OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "these", "results", "suggest", "that", "both", "endodermal", "and", "mesoderm", "##al", "precursors", "exist", "in", "ebs", "with", "fgf", "withdrawal", "for", "8", "days", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "no", "pdx", "-", "1", "-", "positive", "cells", "were", "seen", "in", "ebs", "differentiated", "with", "the", "same", "treatment", "(", "data", "not", "shown", ")", ".", "figure", "4d", "##ifferentiated", "ebs", "were", "analyzed", "by", "either", "immunocytochemistry", "or", "rt", "-", "pcr", "to", "the", "indicated", "molecular", "markers", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", ")", "immunostaining", "with", "goat", "anti-human", "sox", "##17", "(", "red", ")", ",", "is", "contrasted", "with", "fluoro", "niss", "##l", "nuclear", "staining", "(", "green", ")", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "b", ")", "immunostaining", "with", "goat", "anti-human", "gata", "##6", "(", "red", ")", ",", "is", "contrasted", "with", "dapi", "nuclear", "staining", "(", "blue", ")", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "c", ")", "immunostaining", "with", "goat", "anti-human", "brachy", "##ury", "(", "red", ")", ",", "is", "contrasted", "with", "dapi", "nuclear", "staining", "(", "blue", ")", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "d", ")", "immunostaining", "with", "mouse", "anti-human", "gata", "##1", "(", "red", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "note", "that", "each", "antibod", "y", "recognizes", "subsets", "of", "eb", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "scale", "bars", "=", "100", "μm", ".", "(" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "e", ")", "the", "differentiation", "status", "of", "eb", "is", "detected", "by", "rt", "-", "pcr", "using", "different", "germ", "layer", "cell", "markers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "selected", "endod", "erm", "markers", "afp", ",", "fox", "##a2", ";", "mesoderm", "markers", "hand", "##1", ",", "ms", "##x1", "and", "ectoderm", "marker", "ms", "##l1", "were", "all", "highly", "expressed", "in", "the", "eb", "samples", "while", "their", "expression", "was", "either", "undetectable", "or", "at", "low", "level", "in", "the", "es", "samples", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]
[ "g3", "##pd", "##h", "was", "a", "positive", "control", "showing", "similar", "amount", "of", "rna", "samples", "were", "used", "for", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "examination", "of", "cross", "-", "reactivity", "of", "antibod", "ie", "##s", "on", "mouse", "es", "and", "differentiated", "cells", "##we", "have", "also", "examined", "the", "cross", "-", "reactiv", "##ities", "of", "these", "antibod", "ie", "##s", "to", "mouse", "es", "cells", "using", "mouse", "d3", "es", "cell", "line", "and", "mouse", "fetal", "endodermal", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "B-CellLine", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "cross", "-", "reactivity", "to", "mouse", "of", "goat", "anti-oct3", "/", "4", ",", "goat", "anti-pdx-1", ",", "goat", "anti-sox17", "and", "mouse", "anti-sox2", "was", "detected", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "minimal", "cross", "-", "reactivity", "to", "mouse", ",", "measured", "by", "10", "%", "intensity", "to", "human", "by", "higher", "than", "control", "cells", ",", "was", "observed", "in", "mouse", "anti-cd9", "and", "mouse", "anti-e-cadherin", "antibod", "ie", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "goat", "anti-nanog", "and", "mouse", "anti-podxl", "antibod", "ie", "##s", "appear", "to", "be", "human", "-", "specific", "as", "well", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "subtypes", "of", "monoclonal", "antibod", "ie", "##s", "were", "also", "identified", "in", "the", "best", "clones", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "results", "are", "summarized", "in", "table", "2", ".", "table", "2s", "##um", "##mar", "##y", "of", "antibod", "ie", "##s", "detection", "in", "es", "and", "eb", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "antibod", "yes", "##eb", "##re", "##activity", "to", "mouse", "##iso", "##type", "of", "monoclonal", "antibod", "y", "(", "clone", "no", ".", ")", "gt", "×", "hb", "##ra", "##ch", "##y", "##ury", "##no", "##ye", "##s", "##nt", "", "ms", "×", "hd", "##pp", "##a5", "##ye", "##s", "##nt", "", "nt", "", "nd", "", "gt", "×", "hg", "##ata", "##6", "##no", "##ye", "##s", "##nt", "", "gt", "×", "hn", "##ano", "##gy", "##es", "##down", "##no", "##gt", "×", "hoc", "##t", "3", "/", "4", "##ye", "##sd", "##own", "##ye", "##sg", "##t", "×", "hp", "##dx", "-", "1n", "##ono", "##ye", "##sg", "##t", "×", "hs", "##ox1", "##7", "##no", "##ye", "##sy", "##es", "##ms", "×", "hcd", "##9", "##ye", "##s", "##no", "##min", "##imal", "##mo", "##use", "igg", "##2b", "(", "clone", "209", "##306", ")", "ms", "×", "he", "-", "cadherin", "##ye", "##s", "##no", "##min", "##imal", "##mo", "##use", "igg", "##2b", "(", "clone", "180", "##224", ")", "ms", "×", "hg", "##ata", "##1", "##no", "##ye", "##s", "##nt", "", "rat", "igg", "##2b", "(", "clone", "234", "##73", "##2", ")", "ms", "×", "hp", "##od", "##xl", "##ye", "##s", "##non", "##omo", "##use", "igg2a", "(", "clone", "222", "##32", "##8", ")", "ms", "×", "hs", "##ox", "##2", "##ye", "##sy", "##esy", "##es", "##mo", "##use", "igg2a", "(", "clone", "245", "##61", "##0", ")", "*", "nt", ",", "not", "tested", ";", "nd", ",", "not", "determined", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "expression", "patterns", "detected", "using", "antibod", "ie", "##s", "developed", "in", "our", "facility", "are", "consistent", "with", "data", "reported", "using", "reverse", "transcriptase-polymerase", "chain", "reaction", "or", "cdna", "microarrays", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "moreover", "several", "of", "the", "monoclonal", "antibod", "ie", "##s", "have", "differing", "heavy", "chain", "subunits", "allowing", "double", "labeling", "using", "subtype", "specific", "markers", "to", "be", "performed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "summary", ",", "we", "have", "developed", "a", "useful", "collection", "of", "antibod", "ie", "##s", "that", "would", "be", "useful", "for", "identification", "of", "stem", "cell", "characteristics", "and", "assessment", "of", "differentiation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "several", "additional", "antibod", "ie", "##s", "to", "the", "molecules", "that", "have", "been", "identified", "as", "potential", "cell", "lineage", "markers", "[", "13", "]", "are", "currently", "under", "development", "using", "the", "same", "approach", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cloning", "and", "expression", "of", "brachy", "##ury", ",", "dpp", "##a5", ",", "cd", "##9", ",", "e", "-", "cadherin", ",", "gata", "##1", ",", "gata", "##6", ",", "nanog", ",", "oct", "##3", "/", "4", ",", "pdx", "-", "1", ",", "pod", "##xl", ",", "sox2", "and", "sox", "##17", "##bra", "##ch", "##y", "##ury", "(", "aa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", "–", "202", ")", ",", "dpp", "##a5", "(", "a", ".", "a", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", "–", "116", ")", ",", "gata", "##1", "(", "a", ".", "a", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", "–", "413", ")", ",", "gata", "##6", "(", "aa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", "–", "449", ")", ",", "nanog", "(", "aa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "153", "–", "305", ")", ",", "oct", "##3", "/", "4", "(", "aa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", "–", "265", ")", ",", "pdx", "-", "1", "(", "aa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "1", "–", "283", ")", ",", "sox2", "(", "aa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "135", "–", "317", ")", "and", "sox", "##17", "(", "aa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "177", "–", "414", ")", "were", "expressed", "in", "e", ".", "coli", "and", "extracellular", "domains", "of", "cd", "##9", ",", "e", "-", "cadherin", ",", "pod", "##xl", "were", "expressed", "in", "mouse", "ns", "##o", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "all", "proteins", "were", "purified", "and", "sequenced", "before", "they", "were", "used", "as", "antigens", "for", "immunizations", "and", "as", "substrate", "for", "antibod", "y", "screening", "and", "subcl", "##oning", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "production", "and", "purification", "of", "antibod", "ie", "##sal", "##l", "monoclonal", "antibod", "ie", "##s", "were", "derived", "from", "fusions", "of", "mouse", "myeloma", "with", "b", "cells", "obtained", "from", "balb", "/", "c", "mice", "which", "had", "been", "immunized", "with", "purified", "antigen", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "igg", "fraction", "of", "the", "culture", "supernatant", "was", "purified", "by", "protein", "g", "affinity", "chromatography", "(", "sigma", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "panel", "of", "antibod", "ie", "##s", "was", "screened", "and", "selected", "for", "their", "abilities", "to", "detect", "purified", "recombinant", "antigen", "in", "direct", "elisa", "and", "western", "blot", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "polyclonal", "antibod", "ie", "##s", "were", "derived", "from", "sera", "of", "goats", "which", "had", "been", "immunized", "and", "boost", "it", "with", "purified", "antigen", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "antibod", "y", "was", "purified", "from", "the", "sera", "by", "an", "antigen-affinity", "chromatography", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "and", "cell", "culture", "##hu", "##man", "caco", "-", "2", ",", "mg", "-", "63", ",", "mcf", "-", "7", ",", "nt", "##era", "-", "2", "and", "mouse", "d3", "cells", "were", "purchased", "from", "american", "type", "culture", "collection", "(", "atcc", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "B-CellLine", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "cultured", "according", "to", "the", "atcc", "instructions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "information", "regarding", "human", "es", "cell", "line", "hsf", "-", "6", "(", "nih", "code", "uc", "##06", ")", "can", "be", "obtained", "at", "the", "website", "[", "14", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "undifferentiated", "human", "es", "cells", "were", "cultured", "according", "to", "the", "protocol", "provided", "by", "the", "university", "of", "california", ",", "san", "francisco", "in", "human", "es", "culture", "medium", "[", "dmem", "supplemented", "with", "20", "%", "knockout", "serum", "replacement", "(", "invitrogen", ")", "and", "5", "ng", "/", "ml", "of", "bfgf", "(", "r", "&", "d", "systems", ")", "]", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "induce", "formation", "of", "embryo", "##id", "bodies", "(", "ebs", ")", ",", "es", "colonies", "were", "harvested", ",", "separated", "from", "the", "mef", "feeder", "cells", "by", "gravity", ",", "gently", "resuspended", "in", "es", "culture", "medium", "and", "transferred", "to", "non", "-", "adherent", "suspension", "culture", "dishes", "(", "corning", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "unless", "otherwise", "noted", ",", "ebs", "derived", "from", "human", "es", "cell", "aggregates", "were", "cultured", "for", "8", "days", "in", "es", "culture", "medium", "deprived", "of", "bfgf", "and", "used", "for", "analysis", "by", "immunoh", "is", "##to", "##chem", "##istry", "as", "described", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "western", "blot", "##cell", "##s", "are", "solubilized", "in", "hot", "2×", "sds", "gel", "sample", "buffer", "(", "20", "mm", "dithioth", "re", "##itol", ",", "6", "%", "sds", ",", "0", ".", "25", "m", "tris", ",", "ph", "6", ".", "8", ",", "10", "%", "glycerol", ",", "10", "mm", "naf", "and", "bromo", "##phen", "##yl", "blue", ")", "at", "2", "×", "106", "per", "ml", ".", "the", "extracts", "are", "heated", "in", "a", "boiling", "water", "bath", "for", "5", "minutes", "and", "sonicate", "d", "with", "a", "probe", "sonic", "##ator", "with", "3", "–", "4", "bursts", "of", "5", "–", "10", "seconds", "each", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "samples