU33
0
3-(3-quinolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "NE1", "CZ", "CD2", "HD2", "CE2", "CH2", "HH2", "CH1", "HH1", "CJ2", "HJ2", "CJ1", "HJ1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.16, 0.15, -0.62, 0.31, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
QU33
3-(3-quinolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "NE1", "CZ", "CD2", "HD2", "CE2", "CH2", "HH2", "CH1", "HH1", "CJ2", "HJ2", "CJ1", "HJ1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.16, 0.15, -0.62, 0.31, -0.115, 0.115, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
2
9
9
12
16,428
3
L:QU34
QU34
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccnc2c1cccc2)[NH3]
QU34.pdb
L_SMI/QU34.smi
L_PDB/QU34.pdb
L_MOL2/QU34.mol2
L_top/QU34.top
L_rtp/QU34.rtp
L_rtp/QU34.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "QU3" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CJ1", "CJ2", "OXT", "NZ", "CH1", "CH2", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "HJ1", "HJ2", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
28
16
12
QU34.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CJ1", "CJ2", "OXT", "NZ", "CH1", "CH2", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "HJ1", "HJ2", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8346, -0.0745, 0.9386, -0.7113, -0.0591, -0.0533, -0.1453, -0.2813, 0.3936, 0.4092, -0.119, -0.117, -0.7973, -0.649, -0.12, -0.1673, 0.0937, 0.1227, 0.0727, 0.14, 0.0261, 0.144, 0.141, 0.154, 0.154, 0.4278, 0.4248, 0.4838 ]
28
29
-0.003
QU34
0
3-(4-quinolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "CD2", "HD2", "CE2", "HE2", "NZ", "CE1", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "CJ1", "HJ1", "CJ2", "HJ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0, -0.115, 0.115, 0.16, 0.15, -0.62, 0.31, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
QU34
3-(4-quinolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "CD2", "HD2", "CE2", "HE2", "NZ", "CE1", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "CJ1", "HJ1", "CJ2", "HJ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0, -0.115, 0.115, 0.16, 0.15, -0.62, 0.31, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
2
9
9
12
16,428
3
L:QU35
QU35
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccc2c(c1)nccc2)[NH3]
QU35.pdb
L_SMI/QU35.smi
L_PDB/QU35.pdb
L_MOL2/QU35.mol2
L_top/QU35.top
L_rtp/QU35.rtp
L_rtp/QU35.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "QU3" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CJ1", "CJ2", "OXT", "NH2", "CH1", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HJ1", "HJ2", "HH1", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
28
16
12
QU35.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CJ1", "CJ2", "OXT", "NH2", "CH1", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HJ1", "HJ2", "HH1", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "N.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0695, 0.9366, -0.7083, -0.0511, -0.1123, -0.155, -0.1553, -0.102, 0.1316, -0.1523, -0.2433, 0.1552, -0.8023, -0.127, -0.08, 0.0917, 0.0717, 0.1177, 0.135, 0.162, 0.139, 0.149, 0.0281, 0.142, 0.4258, 0.4838, 0.4248 ]
28
29
-0
QU35
0
3-(5-Quinolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "NH2", "CJ2", "HJ2", "CZ", "CH1", "HH1", "CJ1", "HJ1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NPYD", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.31, -0.62, 0.16, 0.15, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
QU35
3-(5-Quinolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "NH2", "CJ2", "HJ2", "CZ", "CH1", "HH1", "CJ1", "HJ1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NPYD", "CA", "HP", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.31, -0.62, 0.16, 0.15, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
2
9
9
12
16,428
1
L:QU36
QU36
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccc2c(c1)cncc2)[NH3]
QU36.pdb
L_SMI/QU36.smi
L_PDB/QU36.pdb
L_MOL2/QU36.mol2
L_top/QU36.top
L_rtp/QU36.rtp
L_rtp/QU36.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "QU3" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CJ1", "OXT", "NJ2", "CH1", "CH2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HJ1", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
28
16
12
QU36.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CJ1", "OXT", "NJ2", "CH1", "CH2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HJ1", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0715, 0.9376, -0.7093, -0.0501, -0.1213, -0.14, -0.087, -0.116, -0.1623, -0.015, 0.3902, -0.8003, -0.656, -0.2303, 0.4252, 0.0897, 0.0717, 0.1177, 0.133, 0.149, 0.142, 0.0281, 0.147, 0.0281, 0.4248, 0.4838, 0.4258 ]
28
29
-0.001
QU36
-0
3-(6-Quinolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "CZ", "CH2", "HH2", "NJ2", "CJ1", "HJ1", "CH1", "HH1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CA", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, 0, 0.16, 0.15, -0.62, 0.16, 0.15, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
QU36
3-(6-Quinolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "CZ", "CH2", "HH2", "NJ2", "CJ1", "HJ1", "CH1", "HH1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CA", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, 0, 0.16, 0.15, -0.62, 0.16, 0.15, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
2
9
9
12
16,428
3
L:QX32
QX32
L
OC(=O)[C@H](Cc1cnc2c(n1)cccc2)[NH3]
QX32.pdb
L_SMI/QX32.smi
L_PDB/QX32.pdb
L_MOL2/QX32.mol2
L_top/QX32.top
L_rtp/QX32.rtp
L_rtp/QX32.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "QX3" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "C", "OXT", "CG", "CZ", "NE2", "CD2", "ND1", "CE1", "CH1", "CJ1", "CJ2", "CH2", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HH1", "HJ1", "HJ2", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "O", "C", "C", "N", "C", "N", "C", "C", "C", "C", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
27
16
11
QX32.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "O", "CB", "C", "OXT", "CG", "CZ", "NE2", "CD2", "ND1", "CE1", "CH1", "CJ1", "CJ2", "CH2", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HH1", "HJ1", "HJ2", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8206, -0.0665, -0.7973, -0.1467, 0.9366, -0.7163, 0.3103, 0.2833, -0.608, 0.3059, -0.699, 0.2963, -0.1723, -0.111, -0.123, -0.1483, 0.0947, 0.0787, 0.1307, 0.0471, 0.141, 0.142, 0.144, 0.158, 0.4298, 0.4808, 0.4308 ]
27
28
0.001
QX32
0
3-(2-quinoxalyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "ND1", "CE1", "CD2", "HD2", "NE2", "CZ", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "CJ1", "HJ1", "CJ2", "HJ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "NPYD", "CA", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.31, -0.62, 0.31, 0.16, 0.15, -0.62, 0.31, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
24
26
QX32
3-(2-quinoxalyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "ND1", "CE1", "CD2", "HD2", "NE2", "CZ", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "CJ1", "HJ1", "CJ2", "HJ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "NPYD", "CA", "CA", "HP", "NPYD", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.31, -0.62, 0.31, 0.16, 0.15, -0.62, 0.31, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
24
26
2
8
8
12
16,428
2
L:SEP
SEP
L
OC(=O)[C@H](COP(=O)(O)O)[NH3]
SEP.pdb
L_SMI/SEP.smi
L_PDB/SEP.pdb
L_MOL2/SEP.mol2
L_top/SEP.top
L_rtp/SEP.rtp
L_rtp/SEP.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "SEP" ]
[ "N", "CA", "CB", "OG", "C", "O", "OXT", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HOP3", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "O", "O", "P", "O", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
18
11
7
