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license: mit |
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task_categories: |
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- other |
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tags: |
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- biology |
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- spatial-transcriptomics |
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- anndata |
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- single-cell |
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- mouse-embryo |
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- cerebellum |
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pretty_name: MAGIC-seq and Cerebellum Spatial Transcriptomics Collection |
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size_categories: |
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- 10GB<n<100GB |
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# Dataset Card for Spatial Transcriptomics Collection |
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## Dataset Summary |
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本数据集汇集了空间转录组领域的两项重要研究数据。所有数据均已转换为标准的 `.h5ad` (AnnData) 格式，并包含空间坐标信息（`adata.obsm['spatial']`）。 |
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1. **MAGIC-seq (Nature Genetics, 2024)**: 提供小鼠发育过程中的全景空间转录组图谱。 |
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2. **Cerebellum Multi-Omics (Cell, 2024)**: 提供小鼠小脑的多组学空间数据（转录组、蛋白质组、代谢组）。 |
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## Dataset Structure |
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### MAGIC-seq Developmental Atlas |
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| 文件名 | 描述 | 空间分辨率 | |
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| :--- | :--- | :--- | |
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| `Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_E17_annotation.h5ad` | E17.5 胚胎全身切片 (3.4GB) | 20 µm | |
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| `Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P0_annotation.h5ad` | P0 新生小鼠全身切片 | 20 µm | |
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| `Mouse_Embryo_M9_150_20um_adata_P4_annotation.h5ad` | P4 幼鼠全身切片 | 20 µm | |
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### Cerebellum Collection |
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| 文件名 | 类型 | 描述 | |
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| :--- | :--- | :--- | |
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| `Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad` | 转录组 | 空间转录组数据 (365MB) | |
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| `Cerebellum-PLATO.h5ad` | 蛋白质组 | 空间蛋白质组数据 | |
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| `Cerebellum-MALDI-MSI.h5ad` | 代谢组 | 空间代谢组数据 | |
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## Usage |
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你可以直接通过以下方式在 `h5adViewer` 中加载这些数据。 |
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### 方法 A: 在网页版直接输入 URL |
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复制本仓库中文件的 "resolve" 链接，例如： |
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`https://huggingface.co/datasets/你的用户名/仓库名/resolve/main/Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad` |
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### 方法 B: 使用 huggingface_hub 下载 |
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from huggingface_hub import hf_hub_download |
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file_path = hf_hub_download(repo_id="你的用户名/仓库名", filename="Cerebellum-MAGIC-seq.h5ad", repo_type="dataset") |
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