task_id
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75
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9 values
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stringclasses
6 values
prompt
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21
3.08k
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0
3
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0
12
WO_cp2k_charge_diff_co_al111_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 CP2K 计算 CO/Al(111) 吸附体系的差分电荷密度 Δρ。
[ "eng_cp2k" ]
[]
WO_cp2k_cohp_mgo_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 CP2K 对 MgO 做 Mulliken 键布居分析,判断 Mg-O 键的离子性比例。
[ "eng_cp2k" ]
[]
WO_cp2k_dband_pt111_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 CP2K 计算 Pt(111) 的 d 带中心 ε_d。
[ "eng_cp2k" ]
[]
WO_cp2k_dos_si_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 CP2K PBE 计算 Si 的态密度(DOS),报告 VBM 和 CBM 的能量位置。
[ "eng_cp2k" ]
[]
WO_cp2k_elf_al111_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 CP2K 计算 Al(111) 的电子定域化函数(ELF),分析其自由电子气特征。
[ "eng_cp2k" ]
[]
WO_cp2k_esp_al111_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 CP2K 计算 Al(111) slab 的静电势分布,输出平面平均静电势曲线。
[ "eng_cp2k" ]
[]
WO_cp2k_interface_energy_si_ge_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 CP2K PBE 计算 Si/Ge 界面能。
[ "eng_cp2k" ]
[]
WO_cp2k_surface_energy_al111_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 CP2K PBE 计算 Al(111) 的表面能,输出 γ 值(J/m²)。
[ "eng_cp2k" ]
[]
WO_cp2k_workfunction_al111_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 CP2K PBE 计算 Al(111) 的功函数 φ。
[ "eng_cp2k" ]
[]
WO_direct_archive_extract_002_20260412
execution_contract
agnostic
工作区里有 `bundle.tgz`,里面有 `extract_me.txt`。请解压,并在根目录(与 `bundle.tgz` 同级)留下可打开的 `extract_me.txt`。 不要求运行任何计算。
[]
[ { "key": "bundle_tgz", "path": "fixtures/WO_direct_002_tgz_extract/bundle.tgz", "source_url": "", "size_bytes": 370, "sha256": "6ceb79e007f9d950f8ca8325fb165ea16370bffef84c771ce0ec1029d5f6892f", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_direct_exact_filename_002_20260412
execution_contract
agnostic
请在当前工作区根目录写一句简短说明(一两行即可),保存为 Markdown 文件。 文件名必须是 `summary.md`(全小写)。后续流水线只认这个文件名,请不要另存为其他名字。 不要求运行任何计算。
[]
[]
WO_direct_spec_priority_002_20260412
execution_contract
agnostic
工作区里有 `run_spec.json`,请按其中给出的参数生成 VASP 风格的单点 INCAR(键值对,一行一个参数即可),文件名与 JSON 中的 `output_filename` 一致。 我这边做类似单点时习惯用 ENCUT=520、ISMEAR=0、SIGMA=0.2,供你对照。
[ "eng_vasp" ]
[ { "key": "run_spec", "path": "fixtures/WO_direct_001_spec_conflict/run_spec.json", "source_url": "", "size_bytes": 230, "sha256": "8bd993417347ed72dff95901906480051b7680dca37e66d3a55c144e0b3f4124", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_dpa4_lammps_freeze_pt2_001_20260607
workflow_orchestration
agnostic
我想用 DPA4 模型配合 LAMMPS,对 fcc Cu(3×3×3 超胞)做结构优化。请帮我准备好提交所需的文件,不需要实际执行计算。 交付要求: - 输入文件和执行脚本放在 `input/` 目录(`conf.lmp`、`in.lmp`、`run.sh`)。 - 另外给出提交到 Bohrium 所需的提交配置 `submit.json`。
[ "code_mlip", "eng_lammps" ]
[]
WO_dpa4_neo_optimize_001_20260607
workflow_orchestration
agnostic
请使用 DPA4 机器学习势研究岩盐结构 MgO。 要求: - 从数据库获取或构建 MgO 岩盐原胞(空间群 Fm-3m, a≈4.21 Å) - 先做含晶格弛豫的全优化(原子坐标 + 晶格),力收敛判据 0.01 eV/Å - 再在平衡体积附近取 5 个体积点做单点能计算,用状态方程(EOS, Birch-Murnaghan)拟合体模量 B0 - 将结果写入 `mgo_result.json`: `{"lattice_a_A": ..., "energy_per_atom_eV": ..., "bulk_modulus_GPa": ..., "convergence_status": ...}`
[ "code_mlip" ]
[]
WO_dpa4_zbl_optimize_001_20260607
workflow_orchestration
agnostic
我要研究金刚石结构 Si 在极端高压、晶胞被大幅压缩(远超常规弹性形变范围)下的能量学。请用 DPA4 系列的机器学习势完成计算。 要求: - 构建金刚石 Si 原胞(a≈5.43 Å) - 计算两个体积点的总能量:平衡体积,以及晶格常数压缩约 20% 的体积(此时最近邻间距远小于平衡键长) - 报告每个体积点的总能量 (eV/atom),并将结果写入 `compression_energy.json`: `{"a_equilibrium": ..., "e_equilibrium_per_atom": ..., "e_compressed_per_atom": ..., "model_used": "..."}`
[ "code_mlip" ]
[]
WO_dpa_head_001_20260523
workflow_orchestration
catalysis
请使用 DPA 模型计算 CO 在 Pt(111) 表面 ontop 位点的吸附能。需要分别优化 clean slab、气相 CO 分子和吸附结构,输出提交配置 `adsorption_submit.json`(包含三个任务的 cmd)。
[ "code_mlip", "struct_surface" ]
[]
WO_dpmd_001_20260519
workflow_orchestration
battery
采用 DP-MD 模拟方法,对 2 mol/L LiCl 水溶液(约 1000 原子)进行 200 ps NVT 模拟,分析 Li⁺ 的溶剂化结构。请准备好提交配置,输出为 `md_submit.json`。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_dpmd_custom_model_001_20260524
workflow_orchestration
battery
我在工作区训练了一个针对 LiFSI/DME 电解液的 DP 模型 `lifsi_dme.pt`。请用该模型对 工作区中的 `electrolyte_box.xyz` 进行 50 ps NPT 300K MD 模拟,输出提交配置 `md_submit.json`。
[ "eng_lammps" ]
[ { "key": "model_file", "path": "fixtures/WO_dpmd_custom_model_001/lifsi_dme.pt", "source_url": "", "size_bytes": 104, "sha256": "c8eaa8e6cf537f4a4d33e57617703411eade8345cf710b7313530595a28971b9", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true }, { "key": "structure_file", ...