", "are", "diluted", "with", "1×", "sds", "sample", "buffer", "to", "the", "desired", "loading", "of", "1", "–", "5", "×", "103", "per", "lane", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lysates", "were", "resolved", "by", "sds", "-", "page", ",", "transferred", "to", "immobil", "##on", "-", "p", "membrane", ",", "and", "immunoblotted", "with", "0", ".", "5", "μg", "/", "ml", "primary", "abs", "as", "described", "in", "r", "&", "d", "systems", "website", "[", "15", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immunoh", "is", "##to", "##chem", "##istry", "antibod", "ie", "##s", "were", "used", "with", "the", "appropriate", "secondary", "reagents", "at", "a", "concentration", "of", "5", "to", "10", "μg", "/", "ml", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "or", "sections", "of", "ebs", "were", "fixed", "with", "4", "%", "paraformaldehyde", "in", "pbs", "at", "room", "temperature", "for", "20", "min", ",", "then", "blocked", "and", "permeabilized", "with", "0", ".", "1", "%", "trit", "on", "x", "-", "100", ",", "1", "%", "bsa", ",", "10", "%", "normal", "donkey", "serum", "in", "pbs", "at", "room", "temperature", "for", "45", "min", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "blocking", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "diluted", "primary", "antibod", "y", "overnight", "at", "4°c", "followed", "by", "coupled", "anti-mouse", "or", "anti-goat", "igg", "(", "molecular", "probes", ")", "at", "room", "temperature", "in", "the", "dark", "for", "an", "hour", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "between", "each", "step", "cells", "were", "washed", "with", "pbs", "with", "0", ".", "1", "%", "bsa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "rt", "-", "pcr", "##to", "##tal", "rna", "was", "extracted", "from", "ebs", "using", "trizol", "ls", "(", "invitrogen", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cdna", "was", "synthesized", "by", "using", "superscript", "ii", "reverse", "transcriptase", "(", "invitrogen", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "recommendations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "pcr", "primers", "are", "available", "upon", "request", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "flow", "cytometry", "antibod", "ie", "##s", "were", "prepared", "at", "the", "concentration", "of", "0", ".", "1", "mg", "/", "ml", ".", "10", "μl", "of", "the", "stock", "solution", "was", "added", "to", "1", "–", "2", ".", "5", "×", "105", "cells", "in", "a", "total", "reaction", "volume", "not", "exceeding", "200", "μl", ".", "the", "sample", "was", "then", "incubated", "for", "20", "min", "at", "2", "–", "8", "°c", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "following", "incubation", ",", "excess", "antibod", "y", "was", "removed", "by", "washing", "cells", "twice", "with", "facs", "buffer", "(", "2", "%", "fcs", "and", "0", ".", "1", "%", "sodium", "azide", "in", "hank", "'", "s", "buffer", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "wash", ",", "cells", "were", "resusp", "##end", "in", "200", "μl", "of", "facs", "buffer", "and", "the", "binding", "of", "unlabeled", "monoclonal", "antibod", "ie", "##s", "was", "visualized", "by", "adding", "10", "μl", "of", "a", "25", "μg", "/", "ml", "stock", "solution", "of", "a", "secondary", "developing", "reagent", "such", "as", "goat", "anti-mouse", "igg", "conjugated", "to", "a", "fluorochrome", "for", "20", "min", "at", "2", "–", "8", "##°c", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "following", "incubation", ",", "cells", "were", "washed", "once", "with", "facs", "buffer", ",", "once", "with", "pbs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "wash", ",", "cells", "were", "resusp", "##end", "in", "400", "μl", "of", "pbs", "and", "analyzed", "on", "a", "facs", "##can", "##t", "flow", "cytometer", "(", "becton", "-", "dickinson", ",", "mountain", "view", ",", "ca", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "five", "thousand", "events", "were", "collected", "and", "analyzed", "using", "cell", "quest", "software", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[]	[]

[ "these", "results", "suggest", "that", "both", "endodermal", "and", "mesoderm", "##al", "precursors", "exist", "in", "ebs", "with", "fgf", "withdrawal", "for", "8", "days", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "no", "pdx", "-", "1", "-", "positive", "cells", "were", "seen", "in", "ebs", "differentiated", "with", "the", "same", "treatment", "(", "data", "not", "shown", ")", ".", "figure", "4d", "##ifferentiated", "ebs", "were", "analyzed", "by", "either", "immunocytochemistry", "or", "rt", "-", "pcr", "to", "the", "indicated", "molecular", "markers", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", ")", "immunostaining", "with", "goat", "anti-human", "sox", "##17", "(", "red", ")", ",", "is", "contrasted", "with", "fluoro", "niss", "##l", "nuclear", "staining", "(", "green", ")", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "b", ")", "immunostaining", "with", "goat", "anti-human", "gata", "##6", "(", "red", ")", ",", "is", "contrasted", "with", "dapi", "nuclear", "staining", "(", "blue", ")", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "c", ")", "immunostaining", "with", "goat", "anti-human", "brachy", "##ury", "(", "red", ")", ",", "is", "contrasted", "with", "dapi", "nuclear", "staining", "(", "blue", ")", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "d", ")", "immunostaining", "with", "mouse", "anti-human", "gata", "##1", "(", "red", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "note", "that", "each", "antibod", "y", "recognizes", "subsets", "of", "eb", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "scale", "bars", "=", "100", "μm", ".", "(" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "e", ")", "the", "differentiation", "status", "of", "eb", "is", "detected", "by", "rt", "-", "pcr", "using", "different", "germ", "layer", "cell", "markers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "selected", "endod", "erm", "markers", "afp", ",", "fox", "##a2", ";", "mesoderm", "markers", "hand", "##1", ",", "ms", "##x1", "and", "ectoderm", "marker", "ms", "##l1", "were", "all", "highly", "expressed", "in", "the", "eb", "samples", "while", "their", "expression", "was", "either", "undetectable", "or", "at", "low", "level", "in", "the", "es", "samples", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]

[ "g3", "##pd", "##h", "was", "a", "positive", "control", "showing", "similar", "amount", "of", "rna", "samples", "were", "used", "for", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "examination", "of", "cross", "-", "reactivity", "of", "antibod", "ie", "##s", "on", "mouse", "es", "and", "differentiated", "cells", "##we", "have", "also", "examined", "the", "cross", "-", "reactiv", "##ities", "of", "these", "antibod", "ie", "##s", "to", "mouse", "es", "cells", "using", "mouse", "d3", "es", "cell", "line", "and", "mouse", "fetal", "endodermal", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "B-CellLine", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "cross", "-", "reactivity", "to", "mouse", "of", "goat", "anti-oct3", "/", "4", ",", "goat", "anti-pdx-1", ",", "goat", "anti-sox17", "and", "mouse", "anti-sox2", "was", "detected", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "minimal", "cross", "-", "reactivity", "to", "mouse", ",", "measured", "by", "10", "%", "intensity", "to", "human", "by", "higher", "than", "control", "cells", ",", "was", "observed", "in", "mouse", "anti-cd9", "and", "mouse", "anti-e-cadherin", "antibod", "ie", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "goat", "anti-nanog", "and", "mouse", "anti-podxl", "antibod", "ie", "##s", "appear", "to", "be", "human", "-", "specific", "as", "well", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "subtypes", "of", "monoclonal", "antibod", "ie", "##s", "were", "also", "identified", "in", "the", "best", "clones", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "results", "are", "summarized", "in", "table", "2", ".", "table", "2s", "##um", "##mar", "##y", "of", "antibod", "ie", "##s", "detection", "in", "es", "and", "eb", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "antibod