SEP.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "OG", "C", "O", "OXT", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HOP3", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "O.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "P.3", "O.co2", "O.co2", "O.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8446, -0.0705, 0.1894, -0.6002, 0.9236, -0.8403, -0.7653, 1.4448, -0.7995, -0.8675, -0.7564, 0.5038, 0.4518, 0.0687, 0.0787, 0.0427, 0.435, 0.4048 ]
18
17
-1.001
SEP
-1
phosphoserine (charge: -1)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "OG", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HOP3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.1, 0.09, 0.09, -0.55, 1.44, -0.95, -0.95, -0.77, 0.5, 0.51, -0.51 ]
15
15
SEP
phosphoserine (charge: -1)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "OG", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HOP3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.1, 0.09, 0.09, -0.55, 1.44, -0.95, -0.95, -0.77, 0.5, 0.51, -0.51 ]
15
15
2
4
4
27
36,963
3
L:SEP2
SEP2
L
OC(=O)[C@H](COP(=O)(O)O)[NH3]
SEP2.pdb
L_SMI/SEP2.smi
L_PDB/SEP2.pdb
L_MOL2/SEP2.mol2
L_top/SEP2.top
L_rtp/SEP2.rtp
L_rtp/SEP2.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "SEP" ]
[ "N", "CA", "CB", "OG", "C", "O", "OXT", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "O", "O", "P", "O", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
17
11
6
SEP2.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "OG", "C", "O", "OXT", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "O.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "P.3", "O.co2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -1.1186, 0.0265, 0.1744, -0.5992, 0.9096, -0.8693, -0.8613, 1.3419, -0.8415, -0.8615, -0.4965, 0.4188, 0.3328, 0.0497, 0.0267, 0.0307, 0.3398 ]
17
16
-1.997
SEP2
-2
phosphoserine (charge: -2)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "OG", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.1, 0.09, 0.09, -0.55, 1.36, -1.03, -1.03, -1.03, 0.51, -0.51 ]
14
14
SEP2
phosphoserine (charge: -2)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "OG", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.1, 0.09, 0.09, -0.55, 1.36, -1.03, -1.03, -1.03, 0.51, -0.51 ]
14
14
2
3
3
27
36,963
7
L:SER
SER
L
[NH3][C@@H](CO)C(=O)O
SER.pdb
L_SMI/SER.smi
L_PDB/SER.pdb
L_MOL2/SER.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "SER" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "OG", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "O", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
14
7
7
SER.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "OG", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "O.3", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3886, 0.044, -0.2482, 0.0415, -0.3961, 0.3442, -0.2482, -0.0888, 0.0221, 0.0546, 0.0546, 0.2093, -0.0888, -0.0888 ]
14
13
0
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
3
4,107
2
L:SLZ
SLZ
L
[NH3][C@H](C(=O)O)CSCC[NH3]
SLZ.pdb
L_SMI/SLZ.smi
L_PDB/SLZ.pdb
L_MOL2/SLZ.mol2
L_top/SLZ.top
L_rtp/SLZ.rtp
L_rtp/SLZ.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "SLZ" ]
[ "N", "CA", "CB", "SG", "CD", "CE", "NZ", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ1", "HZ2", "H1", "HZ3" ]
[ "N", "C", "C", "S", "C", "C", "N", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
10
13
SLZ.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "SG", "CD", "CE", "NZ", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HZ1", "HZ2", "H1", "HZ3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "S.3", "C.3", "C.3", "N.4", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8296, -0.0545, -0.0263, -0.2422, -0.0543, 0.1238, -0.8376, 0.9476, -0.7243, -0.8513, 0.4448, 0.4948, 0.1057, 0.1047, 0.0847, 0.1237, 0.1167, 0.1077, 0.1077, 0.4488, 0.4838, 0.4388, 0.4858 ]
23
22
0.999
SLZ
1
thialysine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "SG", "CD", "HD1", "HD2", "CE", "HE1", "HE2", "NZ", "HZ1", "HZ2", "HZ3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "S", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "NH3", "HC", "HC", "HC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.14, 0.09, 0.09, -0.09, -0.13, 0.09, 0.09, 0.21, 0.05, 0.05, -0.3, 0.33, 0.33, 0.33, 0.51, -0.51 ]
20
20
SLZ
thialysine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "SG", "CD", "HD1", "HD2", "CE", "HE1", "HE2", "NZ", "HZ1", "HZ2", "HZ3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "S", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "NH3", "HC", "HC", "HC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.14, 0.09, 0.09, -0.09, -0.13, 0.09, 0.09, 0.21, 0.05, 0.05, -0.3, 0.33, 0.33, 0.33, 0.51, -0.51 ]
20
20
2
6
6
81
110,889
9
L:SME
SME
L
C[S@@](=O)CC[C@@H](C(=O)O)[NH3]
SME.pdb
L_SMI/SME.smi
L_PDB/SME.pdb
L_MOL2/SME.mol2
L_top/SME.top
L_rtp/SME.rtp
L_rtp/SME.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "SME" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CE", "OE", "OXT", "SD", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE1", "HE2", "HE3", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "O", "O", "S", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
21
10
11
SME.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CE", "OE", "OXT", "SD", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HE1", "HE2", "HE3", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "O.2", "O.co2", "S.o", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8196, -0.0755, 0.9366, -0.7253, -0.0644, -0.1001, -0.1248, -0.5672, -0.7993, 0.2636, 0.0847, 0.1267, 0.0497, 0.0857, 0.0937, 0.0887, 0.0957, 0.0947, 0.4298, 0.4758, 0.4488 ]
21
20
-0.002
SME
0
Methionine sulfoxide
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "HG1", "HG2", "SD", "OE", "CE", "HE3", "HE2", "HE1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "SO", "O", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.01, 0.09, 0.09, 0.12, -0.5, -0.08, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
SME
Methionine sulfoxide
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "HG1", "HG2", "SD", "OE", "CE", "HE3", "HE2", "HE1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "SO", "O", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.01, 0.09, 0.09, 0.12, -0.5, -0.08, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
3
5
5
27
36,963
2
L:STYA
STYA
L
OC(=O)[C@H](CC=Cc1ccccc1)[NH3]
ALA.pdb
L_SMI/STYA.smi
L_PDB/STYA.pdb
L_MOL2/STYA.mol2
L_top/STYA.top
L_rtp/STYA.rtp
L_rtp/STYA.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "STY" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "C", "OXT", "CG", "CD", "CE", "CZ1", "CH1", "CJ", "CH2", "CZ2", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HD", "HZ1", "HH1", "HJ", "HH2", "HZ2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
27
14
13
ALA.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "O", "CB", "C", "OXT", "CG", "CD", "CE", "CZ1", "CH1", "CJ", "CH2", "CZ2", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HD", "HZ1", "HH1", "HJ", "HH2", "HZ2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.2", "C.2", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8366, -0.0665, -0.8033, -0.0602, 0.9356, -0.7093, -0.2112, -0.0792, -0.0728, -0.113, -0.13, -0.12, -0.132, -0.118, 0.0907, 0.0657, 0.1157, 0.104, 0.139, 0.136, 0.136, 0.135, 0.134, 0.129, 0.4228, 0.4868, 0.4208 ]
27
27
-0.001
STYA
0
styryl-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG", "CD", "HD", "CE", "CZ1", "HZ1", "CZ2", "HZ2", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "CJ", "HJ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CE1", "HE1", "CE1", "HE1", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.15, 0.15, -0.15, 0.15, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
24
25
STYA
styryl-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG", "CD", "HD", "CE", "CZ1", "HZ1", "CZ2", "HZ2", "CH1", "HH1", "CH2", "HH2", "CJ", "HJ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CE1", "HE1", "CE1", "HE1", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.15, 0.15, -0.15, 0.15, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