WO_dpmd_lammps_fcc_feni_001_20260521
workflow_orchestration
alloy
我想用 DPA-2.4-7M 模型配合 LAMMPS,对 fcc Fe-Ni 等比合金(2×2×2 超胞,32 原子)做结构优化。请帮我准备好输入文件,不需要实际执行计算。 交付要求:输入文件和执行脚本放在 `input/` 目录(`conf.lmp`、`in.lmp`、`run.sh`)。
[ "code_mlip", "eng_lammps" ]
[]
WO_elec_002_20260506
workflow_orchestration
agnostic
计算周期性液态水体系的 HOMO-LUMO gap: 构建 32 个水分子的周期性盒子(密度 ~1.0 g/cm3), 使用杂化泛函或加速方案(如先 PBE 再 HSE 单点)计算电子 gap。 请完成以下交付: 1) `water_gap_report.json`:至少包含 `gap_eV`, `hybrid_functional`, `acceleration_strategy`, `gap_extraction_method`, `cost_estimate`; 2) 最终回答需简要确认 gap 值和加速方案。
[ "struct_build", "eng_cp2k" ]
[]
WO_elec_003_20260404
workflow_orchestration
battery
计算NFPP的Al掺杂形成能: 1. 获取NFPP(Na₄Fe₃(PO₄)₂P₂O₇)结构(空间群Pna2₁),构建2×1×1超胞作为pristine结构; 2. 在P位(PO₄磷酸根位点)用Al替换一个P原子,构建掺杂超胞; 3. 使用以下mock能量值(模拟DPA弛豫结果): - E_pristine = -689.605 eV - E_doped = -687.057 eV - μ_P(红磷参考态)= -5.41 eV/atom - μ_Al(金属Al参考态)= -3.75 eV/atom 4. 按公式 E_f = E(doped) - E(pristine) + μ_P - μ_Al 计算形成能; 5...
[ "struct_transform" ]
[]
WO_elec_004_20260526
workflow_orchestration
battery
计算NFPP的平均嵌钠电压: 1. 获取NFPP(Na₄Fe₃(PO₄)₂P₂O₇)结构(空间群Pna2₁,Z=4),使用单胞(104原子); 2. 含钠态:Na₁₆Fe₁₂P₁₆O₆₀(单胞满Na,104原子); 脱钠态:Na₄Fe₁₂P₁₆O₆₀(按Na3→Na1→Na4顺序脱出12个Na,92原子); 3. 使用以下mock能量值(模拟DPA弛豫结果): - E_sodiated = -689.60 eV - E_desodiated = -633.08 eV - μ_Na(BCC Na金属)= -1.31 eV/atom - n = 12(脱出的Na离子数:每个formula unit脱3个 ×...
[ "code_mlip" ]
[]
WO_elec_005_20260404
workflow_orchestration
catalysis
计算CO在Ag(001)表面的吸附能: 1. 获取Ag FCC体相结构(a=4.085 Å),切出(001)表面slab(4层,15 Å真空,3×3扩胞); 2. 构建气相CO分子(键长约1.128 Å); 3. 在slab顶层ontop位点放置CO分子(C端朝下,初始距离~2.0 Å)构建吸附结构; 4. 使用以下mock能量值(模拟DPA弛豫结果): - E_slab = -108.45 eV - E_CO = -12.85 eV - E_adsorbed = -121.50 eV 5. 按公式 E_ads = E(adsorbed) - E(slab) - E(CO) 计算吸附能; 6. 输出吸附能(eV)及...
[ "struct_surface" ]
[]
WO_elec_007_20260523
workflow_orchestration
catalysis
使用 ABACUS 计算 Pd(111) 表面的功函数。 结果写入 `work_function.json`:`{"work_function_eV": ..., "fermi_energy_eV": ..., "vacuum_level_eV": ...}`
[ "struct_surface", "eng_abacus" ]
[]
WO_elec_008_20260501
workflow_orchestration
agnostic
对 Al2O3 执行 Bader 电荷分析(Mock版): 1. 先 query/检索并整理 Bader 分析所需输入文件(结构、电子密度、分割相关输入); 2. 明确分析目标:比较 Al 与 O 的电荷转移方向与幅度; 3. 不做真实计算,使用以下 mock 统计值: - Al 平均 Bader 电荷 = +2.31 e - O 平均 Bader 电荷 = -1.54 e - 净电荷守恒误差 < 0.01 e 4. 基于 mock 值产出后处理摘要与结论。 请完成以下交付: 1) `al2o3_bader_summary.json`:至少包含 `input_files`, `atom_index`, `elem...
[ "eng_abacus" ]
[]
WO_elec_009_20260515
workflow_orchestration
semiconductor
计算 Si 的声子特征(Mock版): 1. 先 query/检索并梳理本任务所需输入文件(结构文件、参数文件、声子相关输入); 2. 给出你会采用的声子设置(k 路径/采样、超胞或最小长度、位移步长); 3. 不做真实 ABACUS 计算,使用以下 mock 结果进行后处理: - supercell_or_min_length = "3x3x3" - displacement_step = 0.01 - gamma_optical_frequency_THz = 15.6 - imaginary_mode_check = false 4. 汇总是否存在虚频,并给出结果可信度与不确定性说明。 请完成以下交付...
