OTAR3088/Variants_IOB-V2 · Datasets at Hugging Face

words listlengths 1 201	labels listlengths 1 201
[ "The", "overall", "architecture", "of", "the", "parallel", "GTPase", "domain", "dimer", "of", "Irga6", "is", "related", "to", "that", "of", "other", "dynamin", "and", "septin", "superfamily", "proteins", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Irga6", "immunity", "-", "related", "GTPase", "6", ",", "GMPPNP", "5", "'-", "guanylyl", "imidodiphosphate", ",", "GTP", "guanosine", "-", "triphosphate", ",", "BDLP", "bacterial", "dynamin", "like", "protein", ",", "GIMAP2", ",", "GTPase", "of", "immunity", "associated", "protein", "2" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "buried", "surface", "area", "per", "molecule", "(", "BSA", ")", "of", "the", "G", "interface", "in", "Irga6", "is", "relatively", "small", "(", "470", "Å2", ")", "compared", "to", "that", "of", "other", "dynamin", "superfamily", "members", ",", "such", "as", "dynamin", "(", "BSA", ":", "1400", "Å2", "),", "atlastin", "(", "BSA", ":", "820", "Å2", "),", "GBP", "-", "1", "(", "BSA", ":", "2060", "Å2", "),", "BDLP", "(", "BSA", ":", "2300", "Å2", ")", "or", "the", "septin", "-", "related", "GTPase", "of", "immunity", "associated", "protein", "2", "(", "GIMAP2", ")", "(", "BSA", ":", "590", "Å2", ")", "(", "Fig", ".", "2", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "the", "relative", "orientations", "of", "the", "GTPase", "domains", "in", "these", "dimers", "are", "strikingly", "similar", ",", "and", "the", "same", "elements", ",", "such", "as", "switch", "I", ",", "switch", "II", ",", "the", "trans", "activating", "and", "G4", "loops", "are", "involved", "in", "the", "parallel", "dimerization", "mode", "in", "all", "of", "these", "GTPase", "families", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "IRG", "proteins", "are", "crucial", "mediators", "of", "the", "innate", "immune", "response", "in", "mice", "against", "a", "specific", "subset", "of", "intracellular", "pathogens", ",", "all", "of", "which", "enter", "the", "cell", "to", "form", "a", "membrane", "-", "bounded", "vacuole", "without", "engagement", "of", "the", "phagocytic", "machinery", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "members", "of", "the", "dynamin", "superfamily", ",", "IRGs", "oligomerize", "at", "cellular", "membranes", "in", "response", "to", "GTP", "binding", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Oligomerization", "and", "oligomerization", "-", "induced", "GTP", "hydrolysis", "are", "thought", "to", "induce", "membrane", "remodeling", "events", "ultimately", "leading", "to", "disruption", "of", "the", "PVM", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Recent", "structural", "and", "mechanistic", "analyses", "have", "begun", "to", "unravel", "the", "molecular", "basis", "for", "the", "membrane", "-", "remodeling", "activity", "and", "mechano", "-", "chemical", "function", "of", "some", "members", "(", "reviewed", "in", ")." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "for", "other", "dynamin", "superfamily", "members", "such", "as", "IRGs", ",", "the", "molecular", "basis", "for", "GTP", "hydrolysis", "and", "the", "exact", "role", "of", "the", "mechano", "-", "chemical", "function", "are", "still", "unclear", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Such", "a", "low", "affinity", "interaction", "mode", "may", "allow", "reversibility", "of", "oligomerization", "following", "GTP", "hydrolysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Similar", "low", "affinity", "G", "interface", "interactions", "were", "reported", "for", "dynamin", "and", "MxA", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "dimerization", "mode", "is", "strikingly", "different", "from", "the", "previously", "proposed", "anti", "-", "parallel", "model", "that", "was", "based", "on", "the", "crystal", "structure", "of", "the", "signal", "recognition", "particle", "GTPase", ",", "SRP54", "and", "its", "homologous", "receptor", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "the", "G", "dimer", "interface", "is", "reminiscent", "of", "the", "GTPase", "domain", "dimers", "observed", "for", "several", "other", "dynamin", "superfamily", "members", ",", "such", "as", "dynamin", ",", "GBP1", ",", "atlastin", ",", "and", "BDLP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "was", "recently", "shown", "that", "septin", "and", "septin", "-", "related", "GTPases", ",", "such", "as", "the", "Tocs", "GTPases", "or", "GTPases", "of", "immunity", "related", "proteins", "