docs/eyepacs_README.md

# EyePACS / APTOS / Messidor DR Combination Dataset

本目录为 Kaggle 数据集 `ascanipek/eyepacs-aptos-messidor-diabetic-retinopathy` 的本地副本。

## 本地路径

`/mnt/tidal-alsh-share2/dataset/qinshengqian/research/c3/Data/Generation/EyePACS`

## 模态与任务

- 模态：彩色眼底照相图像，Color Fundus Photography，简称 CFP。
- 主要任务：糖尿病视网膜病变，Diabetic Retinopathy，简称 DR，五分类分级。
- 标签形式：目录名 `0-4` 表示 DR 严重程度等级。
- 来源组成：EyePACS/Kaggle Diabetic Retinopathy Detection、APTOS 2019、APTOS Gaussian Filtered、Messidor。

## 文件结构

```text
EyePACS/
├── augmented_resized_V2/
│   ├── train/0..4/
│   ├── val/0..4/
│   └── test/0..4/
└── dr_unified_v2/
    └── dr_unified_v2/
        ├── train/0..4/
        ├── val/0..4/
        └── test/0..4/
```

说明：`4.archive` 源压缩包已在清理时删除，数据已经解压到上述目录。

## 数据量

### `dr_unified_v2/dr_unified_v2`

这是原始统一数据集，共 92,501 张 JPG，随机划分为 train/validation/test = 80:10:10。

| split | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 合计 |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|
| train | 55,162 | 3,706 | 12,119 | 1,006 | 2,002 | 73,995 |
| val | 6,895 | 462 | 1,514 | 125 | 249 | 9,245 |
| test | 6,896 | 466 | 1,518 | 128 | 253 | 9,261 |
| 合计 | 68,953 | 4,634 | 15,151 | 1,259 | 2,504 | 92,501 |

### `augmented_resized_V2`

这是 2024-01-05 更新后的增强版本。数据集页面说明为：手工数据增强后样本数增加约 55%，所有图像 resize 到 600 x 600，磁盘体积从约 18.5 GB 降到约 3.8 GB。当前本地统计为 143,669 张。

| split | 0 | 1 | 2 | 3 | 4 | 合计 |
|---|---:|---:|---:|---:|---:|---:|
| train | 55,162 | 18,470 | 24,198 | 7,936 | 9,475 | 115,241 |
| val | 6,895 | 1,840 | 3,024 | 1,000 | 1,468 | 14,227 |
| test | 6,896 | 1,862 | 2,999 | 978 | 1,466 | 14,201 |
| 合计 | 68,953 | 22,172 | 30,221 | 9,914 | 12,409 | 143,669 |

## 标签说明

DR 分级标签通常按如下语义使用：

| 标签 | 含义 |
|---:|---|
| 0 | No DR |
| 1 | Mild DR |
| 2 | Moderate DR |
| 3 | Severe DR |
| 4 | Proliferative DR |

## 来源与引用提示

该组合集不主张拥有原始图像版权。使用前应核对并遵守原始数据集的许可证、使用条款和引用要求：

- EyePACS / Kaggle Diabetic Retinopathy Detection。
- APTOS 2019 Blindness Detection。
- APTOS Gaussian Filtered，派生自 APTOS 2019。
- Messidor。推荐引用：Decencière et al., "Feedback on a publicly distributed database: the Messidor database", Image Analysis & Stereology, 2014.

Messidor 官方要求致谢：`Kindly provided by the Messidor program partners.`

## 按接入手册的整理建议

- 该数据集属于 A 类：疾病分级标签。
- 推荐 cohort：`public_eyepacs_combo_dr`。如果确实要接入增强版，建议另设 `public_eyepacs_combo_dr_aug600`，不要和原始统一版混在同一 cohort。
- `modality=fundus_color`，`scan_protocol=single_shot`，`has_segmentation=False`，`SEGMENTATION_TYPE=none`。
- `diagnosis_group=["normal"]` 对应 0 类，`diagnosis_group=["DR"]` 对应 1-4 类。
- `severity` 映射为 `0->none, 1->mild, 2->moderate, 3->severe, 4->proliferative`。
- 因为该组合集已经包含 APTOS、Messidor 等公开来源，若同时接入单独的 APTOS2019、Messidor2，应先做文件哈希或感知哈希去重，避免训练/验证/测试泄漏。
- 对严格评估，优先使用 `dr_unified_v2`；`augmented_resized_V2` 更适合作为预训练或数据增强版训练源，不建议作为独立泛化测试集。