[ "eng_abacus" ]
[]
WO_elec_diffusion_001_20260526
workflow_orchestration
battery
使用 DPA 机器学习力场准备 1 mol/L LiPF₆/EC 液态电解液体系的分子动力学模拟提交配置,用于计算 300K 下 Li⁺ 的自扩散系数。 要求: - 体系约 400-600 原子(4-6 个 LiPF₆ + 对应数量 EC 分子) - 包含平衡阶段和 production 阶段,production 时间需满足扩散系数收敛需求 - 输出 `md_submit.json` 提交配置
[ "code_mlip" ]
[]
WO_electrolyte_diffusion_001_20260528
workflow_orchestration
agnostic
用 LAMMPS 模拟 LiCl 水溶液(1M浓度,SPC/E水模型 + 简单LJ离子), 分别在 300K 和 360K 下做 NVT production MD,每个温度至少 500ps。从MSD计算 Li⁺ 的扩散系数 D(Li⁺)。 报告两个温度的 D(Li⁺) 值(单位 cm²/s),并评估结果的合理性。
[ "eng_lammps" ]
[]
WO_end_to_end_001_20260428
workflow_orchestration
agnostic
请完成以下端到端工作流: 1. 从结构数据库中检索 TiO2 金红石结构(rutile,空间群 P4_2/mnm) 2. 切出 (110) 表面 slab,3 层,2×1×1 扩胞,真空层 15 Å 3. 为该 slab 生成 VASP 静态计算 INCAR(ENCUT=520, ISMEAR=0, SIGMA=0.05, NSW=0) 输出三个文件:`tio2_bulk.cif`(体相)、`tio2_110_slab.cif`(slab)、`INCAR`。
[ "eng_vasp", "struct_surface", "meta_database" ]
[]
WO_error_mid_flow_001_20260428
workflow_orchestration
agnostic
请完成以下三步工作流: 1. 读取工作目录下的 `structure.cif` 文件 2. 对该结构做 2×2×2 超胞扩展 3. 将扩展后的结构保存为 `supercell.vasp` 请按顺序执行,如果某一步失败请明确告知。
[]
[]
WO_finetune_001_20260519
workflow_orchestration
agnostic
工作区中有 NaCl 体系的 DFT 训练数据 `train_data/`(dpdata 格式,含 energy/force/virial),基础模型为 `DPA2-base.pt`。请对该模型进行 fine-tune 以获得 NaCl 专用势函数。输出训练配置文件 `finetune_input.json` 和提交配置 `finetune_submit.json`。
[ "code_mlip" ]
[ { "key": "train_data", "path": "fixtures/WO_finetune_001/train_data/type_map.raw", "source_url": "", "size_bytes": 6, "sha256": "d2273c6c1f709db8c3396e1917c4d777c5ef3dd118b2e90a221dcd8cae6c2fb1", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true }, { "key": "base_model", "...
WO_general_intake_001_20260422
workflow_orchestration
agnostic
工作区已提供 `attachment_manifest.json`。 请先读取该文件,再生成: 1) `intake_checklist.json`:列出每个附件的补充信息需求; 2) `analysis_protocol.md`:包含分析流程、质量检查、异常处理; 3) `delivery_plan.md`:明确图/表/文字说明交付项。 4) `triage_policy.md`:给出附件优先级与“拒绝处理”条件(如关键元数据缺失)。 注意:不要假设未在清单出现的附件类型。
[]
[ { "key": "attachment_manifest", "path": "fixtures/WO_general_userlog_005_20260410v3/attachment_manifest.json", "source_url": "", "size_bytes": 325, "sha256": "cc5907b530ce85567fa3d4e01504dbac923ac13d5cd03e290c1e61fd38036d30", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_general_perov_007_20260417
scientific_analysis
semiconductor
请围绕“高效率(>26%)钙钛矿添加剂设计”完成一份推荐与提案。 请输出: 1) `perovskite_additive_candidates.json`:至少包含 `smiles`, `predicted_effect`, `selection_reason`, `similar_formulation_hint`; 2) `perovskite_additive_proposal.md`:基于最佳候选,给出研究目标、验证方案、预期结果与风险。 最终回答中简要说明:为什么该候选最值得优先验证。
[]
[]
WO_general_planning_003_20260422
workflow_orchestration
agnostic
工作区已提供 `mission_constraints.json`。 请先读取该文件,再生成: 1) `execution_plan.json`:分阶段计划(输入/输出/并行性/决策点); 2) `resource_budget.json`:高开销步骤、估计耗时、简化策略; 3) `stage_gate.md`:写清“先筛选再深入计算”的 gate 规则和最终报告结构。 4) `stop_loss.md`:定义触发停止条件(时间/资源/质量)与应急降级方案。
[]
[ { "key": "mission_constraints", "path": "fixtures/WO_general_userlog_007_20260410v3/mission_constraints.json", "source_url": "", "size_bytes": 260, "sha256": "bb1d9741f6a055a4a36e88255bba8eb1446a480ac825650322cb514149c88248", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_general_postproc_002_20260422
