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Datasets:
anway
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Spatial-omics-dataset-h5ad

Tasks:
Other
Tags:
biology
spatial-transcriptomics
anndata
single-cell
mouse-embryo
cerebellum
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Dataset card Files
xet
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Spatial-omics-dataset-h5ad / README.md
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anway
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  - other
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  - biology
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  - anndata
  - single-cell
  - mouse-embryo
  - cerebellum
pretty_name: MAGIC-seq and Cerebellum Spatial Transcriptomics Collection
size_categories:
  - 10GB<n<100GB

Dataset Card for Spatial Transcriptomics Collection

Dataset Summary

本数据集汇集了空间转录组领域的两项重要研究数据。所有数据均已转换为标准的 .h5ad (AnnData) 格式，并包含空间坐标信息（adata.obsm['spatial']）。

  1. MAGIC-seq (Nature Genetics, 2024): 提供小鼠发育过程中的全景空间转录组图谱。
  2. Cerebellum Multi-Omics (Cell, 2024): 提供小鼠小脑的多组学空间数据（转录组、蛋白质组、代谢组）。

Dataset Structure

MAGIC-seq Developmental Atlas

文件名 描述 空间分辨率
Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_E17_annotation.h5ad E17.5 胚胎全身切片 (3.4GB) 20 µm
Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P0_annotation.h5ad P0 新生小鼠全身切片 20 µm
Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P4_annotation.h5ad P4 幼鼠全身切片 20 µm

Cerebellum Collection

文件名 类型 描述
Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad 转录组 空间转录组数据 (365MB)
Cerebellum-PLATO.h5ad 蛋白质组 空间蛋白质组数据
Cerebellum-MALDI-MSI.h5ad 代谢组 空间代谢组数据

Usage

你可以直接通过以下方式在 h5adViewer 中加载这些数据。

方法 A: 在网页版直接输入 URL

复制本仓库中文件的 "resolve" 链接，例如： https://huggingface.co/datasets/你的用户名/仓库名/resolve/main/Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad

方法 B: 使用 huggingface_hub 下载

from huggingface_hub import hf_hub_download file_path = hf_hub_download(repo_id="你的用户名/仓库名", filename="Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad", repo_type="dataset")