(", "GIMAPs", "),", "also", "employ", "a", "GTP", "-", "dependent", "parallel", "dimerization", "mode", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Importantly", ",", "our", "analysis", "indicates", "that", "IRGs", "are", "not", "outliers", ",", "but", "bona", "-", "fide", "representatives", "of", "the", "dynamin", "superfamily", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Whereas", "the", "overall", "dimerization", "mode", "is", "similar", "in", "septin", "and", "dynamin", "GTPases", ",", "family", "-", "specific", "differences", "in", "the", "G", "interface", "and", "the", "oligomerization", "interfaces", "exist", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "example", ",", "the", "involvement", "of", "the", "2", "’", "and", "3", "’-", "OH", "groups", "of", "the", "ribose", "in", "the", "dimerization", "interface", "of", "Irga6", "has", "not", "been", "observed", "for", "other", "dynamin", "and", "septin", "superfamily", "members", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "surface", "-", "exposed", "location", "of", "the", "ribose", "in", "the", "Irga6", "structure", ",", "with", "a", "wide", "-", "open", "nucleotide", "-", "binding", "pocket", ",", "facilitates", "its", "engagement", "in", "the", "dimerization", "interface", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "contact", ",", "in", "turn", ",", "appears", "to", "activate", "GTP", "hydrolysis", "by", "inducing", "rearrangements", "in", "switch", "I", "and", "the", "positioning", "of", "the", "catalytic", "E106", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "dynamin", ",", "the", "corresponding", "serine", "residue", "coordinates", "a", "sodium", "ion", "that", "is", "crucial", "for", "GTP", "hydrolysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Higher", "resolution", "structures", "of", "the", "Irga6", "dimer", "in", "the", "presence", "of", "a", "transition", "state", "analogue", "are", "required", "to", "show", "whether", "Gly79", "directly", "participates", "in", "GTP", "hydrolysis", "or", "whether", "it", "may", "also", "position", "a", "catalytic", "cation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "dynamin", ",", "further", "assembly", "sites", "are", "provided", "by", "the", "helical", "domains", "which", "assemble", "in", "a", "criss", "-", "cross", "fashion", "to", "form", "a", "helical", "filament", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "dynamin", "-", "related", "Eps15", "homology", "domain", "containing", "proteins", "(", "EHDs", "),", "a", "second", "assembly", "interface", "is", "present", "in", "the", "GTPase", "domain", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Further", "structural", "studies", ",", "especially", "electron", "microscopy", "analysis", "of", "the", "Irga6", "oligomers", ",", "are", "required", "to", "clarify", "the", "assembly", "mode", "via", "the", "helical", "domains", "and", "to", "show", "how", "these", "interfaces", "cooperate", "with", "the", "G", "interface", "to", "mediate", "the", "regulated", "assembly", "on", "a", "membrane", "surface", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Notably", ",", "we", "did", "not", "observe", "major", "rearrangements", "of", "the", "helical", "domain", "versus", "the", "GTPase", "domain", "in", "the", "Irga6", "molecules", "that", "dimerized", "via", "the", "G", "interface", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "a", "manner", "similar", "to", "BDLP", ",", "such", "large", "-", "scale", "conformational", "changes", "may", "be", "induced", "by", "membrane", "binding", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "structural", "analysis", "and", "the", "identification", "of", "the", "G", "-", "interface", "paves", "the", "way", "for", "determining", "the", "specific", "assembly", "of", "Irga6", "into", "a", "membrane", "-", "associated", "scaffold", "as", "the", "prerequisite", "to", "understand", "its", "action", "as", "an", "anti", "-", "parasitic", "machine", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "study", "indicates", "that", "Irg", "proteins", "dimerize", "via", "the", "G", "interface", "in", "a", "parallel", "head", "-", "to", "-", "head", "fashion", "thereby", "facilitating", "GTPase", "activation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "findings", "contribute", "to", "a", "molecular", "understanding", "of", "the", "anti", "-", "parasitic", "action", "of", "the", "Irg", "protein", "family", "and", "suggest", "that", "Irgs", "are", "bona", "-", "fide", "members", "of", "the", "dynamin", "superfamily", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "overall", "architecture", "of", "the", "parallel", "GTPase", "domain", "dimer", "of", "Irga6", "is", "related", "to", "that", "of", "other", "dynamin", "and", "septin", "superfamily", "proteins", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Irga6", "immunity", "-", "related", "GTPase", "6", ",", "GMPPNP", "5", "'-", "guanylyl", "imidodiphosphate", ",", "GTP", "guanosine", "-", "triphosphate", ",", "BDLP", "bacterial", "dynamin", "like", "protein", ",", "GIMAP2", ",", "GTPase", "of", "immunity", "associated", "protein", "2" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "buried", "surface", "area", "per", "molecule", "(", "BSA", ")", "of", "the", "G", "interface", "in", "Irga6", "is", "relatively", "small", "(", "470", "Å2", ")", "compared", "to", "that", "of", "other", "dynamin", "superfamily", "members", ",", "such", "as", "dynamin", "(", "BSA", ":", "1400", "Å2", "),", "atlastin", "(", "BSA", ":", "820", "Å2", "),", "GBP", "-", "1", "(", "BSA", ":", "2060", "Å2", "),", "BDLP", "(", "BSA", ":", "2300", "Å2", ")", "or", "the", "septin", "-", "related", "GTPase", "of", "immunity", "associated", "protein", "2", "(", "GIMAP2", ")", "(", "BSA", ":", "590", "Å2", ")", "(", "Fig", ".", "2", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "relative", "orientations", "of", "the", "GTPase", "domains", "in", "these", "dimers", "are", "strikingly", "similar", ",", "and", "the", "same", "elements", ",", "such", "as", "switch", "I", ",", "switch", "II", ",", "the", "trans", "activating", "and", "G4", "loops", "are", "involved", "in", "the", "parallel", "dimerization", "mode", "in", "all", "of", "these", "GTPase", "families", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "IRG", "proteins", "are", "crucial", "mediators", "of", "the", "innate", "immune", "response", "in", "mice", "against", "a", "specific", "subset", "of", "intracellular", "pathogens", ",", "all", "of", "which", "enter", "the", "cell", "to", "form", "a", "membrane", "-", "bounded", "vacuole", "without", "engagement", "of", "the", "phagocytic", "machinery", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "members", "of", "the", "dynamin", "superfamily", ",", "IRGs", "oligomerize", "at", "cellular", "membranes", "in", "response", "to", "GTP", "binding", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Oligomerization", "and", "oligomerization", "-", "induced", "GTP", "hydrolysis", "are", "thought", "to", "induce", "membrane", "remodeling", "events", "ultimately", "leading", "to", "disruption", "of", "the", "PVM", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Recent", "structural", "and", "mechanistic", "analyses", "have", "begun", "to", "unravel", "the", "molecular", "basis", "for", "the", "membrane", "-", "remodeling", "activity", "and", "mechano", "-", "chemical", "function", "of", "some", "members", "(", "reviewed", "in", ")." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "for", "other", "dynamin", "superfamily", "members", "such", "as", "IRGs", ",", "the", "molecular", "basis", "for", "GTP", "hydrolysis", "and", "the", "exact", "role", "of", "the", "mechano", "-", "chemical", "function", "are", "still", "unclear", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Such", "a", "low", "affinity", "interaction", "mode", "may", "allow", "reversibility", "of", "oligomerization", "following", "GTP", "hydrolysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similar", "low", "affinity", "G", "interface", "interactions", "were", "reported", "for", "dynamin", "and", "MxA", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "dimerization", "mode", "is", "strikingly", "different", "from", "the", "previously", "proposed", "anti", "-", "parallel", "model", "that", "was", "based", "on", "the", "crystal", "structure", "of", "the", "signal", "recognition", "particle", "GTPase", ",", "SRP54", "and", "its", "homologous", "receptor", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "G", "dimer", "interface", "is", "reminiscent", "of", "the", "GTPase", "domain", "dimers", "observed", "for", "several", "other", "dynamin", "superfamily", "members", ",", "such", "as", "dynamin", ",", "GBP1", ",", "atlastin", ",", "and", "BDLP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "was", "recently", "shown", "that", "septin", "and", "septin", "-", "related", "GTPases", ",", "such", "as", "the", "Tocs", "GTPases", "or", "GTPases", "of", "immunity", "related", "proteins", "(", "GIMAPs", "),", "also", "employ", "a", "GTP", "-", "dependent", "parallel", "dimerization", "mode", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Importantly", ",", "our", "analysis", "indicates", "that", "IRGs", "are", "not", "outliers", ",", "but", "bona", "-", "fide", "representatives", "of", "the", "dynamin", "superfamily", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Whereas", "the", "overall", "dimerization", "mode", "is", "similar", "in", "septin", "and", "dynamin", "GTPases", ",", "family", "-", "specific", "differences", "in", "the", "G", "interface", "and", "the", "oligomerization", "interfaces", "exist", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "example", ",", "the", "involvement", "of", "the", "2", "’", "and", "3", "’-", "OH", "groups", "of", "the", "ribose", "in", "the", "dimerization", "interface", "of", "Irga6", "has", "not", "been", "observed", "for", "other", "dynamin", "and", "septin", "superfamily", "members", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "surface", "-", "exposed", "location", "of", "the", "ribose", "in", "the", "Irga6", "structure", ",", "with", "a", "wide", "-", "open", "nucleotide", "-", "binding", "pocket", ",", "facilitates", "its", "engagement", "in", "the", "dimerization", "interface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "contact", ",", "in", "turn", ",", "appears", "to", "activate", "GTP", "hydrolysis", "by", "inducing", "rearrangements", "in", "switch", "I", "and", "the", "positioning", "of", "the", "catalytic", "E106", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "dynamin", ",", "the", "corresponding", "serine", "residue", "coordinates", "a", "sodium", "ion", "that", "is", "crucial", "for", "GTP", "hydrolysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Higher", "resolution", "structures", "of", "the", "Irga6", "dimer", "in", "the", "presence", "of", "a", "transition", "state", "analogue", "are", "required", "to", "show", "whether", "Gly79", "directly", "participates", "in", "GTP", "hydrolysis", "or", "whether", "it", "may", "also", "position", "a", "catalytic", "cation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "dynamin", ",", "further", "assembly", "sites", "are", "provided", "by", "the", "helical", "domains", "which", "assemble", "in", "a", "criss", "-", "cross", "fashion", "to", "form", "a", "helical", "filament", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "dynamin", "-", "related", "Eps15", "homology", "domain", "containing", "proteins", "(", "EHDs", "),", "a", "second", "assembly", "interface", "is", "present", "in", "the", "GTPase", "domain", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Further", "structural", "studies", ",", "especially", "electron", "microscopy", "analysis", "of", "the", "Irga6", "oligomers", ",", "are", "required", "to", "clarify", "the", "assembly", "mode", "via", "the", "helical", "domains", "and", "to", "show", "how", "these", "interfaces", "cooperate", "with", "the", "G", "interface", "to", "mediate", "the", "regulated", "assembly", "on", "a", "membrane", "surface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Notably", ",", "we", "did", "not", "observe", "major", "rearrangements", "of", "the", "helical", "domain", "versus", "the", "GTPase", "domain", "in", "the", "Irga6", "molecules", "that", "dimerized", "via", "the", "G", "interface", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "a", "manner", "similar", "to", "BDLP", ",", "such", "large", "-", "scale", "conformational", "changes", "may", "be", "induced", "by", "membrane", "binding", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "structural", "analysis", "and", "the", "identification", "of", "the", "G", "-", "interface", "paves", "the", "way", "for", "determining", "the", "specific", "assembly", "of", "Irga6", "into", "a", "membrane", "-", "associated", "scaffold", "as", "the", "prerequisite", "to", "understand", "its", "action", "as", "an", "anti", "-", "parasitic", "machine", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "study", "indicates", "that", "Irg", "proteins", "dimerize", "via", "the", "G", "interface", "in", "a", "parallel", "head", "-", "to", "-", "head", "fashion", "thereby", "facilitating", "GTPase", "activation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "findings", "contribute", "to", "a", "molecular", "understanding", "of", "the", "anti", "-", "parasitic", "action", "of", "the", "Irg", "protein", "family", "and", "suggest", "that", "Irgs", "are", "bona", "-", "fide", "members", "of", "the", "dynamin", "superfamily", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]