extraordinarylab/bc4chemd · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 2 298	ner_tags listlengths 2 298
[ "Specifically", "associated", "with", "the", "mixture", "treatments", "were", "a", "biotransformation", "phase", "II", "gene", ",", "four", "mitochondrial", "related", "genes", "and", "a", "gene", "involved", "in", "the", "biosynthesis", "of", "antioxidant", "sele...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Membrane", "integrity", "related", "gene", "inductions", "were", "correlated", "with", "the", "single", "phenanthrene", "treatment", "but", "not", "with", "the", "mixtures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Immune", "and", "inflammatory", "response", "assays", "did", "not", "correlate", "with", "any", "of", "the", "mixtures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "results", "suggest", "moderated", "oxidative", "stress", ",", "a", "higher", "mitochondrial", "maintenance", "and", "less", "compromised", "membrane", "function", "in", "the", "mixture", "exposed", "samples", "compared", "to", "the", "separate", "cadmium",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "The", "antagonism", "found", "for", "inhibition", "of", "reproduction", "may", "partially", "originate", "from", "these", "differences", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mechanistic", "studies", "on", "mixture", "toxicity", "can", "ultimately", "aid", "risk", "assessment", "by", "defining", "relevant", "toxicity", "pathways", "in", "organisms", "exposed", "to", "real", "-", "world", "mixture", "exposures", "present", "in", "the",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "High", "Purity", "Isolation", "and", "Quantification", "of", "Semiconducting", "Carbon", "Nanotubes", "via", "Column", "Chromatography", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "isolation", "of", "semiconducting", "carbon", "nanotubes", "(", "CNTs", ")", "to", "ultrahigh", "(", "ppb", ")", "purity", "is", "a", "prerequisite", "for", "their", "integration", "into", "high", "-", "performance", "electronic", "devices", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "a", "method", "employing", "column", "chromatography", "is", "used", "to", "isolate", "semiconducting", "nanotubes", "to", "99", ".", "9", "%", "purity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "study", "finds", "that", "by", "modifying", "the", "solution", "preparation", "step", ",", "both", "the", "metallic", "and", "semiconducting", "fraction", "are", "resolved", "and", "elute", "using", "a", "single", "surfactant", "system", ",", "allowing",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Iterative", "processing", "enables", "a", "far", "more", "rapid", "path", "to", "achieving", "the", "level", "of", "purities", "needed", "for", "high", "performance", "computing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "After", "a", "single", "iteration", ",", "the", "metallic", "peak", "in", "the", "absorption", "spectra", "is", "completely", "attenuated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "absorption", "spectroscopy", "is", "typically", "used", "to", "characterize", "CNT", "purity", ",", "it", "is", "found", "to", "be", "insufficient", "in", "quantifying", "solutions", "of", "high", "purity", "(", ">", "98", "to", "99", "%", ")", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Therefore", ",", "a", "high", "throughput", "electrical", "testing", "method", "was", "developed", "to", "quantify", "the", "degree", "of", "separation", "by", "characterizing", "~", "4000", "field", "-", "effect", "transistors", "fabricated", "from", "the", "s...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "separation", "and", "characterization", "methods", "described", "here", "provide", "a", "path", "to", "produce", "the", "ultrahigh", "purity", "semiconducting", "CNT", "solutions", "needed", "for", "high", "performance", "electronics", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Influence", "of", "gas", "phase", "equilibria", "on", "the", "chemical", "vapor", "deposition", "of", "graphene", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]
[ "We", "have", "investigated", "the", "influence", "of", "gas", "phase", "chemistry", "on", "the", "chemical", "vapor", "deposition", "of", "graphene", "in", "a", "hot", "wall", "reactor", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "new", "extended", "parameter", "space", "for", "graphene", "growth", "was", "defined", "through", "literature", "review", "and", "experimentation", "at", "low", "pressures", "(", ">=", "0", ".", "001", "mbar", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "deposited", "films", "were", "characterized", "by", "scanning", "electron", "microscopy", ",", "Raman", "spectroscopy", ",", "and", "dark", "field", "optical", "microscopy", ",", "with", "the", "latter", "showing", "promise", "as", "a", "rapid", "and", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "The", "equilibrium", "gas", "compositions", "have", "been", "calculated", "across", "this", "parameter", "space", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Correlations", "between", "the", "graphene", "films", "grown", "and", "prevalent", "species", "in", "the", "equilibrium", "gas", "phase", "revealed", "that", "deposition", "conditions", "associated", "with", "a", "high", "acetylene", "equilibrium", "concentration", ...	[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", ...
