Docking_project / docs /PL_benchmark_regressor_ablation.md
QPromaQ's picture
Reset repository and upload final project (part 29)
24f6204 verified
|
Raw
History Blame Contribute Delete
2 kB

Benchmark regressor ablation

Po co jest ablation

Celem jest sprawdzenie, czy regresor SCORE wnosi stabilną wartość ponad classifier-only adaptive.

Warianty

  1. classifier_only_no_fallback
  2. classifier_only_union_fallback
  3. classifier_regressor_no_fallback
  4. classifier_regressor_union_fallback
  5. cluster_only_triage
  6. diverse_random_cost_balanced
  7. single_fidelity_cost_balanced

Co porównujemy

  • best filtered score
  • top5 mean filtered score
  • top10 mean filtered score
  • reduction fraction
  • total runs spent
  • optional recall, jeśli reference_mode=sampled

Fixed regressor

Domyślny regresor:

  • nazwa: fixed_score_regressor_v1
  • target: component_sane_affinity_like

To znaczy, że model uczy się nie surowego SCORE, ale przekształconego targetu o poprawnym znaku, zgodnym z tym że niższy SCORE oznacza lepszy wynik.

Jak sprawdzamy znak regresora

Liczone są między innymi:

  • Spearman(predicted_score, observed_score)
  • Spearman(-predicted_score, observed_score)
  • Spearman(predicted_score, -observed_score)
  • Spearman(predicted_affinity_like, observed_affinity_like)

Jeżeli poprawny znak nie daje dodatniego sygnału, regresor nie jest uznawany za przydatny.

Kiedy regresor zostaje

Regresor zostaje tylko wtedy, gdy:

  • poprawia top5_mean_filtered_score
  • poprawia top10_mean_filtered_score
  • poprawa jest stabilna na seedach
  • nie psuje znacząco redukcji lub kosztu

Jeżeli poprawia tylko pojedynczy best hit:

  • REGRESSOR_NOT_PROVEN_USEFUL

Jeżeli poprawia top-k stabilnie:

  • REGRESSOR_ADDS_VALUE

Jak czytać wykresy

  • ablation_best_score_by_strategy.png: najlepszy pojedynczy hit
  • ablation_top5_mean_by_strategy.png: jakość top-5
  • ablation_top10_mean_by_strategy.png: jakość top-10
  • ablation_reduction_vs_top10.png: tradeoff koszt vs jakość
  • regressor_predicted_vs_observed.png: czy regresor ma poprawny trend
  • regressor_target_comparison_spearman.png: czy znak i target są sensowne