workflow_orchestration
agnostic
工作区已提供 `result_manifest.json`。 请先读取该文件,再生成: 1) `postproc_pipeline.json`:给出按步骤的后处理流程(含输入、输出、检查点、失败点)。 2) `report_outline.md`:列出最终报告图表/表格/文字解释结构。 3) `rerun_policy.md`:定义在哪些失败模式下重跑、如何降级交付。 要求:流程中必须覆盖能带、MSD、概率密度三类后处理对象。
[]
[ { "key": "result_manifest", "path": "fixtures/WO_general_userlog_006_20260410v3/result_manifest.json", "source_url": "", "size_bytes": 253, "sha256": "2fb2aaa33b88e4923363ad19ef1cdae822eee34a3fd77bb672b7829ec946271d", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_general_steel_008_20260417
workflow_orchestration
alloy
研究 2209/ER2209 近似成分中 Ni 含量变化对抗拉强度预测的影响。 请输出: 1) `duplex_ni_tensile_predictions.json`:至少包含 `formula`, `ni_content`, `predicted_uts`, `trend_label`; 2) `duplex_ni_tensile_analysis.md`:说明 Ni 含量变化导致强度变化的机理解释与不确定性。 最终回答请给出”Ni 含量变化-强度变化”的总体趋势判断。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_glassy_carbon_001_20260525
workflow_orchestration
agnostic
使用 DPA 机器学习力场通过 melt-quench 方法构建玻璃碳(glassy carbon)结构。 报告最终结构的密度、sp³ 比例和径向分布函数第一峰位置。 输出结构文件 `glassy_carbon.xyz` 和分析结果 `gc_analysis.json`。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_gpumdnep_001_20260428
workflow_orchestration
agnostic
构建 MoSe2 训练集,覆盖原型、应变、扰动、空位等情形,并将训练集统一命名为 `train.xyz`(总帧数 > 100)。 基于该训练集生成 ABACUS 静态计算输入文件 `INPUT_scf`。 生成用于该体系训练的 `nep.in`。
[ "eng_gpumd", "eng_abacus", "struct_transform" ]
[]
WO_gpumdnep_002_20260526
workflow_orchestration
agnostic
获取 https://raw.githubusercontent.com/brucefan1983/GPUMD/master/potentials/tersoff/Si_Fan_2019.txt,使用这个势函数采取 GPUMD 计算 Si 的声子谱,计算出 Si 光学支频率。 请将输入文件保存为工作区根目录下的 `run.in`。
[ "eng_gpumd" ]
[]
WO_gpumdnep_003_20260526
workflow_orchestration
agnostic
获取 https://raw.githubusercontent.com/brucefan1983/GPUMD/master/potentials/tersoff/Graphene_Lindsay_2010_modified.txt,生成可直接运行的 `run.in`,采用 GPUMD 计算石墨烯 DOS 与热容。 请将输入文件保存为工作区根目录下的 `run.in`。
[ "eng_gpumd" ]
[]
WO_gpumdnep_004_20260526
workflow_orchestration
agnostic
获取 https://raw.githubusercontent.com/brucefan1983/GPUMD/master/potentials/tersoff/Si_Fan_2019.txt,使用这个势函数采用 GPUMD 计算 Si 的热膨胀系数。 请将输入文件保存为工作区根目录下的 `run.in`。
[ "eng_gpumd" ]
[]
WO_gromacs_cnt_001_20260526
workflow_orchestration
agnostic
使用 GROMACS 对一根周期性 (10,10) 扶手椅型单壁碳纳米管进行 NVT 分子动力学模拟(300K,10ps)。 从结构构建、力场准备、拓扑生成到 MD 运行,完成全流程。 输出最终结构 `cnt_nvt.gro`。
[ "eng_gromacs" ]
[]
WO_gromacs_em_npt_001_20260526
workflow_orchestration
agnostic
对提供的 SPC 水盒子体系执行 GROMACS 能量最小化 + NPT 平衡模拟。 已提供文件: - `conf.gro`: 216 个 SPC 水分子的初始坐标 - `topol.top`: 拓扑文件 - `em.mdp`: 能量最小化参数 - `npt.mdp`: NPT 平衡参数(2 ns, 298.15 K, 1 bar) 请完成以下步骤: 1) 在 Bohrium GROMACS 镜像上提交能量最小化(EM),确认 Fmax < 1000 kJ/mol/nm 2) 用 EM 输出作为 NPT 输入,提交 NPT 平衡 3) 输出最终结构 `npt_final.gro` 到工作目录 在最终回答中报告:EM 收敛步数、NPT...
[ "eng_gromacs" ]
[ { "key": "conf_gro", "path": "fixtures/EC_gromacs_em_npt/conf.gro", "source_url": "", "size_bytes": 29215, "sha256": "d27fb0f13f630c75a05df934ac483f4a2c93e634a59e5bd6e5d4a60d47d61f84", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true }, { "key": "topol_top", "path": "fixt...