[ "The", "transition", "between", "lobed", "and", "hexagonal", "graphene", "islands", "was", "found", "to", "be", "linked", "to", "the", "concentration", "of", "the", "monatomic", "hydrogen", "radical", ",", "with", "low", "concentrations", "associated", "with", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "UVA", "Radiation", "Induced", "Ultrafast", "Electron", "Transfer", "from", "a", "Food", "Carcinogen", "Benzo", "[", "a", "]", "pyrene", "to", "Organic", "Molecules", ",", "Biological", "Macromolecules", ",", "and", "Inorganic", "Nano", "Structures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Reactions", "involving", "electron", "transfer", "(", "ET", ")", "and", "reactive", "oxygen", "species", "(", "ROS", ")", "play", "a", "pivotal", "role", "in", "carcinogenesis", "and", "cancer", "biochemistry", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "present", "study", "emphasizes", "UVA", "radiation", "induced", "ET", "reaction", "as", "one", "of", "the", "key", "aspects", "of", "a", "potential", "carcinogen", ",", "benzo", "[", "a", "]", "pyrene", "(", "BP", ")", ",", "in", "the", "presence...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "Steady", "-", "state", "and", "picosecond", "-", "resolved", "fluorescence", "spectroscopy", "have", "been", "used", "to", "monitor", "such", "ET", "reactions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Physical", "consequences", "of", "BP", "association", "with", "CT", "-", "DNA", "have", "been", "investigated", "through", "temperature", "-", "dependent", "circular", "dichroism", "(", "CD", ")", "spectroscopy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "temperature", "-", "dependent", "steady", "-", "state", ",", "picosecond", "-", "resolved", "fluorescence", "lifetime", "and", "anisotropy", "studies", "reveal", "the", "effect", "of", "temperature", "on", "the", "perturbation", "of", "such", "ET", "reac...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "the", "electron", "-", "donating", "property", "of", "BP", "has", "been", "corroborated", "by", "measuring", "wavelength", "-", "dependent", "photocurrent", "in", "a", "BP", "-", "anchored", "ZnO", "NR", "-", "based", "photodevice", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Effect", "of", "sequence", "on", "the", "ionization", "behavior", "of", "a", "series", "of", "amphiphilic", "polypeptides", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "behavior", "of", "five", "polypeptides", "made", "of", "hydrophilic", "and", "pH", "-", "responsive", "aspartic", "acid", "(", "Asp", ")", "and", "hydrophobic", "phenylalanine", "(", "Phe", ")", ",", "which", "had", "been", "prepared", "by", "stitchi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL"...
[ "The", "effect", "of", "pH", "on", "these", "polypeptides", "referred", "to", "as", "(", "Asp3Phe1", ")", "n", ",", "(", "Asp2Phe1", ")", "n", ",", "(", "Asp1Phe1", ")", "n", ",", "(", "Asp1Phe2", ")", "n", ",", "and", "(", "Asp1Phe3", ")", "n", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "more", "hydrophobic", "polypeptides", "(", "Asp1Phe2", ")", "n", "and", "(", "Asp1Phe3", ")", "n", "behaved", "as", "if", "the", "Asp", "'", "s", "were", "isolated", "from", "each", "other", "and", "showed", "an", "apparent", "pKa", "(", "pKa", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "The", "more", "hydrophilic", "polypeptides", "(", "Asp3Phe1", ")", "n", "and", "(", "Asp2Phe1", ")", "n", "behaved", "like", "weak", "polyacids", "showing", "a", "linear", "increase", "in", "pKa", "(", "app", ")", "with", "increasing", "alpha", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "pKa", "(", "app", ")", "of", "(", "Asp1Phe1", ")", "n", "showed", "a", "trend", "as", "a", "function", "of", "alpha", "intermediate", "between", "the", "Asp", "-", "rich", "and", "Phe", "-", "rich", "polypeptides", ",", "behaving", "as", "if", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "The", "effect", "that", "alpha", ",", "and", "thus", "the", "charge", "density", "of", "the", "polypeptides", ",", "had", "on", "the", "collapse", "and", "aggregation", "of", "the", "polypeptides", "was", "characterized", "by", "conducting", "static", "light"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Static", "light", "scattering", "measurements", "demonstrated", "that", "all", "polypeptides", "precipitated", "and", "aggregated", "in", "solution", "at", "a", "critical", "charge", "density", "of", "0", ".", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Fluorescence", "measurements", "with", "pyrene", "indicated", "that", "this", "behavior", "was", "due", "to", "the", "formation", "of", "Phe", "aggregates", "in", "water", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Together", ",", "these", "experiments", "provide", "a", "complete", "description", "of", "how", "pH", "affects", "the", "behavior", "of", "a", "series", "of", "unique", "amphiphilic", "polypeptides", "designed", "with", "a", "well", "-", "defined", "sequence", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Preferential", "adsorption", "and", "activity", "of", "monocomponent", "cellulases", "on", "lignocellulose", "thin", "films", "with", "varying", "lignin", "content", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Understanding", "the", "enzymatic", "hydrolysis", "of", "cellulose", "and", "the", "influence", "of", "lignin", "in", "the", "process", "are", "critical", "for", "viable", "production", "of", "fuels", "and", "chemicals", "from", "lignocellulosic", "biomass", "." ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "interactions", "of", "monocomponent", "cellulases", "with", "cellulose", "and", "lignin", "substrates", "were", "investigated", "by", "using", "thin", "films", "supported", "on", "quartz", "crystal", "microgravimetry", "(", "QCM", ")", "resonators", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Trichoderma", "reesei", "exoglucanase", "(", "CBH", "-", "I", ")", "and", "endoglucanase", "(", "EG", "-", "I", ")", "bound", "strongly", "to", "both", "cellulose", "and", "lignin", "but", "EG", "-", "I", "exhibited", "a", "distinctive", "higher", "affini...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CBH", "-", "I", "was", "found", "to", "penetrate", "into", "the", "bulk", "of", "the", "cellulose", "substrate", "increasing", "the", "extent", "of", "hydrolysis", "and", "film", "deconstruction", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "the", "absence", "of", "a", "cellulose", "binding", "domain", "(", "CBD", ")", "and", "a", "linker", ",", "the", "CBH", "-", "I", "core", "adsorbed", "slowly", "and", "was", "not", "able", "to", "penetrate", "into", "the", "film", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Conversely", "to", "CBH", "-", "I", ",", "EG", "-", "I", "exhibited", "activity", "only", "on", "the", "surface", "of", "the", "lignocellulose", "substrate", "even", "when", "containing", "a", "CBD", "and", "a", "linker", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Interestingly", ",", "EG", "-", "I", "displayed", "a", "clearly", "different", "interaction", "profile", "as", "a", "function", "of", "contact", "time", "registered", "by", "QCM", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Conformation", "Guides", "Molecular", "Efficacy", "in", "Docking", "Screens", "of", "Activated", "beta", "-", "2", "Adrenergic", "G", "Protein", "Coupled", "Receptor", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "prospective", ",", "large", "library", "virtual", "screen", "against", "an", "activated", "beta", "2", "-", "adrenergic", "receptor", "(", "beta", "2AR", ")", "structure", "returned", "potent", "agonists", "to", "the", "exclusion", "of", "inverse", "-", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "addition", ",", "two", "hits", "recapitulated", "the", "signaling", "profile", "of", "the", "co", "-", "crystal", "ligand", "with", "respect", "to", "the", "G", "protein", "and", "arrestin", "mediated", "signaling", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "functional", "fidelity", "has", "important", "implications", "in", "drug", "design", ",", "as", "the", "ability", "to", "predict", "ligands", "with", "predefined", "signaling", "properties", "is", "highly", "desirable", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "the", "agonist", "-", "bound", "state", "provides", "an", "uncertain", "template", "for", "modeling", "the", "activated", "conformation", "of", "other", "GPCRs", ",", "as", "a", "dopamine", "D2", "receptor", "(", "DRD2", ")", "activated", "m...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "Postsynthesis", "modification", "of", "a", "porous", "coordination", "polymer", "by", "LiCl", "To", "enhance", "H", "+", "transport", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "A", "Ca", "(", "2", "+", ")", "porous", "coordination", "polymer", "with", "1D", "channels", "was", "functionalized", "by", "the", "postsynthesis", "addition", "of", "LiCl", "to", "enhance", "the", "H", "(", "+", ")", "conductivity", "." ]	[ "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "The", "compound", "showed", "over", "10", "(", "-", "2", ")", "S", "cm", "(", "-", "1", ")", "at", "25", "degrees", "C", "and", "20", "%", "relative", "humidity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Pulse", "-", "field", "gradient", "NMR", "elucidated", "that", "the", "fast", "H", "(", "+", ")", "conductivity", "was", "achieved", "by", "the", "support", "of", "Li", "(", "+", ")", "ion", "movements", "in", "the", "channel", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Hieranoid", ":", "Hierarchical", "Orthology", "Inference", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "An", "accurate", "inference", "of", "orthologs", "is", "essential", "in", "many", "research", "fields", "such", "as", "comparative", "genomics", ",", "molecular", "evolution", ",", "and", "genome", "annotation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Existing", "methods", "for", "genome", "-", "scale", "orthology", "inference", "are", "mostly", "based", "on", "all", "-", "versus", "-", "all", "similarity", "searches", "that", "scale", "quadratically", "with", "the", "number", "of", "species", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "limits", "their", "application", "to", "the", "increasing", "number", "of", "available", "large", "-", "scale", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "present", "Hieranoid", ",", "a", "new", "orthology", "inference", "method", "using", "a", "hierarchical", "approach", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Hieranoid", "performs", "pairwise", "orthology", "analysis", "using", "InParanoid", "at", "each", "node", "in", "a", "guide", "tree", "as", "it", "progresses", "from", "its", "leaves", "to", "the", "root", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "concept", "reduces", "the", "total", "runtime", "complexity", "from", "a", "quadratic", "to", "a", "linear", "function", "of", "the", "number", "of", "species", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "tree", "hierarchy", "provides", "a", "natural", "structure", "in", "multi", "-", "species", "ortholog", "groups", ",", "and", "the", "aggregation", "of", "multiple", "sequences", "allows", "for", "multiple", "alignment", "similarity", "searching", "techniq...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Using", "the", "recently", "published", "orthobench", "benchmark", ",", "Hieranoid", "showed", "the", "overall", "best", "performance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "progressive", "approach", "presents", "a", "new", "way", "to", "infer", "orthologs", "that", "combines", "efficient", "graph", "-", "based", "methodology", "with", "aspects", "of", "compute", "-", "intensive", "tree", "-", "based", "methods", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "linear", "scaling", "with", "the", "number", "of", "species", "is", "a", "major", "advantage", "for", "large", "-", "scale", "applications", "and", "makes", "Hieranoid", "well", "suited", "to", "cope", "with", "vast", "amounts", "of", "sequenced", "g...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Hieranoid", "is", "an", "open", "source", "and", "can", "be", "downloaded", "at", "Hieranoid", ".", "sbc", ".", "su", ".", "se", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Effect", "of", "iontophoresis", "on", "the", "in", "vitro", "trans", "-", "scleral", "transport", "of", "three", "single", "stranded", "oligonucleotides", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Oligonucleotides", "represent", "a", "subject", "of", "clinical", "interest", "due", "to", "their", "potential", "ability", "to", "treat", "several", "diseases", ",", "including", "those", "affecting", "the", "posterior", "segment", "of", "the", "eye", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Unfortunately", ",", "therapeutic", "oligonucleotides", "are", "currently", "administered", "by", "means", "of", "highly", "invasive", "approaches", ",", "such", "as", "intravitreal", "injections", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "aim", "of", "the", "present", "work", "was", "to", "study", "in", "vitro", ",", "across", "isolated", "bovine", "sclera", ",", "the", "effect", "of", "iontophoresis", "on", "the", "transport", "of", "three", "single", "stranded", "oligonucleotides", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "All", "the", "three", "sequences", "were", "able", "to", "cross", "bovine", "sclera", "in", "vitro", "without", "iontophoresis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "When", "anodal", "iontophoresis", "was", "applied", ",", "no", "change", "in", "flux", "was", "observed", ",", "while", "in", "the", "presence", "of", "cathodal", "iontophoresis", "the", "permeability", "coefficients", "increased", "four", "-", "fold", "compare...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "behavior", "can", "be", "ascribed", "to", "the", "electrorepulsive", "mechanism", ",", "due", "to", "the", "negative", "charge", "of", "the", "nucleic", "acid", "backbone", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "was", "also", "observed", "that", "the", "molecular", "weights", "of", "the", "three", "sequences", "did", "not", "affect", "trans", "-", "scleral", "transport", ",", "neither", "in", "passive", ",", "nor", "in", "current", "assisted", "permeation", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "increasing", "the", "current", "intensity", "from", "1", ".", "75mA", "to", "3mA", ",", "no", "effect", "on", "the", "trans", "-", "scleral", "transport", "of", "the", "24", "-", "mer", "was", "noticed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "preliminary", ",", "the", "results", "demonstrate", "that", "cathodal", "iontophoresis", "enhances", "trans", "-", "scleral", "transport", "of", "single", "stranded", "oligonucleotides", "and", "suggest", "its", "use", "as", "a", "novel", "non", "-", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Activity", "-", "based", "assay", "for", "human", "mono", "-", "ADP", "-", "ribosyltransferases", "ARTD7", "/", "PARP15", "and", "ARTD10", "/", "PARP10", "aimed", "at", "screening", "and", "profiling", "inhibitors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Poly", "(", "ADP", "-", "ribose", ")", "polymerases", "(", "PARPs", ")", "or", "diphtheria", "toxin", "like", "ADP", "-", "ribosyl", "transferases", "(", "ARTDs", ")", "are", "enzymes", "that", "catalyze", "the", "covalent", "modification", "of", "proteins"...	[ "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL",...
