Datasets:
Search is not available for this dataset
sample_id int32 0 7.6k | genotype listlengths 178k 178k | phenotypes listlengths 19 19 |
|---|---|---|
0 | [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2(...TRUNCATED) | [
1,
0,
2,
0,
1,
1,
0,
0,
0,
4,
3,
0,
4,
0,
1,
2,
0,
1,
0
] |
1 | [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2(...TRUNCATED) | [
1,
2,
2,
0,
1,
0,
0,
0,
0,
3,
2,
1,
3,
1,
1,
2,
0,
1,
3
] |
2 | [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2(...TRUNCATED) | [
0,
0,
2,
0,
0,
0,
1,
0,
2,
1,
2,
2,
3,
1,
1,
0,
2,
1,
4
] |
3 | [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,-1,-1,2,2,-1,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,0,-1,2,2,-1,2,2,2,-1,2,-1,-1,2,2,2,2,2,2,2,2(...TRUNCATED) | [
1,
2,
2,
0,
1,
2,
2,
0,
2,
2,
3,
2,
3,
1,
1,
0,
4,
0,
4
] |
4 | [2,2,2,2,2,2,2,2,0,0,2,2,0,2,-1,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,(...TRUNCATED) | [
1,
0,
2,
0,
1,
1,
2,
0,
0,
2,
4,
0,
3,
1,
1,
2,
2,
0,
2
] |
5 | [2,0,2,2,0,0,2,0,2,0,2,0,2,2,2,2,0,2,2,2,0,2,2,2,2,0,2,2,2,0,0,2,0,2,2,2,2,0,2,2,2,0,0,2,2,2,2,0,0,2(...TRUNCATED) | [
1,
2,
2,
0,
1,
1,
1,
0,
9,
2,
3,
1,
3,
1,
1,
0,
4,
0,
3
] |
6 | [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,-1,2,2,2,2,2,2,2,2,2,(...TRUNCATED) | [
6,
7,
2,
0,
1,
2,
2,
0,
9,
0,
3,
0,
4,
1,
1,
0,
2,
3,
5
] |
7 | [2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2(...TRUNCATED) | [
1,
0,
2,
0,
1,
1,
1,
0,
0,
2,
3,
2,
3,
1,
1,
2,
2,
0,
6
] |
8 | [2,0,0,0,0,0,0,0,2,0,0,0,2,2,2,0,0,2,-1,0,0,0,2,2,0,0,2,0,2,2,0,0,-1,2,2,0,2,0,2,0,0,0,0,2,0,2,2,0,0(...TRUNCATED) | [
5,
6,
2,
2,
1,
2,
1,
4,
0,
1,
4,
0,
4,
1,
1,
4,
4,
1,
8
] |
9 | [2,2,2,2,2,2,2,2,2,0,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,2,-1,2,2,2,0,2,2,2,(...TRUNCATED) | [
1,
0,
2,
0,
1,
0,
0,
0,
0,
1,
2,
1,
1,
1,
1,
0,
2,
1,
4
] |
End of preview. Expand in Data Studio
OryzaSNPs
Description
OryzaSNPs is a dataset of SNP (Single Nucleotide Polymorphism) genotypes and associated phenotypic traits for Oryza species. The dataset is designed for machine learning, statistical genetics, and genotype–phenotype association studies.
Dataset Structure
Split: train/test
Each row corresponds to one individual (specimen).
genotype (
int8, shape: 177650)
Encoded SNP genotypes across the genomephenotypes (
float32, shape: 19)
Quantitative or encoded categorical traits
Auxiliary: snps
Metadata describing each SNP (shared across all samples).
- chrom: Chromosome identifier
- pos: Normalized genomic position (scaled to [0, 1] within chromosome)
- allele: Encoded allele information
Genotype Encoding
Each SNP genotype is encoded as an integer in the set:
| Value | Meaning |
|---|---|
| -1 | Missing genotype (no reliable call) |
| 0 | Homozygous reference allele |
| 1 | Heterozygous (one reference, one alternate allele) |
| 2 | Homozygous alternate allele |
- Downloads last month
- 21