24
25
4
10
10
24
32,856
4
L:SYM
SYM
L
OC(=O)[C@H](C[C@H]([C](=O)=O)C)[NH3]
SYM.pdb
L_SMI/SYM.smi
L_PDB/SYM.pdb
L_MOL2/SYM.mol2
L_top/SYM.top
L_rtp/SYM.rtp
L_rtp/SYM.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "SYM" ]
[ "CB", "CG", "CD2", "CD1", "OE1", "OE2", "C", "O", "OXT", "N", "CA", "HB1", "HB2", "HG", "HD21", "HD22", "HD23", "HN1", "HN2", "HA", "HN3" ]
[ "C", "C", "C", "C", "O", "O", "C", "O", "O", "N", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
21
11
10
SYM.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "CB", "CG", "CD2", "CD1", "OE1", "OE2", "C", "O", "OXT", "N", "CA", "HB1", "HB2", "HG", "HD21", "HD22", "HD23", "HN1", "HN2", "HA", "HN3" ]
[ "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "C.2", "O.co2", "O.co2", "N.4", "C.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.0634, -0.1947, -0.0691, 0.9086, -0.7683, -0.8913, 0.9136, -0.7633, -0.8523, -0.8536, -0.0255, 0.0827, 0.0397, 0.0167, 0.0247, 0.0037, 0.0547, 0.4378, 0.4078, 0.0917, 0.4988 ]
21
20
-1.001
SYM
-1
2s,4r-4-methylglutamate
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "HG", "CD1", "OE1", "OE2", "CD2", "HD21", "HD22", "HD23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "CC", "OC", "OC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.19, 0.09, 0.62, -0.76, -0.76, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
SYM
2s,4r-4-methylglutamate
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB2", "HB1", "CG", "HG", "CD1", "OE1", "OE2", "CD2", "HD21", "HD22", "HD23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "CC", "OC", "OC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.19, 0.09, 0.62, -0.76, -0.76, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
3
5
5
27
36,963
7
L:TBP4
TBP4
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cc1ccc(cc1)C(C)(C)C
TBP4.pdb
L_SMI/TBP4.smi
L_PDB/TBP4.pdb
L_MOL2/TBP4.mol2
L_top/TBP4.top
L_rtp/TBP4.rtp
L_rtp/TBP4.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TBP" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CH", "CJ1", "CJ2", "CJ3", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HJ11", "HJ12", "HJ13", "HJ21", "HJ22", "HJ23", "HJ31", "HJ32", "HJ33", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
35
16
19
TBP4.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CH", "OXT", "CJ1", "CJ2", "CJ3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "H1", "H2", "H3", "HJ11", "HJ12", "HJ13", "HJ21", "HJ22", "HJ23", "HJ31", "HJ32", "HJ33" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0675, 0.9356, -0.8033, -0.0491, -0.1183, -0.121, -0.157, -0.123, -0.125, -0.0583, -0.0127, -0.7113, -0.0851, -0.0881, -0.0861, 0.0887, 0.1147, 0.0707, 0.143, 0.128, 0.139, 0.139, 0.4268, 0.4828, 0.4248, 0.0367, 0.0407, 0.0357, 0.0407, 0.0397, ...
35
35
-0
TBP4
-0
4-tert-butyl-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "CH", "CJ1", "HJ11", "HJ12", "HJ13", "CJ2", "HJ21", "HJ22", "HJ23", "CJ3", "HJ31", "HJ32", "HJ33", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CT0", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, 0, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
32
33
TBP4
4-tert-butyl-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "CH", "CJ1", "HJ11", "HJ12", "HJ13", "CJ2", "HJ21", "HJ22", "HJ23", "CJ3", "HJ31", "HJ32", "HJ33", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CT0", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0, 0, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
32
33
2
10
10
12
16,428
6
L:TEZA
TEZA
L
OC(=O)[C@H](Cn1nncn1)[NH3]
TEZA.mol2
L_SMI/TEZA.smi
L_PDB/TEZA.pdb
L_MOL2/TEZA.mol2
L_top/TEZA.top
L_rtp/TEZA.rtp
L_rtp/TEZA.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TEZ" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "C", "OXT", "NG", "ND2", "CE2", "NE1", "ND1", "HA", "HB1", "HB2", "HE2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "O", "N", "N", "C", "N", "N", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
18
11
7
TEZA.mol2
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "O", "CB", "C", "OXT", "NG", "ND2", "CE2", "NE1", "ND1", "HA", "HB1", "HB2", "HE2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.2", "O.co2", "N.ar", "N.ar", "C.ar", "N.ar", "N.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8186, -0.1115, -0.7803, 0.0583, 0.9476, -0.7023, 0.0171, -0.5718, 0.4959, -0.367, 0.05, 0.1047, 0.1547, 0.0817, 0.0891, 0.4298, 0.4838, 0.4358 ]
18
18
-0.003
TEZA
0
3-(2-Tetrazolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "NG", "ND1", "ND2", "NE1", "CE2", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "NY", "N5A", "N5A", "N5B", "C5B", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.08, 0.09, 0.09, 0.58, -0.42, -0.71, -0.22, 0.36, 0.15, 0.51, -0.51 ]
15
16
TEZA
3-(2-Tetrazolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "NG", "ND1", "ND2", "NE1", "CE2", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "NY", "N5A", "N5A", "N5B", "C5B", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.08, 0.09, 0.09, 0.58, -0.42, -0.71, -0.22, 0.36, 0.15, 0.51, -0.51 ]
15
16
4
4
4
9
12,321
7
L:TFG3
TFG3
L
OC(=O)[C@H](c1cccc(c1)C(F)(F)F)[NH3]
TFG3.pdb
L_SMI/TFG3.smi
L_PDB/TFG3.pdb
L_MOL2/TFG3.mol2
L_top/TFG3.top
L_rtp/TFG3.rtp
L_rtp/TFG3.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TFG" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "CD1", "CD2", "CE", "OXT", "CH1", "FH1", "FH2", "FH3", "HA", "HG2", "HD2", "HE", "H1", "H2", "H3", "HG1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "C", "F", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
15
8
TFG3.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "CD1", "CD2", "CE", "OXT", "CH1", "FH1", "FH2", "FH3", "HA", "HG2", "HD2", "HE", "H1", "H2", "H3", "HG1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "C.3", "F", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8336, -0.0262, 0.9366, -0.8073, -0.1263, -0.074, -0.059, -0.1773, -0.138, -0.062, -0.6903, 0.6882, -0.2423, -0.2283, -0.2363, 0.0997, 0.184, 0.153, 0.156, 0.4208, 0.4328, 0.4828, 0.146 ]
23
23
-0.001
TFG3
-0
3-(Trifluoromethyl)-phenylglycine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "CG1", "HG1", "CG2", "HG2", "CD1", "CH1", "FH1", "FH2", "FH3", "CD2", "HD2", "CE", "HE", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CT0", "F3", "F3", "F3", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.14, 1.16, -0.34, -0.34, -0.34, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
20
21
TFG3
3-(Trifluoromethyl)-phenylglycine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "CG1", "HG1", "CG2", "HG2", "CD1", "CH1", "FH1", "FH2", "FH3", "CD2", "HD2", "CE", "HE", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CT0", "F3", "F3", "F3", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.14, 1.16, -0.34, -0.34, -0.34, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
20
21
2
6
6
4
5,476
3
L:TFLE
TFLE
L
OC(=O)[C@H](C[C@@H](C(F)(F)F)C)[NH3]
TFLE.pdb
L_SMI/TFLE.smi
L_PDB/TFLE.pdb
L_MOL2/TFLE.mol2
L_top/TFLE.top
L_rtp/TFLE.rtp
L_rtp/TFLE.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TFL" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "C", "OXT", "FD1", "FD2", "FD3", "H1", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HD21", "HD22", "HD23", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "F", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
22
12
10
TFLE.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "C", "OXT", "FD1", "FD2", "FD3", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HG", "HD21", "HD22", "HD23", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "F", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8376, -0.0855, -0.7923, -0.1014, -0.0957, 0.6089, -0.1041, 0.9416, -0.7133, -0.2593, -0.2663, -0.2193, 0.4878, 0.0937, 0.1397, 0.0657, 0.0947, 0.0537, 0.0697, 0.0587, 0.4278, 0.4328 ]
22
21
0
TFLE
-0