[ "A", "subclass", "of", "the", "ARTD", "superfamily", "consists", "of", "mono", "-", "ADP", "-", "ribosyl", "transferases", "that", "are", "thought", "to", "modify", "themselves", "and", "other", "substrate", "proteins", "by", "covalently", "adding", "only", "a...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Many", "of", "the", "ARTD", "enzymes", "are", "either", "established", "or", "potential", "drug", "targets", "and", "a", "functional", "activity", "assay", "for", "them", "will", "be", "a", "valuable", "tool", "to", "identify", "selective", "inhibitors", "for...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Existing", "assays", "are", "not", "directly", "applicable", "for", "screening", "of", "inhibitors", "due", "to", "the", "different", "nature", "of", "the", "reaction", "and", "different", "target", "molecules", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "modified", "and", "applied", "a", "fluorescence", "-", "based", "assay", "previously", "described", "for", "PARP1", "/", "ARTD1", "and", "tankyrase", "/", "ARTD5", "for", "screening", "of", "PARP10", "/", "ARTD10", "and", "PARP15", "/", "ARTD7", "inhi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "assay", "measures", "the", "amount", "of", "NAD", "(", "+", ")", "present", "after", "chemically", "converting", "it", "to", "a", "fluorescent", "analog", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "demonstrate", "that", "by", "using", "an", "excess", "of", "a", "recombinant", "acceptor", "protein", "the", "performance", "of", "the", "activity", "-", "based", "assay", "is", "excellent", "for", "screening", "of", "compound", "libraries", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "assay", "is", "homogenous", "and", "cost", "effective", ",", "making", "it", "possible", "to", "test", "relatively", "large", "compound", "libraries", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "method", "can", "be", "used", "to", "screen", "inhibitors", "of", "mono", "-", "ARTDs", "and", "profile", "inhibitors", "of", "the", "enzyme", "class", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "assay", "was", "optimized", "for", "ARTD10", "and", "ARTD7", ",", "but", "it", "can", "be", "directly", "applied", "to", "other", "mono", "-", "ARTDs", "of", "the", "ARTD", "superfamily", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Profiling", "of", "known", "ARTD", "inhibitors", "against", "ARTD10", "and", "ARTD7", "in", "a", "validatory", "screening", "identified", "the", "best", "inhibitors", "with", "submicromolar", "potencies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Only", "few", "of", "the", "tested", "ARTD", "inhibitors", "were", "potent", ",", "implicating", "that", "there", "is", "a", "need", "to", "screen", "new", "compound", "scaffolds", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "is", "needed", "to", "create", "small", "molecules", "that", "could", "serve", "as", "biological", "probes", "and", "potential", "starting", "points", "for", "drug", "discovery", "projects", "against", "mono", "-", "ARTDs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Multifunctional", "pH", "-", "sensitive", "superparamagnetic", "iron", "-", "oxide", "nanocomposites", "for", "targeted", "drug", "delivery", "and", "MR", "imaging", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "multifunctional", "pH", "-", "sensitive", "superparamagnetic", "iron", "-", "oxide", "(", "SPIO", ")", "nanocomposite", "system", "was", "developed", "for", "simultaneous", "tumor", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "and", "therapy", "."...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Small", "-", "size", "SPIO", "nanoparticles", "were", "chemically", "bonded", "with", "antitumor", "drug", "doxorubicin", "(", "DOX", ")", "and", "biocompatible", "poly", "(", "ethylene", "glycol", ")", "(", "PEG", ")", "through", "pH", "-", "sensitive", "a...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O",...
[ "These", "DOX", "-", "conjugated", "SPIO", "nanocomposites", "exhibited", "not", "only", "good", "stability", "in", "aqueous", "solution", "but", "also", "high", "saturation", "magnetizations", "." ]	[ "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Under", "an", "acidic", "environment", ",", "the", "DOX", "was", "quickly", "released", "from", "the", "SPIO", "nanocomposites", "due", "to", "the", "cleavage", "of", "pH", "-", "sensitive", "acylhydrazone", "linkages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "With", "the", "help", "of", "magnetic", "field", ",", "the", "DOX", "-", "conjugated", "SPIO", "nanocomposites", "showed", "high", "cellular", "uptake", ",", "indicating", "their", "magnetic", "targeting", "property", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Comparing", "to", "free", "DOX", ",", "the", "DOX", "-", "conjugated", "SPIO", "nanocomposites", "showed", "better", "antitumor", "effect", "under", "magnetic", "field", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "At", "the", "same", "time", ",", "the", "relaxivity", "value", "of", "these", "SPIO", "nanocomposites", "was", "higher", "than", "146s", "(", "-", "1", ")", "mM", "(", "-", "1", ")", "Fe", ",", "leading", "to", "~", "4", "times", "enhancement", "com...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Specifically", "associated", "with", "the", "mixture", "treatments", "were", "a", "biotransformation", "phase", "II", "gene", ",", "four", "mitochondrial", "related", "genes", "and", "a", "gene", "involved", "in", "the", "biosynthesis", "of", "antioxidant", "sele...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Membrane", "integrity", "related", "gene", "inductions", "were", "correlated", "with", "the", "single", "phenanthrene", "treatment", "but", "not", "with", "the", "mixtures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Immune", "and", "inflammatory", "response", "assays", "did", "not", "correlate", "with", "any", "of", "the", "mixtures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "suggest", "moderated", "oxidative", "stress", ",", "a", "higher", "mitochondrial", "maintenance", "and", "less", "compromised", "membrane", "function", "in", "the", "mixture", "exposed", "samples", "compared", "to", "the", "separate", "cadmium",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "The", "antagonism", "found", "for", "inhibition", "of", "reproduction", "may", "partially", "originate", "from", "these", "differences", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mechanistic", "studies", "on", "mixture", "toxicity", "can", "ultimately", "aid", "risk", "assessment", "by", "defining", "relevant", "toxicity", "pathways", "in", "organisms", "exposed", "to", "real", "-", "world", "mixture", "exposures", "present", "in", "the",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "High", "Purity", "Isolation", "and", "Quantification", "of", "Semiconducting", "Carbon", "Nanotubes", "via", "Column", "Chromatography", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "isolation", "of", "semiconducting", "carbon", "nanotubes", "(", "CNTs", ")", "to", "ultrahigh", "(", "ppb", ")", "purity", "is", "a", "prerequisite", "for", "their", "integration", "into", "high", "-", "performance", "electronic", "devices", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", ",", "a", "method", "employing", "column", "chromatography", "is", "used", "to", "isolate", "semiconducting", "nanotubes", "to", "99", ".", "9", "%", "purity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "study", "finds", "that", "by", "modifying", "the", "solution", "preparation", "step", ",", "both", "the", "metallic", "and", "semiconducting", "fraction", "are", "resolved", "and", "elute", "using", "a", "single", "surfactant", "system", ",", "allowing",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Iterative", "processing", "enables", "a", "far", "more", "rapid", "path", "to", "achieving", "the", "level", "of", "purities", "needed", "for", "high", "performance", "computing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "After", "a", "single", "iteration", ",", "the", "metallic", "peak", "in", "the", "absorption", "spectra", "is", "completely", "attenuated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "absorption", "spectroscopy", "is", "typically", "used", "to", "characterize", "CNT", "purity", ",", "it", "is", "found", "to", "be", "insufficient", "in", "quantifying", "solutions", "of", "high", "purity", "(", ">", "98", "to", "99", "%", ")", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Therefore", ",", "a", "high", "throughput", "electrical", "testing", "method", "was", "developed", "to", "quantify", "the", "degree", "of", "separation", "by", "characterizing", "~", "4000", "field", "-", "effect", "transistors", "fabricated", "from", "the", "s...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "separation", "and", "characterization", "methods", "described", "here", "provide", "a", "path", "to", "produce", "the", "ultrahigh", "purity", "semiconducting", "CNT", "solutions", "needed", "for", "high", "performance", "electronics", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Influence", "of", "gas", "phase", "equilibria", "on", "the", "chemical", "vapor", "deposition", "of", "graphene", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "We", "have", "investigated", "the", "influence", "of", "gas", "phase", "chemistry", "on", "the", "chemical", "vapor", "deposition", "of", "graphene", "in", "a", "hot", "wall", "reactor", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "new", "extended", "parameter", "space", "for", "graphene", "growth", "was", "defined", "through", "literature", "review", "and", "experimentation", "at", "low", "pressures", "(", ">=", "0", ".", "001", "mbar", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "deposited", "films", "were", "characterized", "by", "scanning", "electron", "microscopy", ",", "Raman", "spectroscopy", ",", "and", "dark", "field", "optical", "microscopy", ",", "with", "the", "latter", "showing", "promise", "as", "a", "rapid", "and", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "The", "equilibrium", "gas", "compositions", "have", "been", "calculated", "across", "this", "parameter", "space", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Correlations", "between", "the", "graphene", "films", "grown", "and", "prevalent", "species", "in", "the", "equilibrium", "gas", "phase", "revealed", "that", "deposition", "conditions", "associated", "with", "a", "high", "acetylene", "equilibrium", "concentration", ...

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", ...

[ "The", "transition", "between", "lobed", "and", "hexagonal", "graphene", "islands", "was", "found", "to", "be", "linked", "to", "the", "concentration", "of", "the", "monatomic", "hydrogen", "radical", ",", "with", "low", "concentrations", "associated", "with", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "UVA", "Radiation", "Induced", "Ultrafast", "Electron", "Transfer", "from", "a", "Food", "Carcinogen", "Benzo", "[", "a", "]", "pyrene", "to", "Organic", "Molecules", ",", "Biological", "Macromolecules", ",", "and", "Inorganic", "Nano", "Structures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Reactions", "involving", "electron", "transfer", "(", "ET", ")", "and", "reactive", "oxygen", "species", "(", "ROS", ")", "play", "a", "pivotal", "role", "in", "carcinogenesis", "and", "cancer", "biochemistry", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "present", "study", "emphasizes", "UVA", "radiation", "induced", "ET", "reaction", "as", "one", "of", "the", "key", "aspects", "of", "a", "potential", "carcinogen", ",", "benzo", "[", "a", "]", "pyrene", "(", "BP", ")", ",", "in", "the", "presence...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "Steady", "-", "state", "and", "picosecond", "-", "resolved", "fluorescence", "spectroscopy", "have", "been", "used", "to", "monitor", "such", "ET", "reactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Physical", "consequences", "of", "BP", "association", "with", "CT", "-", "DNA", "have", "been", "investigated", "through", "temperature", "-", "dependent", "circular", "dichroism", "(", "CD", ")", "spectroscopy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "temperature", "-", "dependent", "steady", "-", "state", ",", "picosecond", "-", "resolved", "fluorescence", "lifetime", "and", "anisotropy", "studies", "reveal", "the", "effect", "of", "temperature", "on", "the", "perturbation", "of", "such", "ET", "reac...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "the", "electron", "-", "donating", "property", "of", "BP", "has", "been", "corroborated", "by", "measuring", "wavelength", "-", "dependent", "photocurrent", "in", "a", "BP", "-", "anchored", "ZnO", "NR", "-", "based", "photodevice", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Effect", "of", "sequence", "on", "the", "ionization", "behavior", "of", "a", "series", "of", "amphiphilic", "polypeptides", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "behavior", "of", "five", "polypeptides", "made", "of", "hydrophilic", "and", "pH", "-", "responsive", "aspartic", "acid", "(", "Asp", ")", "and", "hydrophobic", "phenylalanine", "(", "Phe", ")", ",", "which", "had", "been", "prepared", "by", "stitchi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL"...

