Datasets:
OTAR3088
/
Variants_IOB-V2

Dataset card Data Studio Files
xet
 Community
1
words
listlengths
1
201
labels
listlengths
1
201
[ "(", "c", ")", "Binding", "assay", "was", "performed", "as", "in", "(", "a", ")", "using", "haem", "-", "bound", "FLAG", "-", "PGRMC1", "wt", "and", "CYP1A2", "with", "or", "without", "RuCl3", "and", "CORM3", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "(", "d", ")", "Schematic", "illustration", "of", "doxorubicin", "metabolism", "is", "shown", "on", "the", "left", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Schematic", "diagram", "for", "the", "regulation", "of", "PGRMC1", "functions", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Apo", "-", "PGRMC1", "exists", "as", "an", "inactive", "monomer", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "On", "binding", "to", "haem", ",", "PGRMC1", "forms", "a", "dimer", "through", "stacking", "interactions", "between", "the", "haem", "moieties", ",", "which", "enables", "PGRMC1", "to", "interact", "with", "EGFR", "and", "cytochromes", "P450", ",", "leading",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Apo", "form", "Haem", "-", "bound", "form", "Mass", "(", "Da", ")", "Mass", "(", "Da", ")", "aPGRMC1", "wt", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "ESI", "-", "MS", "β€”", "17", ",", "844", ".", "14", "β€”", "36", ",", "920", ".", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Differences", "in", "molecular", "weights", "of", "the", "wild", "-", "type", "(", "wt", ";", "a", ")", "and", "the", "C129S", "mutant", "(", "b", ")", "PGRMC1", "proteins", "in", "the", "absence", "(", "apo", "form", ")", "or", "the", "presence", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "protein", "sizes", "of", "the", "wt", "and", "C129S", "PGRMC1", "cytosolic", "domains", "(", "a", ".", "a", ".", "44", "–", "195", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "haem", "were", "estimated", "by", "ESI", "-", "MS", ",", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-mutant", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Hotspot", "autoimmune", "T", "cell", "receptor", "binding", "underlies", "pathogen", "and", "insulin", "peptide", "cross", "-", "reactivity" ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "the", "mechanisms", "that", "allow", "the", "clonal", "T", "cell", "antigen", "receptor", "(", "TCR", ")", "to", "functionally", "engage", "multiple", "peptide", "–", "major", "histocompatibility", "complexes", "(", "pMHC", ")", "are", "unclea...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "studied", "multiligand", "discrimination", "by", "a", "human", ",", "preproinsulin", "reactive", ",", "MHC", "class", "-", "I", "–", "restricted", "CD8", "+", "T", "cell", "clone", "(", "1E6", ")", "that", "can", "recognize", "over", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "generated", "high", "-", "resolution", "structures", "of", "the", "1E6", "TCR", "bound", "to", "7", "altered", "peptide", "ligands", ",", "including", "a", "pathogen", "-", "derived", "peptide", "that", "was", "an", "order", "of", "magnitude", "more",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Evaluation", "of", "these", "structures", "demonstrated", "that", "binding", "was", "stabilized", "through", "a", "conserved", "lock", "-", "and", "-", "key", "–", "like", "minimal", "binding", "footprint", "that", "enables", "1E6", "TCR", "to", "tolerate", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Highly", "potent", "antigens", "of", "the", "1E6", "TCR", "engaged", "with", "a", "strong", "antipathogen", "-", "like", "binding", "affinity", ";", "this", "engagement", "was", "governed", "though", "an", "energetic", "switch", "from", "an", "enthalpically", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "ability", "is", "required", "to", "enable", "the", "estimated", "25", "million", "distinct", "TCRs", "expressed", "in", "humans", "to", "provide", "effective", "immune", "coverage", "against", "all", "possible", "foreign", "peptide", "antigens", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Several", "mechanisms", ",", "by", "which", "TCRs", "could", "bind", "to", "a", "large", "number", "of", "different", "peptide", "-", "MHC", "(", "pMHC", "),", "have", "been", "proposed", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Both", "MHC", "and", "peptide", "have", "also", "been", "shown", "to", "undergo", "structural", "changes", "upon", "TCR", "binding", ",", "mediating", "an", "induced", "fit", "between", "the", "TCR", "and", "pMHC", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Other", "studies", ",", "mainly", "in", "the", "murine", "system", ",", "have", "demonstrated", "that", "the", "same", "TCR", "can", "interact", "with", "different", "pMHCs", "using", "a", "common", "or", "divergent", "modality", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Recent", "studies", "in", "model", "murine", "systems", "demonstrate", "that", "TCR", "cross", "-", "reactivity", "can", "be", "governed", "by", "recognition", "of", "a", "conserved", "region", "in", "the", "peptide", "that", "allows", "tolerance", "of", "pep...