", "yes", "##eb", "##re", "##activity", "to", "mouse", "##iso", "##type", "of", "monoclonal", "antibod", "y", "(", "clone", "no", ".", ")", "gt", "×", "hb", "##ra", "##ch", "##y", "##ury", "##no", "##ye", "##s", "##nt", "*", "ms", "×", "hd", "##pp", "##a5", "##ye", "##s", "##nt", "*", "nt", "*", "nd", "*", "gt", "×", "hg", "##ata", "##6", "##no", "##ye", "##s", "##nt", "*", "gt", "×", "hn", "##ano", "##gy", "##es", "##down", "##no", "##gt", "×", "hoc", "##t", "3", "/", "4", "##ye", "##sd", "##own", "##ye", "##sg", "##t", "×", "hp", "##dx", "-", "1n", "##ono", "##ye", "##sg", "##t", "×", "hs", "##ox1", "##7", "##no", "##ye", "##sy", "##es", "##ms", "×", "hcd", "##9", "##ye", "##s", "##no", "##min", "##imal", "##mo", "##use", "igg", "##2b", "(", "clone", "209", "##306", ")", "ms", "×", "he", "-", "cadherin", "##ye", "##s", "##no", "##min", "##imal", "##mo", "##use", "igg", "##2b", "(", "clone", "180", "##224", ")", "ms", "×", "hg", "##ata", "##1", "##no", "##ye", "##s", "##nt", "*", "rat", "igg", "##2b", "(", "clone", "234", "##73", "##2", ")", "ms", "×", "hp", "##od", "##xl", "##ye", "##s", "##non", "##omo", "##use", "igg2a", "(", "clone", "222", "##32", "##8", ")", "ms", "×", "hs", "##ox", "##2", "##ye", "##sy", "##esy", "##es", "##mo", "##use", "igg2a", "(", "clone", "245", "##61", "##0", ")", "*", "nt", ",", "not", "tested", ";", "nd", ",", "not", "determined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "expression", "patterns", "detected", "using", "antibod", "ie", "##s", "developed", "in", "our", "facility", "are", "consistent", "with", "data", "reported", "using", "reverse", "transcriptase-polymerase", "chain", "reaction", "or", "cdna", "microarrays", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "moreover", "several", "of", "the", "monoclonal", "antibod", "ie", "##s", "have", "differing", "heavy", "chain", "subunits", "allowing", "double", "labeling", "using", "subtype", "specific", "markers", "to", "be", "performed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "summary", ",", "we", "have", "developed", "a", "useful", "collection", "of", "antibod", "ie", "##s", "that", "would", "be", "useful", "for", "identification", "of", "stem", "cell", "characteristics", "and", "assessment", "of", "differentiation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "several", "additional", "antibod", "ie", "##s", "to", "the", "molecules", "that", "have", "been", "identified", "as", "potential", "cell", "lineage", "markers", "[", "13", "]", "are", "currently", "under", "development", "using", "the", "same", "approach", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cloning", "and", "expression", "of", "brachy", "##ury", ",", "dpp", "##a5", ",", "cd", "##9", ",", "e", "-", "cadherin", ",", "gata", "##1", ",", "gata", "##6", ",", "nanog", ",", "oct", "##3", "/", "4", ",", "pdx", "-", "1", ",", "pod", "##xl", ",", "sox2", "and", "sox", "##17", "##bra", "##ch", "##y", "##ury", "(", "aa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1", "–", "202", ")", ",", "dpp", "##a5", "(", "a", ".", "a", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1", "–", "116", ")", ",", "gata", "##1", "(", "a", ".", "a", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1", "–", "413", ")", ",", "gata", "##6", "(", "aa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1", "–", "449", ")", ",", "nanog", "(", "aa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "153", "–", "305", ")", ",", "oct", "##3", "/", "4", "(", "aa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1", "–", "265", ")", ",", "pdx", "-", "1", "(", "aa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "1", "–", "283", ")", ",", "sox2", "(", "aa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "135", "–", "317", ")", "and", "sox", "##17", "(", "aa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "177", "–", "414", ")", "were", "expressed", "in", "e", ".", "coli", "and", "extracellular", "domains", "of", "cd", "##9", ",", "e", "-", "cadherin", ",", "pod", "##xl", "were", "expressed", "in", "mouse", "ns", "##o", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "all", "