5,5,5-Trifluoro-DL-leucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG", "CD1", "FD1", "FD2", "FD3", "CD2", "HD21", "HD22", "HD23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "CT0", "F3", "F3", "F3", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.09, 0.09, 1.02, -0.34, -0.34, -0.34, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
19
19
TFLE
5,5,5-Trifluoro-DL-leucine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG", "CD1", "FD1", "FD2", "FD3", "CD2", "HD21", "HD22", "HD23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT1", "HA", "CT0", "F3", "F3", "F3", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.09, 0.09, 1.02, -0.34, -0.34, -0.34, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
19
19
2
5
5
9
12,321
1
L:TFP4
TFP4
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cc1ccc(cc1)C(F)(F)F
TFP4.pdb
L_SMI/TFP4.smi
L_PDB/TFP4.pdb
L_MOL2/TFP4.mol2
L_top/TFP4.top
L_rtp/TFP4.rtp
L_rtp/TFP4.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TFP" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CH", "OXT", "FH1", "FH2", "FH3", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "F", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
26
16
10
TFP4.pdb
SMALL
NO_CHARGES
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "CH", "OXT", "FH1", "FH2", "FH3", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.3", "O.co2", "F", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0 ]
26
26
0
TFP4
-0
4-(Trifluoromethyl)-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "CH", "FH1", "FH2", "FH3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CT0", "F3", "F3", "F3", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.14, 1.16, -0.34, -0.34, -0.34, 0.51, -0.51 ]
23
24
TFP4
4-(Trifluoromethyl)-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "HE2", "CZ", "CH", "FH1", "FH2", "FH3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "CT0", "F3", "F3", "F3", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.14, 1.16, -0.34, -0.34, -0.34, 0.51, -0.51 ]
23
24
2
7
7
12
16,428
9
L:TH6
TH6
L
OC[C@H]([C@@H]([C](=O)=O)[NH3])O
TH6.pdb
L_SMI/TH6.smi
L_PDB/TH6.pdb
L_MOL2/TH6.mol2
L_top/TH6.top
L_rtp/TH6.rtp
L_rtp/TH6.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TH6" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "OB1", "CG", "OD", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB", "HB1", "HG1", "HG2", "HD" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "O", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
18
9
9
TH6.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "OB1", "CG", "OD", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB", "HB1", "HG1", "HG2", "HD" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "O.3", "C.3", "O.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8266, -0.0705, 0.9346, -0.7923, 0.1071, -0.6568, 0.0874, -0.6088, -0.7213, 0.4818, 0.4438, 0.4278, 0.0937, 0.0637, 0.444, 0.1097, 0.0717, 0.41 ]
18
17
-0.001
TH6
0
4-hydroxy-l-threonine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OB1", "HB1", "CG", "HG1", "HG2", "OD", "HD", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
15
15
TH6
4-hydroxy-l-threonine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OB1", "HB1", "CG", "HG1", "HG2", "OD", "HD", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CT2", "HA", "HA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, 0.05, 0.09, 0.09, -0.66, 0.43, 0.51, -0.51 ]
15
15
2
6
6
9
12,321
9
L:THA3
THA3
L
OC(=O)[C@H](Cc1cscc1)[NH3]
THA3.pdb
L_SMI/THA3.smi
L_PDB/THA3.pdb
L_MOL2/THA3.mol2
L_top/THA3.top
L_rtp/THA3.rtp
L_rtp/THA3.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "THA" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CG", "CD2", "CE2", "CD1", "CB", "SE1", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "HD1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "S", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
11
9
THA3.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CG", "CD2", "CE2", "CD1", "CB", "SE1", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "HD1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.3", "S.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0665, 0.9356, -0.8043, -0.1453, -0.187, -0.1721, -0.1691, -0.0271, 0.0642, -0.7113, 0.4278, 0.4238, 0.4828, 0.0887, 0.1137, 0.0717, 0.151, 0.176, 0.183 ]
20
20
-0
THA3
0
3-(3-thienyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "SE1", "CE2", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "C5B", "C5A", "HP", "C5B", "HP", "STHI", "C5A", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.11, 0.15, -0.15, 0.15, -0.08, -0.11, 0.15, 0.51, -0.51 ]
17
18
THA3
3-(3-thienyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "SE1", "CE2", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "C5B", "C5A", "HP", "C5B", "HP", "STHI", "C5A", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.11, 0.15, -0.15, 0.15, -0.08, -0.11, 0.15, 0.51, -0.51 ]
17
18
5
6
6
9
12,321
8
L:THG2
THG2
L
OC(=O)[C@H](c1cccs1)[NH3]
ALA.pdb
L_SMI/THG2.smi
L_PDB/THG2.pdb
L_MOL2/THG2.mol2
L_top/THG2.top
L_rtp/THG2.rtp
L_rtp/THG2.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "THG" ]
[ "CA", "C", "CB", "O", "OXT", "N", "CD1", "SG1", "CG2", "CD2", "HA", "HD1", "HG2", "HD2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "C", "C", "C", "O", "O", "N", "C", "S", "C", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
17
10
7
ALA.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "CA", "C", "CB", "O", "OXT", "N", "CD1", "SG1", "CG2", "CD2", "HA", "HD1", "HG2", "HD2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "C.3", "C.2", "C.ar", "O.co2", "O.co2", "N.4", "C.ar", "S.2", "C.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.0238, 0.9266, -0.2004, -0.7953, -0.7053, -0.8386, -0.2231, 0.2552, -0.185, -0.156, 0.0987, 0.177, 0.135, 0.154, 0.4268, 0.4238, 0.4838 ]
17
17
0.001
THG2
-0
2-thienylglycine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "SG1", "CG2", "HG2", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "C5A", "STHI", "C5B", "HP", "C5A", "HP", "C5B", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.04, -0.08, -0.15, 0.15, -0.11, 0.15, -0.15, 0.15, 0.51, -0.51 ]
14
15
THG2
2-thienylglycine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "SG1", "CG2", "HG2", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "C5A", "STHI", "C5B", "HP", "C5A", "HP", "C5B", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.04, -0.08, -0.15, 0.15, -0.11, 0.15, -0.15, 0.15, 0.51, -0.51 ]
14
15
5
5
5
2
2,738
4
L:THG3
THG3
L
OC(=O)[C@H](c1cscc1)[NH3]
THG3.mol2
L_SMI/THG3.smi
L_PDB/THG3.pdb
L_MOL2/THG3.mol2
L_top/THG3.top
L_rtp/THG3.rtp
L_rtp/THG3.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "THG" ]
[ "CA", "C", "CB", "O", "OXT", "N", "SD1", "CG1", "CG2", "CD2", "HA", "HG1", "HG2", "HD2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "C", "C", "C", "O", "O", "N", "S", "C", "C", "C", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
17
10
7
THG3.mol2
SMALL
AMBER ff99SB
[ "CA", "C", "CB", "O", "OXT", "N", "SD1", "CG1", "CG2", "CD2", "HA", "HG1", "HG2", "HD2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "C.3", "C.2", "C.ar", "O.co2", "O.co2", "N.4", "S.2", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.0188, 0.9376, -0.1633, -0.8013, -0.7143, -0.8436, 0.0742, -0.1061, -0.184, -0.1791, 0.0957, 0.224, 0.134, 0.173, 0.4278, 0.4188, 0.4868 ]
17
17
-0.001
THG3
-0
3-thienylglycine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "CG1", "HG1", "CG2", "HG2", "SD1", "CD2", "HD2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "C5B", "C5A", "HP", "C5B", "HP", "STHI", "C5A", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0, -0.11, 0.15, -0.15, 0.15, -0.08, -0.11, 0.15, 0.51, -0.51 ]
14
15
THG3