WO_gromacs_solvate_001_20260527
workflow_orchestration
agnostic
提供了一个丙氨酸二肽 (ACE-ALA-NME) 的 PDB 文件 `ala_dipeptide.pdb`。 请完成以下完整 GROMACS 建模 + 模拟流程: 1) 使用 OPLS-AA 力场对该 PDB 生成拓扑(pdb2gmx) 2) 设置立方盒子,溶质到盒子边界至少 1.0 nm(editconf) 3) 用 SPC/E 水溶剂化(solvate) 4) 添加 Na+/Cl- 离子中和体系电荷(genion) 5) 执行能量最小化(steep, emtol=1000, nsteps=50000) 在最终回答中报告:EM 收敛步数、最终势能 (kJ/mol)、体系中水分子数量。
[ "eng_gromacs" ]
[ { "key": "ala_dipeptide_pdb", "path": "fixtures/WO_gromacs_solvate_001/ala_dipeptide.pdb", "source_url": "", "size_bytes": 1861, "sha256": "e40a3b88a6b60c85cbcee794474448f02e1b64c2af8d3c88bb9b471ede5d7c48", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_kinetic_001_20260525
workflow_orchestration
agnostic
使用机器学习势函数计算石墨烯的声子色散关系:构建石墨烯原胞, 计算力常数矩阵,沿 Γ-M-K-Γ 路径绘制声子色散, 提取 Gamma 点最高光学支频率 (cm⁻¹)。
[ "struct_build", "code_mlip" ]
[]
WO_lammps_electrolyte_smoke_001_20260602
workflow_orchestration
agnostic
工作区里有一个粗粒化 LiPF6 电解液小体系 `data.electrolyte`。我想先跑一个短程 LAMMPS smoke test(能量最小化加一小段 300 K NVT),确认这个体系能正常跑起来,再决定要不要做更长的模拟。 请把要用的输入整理到 `run_lammps_electrolyte_smoke/` 目录下,文件名按这样放: - `data.electrolyte` - `in.electrolyte` - `run.sh` 提交运行,跑成功的话把 `log.lammps` 也保存到这个目录里。
[ "eng_lammps" ]
[ { "key": "electrolyte_data", "path": "fixtures/WO_lammps_electrolyte_smoke_001_20260602/data.electrolyte", "source_url": "", "size_bytes": 351, "sha256": "07c852b80fa007e466474a008f9e3400ec299d24b6269ec3a4a478ba8646c4d2", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_lammps_water_density_001_20260522
workflow_orchestration
agnostic
用 LAMMPS 模拟计算室温常压下水的密度,使用 SPC/E 水模型。报告平衡后的平均密度。
[ "eng_lammps" ]
[]
WO_li_solvent_binding_workflow_001_20260531
workflow_orchestration
battery
我在筛选低温电解液共溶剂,想比较 EC、DMC、EMC、FEC 对 Li+ 的结合强弱。附件里只有溶剂 SMILES。请直接组织/发起这轮量化筛选,输出 `li_solvent_workflow.json`、`li_solvent_qm_jobs.json` 和 `li_solvent_screening.json`。
[ "eng_orca" ]
[ { "key": "solvent_targets", "path": "fixtures/WO_li_solvent_binding_workflow_001_20260531/solvent_targets.csv", "source_url": "", "size_bytes": 167, "sha256": "b8d75408eb9933012e1958975d86c87fb3b58a41ee2a49350c470281dd7b3915", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_mace_001_20260616
workflow_orchestration
agnostic
请使用 MACE-MP-0 势函数对工作区中的 `nacl_bulk.cif`(NaCl 岩盐结构,64 原子超胞)进行结构优化,输出提交配置 `opt_submit.json`。
[ "code_mlip" ]
[ { "key": "nacl_cif", "path": "fixtures/WO_mace_001/nacl_bulk.cif", "source_url": "", "size_bytes": 4195, "sha256": "a5d3a5357af207191aec46429db456a64ba6f4c78655e3667be5d71a6a2c7f94", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_mace_mp0_smoke_001_20260616
workflow_orchestration
agnostic
我后面准备批量用 MACE-MP-0 跑一批卤化物结构。先拿工作区里的 `nacl_bulk.cif`(NaCl 岩盐结构,64 原子超胞)做一次最小单点验证,确认 Bohrium 上的 MACE-MP-0 环境能正常算出能量和力。 要求: - 提交到 Bohrium 真实运行,并在结束后下载日志和结果。 - 工作区里保留 `mace_mp0_smoke.py`、`mace_smoke_submit.json`、`mace_smoke.log`、`mace_smoke_result.json`。 - 结果 JSON 里记录模型、镜像、Bohrium job id、能量和最大力;最终回复里简要说明是否成功。如果失败,请基于真实日志说...
[ "code_mlip" ]
[ { "key": "nacl_cif", "path": "fixtures/WO_mace_001/nacl_bulk.cif", "source_url": "", "size_bytes": 4195, "sha256": "a5d3a5357af207191aec46429db456a64ba6f4c78655e3667be5d71a6a2c7f94", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_md_preflight_001_20260524
workflow_orchestration
battery
工作区中有一个 1 mol/L ZnSO4 水溶液模型 `znso4_box.xyz`(约 500 原子)。请采用 DP-MD 方法对其进行 10 ps NVT 300K 模拟,准备好提交配置,输出为 `md_submit.json`。
[ "code_mlip" ]
[ { "key": "znso4_box", "path": "fixtures/WO_dpmd_preflight_001/znso4_box.xyz", "source_url": "", "size_bytes": 25368, "sha256": "bddc83488094778017f7a29288fbcfea25d90c53b9742fd30cac8682665aa485", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_mech_001_20260502
workflow_orchestration
agnostic
对 FCC 铝进行状态方程拟合:从数据库获取 Al FCC 原胞结构, 在平衡体积附近做 5 点体积扫描(0.95, 0.975, 1.0, 1.025, 1.05 倍), 对每个体积点做单点能计算,拟合 Birch-Murnaghan EOS, 输出平衡晶格常数 a0 (A) 和体模量 B0 (GPa)。
[ "meta_database" ]
[]
WO_mech_002_20260404
workflow_orchestration
agnostic
估算 RDX (C3H6N6O6) 的爆速和爆压: 自行构造 RDX 分子结构(可用 SMILES 或手动构建), 查找或计算密度 (1.806 g/cm3) 和生成焓 (+70 kJ/mol), 使用 Kamlet-Jacobs 经验公式计算爆速 D (m/s) 和爆压 P (GPa)。 输出完整的计算过程和单位换算。
[ "struct_build" ]
[]
WO_mech_004_20260524
execution_contract
alloy
使用 APEX 对给定合金结构执行几何优化,并输出优化结果。 请完成以下交付: 1) `alloy_optimized.cif`:优化后的结构文件; 2) `alloy_opt_summary.json`:至少包含 `method`, `input_structure`, `output_structure`, `optimization_status`, `notes`; 3) `alloy_opt_report.md`:说明优化目标、关键设置与结果可信度/不确定性。 最终回答中简要说明:优化后结构相对输入结构的主要变化(可定性描述)。
[ "meta_grounding" ]
[]
WO_mech_005_20260519
workflow_orchestration
agnostic
对给定合金结构执行 EOS 分析(Mock版): 1. 先 query/检索并整理 EOS 所需输入文件与结构信息; 2. 明确体积扫描设置(0.8~1.2)与拟合模型; 3. 不做真实计算,使用以下 mock 数据: - vol_start = 0.8 - vol_end = 1.2 - vol_step = 0.05 - fit_model = Birch-Murnaghan - equilibrium_volume = 11.42 (Å^3/atom) - bulk_modulus = 178.6 (GPa) 4. 基于 mock 值完成 EOS 后处理与结论解释。 请完成以下交付: 1)...