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CD8", "+", "T", "cells", "that", "recognize", "HLA", "-", "A", "*", "0201", "–", "ALWGPDPAAA", "have", "been", "shown", "to", "populate", "insulitic", "lesions", "in", "patients", "with", "type", "1", "diabetes", "(", "T1D", ")." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "demonstrated", "that", "the", "TCR", "from", "the", "1E6", "T", "cell", "clone", "bound", "to", "HLA", "-", "A", "*", "0201", "–", "ALWGPDPAAA", "using", "a", "limited", "footprint", "and", "very", "weak", "binding", "affinity", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "first", "experimental", "evidence", "of", "a", "high", "level", "of", "CD8", "+", "T", "cell", "cross", "-", "reactivity", "in", "a", "human", "autoimmune", "disease", "system", "hinted", "toward", "molecular", "mimicry", "by", "a", "more", "potent"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "solved", "the", "structure", "of", "the", "1E6", "TCR", "with", "7", "altered", "peptide", "ligands", "(", "APLs", ")", "determined", "by", "our", "previously", "published", "combinatorial", "peptide", "library", "(", "CPL", ")", "screeni...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "APLs", "differed", "from", "the", "natural", "preproinsulin", "peptide", "by", "up", "to", "7", "of", "10", "residues", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "also", "solved", "the", "structure", "of", "each", "unligated", "APL", "to", "investigate", "whether", "structural", "changes", "occurred", "before", "or", "after", "binding", "β€”", "which", ",", "combined", "with", "an", "in", "-", "depth", "cellular", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "1E6", "T", "cell", "clone", "recognizes", "APLs", "across", "a", "large", "dynamic", "range", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "have", "previously", "demonstrated", "that", "the", "1E6", "T", "cell", "clone", "can", "recognize", "over", "1", "million", "different", "peptides", "with", "a", "potency", "comparable", "with", ",", "or", "better", "than", ",", "the", "cognate", "pr...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Two", "of", "these", "peptides", ",", "MVWGPDPLYV", "and", "RQFGPDWIVA", "(", "bold", "text", "signifies", "amino", "acids", "that", "are", "different", "from", "the", "index", "preproinsulin", "–", "derived", "sequence", "),", "are", "contained", "within", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Competitive", "functional", "testing", "revealed", "that", "the", "preproinsulin", "-", "derived", "sequence", "ALWGPDPAAA", "was", "one", "of", "the", "least", "potent", "targets", "for", "1E6", ",", "with", "only", "the", "MVWGPDPLYV", "and", "YLGGPDFPTI", "d...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "RQFGPDWIVA", "sequence", "(", "present", "in", "C", ".", "asparagiforme", ")", "activated", "the", "1E6", "T", "cell", "with", "around", "1", "log", "–", "greater", "potency", "compared", "with", "ALWGPDPAAA", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "At", "the", "other", "end", "of", "the", "spectrum", ",", "the", "RQFGPDFPTI", "peptide", "stimulated", "MIP", "-", "1Ξ²", "release", "and", "killing", "by", "1E6", "at", "an", "exogenous", "peptide", "concentration", "2", "–", "3", "logs", "lower", "compa...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "pattern", "of", "peptide", "potency", "was", "closely", "mirrored", "by", "pMHC", "tetramer", "staining", "experiments", "(", "Figure", "1C", "and", "plots", "shown", "in", "Supplemental", "Figure", "1", ";", "supplemental", "material", "available", "onl...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "parallel", "the", "functional", "analysis", ",", "we", "also", "performed", "thermal", "melt", "(", "Tm", ")", "experiments", "using", "synchrotron", "radiation", "circular", "dichroism", "(", "SRCD", ")", "to", "investigate", "the", "stability", "of", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "pattern", "of", "stability", "did", "not", "correlate", "with", "the", "T", "cell", "activation", "or", "tetramer", "staining", "experiments", ",", "indicating", "that", "peptide", "binding", "to", "the", "MHC", "do", "not", "explain", "ligand", "pote...