3-thienylglycine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "CG1", "HG1", "CG2", "HG2", "SD1", "CD2", "HD2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "C5B", "C5A", "HP", "C5B", "HP", "STHI", "C5A", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0, -0.11, 0.15, -0.15, 0.15, -0.08, -0.11, 0.15, 0.51, -0.51 ]
14
15
5
5
5
2
2,738
5
L:THIC
THIC
L
OC(=O)[C@H](CCC[NH]=[C](=S)=[NH2])[NH3]
THIC.pdb
L_SMI/THIC.smi
L_PDB/THIC.pdb
L_MOL2/THIC.mol2
L_top/THIC.top
L_rtp/THIC.rtp
L_rtp/THIC.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "THI" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "NE", "CZ", "OXT", "SZ", "NH", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "N", "C", "O", "S", "N", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
25
12
13
THIC.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "NE", "CZ", "OXT", "SZ", "NH", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "HE", "HH1", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "N.pl3", "C.2", "O.co2", "S.2", "N.pl3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0785, 0.9386, -0.7953, -0.0954, -0.1264, 0.075, -0.4529, 0.4344, -0.7093, -0.5964, -0.548, 0.0917, 0.0567, 0.1177, 0.0567, 0.0257, 0.0647, 0.0597, 0.3385, 0.3045, 0.3415, 0.4208, 0.4228, 0.4898 ]
25
24
0.001
THIC
-0
Thio-citrulline
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG2", "HG1", "CD", "HD1", "HD2", "NE", "HE", "CZ", "NH", "HH1", "HH2", "SZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "NH1", "H", "CC", "NH2", "H", "H", "SCN", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.12, 0.09, 0.09, -0.73, 0.37, 0.5, -0.8, 0.37, 0.37, -0.38, 0.51, -0.51 ]
22
22
THIC
Thio-citrulline
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG2", "HG1", "CD", "HD1", "HD2", "NE", "HE", "CZ", "NH", "HH1", "HH2", "SZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "NH1", "H", "CC", "NH2", "H", "H", "SCN", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.12, 0.09, 0.09, -0.73, 0.37, 0.5, -0.8, 0.37, 0.37, -0.38, 0.51, -0.51 ]
22
22
5
7
7
81
110,889
4
L:THR
THR
L
[NH3][C@@H]([C@@H](C)O)C(=O)O
THR.pdb
L_SMI/THR.smi
L_PDB/THR.pdb
L_MOL2/THR.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "THR" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG2", "OG1", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB", "HG1", "HG21", "HG22", "HG23", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "O", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
17
8
9
THR.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG2", "OG1", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB", "HG1", "HG21", "HG22", "HG23", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.3", "O.3", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3888, 0.0466, -0.2482, 0.0498, -0.04, -0.3932, 0.3445, -0.2482, -0.0888, 0.0223, 0.0579, 0.2097, 0.0254, 0.0254, 0.0254, -0.0888, -0.0888 ]
17
16
-0.0002
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
3
4,107
9
L:TIH
TIH
L
OC(=O)[C@H](Cc1cccs1)[NH3]
TIH.pdb
L_SMI/TIH.smi
L_PDB/TIH.pdb
L_MOL2/TIH.mol2
L_top/TIH.top
L_rtp/TIH.rtp
L_rtp/TIH.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TIH" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CG", "CB", "CD2", "CE2", "CE1", "SD1", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "HE1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "S", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
11
9
TIH.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CG", "CD2", "CE2", "CE1", "CB", "SD1", "OXT", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE2", "HE1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.3", "S.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8336, -0.0725, 0.9376, -0.8013, -0.1534, -0.192, -0.153, -0.1771, -0.0191, 0.0752, -0.7113, 0.4288, 0.4258, 0.4818, 0.0887, 0.1137, 0.0787, 0.148, 0.157, 0.177 ]
20
20
-0.001
TIH
-0
3-(2-thienyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "SD1", "CE2", "HE2", "CE1", "HE1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "C5A", "C5B", "HP", "STHI", "C5B", "HP", "C5A", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.04, -0.15, 0.15, -0.08, -0.15, 0.15, -0.11, 0.15, 0.51, -0.51 ]
17
18
TIH
3-(2-thienyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "SD1", "CE2", "HE2", "CE1", "HE1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "C5A", "C5B", "HP", "STHI", "C5B", "HP", "C5A", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.04, -0.15, 0.15, -0.08, -0.15, 0.15, -0.11, 0.15, 0.51, -0.51 ]
17
18
5
6
6
9
12,321
6
L:TPO
TPO
L
C[C@H]([C@@H]([C](=O)=O)[NH3])OP(O)(O)O
TPO.pdb
L_SMI/TPO.smi
L_PDB/TPO.pdb
L_MOL2/TPO.mol2
L_top/TPO.top
L_rtp/TPO.rtp
L_rtp/TPO.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TPO" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG2", "OG1", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "OXT", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "HOP3", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "P", "O", "O", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
21
12
9
TPO.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG2", "OG1", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "OXT", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "HOP3", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "O.3", "P.3", "O.co2", "O.co2", "O.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8386, -0.0495, 0.9216, -0.8343, 0.1891, -0.1071, -0.6042, 1.4198, -0.8115, -0.8175, -0.8094, -0.7623, 0.0787, 0.0937, 0.0317, 0.0337, 0.0787, 0.435, 0.4078, 0.4648, 0.4788 ]
21
20
-1.001
TPO
-1
phosphothreonine (charge: -1)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG1", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HOP3", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.19, 0.09, -0.55, 1.44, -0.95, -0.95, -0.77, 0.5, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
TPO
phosphothreonine (charge: -1)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG1", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "HOP3", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OH1", "H", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.19, 0.09, -0.55, 1.44, -0.95, -0.95, -0.77, 0.5, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
18
18
2
5
5
27
36,963
4
L:TPO2
TPO2
L
C[C@H]([C@@H]([C](=O)=O)[NH3])OP(O)(O)O
TPO2.pdb
L_SMI/TPO2.smi
L_PDB/TPO2.pdb
L_MOL2/TPO2.mol2
L_top/TPO2.top
L_rtp/TPO2.rtp
L_rtp/TPO2.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TPO" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG2", "OG1", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "OXT", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "P", "O", "O", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
12
8
TPO2.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG2", "OG1", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "OXT", "HA", "HB", "HG21", "HG22", "HG23", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "O.3", "P.3", "O.co2", "O.co2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -1.1106, 0.0385, 0.9146, -0.8603, 0.1781, -0.1031, -0.6002, 1.3419, -0.8395, -0.8645, -0.4945, -0.8693, 0.0437, 0.0487, 0.0177, 0.0087, 0.0607, 0.3398, 0.3328, 0.4178 ]
20
19
-1.999
TPO2
-2
phosphothreonine (charge: -1)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG1", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.19, 0.09, -0.55, 1.36, -1.03, -1.03, -1.03, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
TPO2
phosphothreonine (charge: -1)
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG1", "P", "O1P", "O2P", "O3P", "CG2", "HG21", "HG22", "HG23", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OCC", "PO4", "OC", "OC", "OC", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.19, 0.09, -0.55, 1.36, -1.03, -1.03, -1.03, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
2
4
4
27
36,963
6
L:TRO
TRO
L
OC(=O)[C@H](Cc1c(O)[nH]c2c1cccc2)[NH3]
TRO.pdb
L_SMI/TRO.smi
L_PDB/TRO.pdb
L_MOL2/TRO.mol2
L_top/TRO.top
L_rtp/TRO.rtp