proteins", "were", "purified", "and", "sequenced", "before", "they", "were", "used", "as", "antigens", "for", "immunizations", "and", "as", "substrate", "for", "antibod", "y", "screening", "and", "subcl", "##oning", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "production", "and", "purification", "of", "antibod", "ie", "##sal", "##l", "monoclonal", "antibod", "ie", "##s", "were", "derived", "from", "fusions", "of", "mouse", "myeloma", "with", "b", "cells", "obtained", "from", "balb", "/", "c", "mice", "which", "had", "been", "immunized", "with", "purified", "antigen", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "igg", "fraction", "of", "the", "culture", "supernatant", "was", "purified", "by", "protein", "g", "affinity", "chromatography", "(", "sigma", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "panel", "of", "antibod", "ie", "##s", "was", "screened", "and", "selected", "for", "their", "abilities", "to", "detect", "purified", "recombinant", "antigen", "in", "direct", "elisa", "and", "western", "blot", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "polyclonal", "antibod", "ie", "##s", "were", "derived", "from", "sera", "of", "goats", "which", "had", "been", "immunized", "and", "boost", "it", "with", "purified", "antigen", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "antibod", "y", "was", "purified", "from", "the", "sera", "by", "an", "antigen-affinity", "chromatography", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "and", "cell", "culture", "##hu", "##man", "caco", "-", "2", ",", "mg", "-", "63", ",", "mcf", "-", "7", ",", "nt", "##era", "-", "2", "and", "mouse", "d3", "cells", "were", "purchased", "from", "american", "type", "culture", "collection", "(", "atcc", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellType", "B-CellLine", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "cultured", "according", "to", "the", "atcc", "instructions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "information", "regarding", "human", "es", "cell", "line", "hsf", "-", "6", "(", "nih", "code", "uc", "##06", ")", "can", "be", "obtained", "at", "the", "website", "[", "14", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "undifferentiated", "human", "es", "cells", "were", "cultured", "according", "to", "the", "protocol", "provided", "by", "the", "university", "of", "california", ",", "san", "francisco", "in", "human", "es", "culture", "medium", "[", "dmem", "supplemented", "with", "20", "%", "knockout", "serum", "replacement", "(", "invitrogen", ")", "and", "5", "ng", "/", "ml", "of", "bfgf", "(", "r", "&", "d", "systems", ")", "]", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "induce", "formation", "of", "embryo", "##id", "bodies", "(", "ebs", ")", ",", "es", "colonies", "were", "harvested", ",", "separated", "from", "the", "mef", "feeder", "cells", "by", "gravity", ",", "gently", "resuspended", "in", "es", "culture", "medium", "and", "transferred", "to", "non", "-", "adherent", "suspension", "culture", "dishes", "(", "corning", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "unless", "otherwise", "noted", ",", "ebs", "derived", "from", "human", "es", "cell", "aggregates", "were", "cultured", "for", "8", "days", "in", "es", "culture", "medium", "deprived", "of", "bfgf", "and", "used", "for", "analysis", "by", "immunoh", "is", "##to", "##chem", "##istry", "as", "described", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "western", "blot", "##cell", "##s", "are", "solubilized", "in", "hot", "2×", "sds", "gel", "sample", "buffer", "(", "20", "mm", "dithioth", "re", "##itol", ",", "6", "%", "sds", ",", "0", ".", "25", "m", "tris", ",", "ph", "6", ".", "8", ",", "10", "%", "glycerol", ",", "10", "mm", "naf", "and", "bromo", "##phen", "##yl", "blue", ")", "at", "2", "×", "106", "per", "ml", ".", "the", "extracts", "are", "heated", "in", "a", "boiling", "water", "bath", "for", "5", "minutes", "and", "sonicate", "d", "with", "a", "probe", "sonic", "##ator", "with", "3", "–", "4", "bursts", "of", "5", "–", "10", "seconds", "each", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "samples", "are", "