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "1E6", "TCR", "can", "bind", "peptides", "with", "strong", "antipathogen", "-", "like", "affinities", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", ",", "and", "others", ",", "have", "previously", "demonstrated", "that", "antipathogenic", "TCRs", "tend", "to", "bind", "with", "stronger", "affinity", "compared", "with", "self", "-", "reactive", "TCRs", ",", "likely", "a", "consequence", "of", "the", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "First", ",", "the", "1E6", "T", "cell", "could", "still", "functionally", "respond", "to", "peptide", "when", "the", "TCR", "binding", "affinity", "was", "extremely", "weak", ",", "e", ".", "g", ".,", "the", "1E6", "TCR", "binding", "affinity", "for", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Third", ",", "the", "1E6", "TCR", "bound", "to", "A2", "-", "RQFGPDWIVA", "peptide", ",", "within", "the", "C", ".", "asparagiforme", "proteome", ",", "with", "approximately", "4", "-", "fold", "stronger", "affinity", "than", "A2", "-", "ALWGPDPAAA", ",",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "To", "confirm", "the", "affinity", "spread", "detected", "by", "SPR", ",", "and", "to", "evaluate", "whether", "experiments", "performed", "using", "soluble", "molecules", "were", "biologically", "relevant", "to", "events", "at", "the", "T", "cell", "surface", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "agreement", "with", "SPR", "experiments", ",", "the", "range", "of", "2D", "affinities", "we", "detected", "differed", "by", "around", "3", "logs", ",", "with", "the", "A2", "-", "MVWGPDPLYV", "generating", "the", "weakest", "2D", "affinity", "(", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Of", "note", ",", "these", "data", "demonstrate", "a", "close", "agreement", "between", "the", "3D", "affinity", "values", "generated", "using", "SPR", "and", "2D", "affinity", "values", "generated", "using", "adhesion", "frequency", "assays", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "All", "structures", "were", "solved", "in", "space", "group", "P1", "to", "2", "–", "3", "Γ…", "resolution", "with", "crystallographic", "Rwork", "/", "Rfree", "ratios", "within", "accepted", "limits", "as", "shown", "in", "the", "theoretically", "expected", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "1E6", "TCR", "used", "a", "very", "similar", "overall", "binding", "modality", "to", "engage", "all", "of", "the", "APLs", ",", "with", "root", "mean", "square", "deviation", "ranging", "between", "0", ".", "81", "and", "1", ".", "12", "Γ…2", "(...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Overall", ",", "the", "1E6", "TCR", "used", "a", "canonical", "binding", "mode", "to", "engage", "each", "APL", "with", "the", "TCR", "Ξ±", "-", "chain", "positioned", "over", "the", "MHC", "class", "I", "(", "MHCI", ")", "Ξ±2", "-", "helix", "and", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "However", ",", "subtle", "differences", "in", "the", "respective", "interfaces", "were", "apparent", "(", "discussed", "below", ")", "and", "resulted", "in", "altered", "binding", "affinities", "of", "the", "respective", "complexes", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Interactions", "between", "the", "1E6", "TCR", "and", "different", "APLs", "are", "focused", "around", "a", "conserved", "GPD", "peptide", "motif", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "next", "performed", "an", "in", "-", "depth", "atomic", "analysis", "of", "the", "contacts", "between", "the", "1E6", "TCR", "and", "each", "APL", "to", "determine", "the", "structural", "basis", "for", "the", "altered", "T", "cell", "peptide", "sen...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Concomitant", "with", "our", "global", "analysis", "of", "1E6", "TCR", "binding", "to", "the", "APLs", ",", "we", "observed", "a", "common", "interaction", "element", ",", "consistent", "with", "our", "previous", "findings", ",", "that", "utilized", "TCR", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Interactions", "between", "these", "2", "TCR", "and", "3", "peptide", "residues", "accounted", "for", "41", "%–", "50", "%", "of", "the", "total", "contacts", "across", "all", "complexes", "(", "Table", "2", "),", "demonstrating", "the", "conserved", "pepti...