L_rtp/TRO.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TRO" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD1", "OD1", "NE1", "CE2", "CZ2", "CH2", "CZ3", "CE3", "CD2", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HZ2", "HH2", "HZ3", "HE3", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
28
16
12
TRO.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD1", "OD1", "NE1", "CE2", "CZ2", "CH2", "CZ3", "CE3", "CD2", "C", "O", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HZ2", "HH2", "HZ3", "HE3", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.ar", "C.ar", "O.3", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8326, -0.0655, -0.0192, -0.1492, 0.0781, -0.5231, -0.2494, -0.0143, -0.147, -0.102, -0.151, -0.075, -0.078, 0.9346, -0.8053, -0.7183, 0.4418, 0.4808, 0.0907, 0.0627, 0.1207, 0.438, 0.3047, 0.137, 0.135, 0.138, 0.15, 0.4188 ]
28
29
0.001
TRO
-0
2-hydroxy-tryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "OD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "OH1", "H", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.2, -0.51, 0.43, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
TRO
2-hydroxy-tryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "OD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "OH1", "H", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.2, -0.51, 0.43, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
25
27
2
9
9
9
12,321
5
L:TRP
TRP
L
[NH3][C@@H](Cc1c[nH]c2c1cccc2)C(=O)O
TRP.pdb
L_SMI/TRP.smi
L_PDB/TRP.pdb
L_MOL2/TRP.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "TRP" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "CH2", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "HZ3", "HH3", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
27
15
12
TRP.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "CH2", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "HZ3", "HH3", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3873, 0.0246, -0.2482, -0.0286, -0.0234, 0.0059, 0.0028, 0.0467, -0.0523, -0.3604, -0.0378, -0.0611, -0.0598, 0.3423, -0.2482, -0.0889, 0.0201, 0.0303, 0.0303, 0.081, 0.1653, 0.0624, 0.0638, 0.0618, 0.0618, -0.0889, -0.0889 ]
27
28
-0.0001
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
9
12,321
8
L:TRX
TRX
L
O=[C](=O)[C@H](Cc1c[nH]c2c1ccc(c2)O)[NH3]
TRX.pdb
L_SMI/TRX.smi
L_PDB/TRX.pdb
L_MOL2/TRX.mol2
L_top/TRX.top
L_rtp/TRX.rtp
L_rtp/TRX.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TRX" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "CH2", "OH2", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "HZ3", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "C", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
28
16
12
TRX.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "CH2", "OH2", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "HZ3", "HH2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8326, -0.0645, 0.9346, -0.8063, -0.0202, -0.1782, -0.095, -0.122, 0.0057, -0.048, -0.2384, -0.182, -0.227, 0.1461, -0.4971, -0.7133, 0.0877, 0.0677, 0.1117, 0.171, 0.3027, 0.147, 0.156, 0.139, 0.423, 0.4278, 0.4258, 0.4808 ]
28
29
0.002
TRX
0
6-hydroxytryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "OH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
25
27
TRX
6-hydroxytryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "OH2", "HH2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
25
27
2
9
9
9
12,321
6
L:TRZ4
TRZ4
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cn1cncn1
null
L_SMI/TRZ4.smi
L_PDB/TRZ4.pdb
L_MOL2/TRZ4.mol2
L_top/TRZ4.top
L_rtp/TRZ4.rtp
L_rtp/TRZ4.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TRZ" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "C", "OXT", "NG", "CD2", "NE2", "CE1", "ND1", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE1", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "O", "N", "C", "N", "C", "N", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
19
11
8
19 19 1 0 0
AMBER ff99SB
null
[ "N", "CA", "O", "CB", "C", "OXT", "NG", "CD2", "NE2", "CE1", "ND1", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE1", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.2", "O.co2", "N.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "N.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8166, -0.0995, -0.7833, 0.0453, 0.9446, -0.7133, -0.2432, 0.4294, -0.681, 0.2679, -0.169, 0.1017, 0.1317, 0.0767, 0.0831, 0.0741, 0.4388, 0.4818, 0.4328 ]
19
19
0.002
TRZ4
-0
3-(1,2,4-Triazol-1-yl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "NG", "CD2", "HD2", "ND1", "NE2", "CE1", "HE1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "NY", "C5A", "HP", "N5A", "N5B", "C5B", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.08, 0.09, 0.09, 0.31, 0.04, 0.15, -0.71, -0.57, 0.37, 0.15, 0.51, -0.51 ]
16
17
TRZ4
3-(1,2,4-Triazol-1-yl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "NG", "CD2", "HD2", "ND1", "NE2", "CE1", "HE1", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "NY", "C5A", "HP", "N5A", "N5B", "C5B", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.08, 0.09, 0.09, 0.31, 0.04, 0.15, -0.71, -0.57, 0.37, 0.15, 0.51, -0.51 ]
16
17
5
5
5
9
12,321
4
L:TTQ
TTQ
L
[NH3][C@H]([C](=O)=O)Cc1c[nH]c2c1ccc(c2O)N
TTQ.pdb
L_SMI/TTQ.smi
L_PDB/TTQ.pdb
L_MOL2/TTQ.mol2
L_top/TTQ.top
L_rtp/TTQ.rtp
L_rtp/TTQ.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TTQ" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "OZ2", "CH2", "OXT", "N2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "HZ3", "H1", "H2", "H3", "H21", "H22" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "N", "C", "C", "O", "C", "O", "N", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
30
17
13
TTQ.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CE3", "NE1", "CZ2", "CZ3", "OZ2", "CH2", "OXT", "N2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE1", "HE3", "HZ2", "HZ3", "H1", "H2", "H3", "H21", "H22" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "N.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "C.ar", "O.co2", "N.pl3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8326, -0.0635, 0.9336, -0.8083, -0.0182, -0.1842, -0.093, -0.114, -0.0023, -0.062, -0.2264, 0.0081, -0.19, -0.5171, 0.1266, -0.7143, -0.8142, 0.0867, 0.1107, 0.0677, 0.171, 0.3117, 0.146, 0.417, 0.138, 0.4278, 0.4798, 0.4248, 0.3938, 0.3938 ]
30
31
-0.003
TTQ
-0
6-amino-7-hydroxy-l-tryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "OZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "N2", "H21", "H22", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "CA", "NH2", "H", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, 0.1, -0.9, 0.4, 0.4, 0.51, -0.51 ]
27
29
TTQ
6-amino-7-hydroxy-l-tryptophan
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "NE1", "HE1", "CE2", "CE3", "HE3", "CZ2", "OZ2", "HZ2", "CZ3", "HZ3", "CH2", "N2", "H21", "H22", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CY", "CA", "HP", "CPT", "NY", "H", "CPT", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "CA", "NH2", "H", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.03, 0.035, 0.115, -0.02, -0.61, 0.38, 0.13, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, 0.1, -0.9, 0.4, 0.4, 0.51, -0.51 ]
27
29
2
9
9
9
12,321
1
L:TY2
TY2
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccc(c(c1)N)O)[NH3]
TY2.pdb
L_SMI/TY2.smi
L_PDB/TY2.pdb
L_MOL2/TY2.mol2
L_top/TY2.top
L_rtp/TY2.rtp
L_rtp/TY2.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TY2" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD2", "CD1", "CE2", "CE1", "CZ", "OZ", "OXT", "NE1", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HD1", "HE2", "HZ", "H1", "H2", "H3", "HE11", "HE12" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "N", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
26
14
12