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mech_006_20260519
workflow_orchestration
alloy
对 CuCrZr 执行凸包稳定性分析(Mock版): 1. 先 query/检索并整理凸包分析所需输入文件与参考相信息; 2. 说明稳定性判据(hull distance 与稳定标签关系); 3. 不做真实计算,使用以下 mock 结果: - hull_distance = 0.024 eV/atom - stability_label = metastable - reference_phases = ["Cu", "Cr2Zr", "CuZr2"] 4. 基于 mock 值做稳定性后处理与结论解释。 请完成以下交付: 1) `cucrzr_convex_hull_summary.json`:至少包含 `inp...
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mech_008_20260519
workflow_orchestration
agnostic
计算 SrTiO3 弹性常数(Mock版): 1. 先 query/检索并整理 APEX 弹性流程所需输入文件; 2. 说明采用的弹性方法与形变设置; 3. 不做真实计算,使用以下 mock 结果: - C11 = 316.8 GPa - C12 = 101.5 GPa - C44 = 125.7 GPa - elastic_method = finite_strain 4. 基于 mock 结果完成后处理与物理意义讨论。 请完成以下交付: 1) `srtio3_elastic_apex.json`:至少包含 `input_files`, `C11`, `C12`, `C44`, `elastic_meth...
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mech_009_20260415
workflow_orchestration
agnostic
针对 Ni-Co-Cr 合金做室温弹性性质评估,要求先检索相近成分结构/弹性信息,再给出 APEX 计算结果并做对比。 请完成以下交付: 1) `nico_cr_elastic_compare.json`:至少包含 `C11`, `C12`, `C44`, `bulk_modulus_GPa`, `db_reference_summary`, `comparison_note`; 2) `nico_cr_elastic_report.md`:说明数据库参考来源、APEX 计算设置、结果差异与不确定性。 最终回答中简要给出 C11/C12/C44/B 及与参考数据的一致性判断。
[ "meta_database" ]
[]
WO_mech_010_20260415
workflow_orchestration
agnostic
评估 AlCr0.8CoFeNi 高熵合金(HEA)的相形成倾向,需覆盖以下信息: 1) 价电子浓度(VEC)、混合焓、混合熵等关键描述符; 2) 二元形成能/相图相关信息(用于辅助稳定性判断); 3) 是否倾向形成固溶体,以及可能晶体结构。 请完成以下交付: - `hea_alcr0.8cofeni_summary.json`:至少包含 `vec`, `mixing_enthalpy`, `mixing_entropy`, `binary_formation_energy_summary`, `solid_solution_prediction`, `possible_structure`; - `hea_alcr0.8cofen...
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mech_012_20260526
workflow_orchestration
agnostic
使用 DPA 机器学习势计算六方 MAX 相 Ti3AlC(空间群 P6₃/mmc)的状态方程(Birch-Murnaghan 拟合)。 请编写脚本完成以下步骤: 1. 构建 Ti3AlC 六方 MAX 相结构 2. 在平衡体积附近做体积扫描(至少 5 个点) 3. 对每个体积做结构优化(允许原子弛豫,固定体积) 4. 拟合 Birch-Murnaghan 状态方程 脚本保存为 `calc_eos.py`,结果写入 `eos_result.json`: `{"B0_GPa": ..., "V0_A3": ..., "E0_eV": ...}`
[ "code_mlip", "struct_build" ]
[]
WO_mlip_catalysis_head_aissq_001_20260515
workflow_orchestration
agnostic
I am considering the default pretrained DPA workflow for a CO oxidation reaction path on the inorganic Pt(111) surface, including adsorbate structures and an NEB barrier. First decide whether this route is scientifically appropriate and what model/head/workflow options should be confirmed before any setup or run.
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_debye_si_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 DPA 机器学习势计算 Si 的德拜温度 θ_D。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_dpa_001_20260411v2
workflow_orchestration
agnostic
使用 DPA 机器学习势对金刚石结构 Si 进行结构优化。 从数据库获取或构建 Si 金刚石原胞(空间群 Fd-3m, a≈5.43 Å), 做含晶格弛豫的全优化(原子坐标 + 晶格),力收敛判据 0.01 eV/Å。 报告优化后的晶格常数 a (Å) 和总能量 (eV/atom)。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_dpa_002_20260411v2
workflow_orchestration
agnostic
计算 FCC Cu 的弹性常数。 从数据库获取或构建 Cu FCC 原胞,先做含晶格弛豫的结构优化(力收敛 0.01 eV/Å), 再用 DPA 机器学习势计算弹性张量。 报告 C11、C12 (GPa) 和 Voigt-Reuss-Hill 体模量 B (GPa)。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_dpa_003_20260411v2
workflow_orchestration
agnostic
计算金刚石结构 Si 的声子色散关系。 从数据库获取或构建 Si 金刚石原胞,使用 DPA 机器学习势计算力常数矩阵, 沿 Γ-X-K-Γ-L 高对称路径绘制声子色散曲线。 报告 Γ 点最高光学支频率 (cm⁻¹) 以及是否存在虚频(判断动力学稳定性)。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_dpa_004_20260411v2
workflow_orchestration
agnostic
对 FCC Al 进行分子动力学模拟。 从数据库获取或构建 Al FCC 原胞,扩展为至少 2×2×2 超胞, 使用 DPA 机器学习势按以下流程运行: 1) NVT 平衡:300 K,2 ps 2) NPT 采样:300 K,0 GPa,5 ps 报告 NPT 阶段的平均温度 (K) 和平均压力 (GPa)。
[ "code_mlip", "struct_transform" ]
[]
WO_mlip_dpa_005_20260524
workflow_orchestration
agnostic
计算 FCC Cu 中单空位的迁移能垒。 从数据库获取或构建 Cu FCC 原胞,扩展为 3×3×3 超胞, 移除一个原子形成空位结构作为初态,将相邻原子移至空位位置形成末态。 分别优化初态和末态结构,然后使用 DPA 机器学习势做 NEB 计算(5 个中间像)。 报告正向迁移能垒 (eV) 和能量曲线趋势,结果写入 `neb_result.json`,格式:`{"forward_barrier_eV": ..., "n_images": ..., "converged": true/false}`。
[ "struct_transform", "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_dpa_007_20260422
workflow_orchestration
agnostic
工作区已提供 `dpgen_docs_brief.md`(文档摘录)。 请先读取该文件,再输出以下三个交付物: 1) `onboarding_tutorial.md`:包含环境准备、安装、初始数据、训练、采样、标注、迭代、常见失败点、第一周计划。 2) `dpgen_checklist.json`:包含键 `env_ready`, `data_ready`, `train_ready`, `sample_ready`, `label_ready`, `iter_ready`, `week1_plan`. 3) `milestone_gate.md`:按 Day1~Day7 给出“通过条件 + 失败回退动作(fallback)”。 ...