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "fixed", "anchoring", "between", "the", "2", "molecules", "was", "important", "for", "stabilization", "of", "the", "TCR", "-", "pMHC", "complex", ",", "as", "β€”", "although", "other", "peptides", "without", "the", "β€˜", "GDP", "’", "motif", "were", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "These", "data", "support", "the", "requirement", "for", "a", "conserved", "interaction", "between", "the", "1E6", "TCR", "and", "the", "GPD", "motif", ",", "as", "we", "observed", "in", "our", "previously", "published", "1E6", "-", "A2", "-", "ALWGPDPAAA", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "the", "1E6", "TCR", "formed", "a", "similar", "overall", "interaction", "with", "each", "APL", ",", "the", "stabilization", "between", "the", "TCR", "and", "the", "GPD", "motif", "enabled", "fine", "differences", "in", "the", "contact", "network",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "For", "example", ",", "the", "1E6", "TCR", "made", "only", "47", "peptide", "contacts", "with", "A2", "-", "MVWGPDPLYV", "(", "KD", "=", "~", "600", "ΞΌM", ")", "compared", "with", "63", "and", "57", "contacts", "with", "A2", "-", "YQFGPDFPIA", "(", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "For", "example", ",", "the", "1E6", "TCR", "made", "64", "peptide", "contacts", "with", "A2", "-", "YLGGPDFPTI", "(", "KD", "=", "~", "400", "ΞΌM", ")", "compared", "with", "43", "contacts", "with", "A2", "-", "RQWGPDPAAV", "(", "KD", "=", "7", ".", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "most", "important", "peptide", "modification", "in", "terms", "of", "generating", "new", "contacts", "was", "peptide", "position", "1", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "have", "previously", "shown", "that", "the", "1E6", "TCR", "uses", "a", "rigid", "lock", "-", "and", "-", "key", "mechanism", "during", "binding", "to", "A2", "-", "ALWGPDPAAA", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "order", "to", "determine", "whether", "any", "of", "the", "APLs", "required", "an", "induced", "fit", "mechanism", "during", "binding", "that", "could", "explain", "the", "difference", "in", "free", "binding", "energy", "(", "Ξ”G", ")", "between", "eac...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "unligated", "A2", "-", "MVWGPDPLYV", "(", "KD", "=", "~", "600", "ΞΌM", ")", "structure", "revealed", "that", "the", "side", "chain", "Tyr9", "swung", "around", "8", "Γ…", "in", "the", "complex", "structure", ",", "subsequently", "making", "contacts"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "This", "movement", "could", "result", "in", "an", "entropic", "penalty", "contributing", "to", "the", "weak", "TCR", "binding", "affinity", "we", "observed", "for", "this", "ligand", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Additional", "small", "movements", "in", "the", "CΞ±", "backbone", "of", "the", "peptide", "around", "peptide", "residue", "Asp6", "were", "apparent", "in", "the", "A2", "-", "YLGGPDFPTI", "(", "KD", "=", "~", "400", "ΞΌM", "),", "A2", "-", "ALWGPDPAAA", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Apart", "from", "the", "case", "of", "A2", "-", "AQWGPDAAA", "(", "KD", "=", "61", ".", "9", "ΞΌM", "),", "these", "observations", "support", "the", "conclusion", "that", "the", "higher", "-", "affinity", "ligands", "required", "less", "conformational", "m...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "MHC", "residue", "Arg65", "that", "forms", "part", "of", "the", "MHC", "restriction", "triad", "(", "Arg65", ",", "Ala69", ",", "and", "Gln155", ")", "played", "a", "central", "role", "in", "TCR", "-", "MHC", "contacts", ",", "with", "Gln155", "playing"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "For", "instance", ",", "contacts", "were", "made", "between", "TCR", "residue", "Val53Ξ²", "and", "MHC", "residue", "Gln72", "in", "all", "APLs", "except", "for", "in", "the", "weakest", "affinity", "ligand", "pair", ",", "1E6", "-", "A2", "-", "MVWGPDPLYV...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Our", "analysis", "of", "the", "contact", "network", "provided", "some", "clues", "that", "could", "explain", "the", "different", "antigen", "potencies", "and", "binding", "affinities", "between", "the", "1E6", "TCR", "and", "the", "different", "APLs", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "overall", "free", "binding", "energies", "(", "Ξ”G", "Β°)", "were", "between", "–", "4", ".", "4", "and", "–", "8", ".", "6", "kcal", "/", "mol", ",", "reflecting", "the", "wide", "range", "of", "TCR", "binding", "affinities", "we", "observed", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "enthalpic", "contribution", "in", "each", "complex", "did", "not", "follow", "a", "clear", "trend", "with", "affinity", ",", "with", "all", "but", "the", "1E6", "-", "A2", "-", "RQFGPDFPTI", "interaction", "(", "Ξ”H", "Β°", "=", "6", ".", "3", "k...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "For", "instance", ",", "the", "A2", "-", "ALWGPDPAAA", ",", "A2", "-", "AQWGPDAAA", ",", "and", "A2", "-", "RQFGPDWIVA", "(", "KD", "=", "~", "208", "ΞΌM", ",", "KD", "=", "61", ".", "9", "ΞΌM", ",", "and", "KD", "=", "44", ".", "4", "ΞΌM", ","...