TY2.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD2", "CD1", "CE2", "CE1", "CZ", "OZ", "OXT", "NE1", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HD1", "HE2", "HZ", "H1", "H2", "H3", "HE11", "HE12" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "O.co2", "N.pl3", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8366, -0.0685, 0.9366, -0.8023, -0.0501, -0.0893, -0.148, -0.205, -0.1, 0.1016, 0.0421, -0.5101, -0.7103, -0.8112, 0.0897, 0.1167, 0.0707, 0.148, 0.133, 0.155, 0.417, 0.4288, 0.4248, 0.4828, 0.3908, 0.3958 ]
26
26
0.002
TY2
-0
3-Amino-L-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "HD1", "CE2", "HE2", "CE1", "NE1", "HE11", "HE12", "CZ", "OZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NH2", "H", "H", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.1, -0.9, 0.4, 0.4, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
23
24
TY2
3-Amino-L-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD2", "HD2", "CD1", "HD1", "CE2", "HE2", "CE1", "NE1", "HE11", "HE12", "CZ", "OZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NH2", "H", "H", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.1, -0.9, 0.4, 0.4, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
23
24
3
8
8
12
16,428
1
L:TYI
TYI
L
OC(=O)[C@H](Cc1cc(I)c(c(c1)I)O)[NH3]
TYI.pdb
L_SMI/TYI.smi
L_PDB/TYI.pdb
L_MOL2/TYI.mol2
L_top/TYI.top
L_rtp/TYI.rtp
L_rtp/TYI.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TYI" ]
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD1", "CE1", "CD2", "CE2", "CZ", "OH", "C", "O", "OXT", "IE1", "IE2", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HH", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "C", "O", "O", "I", "I", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
24
15
9
TYI.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "CG", "CD1", "CE1", "CD2", "CE2", "CZ", "OH", "C", "O", "OXT", "IE1", "IE2", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HH", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "I", "I", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8336, -0.0755, -0.0461, -0.1573, -0.076, -0.0151, -0.037, -0.0691, 0.2021, -0.4741, 0.9386, -0.7973, -0.7083, -0.1009, -0.1159, 0.4238, 0.4848, 0.0897, 0.0727, 0.1197, 0.146, 0.162, 0.44, 0.4268 ]
24
24
-0
TYI
0
3,5-diiodotyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "IE1", "CE2", "IE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "I", "CA", "I", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.08, 0.08, -0.08, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
21
22
TYI
3,5-diiodotyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "IE1", "CE2", "IE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "I", "CA", "I", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.08, -0.08, 0.08, -0.08, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
21
22
2
6
6
6
8,214
3
L:TYQ
TYQ
L
OC(=O)[C@H](Cc1cc(N)c(cc1O)O)[NH3]
TYQ.pdb
L_SMI/TYQ.smi
L_PDB/TYQ.pdb
L_MOL2/TYQ.mol2
L_top/TYQ.top
L_rtp/TYQ.rtp
L_rtp/TYQ.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TYQ" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OD1", "NE2", "OH", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE1", "HD1", "HE21", "HE22", "HH", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "N", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
27
15
12
TYQ.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OD1", "NE2", "OH", "OXT", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD2", "HE1", "HD1", "HE21", "HE22", "HH", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "N.pl3", "O.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8306, -0.0785, 0.9376, -0.7983, -0.0451, -0.1903, 0.1291, -0.155, -0.203, 0.0966, 0.1001, -0.5031, -0.8022, -0.5061, -0.7153, 0.4268, 0.4828, 0.0917, 0.0747, 0.1077, 0.138, 0.158, 0.437, 0.4048, 0.3838, 0.431, 0.4278 ]
27
27
-0
TYQ
-0
3-amino-6-hydroxy-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "OD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "NE2", "HE21", "HE22", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NH2", "H", "H", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.1, -0.9, 0.4, 0.4, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
24
25
TYQ
3-amino-6-hydroxy-tyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "OD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "HE1", "CE2", "NE2", "HE21", "HE22", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "OH1", "H", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "NH2", "H", "H", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, 0.11, -0.54, 0.43, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.1, -0.9, 0.4, 0.4, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
24
25
2
8
8
12
16,428
8
L:TYR
TYR
L
[NH3][C@@H](Cc1ccc(cc1)O)C(=O)O
TYR.pdb
L_SMI/TYR.smi
L_PDB/TYR.pdb
L_MOL2/TYR.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "TYR" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HH", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
24
13
11
TYR.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE1", "HE2", "HH", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3873, 0.0245, -0.2482, -0.0306, -0.0482, -0.0552, -0.0552, -0.0199, -0.0199, 0.1169, -0.5068, 0.3423, -0.2482, -0.0889, 0.0201, 0.0302, 0.0302, 0.0621, 0.0621, 0.0654, 0.0654, 0.2921, -0.0889, -0.0889 ]
24
24
-0.0003
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
6
8,214
3
L:TZA4
TZA4
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cc1cscn1
TZA4.pdb
L_SMI/TZA4.smi
L_PDB/TZA4.pdb
L_MOL2/TZA4.mol2
L_top/TZA4.top
L_rtp/TZA4.rtp
L_rtp/TZA4.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "TZA" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CE2", "SE1", "OXT", "ND2", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE2" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "S", "O", "N", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
19
11
8
TZA4.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CE2", "SE1", "OXT", "ND2", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HE2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "S.2", "O.co2", "N.ar", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8216, -0.0625, 0.9346, -0.8023, -0.1187, 0.0586, -0.2424, 0.1033, -0.0373, -0.7193, -0.169, 0.4278, 0.4788, 0.4338, 0.0917, 0.1247, 0.0707, 0.194, 0.0561 ]
19
19
0.001
TZA4
-0
(4-thiazolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "ND2", "SE1", "CE2", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "C5B", "C5A", "HP", "N5B", "STHI", "C5A", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.23, -0.11, 0.15, -0.57, -0.08, 0.23, 0.15, 0.51, -0.51 ]
16
17
TZA4
(4-thiazolyl)-alanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "ND2", "SE1", "CE2", "HE2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "C5B", "C5A", "HP", "N5B", "STHI", "C5A", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0.23, -0.11, 0.15, -0.57, -0.08, 0.23, 0.15, 0.51, -0.51 ]
16
17
4
5
5
9
12,321
7
L:UN1
UN1
L
OC(=O)CCC[C@@H](C(=O)O)[NH3]
UN1.pdb
L_SMI/UN1.smi
L_PDB/UN1.pdb
L_MOL2/UN1.mol2
L_top/UN1.top
L_rtp/UN1.rtp
L_rtp/UN1.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "UN1" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "CE", "OXT", "OZ1", "OZ2", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "O", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
21
11
10
UN1.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "CE", "OXT", "OZ1", "OZ2", "HA", "HB1", "HB2", "HG1", "HG2", "HD1", "HD2", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8666, -0.0335, 0.9156, -0.8343, -0.0824, -0.0804, -0.2034, 0.9056, -0.7763, -0.7683, -0.8763, 0.0747, 0.0477, 0.0767, 0.0307, 0.0497, 0.0267, 0.0467, 0.4118, 0.4268, 0.5098 ]
21
20
-0.999
UN1
-1
2-Aminoadipic acid
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD1", "HD2", "CE", "OZ1", "OZ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.28, 0.09, 0.09, 0.62, -0.76, -0.76, 0.51, -0.51 ]
18
18
UN1
2-Aminoadipic acid
