metadata
license: CC0-1.0
tags:
- pdb
- protein
language:
- en
- zh
ProteinMPNN Dataset
数据集描述
ProteinMPNN 训练样例数据集是面向蛋白质序列设计任务的 PDB 派生结构数据。数据目录为 pdb_2021aug02_sample，包含结构索引表、验证和测试 cluster 划分文件，以及按 PDB/chain 组织的 .pt 结构张量文件。
数据集支持的任务
本资源用于 OneScience/ProteinMPNN 模型的训练数据加载验证、调试训练流程和最小数据预检。模型推理通常不需要这个训练数据集。
数据集的格式和结构
| 路径 | 说明 |
|---|---|
pdb_2021aug02_sample/list.csv |
chain 索引，表头为 CHAINID,DEPOSITION,RESOLUTION,HASH,CLUSTER,SEQUENCE |
pdb_2021aug02_sample/valid_clusters.txt |
验证集 cluster 列表 |
pdb_2021aug02_sample/test_clusters.txt |
测试集 cluster 列表 |
pdb_2021aug02_sample/pdb/ |
PDB 派生 .pt 结构张量文件，当前样例包含 870 个 .pt 文件 |
每个链文件通常包含氨基酸序列、原子坐标、mask、温度因子和占有率等字段。
数据集使用方式
文件与下载
hf download --dataset OneScience-Sugon/proteinmpnn --local-dir ./proteinmpnn_dataset
训练调试需要另行准备模型仓库：
hf download --model OneScience-Sugon/ProteinMPNN
数据放置与验证
推荐把下载目录作为数据根目录：
export DATA_ROOT=/path/to/proteinmpnn_dataset
python tools/validate_dataset.py --data-root .
ProteinMPNN 训练脚本示例：
python train/training.py --path_for_training_data "$DATA_ROOT/pdb_2021aug02_sample" --debug true
训练脚本属于兼容模型仓库，不在本数据集仓库内提供。
OneScience 官方信息
| 平台 | OneScience 主仓库 | Skills 仓库 |
|---|---|---|
| Gitee | https://gitee.com/onescience-ai/onescience | https://gitee.com/onescience-ai/oneskills |
| GitHub | https://github.com/onescience-ai/OneScience | https://github.com/onescience-ai/oneskills |
限制与许可证
本数据集为从 wwPDB/PDB biological assemblies 整理转换而来的数据，适用 CC0-1.0许可协议。
限制与许可证
本资源是样例规模数据集，不代表完整 PDB 训练集，主要用于 ProteinMPNN 数据加载、训练调试和流程预检。使用时请引用 ProteinMPNN 相关论文、上游项目和原始 PDB 数据来源，并遵守 ModelScope 平台规则。