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Furthermore", ",", "the", "structures", "of", "the", "unligated", "pMHCs", "demonstrated", "that", ",", "for", "these", "stronger", "-", "affinity", "ligands", ",", "there", "was", "less", "conformational", "difference", "between", "the", "TCR", "ligated", "pMH...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "potential", "requirement", "for", "a", "larger", "degree", "of", "induced", "fit", "during", "binding", "to", "these", "weaker", "-", "affinity", "ligands", "is", "consistent", "with", "the", "larger", "entropic", "penalties", "observed", "for", "these",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Potential", "epitopes", "for", "1E6", "TCR", "occur", "commonly", "in", "the", "viral", "proteome", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "searched", "a", "database", "of", "over", "1", ",", "924", ",", "572", "unique", "decamer", "peptides", "from", "the", "proteome", "of", "viral", "pathogens", "that", "are", "known", ",", "or", "strongly", "suspected", ",", "to", "infect", "humans",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Three", "hundred", "forty", "-", "two", "of", "these", "decamers", "conformed", "to", "the", "motif", "xxxGPDxxxx", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Of", "these", ",", "53", "peptides", "contained", "the", "motif", "xOxGPDxxxO", ",", "where", "O", "is", "one", "of", "the", "hydrophobic", "amino", "acid", "residues", "A", ",", "V", ",", "I", ",", "L", ",", "M", ",", "Y", ",", "F", ",", "and", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Thus", ",", "there", "are", "many", "pathogen", "-", "encoded", "peptides", "that", "could", "act", "as", "agonists", "for", "the", "1E6", "T", "cell", "beyond", "the", "MVWGPDPLYV", "and", "RQFGPDWIVA", "sequences", "studied", "here", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Extension", "of", "these", "analyses", "to", "include", "the", "larger", "genomes", "of", "bacterial", "pathogens", "would", "be", "expected", "to", "considerably", "increase", "these", "numbers", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "T", "cell", "antigen", "discrimination", "is", "governed", "by", "an", "interaction", "between", "the", "clonally", "expressed", "TCR", "and", "pMHC", ",", "mediated", "by", "the", "chemical", "characteristics", "of", "the", "interacting", "molecules", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "has", "recently", "become", "clear", "that", "TCR", "cross", "-", "reactivity", "with", "large", "numbers", "of", "different", "pMHC", "ligands", "is", "essential", "to", "plug", "holes", "in", "T", "cell", "immune", "coverage", "that", "pathogens", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "notion", "is", "attractive", "because", "the", "CDR", "loops", ",", "which", "form", "the", "TCR", "antigen", "-", "binding", "site", ",", "are", "usually", "the", "most", "flexible", "part", "of", "the", "TCR", "and", "have", "the", "ability", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notably", "among", "these", "studies", ",", "Garcia", "and", "colleagues", "recently", "used", "the", "alloreactive", "murine", "TCR", "-", "MHC", "pair", "of", "the", "42F3", "TCR", "and", "H2", "-", "Ld", "to", "demonstrate", "recognition", "of", "a", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Sethi", "and", "colleagues", "recently", "demonstrated", "that", "the", "MHCII", "-", "restricted", "Hy", ".", "1B11", "TCR", ",", "which", "was", "isolated", "from", "a", "patient", "with", "multiple", "sclerosis", ",", "could", "anchor", "into", "a", "dee...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "First", ",", "we", "currently", "know", "nothing", "about", "how", "human", "MHCI", "–", "restricted", "TCRs", "mediate", "cross", "-", "reactivity", "in", "the", "context", "of", "a", "clinically", "relevant", "model", "of", "autoimmunity", ",", "thought", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "investigated", "a", "highly", "cross", "-", "reactive", "MHCI", "-", "restricted", "TCR", "isolated", "from", "a", "patient", "with", "T1D", "that", "recognizes", "an", "HLA", "-", "A", "*", "0201", "–", "restricted", "preproinsulin", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Human", "CD8", "+", "T", "cell", "clones", "expressing", "TCRs", "with", "this", "specificity", "mediate", "the", "destruction", "of", "Ξ²", "cells", ",", "have", "been", "found", "in", "islets", "early", "in", "infection", ",", "and", "are", "proposed", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "solved", "the", "structure", "of", "the", "1E6", "TCR", "with", "7", "APLs", "to", "enable", "a", "comprehensive", "analysis", "of", "the