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "HG1", "HG2", "CD", "HD1", "HD2", "CE", "OZ1", "OZ2", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CT2", "HA", "HA", "CC", "OC", "OC", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, -0.28, 0.09, 0.09, 0.62, -0.76, -0.76, 0.51, -0.51 ]
18
18
3
5
5
81
110,889
4
L:VAH
VAH
L
CC[C@H]([C@@H]([C](=O)=O)[NH3])O
VAH.pdb
L_SMI/VAH.smi
L_PDB/VAH.pdb
L_MOL2/VAH.mol2
L_top/VAH.top
L_rtp/VAH.rtp
L_rtp/VAH.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "VAH" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG2", "OG1", "CD", "OXT", "HA", "HB", "HG1", "HG21", "HG22", "HD1", "HD2", "HD3", "H3", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "O", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
20
9
11
VAH.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG2", "OG1", "CD", "OXT", "HA", "HB", "HG1", "HG21", "HG22", "HD1", "HD2", "HD3", "H3", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.3", "O.3", "C.3", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8296, -0.0995, 0.9356, -0.7973, 0.1401, -0.1194, -0.6418, -0.0941, -0.7173, 0.0887, 0.0937, 0.415, 0.1207, 0.0387, 0.0457, 0.0287, 0.0447, 0.4828, 0.4388, 0.4268 ]
20
19
0.001
VAH
0
Hydroxynorvaline
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG1", "HG1", "CG2", "HG21", "HG22", "CD", "HD1", "HD2", "HD3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CT2", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, -0.18, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
VAH
Hydroxynorvaline
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB", "OG1", "HG1", "CG2", "HG21", "HG22", "CD", "HD1", "HD2", "HD3", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT1", "HA", "OH1", "H", "CT2", "HA", "HA", "CT3", "HA", "HA", "HA", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, 0.14, 0.09, -0.66, 0.43, -0.18, 0.09, 0.09, -0.27, 0.09, 0.09, 0.09, 0.51, -0.51 ]
17
17
2
6
6
9
12,321
5
L:VAL
VAL
L
[NH3][C@@H](C(C)C)C(=O)O
VAL.pdb
L_SMI/VAL.smi
L_PDB/VAL.pdb
L_MOL2/VAL.mol2
null
null
null
true
true
true
false
false
false
true
true
true
true
[ ".mol2", ".pdb", ".png", ".smi", ".zip" ]
[ "VAL" ]
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG1", "CG2", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB", "HG11", "HG12", "HG13", "HG21", "HG22", "HG23", "H1", "H2" ]
[ "N", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
19
8
11
VAL.pdb
SMALL
GASTEIGER
[ "N", "CA", "O", "CB", "CG1", "CG2", "C", "OXT", "H3", "HA", "HB", "HG11", "HG12", "HG13", "HG21", "HG22", "HG23", "H1", "H2" ]
[ "N.4", "C.3", "O.co2", "C.3", "C.3", "C.3", "C.2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ 0.3872, 0.0229, -0.2482, -0.0496, -0.0637, -0.0637, 0.3423, -0.2482, -0.0889, 0.0201, 0.0285, 0.0232, 0.0232, 0.0232, 0.0232, 0.0232, 0.0232, -0.0889, -0.0889 ]
19
18
0.0001
null
null
null
[]
[]
[]
0
0
null
null
[]
[]
[]
0
0
0
0
null
3
4,107
6
L:WFP
WFP
L
[NH3][C@H](C(=O)O)Cc1cc(F)cc(c1)F
WFP.pdb
L_SMI/WFP.smi
L_PDB/WFP.pdb
L_MOL2/WFP.mol2
L_top/WFP.top
L_rtp/WFP.rtp
L_rtp/WFP.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "WFP" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "FE2", "FE1", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HZ" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
23
14
9
WFP.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OXT", "FE2", "FE1", "HN1", "HN2", "HN3", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HZ" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.co2", "F", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0755, 0.9396, -0.7963, -0.0551, -0.0553, -0.178, -0.217, 0.1649, 0.1609, -0.208, -0.7063, -0.1299, -0.1259, 0.4248, 0.4268, 0.4858, 0.0917, 0.1237, 0.0747, 0.167, 0.15, 0.172 ]
23
23
-0.001
WFP
-0
3,5-Difluoro-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "FE1", "CE2", "FE2", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "F1", "CA", "F1", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
20
21
WFP
3,5-Difluoro-phenylalanine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "FE1", "CE2", "FE2", "CZ", "HZ", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "F1", "CA", "F1", "CA", "HP", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.19, -0.19, 0.19, -0.19, -0.115, 0.115, 0.51, -0.51 ]
20
21
2
6
6
6
8,214
7
L:YCM
YCM
L
NC(=O)CSC[C@@H](C(=O)O)[NH3]
YCM.pdb
L_SMI/YCM.smi
L_PDB/YCM.pdb
L_MOL2/YCM.mol2
L_top/YCM.top
L_rtp/YCM.rtp
L_rtp/YCM.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "YCM" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "CB", "SG", "CD", "CE", "NZ2", "OZ1", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HZ21", "HZ22", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N", "C", "C", "O", "C", "S", "C", "C", "N", "O", "O", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
21
11
10
YCM.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "CB", "SG", "CD", "CE", "OZ1", "NZ2", "C", "O", "OXT", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HZ21", "HZ22", "H1", "H2", "H3" ]
[ "N.4", "C.3", "C.3", "S.3", "C.3", "C.2", "O.2", "N.am", "C.2", "O.co2", "O.co2", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8206, -0.0805, -0.0263, -0.2702, -0.1163, 0.6801, -0.6931, -0.644, 0.9406, -0.7913, -0.7173, 0.0997, 0.0797, 0.1567, 0.1027, 0.0997, 0.3195, 0.3265, 0.4338, 0.4418, 0.4798 ]
21
20
0.001
YCM
-0
cysteine-s-acetamide
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "SG", "CD", "HD2", "HD1", "CE", "OZ1", "NZ2", "HZ21", "HZ22", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "S", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "NH2", "H", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.14, 0.09, 0.09, -0.09, -0.13, 0.09, 0.09, 0.55, -0.55, -0.62, 0.32, 0.3, 0.51, -0.51 ]
18
18
YCM
cysteine-s-acetamide
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "SG", "CD", "HD2", "HD1", "CE", "OZ1", "NZ2", "HZ21", "HZ22", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "S", "CT2", "HA", "HA", "CC", "O", "NH2", "H", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.14, 0.09, 0.09, -0.09, -0.13, 0.09, 0.09, 0.55, -0.55, -0.62, 0.32, 0.3, 0.51, -0.51 ]
18
18
4
5
5
108
147,852
7
L:YOF
YOF
L
OC(=O)[C@H](Cc1ccc(c(c1)F)O)[NH3]
YOF.pdb
L_SMI/YOF.smi
L_PDB/YOF.pdb
L_MOL2/YOF.mol2
L_top/YOF.top
L_rtp/YOF.rtp
L_rtp/YOF.hdb
true
true
true
true
true
true
true
true
true
true
[ ".hdb", ".mol2", ".pdb", ".png", ".rtp", ".smi", ".top", ".zip" ]
[ "YOF" ]
[ "N", "CA", "C", "O", "OXT", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "FE1", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HH", "H1" ]
[ "N", "C", "C", "O", "O", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "C", "O", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
24
14
10
YOF.pdb
SMALL
AMBER ff99SB
[ "N", "CA", "C", "O", "OXT", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH", "FE1", "H3", "H2", "HA", "HB1", "HB2", "HD1", "HD2", "HE2", "HH", "H1" ]
[ "N.4", "C.3", "C.2", "O.co2", "O.co2", "C.3", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "C.ar", "O.3", "F", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H", "H" ]
[ -0.8356, -0.0725, 0.9376, -0.8003, -0.7083, -0.0471, -0.1263, -0.116, -0.134, 0.0449, -0.135, 0.1011, -0.4841, -0.1379, 0.4248, 0.4848, 0.0897, 0.0727, 0.1177, 0.163, 0.138, 0.161, 0.436, 0.4258 ]
24
24
-0
YOF
0
3-fluorotyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "FE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "F1", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.19, -0.19, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
21
22
YOF
3-fluorotyrosine
[ "N", "HN", "CA", "HA", "CB", "HB1", "HB2", "CG", "CD1", "HD1", "CD2", "HD2", "CE1", "FE1", "CE2", "HE2", "CZ", "OH", "HH", "C", "O" ]
[ "NH1", "H", "CT1", "HB", "CT2", "HA", "HA", "CA", "CA", "HP", "CA", "HP", "CA", "F1", "CA", "HP", "CA", "OH1", "H", "C", "O" ]
[ -0.47, 0.31, 0.07, 0.09, -0.18, 0.09, 0.09, 0, -0.115, 0.115, -0.115, 0.115, 0.19, -0.19, -0.115, 0.115, 0.11, -0.54, 0.43, 0.51, -0.51 ]
21
22
2
7
7
12
16,428
1