XCell / X-Atlas Orion 发布说明
本目录收录 Xaira Therapeutics X-Atlas/Orion 的两个人源 CRISPRi
Perturb-seq 训练单元。HCT116 与 HEK293T 的实验背景、batch anchor 和 scVI
空间不同，因此始终分别保存、分别建模，不把细胞跨文件混合。
| 训练单元 | 细胞 | Non-Targeting reference | perturbed | gene condition | GEM batch | 基因 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| HCT116, day 7 | 3,409,169 | 165,777 | 3,243,392 | 18,293 | 109 | 38,584 |
| HEK293T, day 7 | 4,534,299 | 218,838 | 4,315,461 | 18,311 | 223 | 38,584 |
| 合计 | 7,943,468 | 384,615 | 7,558,853 | 36,604（逐单元求和） | 332 | — |
| 训练单元 | control centers | perturbed centers | paired | unmatched | 整体压缩 |
|---|---|---|---|---|---|
| HCT116, day 7 | 869 | 25,921 | 25,921 | 0 | 127.25× |
| HEK293T, day 7 | 1,700 | 31,665 | 31,665 | 0 | 135.90× |
| 合计 | 2,569 | 57,586 | 57,586 | 0 | 132.05× |
最终单细胞文件位于 model_ready/genepert/。其 layers["counts"] 是作者
发布的 raw UMI count，X 是逐细胞 CP10K 后 natural log1p。var_names 在
文件内唯一：官方 gene symbol 优先，来源缺失symbol的12,962个feature以Ensembl
gene ID回退；30维per-file scVI表征位于 obsm["X_scVI"]。
供配对训练直接使用的 HVG5000 多中心文件位于 Stage 1 的统一目录：
modeling/control_centers/XCell/genepert/modeling/perturbed_centers/XCell/genepert/
perturbed center 通过 paired_control_index 指向同一训练单元 control 文件的
零基行号。不同 H5AD 的 scVI latent 不共享坐标系，不能跨 HCT116/HEK293T
重新按 latent 距离配对。
数据边界
- 只纳入作者
pass_guide_filter == 1的细胞。 gene_target == "Non-Targeting"是直接来自作者字段的唯一 reference 规则， 不是由条件名正则推测。- perturbed condition 与
target_gene_symbol均为作者发布的官方 gene symbol。 - effect cell 的
target_gene_symbol_status="official_source_gene_symbol"；这表示 来源字段是官方symbol，但使用具体基座模型时仍须检查其是否存在于模型vocab。 sample保存为batch_id；它代表 GEM batch，不被冒充为 biological replicate。每个 batch 均验证有 Non-Targeting anchor。- 两个单元均为 day 7、MOI 0.1；该实验 context 已写入 H5AD 和总 manifest。
- 原始来源许可为 CC BY-NC-SA 4.0；再发布和商用边界必须遵循原许可。
完整转换、断点恢复、scVI、聚类、异质性与 OT 规则见
PROCESSING.md。训练选择和所有文件的权威统计分别以
../manifest/TRAINING_UNITS.tsv、../manifest/SCVI_RUNS.tsv 与
../modeling/manifest/MODELING_UNITS.tsv 为准。