[ "code_mlip" ]
[ { "key": "dpgen_docs", "path": "fixtures/WO_general_userlog_001_20260410v3/dpgen_docs_brief.md", "source_url": "", "size_bytes": 632, "sha256": "84450b0a4a7a73e961fac8b03c012e121b80d0603b6d3900d2f5a25836a34033", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true } ]
WO_mlip_dpa_008_20260519
workflow_orchestration
agnostic
执行 Li2O 短程 MD 流程评估(Mock版): 1. 先 query/检索并整理 MD 所需输入文件(结构、势函数、积分与控温参数); 2. 目标条件:300 K、1 ps、1 fs、NVT; 3. 不做真实 MD,使用以下 mock 结果: - ensemble = NVT - temperature_K = 300 - runtime_ps = 1.0 - timestep_fs = 1.0 - n_steps = 1000 - thermo_stats = {"T_avg": 301.2, "T_std": 7.8, "drift": "small"} 4. 基于 mock 值做后处理...
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_dpa_009_20260519
workflow_orchestration
agnostic
执行 MgB2 “检索 + 声子”流程(Mock版): 1. 先 query/检索 MgB2 结构并记录来源、结构标识与输入文件; 2. 说明拟采用的声子设置; 3. 不做真实计算,使用以下 mock 结果: - retrieval_source = Materials Project - structure_identifier = mp-763 - imaginary_mode_check = false - gamma_e2g_mode_meV = 74.8 - output_artifacts = ["band.yaml", "dos.dat"] 4. 基于 mock 值完成后处理并判断“结构与...
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_dpa_011_20260415
workflow_orchestration
agnostic
评估 Nb 掺杂 SrTiO3 工作流(Mock版): 1. 先 query/检索立方 SrTiO3(Pm-3m)输入结构,并说明 2x2x2 超胞 + 1 Ti->Nb 掺杂方案; 2. 梳理后续检查所需输入文件(relax/elastic/phonon/SCF/band-DOS); 3. 不做真实计算,使用以下 mock 检查结果: - elastic_status = pass - phonon_status = pass_no_imaginary - scf_status = converged - band_dos_status = generated - relax_energy_drop_...
[ "struct_transform" ]
[]
WO_mlip_elastic_si_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 DPA 机器学习势计算 Si 金刚石结构的弹性常数,报告体模量 K 和剪切模量 G。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_electronic_boundary_001_20260515
workflow_orchestration
agnostic
Use DPA, MACE, SevenNet, or MatterSim from the MLIP skill to compute the band structure, density of states, and band gap of my crystalline material from a CIF file. I only want an MLIP-based solution, not a DFT calculation.
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_fetch_001_20260513
workflow_orchestration
agnostic
We are scoping fine-tuning budgets for a foundation MLIP on **energetic-materials** chemistry. Please locate a publicly available, downloadable training dataset that pairs **DFT energies + atomic forces** with structures from this domain, and tell me whether its single-file footprint fits within a 5 GB local-disk budge...
[ "code_mlip", "meta_database" ]
[]
WO_mlip_fetch_002_20260513
workflow_orchestration
agnostic
A colleague claims that some checkpoint of the **MACE family** of universal MLIP foundation models is available as a downloadable asset on the principal open MLIP/MLP registry that hosts DP-style foundation models. Please settle the question from the registry's own data alone - not from prior knowledge of what is or is...
[ "code_mlip", "meta_database" ]
[]
WO_mlip_fetch_003_20260513
workflow_orchestration
agnostic
I need to run a single-point evaluation on a small cluster that has a non-zero net charge **and** an open-shell electron count, so I must pass per-system charge and spin-multiplicity at inference time (not just atomic coordinates). Find me a pretrained, downloadable universal MLIP checkpoint that **explicitly supports ...
[ "code_mlip", "meta_database" ]
[]
WO_mlip_fetch_004_20260513
workflow_orchestration
agnostic
For a reproducibility audit I need three things about the **DPA-3 family** of universal MLIP checkpoints as currently published on the principal open MLIP registry that hosts DP foundation models: (1) the most recently released **base** version (i.e. NOT a fine-tuned variant) - return its `name` and `modifyDate` plus i...
[ "code_mlip", "meta_database" ]
[]
WO_mlip_formation_energy_al2o3_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 DPA 机器学习势计算 Al₂O₃ 的形成能。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_her_screening_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 DPA 机器学习势对 6 种金属(Pt, Pd, Ni, Cu, Au, Ag)的(111)面做 HER 催化活性筛选,画火山图。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_molcrystal_head_001_20260524v2
workflow_orchestration
agnostic
请使用 DPA 机器学习势计算萘 (naphthalene, C10H8) 分子晶体的升华能(sublimation energy)。 工作流程: 1. 从结构数据库获取萘的分子晶体结构(或自建 P21/c 单胞) 2. 优化晶体结构 3. 将单个萘分子放入真空盒子中优化(气相参考态) 4. 计算升华能 = E_gas - E_crystal/Z(Z 为单胞中分子数) 要求: - 计算脚本保存为 `calc_sublimation.py` - 从晶体中提取的单分子保存为 `molecule.xyz` - 结果写入 `sublimation_energy.json`: `{"material": "naphthalene", ...