", "molecular", "basis", "of", "TCR", "degeneracy", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Overall", ",", "the", "difference", "in", "antigen", "potency", "correlated", "well", "with", "the", "binding", "energy", "(", "Ξ”G", "Β°", "kcal", "/", "mol", ")", "of", "the", "1E6", "TCR", "for", "the", "different", "epitopes", ",", "which", "ranged", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "The", "weaker", "end", "of", "this", "spectrum", "extends", "our", "understanding", "of", "the", "limits", "in", "which", "T", "cells", "can", "functionally", "operate", "in", "terms", "of", "TCR", "3D", "binding", "affinity", "and", "is", "in", "line", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Previous", "studies", "of", "autoreactive", "TCRs", "have", "shown", "that", "their", "binding", "mode", "is", "generally", "atypical", ",", "either", "due", "to", "an", "unusual", "binding", "manner", ",", "weak", "TCR", "binding", "affinity", ",", "an", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "data", "demonstrate", "the", "potential", "for", "an", "autoreactive", "TCR", "to", "bind", "with", "a", "conventional", "binding", "mode", "to", "a", "stable", "pMHC", "with", "antipathogen", "-", "like", "affinity", "(", "KD", "=", "0", ".", "5",...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "structural", "analysis", "revealed", "that", "the", "1E6", "TCR", "bound", "with", "a", "conserved", "conformation", "across", "all", "APLs", "investigated", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "binding", "orientation", "was", "mediated", "through", "a", "focused", "interaction", "with", "TCR", "residues", "Tyr97Ξ±", "and", "Trp97Ξ²", "that", "formed", "an", "aromatic", "cap", "over", "a", "central", "β€˜", "GDP", "’", "motif", "that", "was", "...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "have", "previously", "demonstrated", "the", "importance", "of", "the", "GPD", "motif", "using", "a", "peptide", "library", "scan", ",", "as", "well", "as", "a", "CPL", "scan", "approach", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "hotspot", "binding", ",", "defined", "as", "a", "localized", "cluster", "of", "interactions", "that", "dominate", "binding", "energy", "during", "protein", "-", "protein", "interactions", ",", "has", "been", "previously", "shown", "to", "contribute", "t...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Alternatively", ",", "interactions", "between", "the", "TCR", "and", "peptide", "have", "been", "shown", "to", "dominate", "the", "energetic", "landscape", "during", "ligand", "engagement", ",", "ensuring", "that", "T", "cells", "retain", "peptide", "specificity"...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "findings", "are", "also", "analogous", "to", "the", "observed", "binding", "mode", "of", "the", "Hy", ".", "1B11", "TCR", ",", "in", "which", "one", "aromatic", "residue", "of", "the", "TCR", "CDR3Ξ±", "loop", "anchored", "into", "a", "pocket", ...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "both", "of", "these", "examples", ",", "self", "-", "recognition", "is", "mediated", "by", "TCR", "residues", "with", "aromatic", "side", "chains", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Despite", "some", "weak", "statistical", "correlation", "between", "the", "surface", "complementarity", "(", "SC", ")", "and", "affinity", ",", "closer", "inspection", "of", "the", "interface", "revealed", "no", "obvious", "structural", "signature", "that", "coul...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "similar", "to", "our", "findings", "in", "other", "systems", ",", "modifications", "to", "residues", "outside", "of", "the", "canonical", "central", "peptide", "bulge", "were", "important", "for", "generating", "new", "interactions", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "example", ",", "all", "of", "the", "stronger", "ligands", "encoded", "larger", "side", "chains", "(", "Arg", "or", "Tyr", ")", "at", "peptide", "position", "1", "that", "enabled", "new", "interactions", "with", "1E6", "not", "present", "with", "the...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "have", "recently", "demonstrated", "how", "a", "suboptimal", "position", "2", "anchor", "in", "a", "melanoma", "-", "derived", "antigen", "can", "improve", "TCR", "binding", "through", "a", "similar", "mechanism", "." ]
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "results", "challenge", "the", "notion", "that", "the", "most", "potent", "peptide", "antigens", "exhibit", "the", "greatest", "pMHC", "stability", "and", "have", "implications", "for", "the", "design", "of", "anchor", "residue", "–", "modified", "heter...
[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]