diluted", "with", "1×", "sds", "sample", "buffer", "to", "the", "desired", "loading", "of", "1", "–", "5", "×", "103", "per", "lane", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lysates", "were", "resolved", "by", "sds", "-", "page", ",", "transferred", "to", "immobil", "##on", "-", "p", "membrane", ",", "and", "immunoblotted", "with", "0", ".", "5", "μg", "/", "ml", "primary", "abs", "as", "described", "in", "r", "&", "d", "systems", "website", "[", "15", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immunoh", "is", "##to", "##chem", "##istry", "antibod", "ie", "##s", "were", "used", "with", "the", "appropriate", "secondary", "reagents", "at", "a", "concentration", "of", "5", "to", "10", "μg", "/", "ml", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "or", "sections", "of", "ebs", "were", "fixed", "with", "4", "%", "paraformaldehyde", "in", "pbs", "at", "room", "temperature", "for", "20", "min", ",", "then", "blocked", "and", "permeabilized", "with", "0", ".", "1", "%", "trit", "on", "x", "-", "100", ",", "1", "%", "bsa", ",", "10", "%", "normal", "donkey", "serum", "in", "pbs", "at", "room", "temperature", "for", "45", "min", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "blocking", ",", "cells", "were", "incubated", "with", "diluted", "primary", "antibod", "y", "overnight", "at", "4°c", "followed", "by", "coupled", "anti-mouse", "or", "anti-goat", "igg", "(", "molecular", "probes", ")", "at", "room", "temperature", "in", "the", "dark", "for", "an", "hour", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "between", "each", "step", "cells", "were", "washed", "with", "pbs", "with", "0", ".", "1", "%", "bsa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "rt", "-", "pcr", "##to", "##tal", "rna", "was", "extracted", "from", "ebs", "using", "trizol", "ls", "(", "invitrogen", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cdna", "was", "synthesized", "by", "using", "superscript", "ii", "reverse", "transcriptase", "(", "invitrogen", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'", "s", "recommendations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "pcr", "primers", "are", "available", "upon", "request", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "flow", "cytometry", "antibod", "ie", "##s", "were", "prepared", "at", "the", "concentration", "of", "0", ".", "1", "mg", "/", "ml", ".", "10", "μl", "of", "the", "stock", "solution", "was", "added", "to", "1", "–", "2", ".", "5", "×", "105", "cells", "in", "a", "total", "reaction", "volume", "not", "exceeding", "200", "μl", ".", "the", "sample", "was", "then", "incubated", "for", "20", "min", "at", "2", "–", "8", "°c", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "following", "incubation", ",", "excess", "antibod", "y", "was", "removed", "by", "washing", "cells", "twice", "with", "facs", "buffer", "(", "2", "%", "fcs", "and", "0", ".", "1", "%", "sodium", "azide", "in", "hank", "'", "s", "buffer", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "wash", ",", "cells", "were", "resusp", "##end", "in", "200", "μl", "of", "facs", "buffer", "and", "the", "binding", "of", "unlabeled", "monoclonal", "antibod", "ie", "##s", "was", "visualized", "by", "adding", "10", "μl", "of", "a", "25", "μg", "/", "ml", "stock", "solution", "of", "a", "secondary", "developing", "reagent", "such", "as", "goat", "anti-mouse", "igg", "conjugated", "to", "a", "fluorochrome", "for", "20", "min", "at", "2", "–", "8", "##°c", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "following", "incubation", ",", "cells", "were", "washed", "once", "with", "facs", "buffer", ",", "once", "with", "pbs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "wash", ",", "cells", "were", "resusp", "##end", "in", "400", "μl", "of", "pbs", "and", "analyzed", "on", "a", "facs", "##can", "##t", "flow", "cytometer", "(", "becton", "-", "dickinson", ",", "mountain", "view", ",", "ca", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "five", "thousand", "events", "were", "collected", "and", "analyzed", "using", "cell", "quest", "software", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[]