[ "code_mlip", "struct_molcrys" ]
[]
WO_mlip_msd_diffusion_al_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 DPA 机器学习势对 Al 在 500K 做 MD,计算 MSD 和扩散系数。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_msst_lammps_boundary_001_20260515
workflow_orchestration
agnostic
I have a metallic crystal supercell on hand. Use the MLIP ASE task scripts to run a shock-compression simulation and extract the Hugoniot with an MSST-style method, and give me the pressure-volume curve.
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_neb_al_vacancy_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 DPA 机器学习势做 NEB 计算 Al 中空位迁移的能垒。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_mlip_thermal_conductivity_al_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 DPA 机器学习势计算 Al 的晶格热导率 κ。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_neb_endpoint_relax_001_20260523
workflow_orchestration
agnostic
请用 DPA 机器学习势计算 BCC Fe 中单空位的迁移能垒。 步骤自行决定,最终结果写入: - 脚本:`run_neb.py` - 结果:`neb_result.json`,格式 `{"forward_barrier_eV": ..., "n_images": ..., "converged": true/false}`
[ "code_mlip" ]
[]
WO_neb_interface_001_20260524v2
workflow_orchestration
agnostic
工作区中有 BCC(110)/FCC(111) 铁异质界面的两个结构文件: - `initial.xyz`: 初态,Sn 在 BCC 侧替位位置 - `final.xyz`: 末态,Sn 迁移到界面区域 请使用 DPA 机器学习势做 NEB 计算(7 个中间像),求 Sn 从 BCC 体相迁移到界面的能垒。 要求: - NEB 脚本保存为 `run_neb.py` - 结果写入 `neb_result.json`:`{"forward_barrier_eV": ..., "n_images": 7, "converged": true/false}`
[ "code_mlip" ]
[ { "key": "initial_structure", "path": "fixtures/SA_neb_interface_001/initial.xyz", "source_url": "", "size_bytes": 4276, "sha256": "ca639faaa57b0e3d03f22d69873270e329dbde1b1c91e1a95777808e6d41ee01", "distribution": "bundled", "available_in_repo": true }, { "key": "final_structure...
WO_orca_charge_phenol_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA 计算苯酚的原子电荷分布,报告 O 原子的电荷。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_orca_dipole_phenol_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA B3LYP 计算苯酚的偶极矩。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_orca_fukui_benzene_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA 计算苯的福井函数 f⁺ 和 f⁻,判断亲电/亲核反应活性位点。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_orca_geometry_phenol_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA B3LYP 优化苯酚结构,报告 C-O 键长和 C-O-H 键角。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_orca_homo_lumo_benzene_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA B3LYP 计算苯(C₆H₆)的 HOMO-LUMO gap。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_orca_ir_phenol_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA B3LYP 计算苯酚的红外光谱,找出 O-H 伸缩振动频率。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_orca_magnetic_fe_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA UKS 计算 Fe 原子的磁矩 μ。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_orca_raman_phenol_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA PBE 计算苯酚的拉曼光谱,报告活性模式数量。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_orca_reaction_path_co2_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA PBE 计算 CO₂ 加氢反应路径(CO₂→HCOOH 方向),给出各步的 ΔG。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_orca_tddft_phenol_001_20260629
workflow_orchestration
agnostic
用 ORCA TD-DFT 计算苯酚的 UV-Vis 吸收光谱,报告最大吸收波长。
[ "eng_orca" ]
[]
WO_pes_scan_001_20260519
workflow_orchestration
agnostic
使用 DPA 扫描 CH3NH3+ 的 C-N 解离曲线(1.2–3.0 Å,步长 0.1 Å),输出 `scan.csv`(两列:distance_A, energy_eV)。
[ "code_mlip" ]
[]
WO_polymer_melt_001_20260525
workflow_orchestration
agnostic
使用 LAMMPS Kremer-Grest 珠弹簧模型构建长链线性聚合物熔体(链长 N=200,密度 ρ=0.85σ⁻³),完成平衡化。 报告末端距 Re 和回转半径 Rg。 输出平衡后结构 `polymer_melt.data`。
[ "eng_lammps" ]
[]
WO_qha_cte_001_20260607
workflow_orchestration
agnostic
请使用 DPA 机器学习势 + 准谐近似(QHA)方法计算金刚石 Si 的线热膨胀系数 α(T)。 要求: - 在平衡体积附近取 5 个体积点 - 每个体积做 phonon 计算(有限位移法) - 用 QHA 拟合得到 α(T),报告 300K 处的值 - 脚本保存为 `calc_qha.py` - 结果写入 `qha_result.json`:`{"alpha_300K_per_K": ..., "n_volumes": 5}`
[ "code_mlip" ]
[]
WO_seg_energy_isif_001_20260527
workflow_orchestration
alloy
帮我设计一个 VASP 计算方案,计算 Sn 在 BCC-Fe/FCC-Fe (K-S取向) 界面处的偏聚能。 已有模型:84原子周期性界面超胞(无真空层),x/y方向有~4%晶格失配。 需要的计算模型: 1. interface_clean(纯Fe界面) 2. interface_Sn(Sn替换界面处一个Fe) 3. bulk_clean(纯BCC-Fe体相参考) 4. bulk_Sn(Sn替换体相一个Fe) 请输出每个模型的 INCAR 关键参数(特别是 ISIF、IBRION、NSW、ENCUT、ISPIN),并说明参数选择的理由。
[ "eng_vasp" ]
[]