[ "The", "effect", "of", "pH", "on", "these", "polypeptides", "referred", "to", "as", "(", "Asp3Phe1", ")", "n", ",", "(", "Asp2Phe1", ")", "n", ",", "(", "Asp1Phe1", ")", "n", ",", "(", "Asp1Phe2", ")", "n", ",", "and", "(", "Asp1Phe3", ")", "n", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "more", "hydrophobic", "polypeptides", "(", "Asp1Phe2", ")", "n", "and", "(", "Asp1Phe3", ")", "n", "behaved", "as", "if", "the", "Asp", "'", "s", "were", "isolated", "from", "each", "other", "and", "showed", "an", "apparent", "pKa", "(", "pKa", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "The", "more", "hydrophilic", "polypeptides", "(", "Asp3Phe1", ")", "n", "and", "(", "Asp2Phe1", ")", "n", "behaved", "like", "weak", "polyacids", "showing", "a", "linear", "increase", "in", "pKa", "(", "app", ")", "with", "increasing", "alpha", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "pKa", "(", "app", ")", "of", "(", "Asp1Phe1", ")", "n", "showed", "a", "trend", "as", "a", "function", "of", "alpha", "intermediate", "between", "the", "Asp", "-", "rich", "and", "Phe", "-", "rich", "polypeptides", ",", "behaving", "as", "if", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "The", "effect", "that", "alpha", ",", "and", "thus", "the", "charge", "density", "of", "the", "polypeptides", ",", "had", "on", "the", "collapse", "and", "aggregation", "of", "the", "polypeptides", "was", "characterized", "by", "conducting", "static", "light"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Static", "light", "scattering", "measurements", "demonstrated", "that", "all", "polypeptides", "precipitated", "and", "aggregated", "in", "solution", "at", "a", "critical", "charge", "density", "of", "0", ".", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Fluorescence", "measurements", "with", "pyrene", "indicated", "that", "this", "behavior", "was", "due", "to", "the", "formation", "of", "Phe", "aggregates", "in", "water", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Together", ",", "these", "experiments", "provide", "a", "complete", "description", "of", "how", "pH", "affects", "the", "behavior", "of", "a", "series", "of", "unique", "amphiphilic", "polypeptides", "designed", "with", "a", "well", "-", "defined", "sequence", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Preferential", "adsorption", "and", "activity", "of", "monocomponent", "cellulases", "on", "lignocellulose", "thin", "films", "with", "varying", "lignin", "content", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Understanding", "the", "enzymatic", "hydrolysis", "of", "cellulose", "and", "the", "influence", "of", "lignin", "in", "the", "process", "are", "critical", "for", "viable", "production", "of", "fuels", "and", "chemicals", "from", "lignocellulosic", "biomass", "." ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "interactions", "of", "monocomponent", "cellulases", "with", "cellulose", "and", "lignin", "substrates", "were", "investigated", "by", "using", "thin", "films", "supported", "on", "quartz", "crystal", "microgravimetry", "(", "QCM", ")", "resonators", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Trichoderma", "reesei", "exoglucanase", "(", "CBH", "-", "I", ")", "and", "endoglucanase", "(", "EG", "-", "I", ")", "bound", "strongly", "to", "both", "cellulose", "and", "lignin", "but", "EG", "-", "I", "exhibited", "a", "distinctive", "higher", "affini...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CBH", "-", "I", "was", "found", "to", "penetrate", "into", "the", "bulk", "of", "the", "cellulose", "substrate", "increasing", "the", "extent", "of", "hydrolysis", "and", "film", "deconstruction", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "absence", "of", "a", "cellulose", "binding", "domain", "(", "CBD", ")", "and", "a", "linker", ",", "the", "CBH", "-", "I", "core", "adsorbed", "slowly", "and", "was", "not", "able", "to", "penetrate", "into", "the", "film", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Conversely", "to", "CBH", "-", "I", ",", "EG", "-", "I", "exhibited", "activity", "only", "on", "the", "surface", "of", "the", "lignocellulose", "substrate", "even", "when", "containing", "a", "CBD", "and", "a", "linker", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "EG", "-", "I", "displayed", "a", "clearly", "different", "interaction", "profile", "as", "a", "function", "of", "contact", "time", "registered", "by", "QCM", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Conformation", "Guides", "Molecular", "Efficacy", "in", "Docking", "Screens", "of", "Activated", "beta", "-", "2", "Adrenergic", "G", "Protein", "Coupled", "Receptor", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "prospective", ",", "large", "library", "virtual", "screen", "against", "an", "activated", "beta", "2", "-", "adrenergic", "receptor", "(", "beta", "2AR", ")", "structure", "returned", "potent", "agonists", "to", "the", "exclusion", "of", "inverse", "-", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "In", "addition", ",", "two", "hits", "recapitulated", "the", "signaling", "profile", "of", "the", "co", "-", "crystal", "ligand", "with", "respect", "to", "the", "G", "protein", "and", "arrestin", "mediated", "signaling", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "functional", "fidelity", "has", "important", "implications", "in", "drug", "design", ",", "as", "the", "ability", "to", "predict", "ligands", "with", "predefined", "signaling", "properties", "is", "highly", "desirable", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "agonist", "-", "bound", "state", "provides", "an", "uncertain", "template", "for", "modeling", "the", "activated", "conformation", "of", "other", "GPCRs", ",", "as", "a", "dopamine", "D2", "receptor", "(", "DRD2", ")", "activated", "m...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "Postsynthesis", "modification", "of", "a", "porous", "coordination", "polymer", "by", "LiCl", "To", "enhance", "H", "+", "transport", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "A", "Ca", "(", "2", "+", ")", "porous", "coordination", "polymer", "with", "1D", "channels", "was", "functionalized", "by", "the", "postsynthesis", "addition", "of", "LiCl", "to", "enhance", "the", "H", "(", "+", ")", "conductivity", "." ]

[ "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "The", "compound", "showed", "over", "10", "(", "-", "2", ")", "S", "cm", "(", "-", "1", ")", "at", "25", "degrees", "C", "and", "20", "%", "relative", "humidity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Pulse", "-", "field", "gradient", "NMR", "elucidated", "that", "the", "fast", "H", "(", "+", ")", "conductivity", "was", "achieved", "by", "the", "support", "of", "Li", "(", "+", ")", "ion", "movements", "in", "the", "channel", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Hieranoid", ":", "Hierarchical", "Orthology", "Inference", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "An", "accurate", "inference", "of", "orthologs", "is", "essential", "in", "many", "research", "fields", "such", "as", "comparative", "genomics", ",", "molecular", "evolution", ",", "and", "genome", "annotation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Existing", "methods", "for", "genome", "-", "scale", "orthology", "inference", "are", "mostly", "based", "on", "all", "-", "versus", "-", "all", "similarity", "searches", "that", "scale", "quadratically", "with", "the", "number", "of", "species", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "limits", "their", "application", "to", "the", "increasing", "number", "of", "available", "large", "-", "scale", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", ",", "we", "present", "Hieranoid", ",", "a", "new", "orthology", "inference", "method", "using", "a", "hierarchical", "approach", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Hieranoid", "performs", "pairwise", "orthology", "analysis", "using", "InParanoid", "at", "each", "node", "in", "a", "guide", "tree", "as", "it", "progresses", "from", "its", "leaves", "to", "the", "root", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "concept", "reduces", "the", "total", "runtime", "complexity", "from", "a", "quadratic", "to", "a", "linear", "function", "of", "the", "number", "of", "species", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "tree", "hierarchy", "provides", "a", "natural", "structure", "in", "multi", "-", "species", "ortholog", "groups", ",", "and", "the", "aggregation", "of", "multiple", "sequences", "allows", "for", "multiple", "alignment", "similarity", "searching", "techniq...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Using", "the", "recently", "published", "orthobench", "benchmark", ",", "Hieranoid", "showed", "the", "overall", "best", "performance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "progressive", "approach", "presents", "a", "new", "way", "to", "infer", "orthologs", "that", "combines", "efficient", "graph", "-", "based", "methodology", "with", "aspects", "of", "compute", "-", "intensive", "tree", "-", "based", "methods", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "linear", "scaling", "with", "the", "number", "of", "species", "is", "a", "major", "advantage", "for", "large", "-", "scale", "applications", "and", "makes", "Hieranoid", "well", "suited", "to", "cope", "with", "vast", "amounts", "of", "sequenced", "g...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Hieranoid", "is", "an", "open", "source", "and", "can", "be", "downloaded", "at", "Hieranoid", ".", "sbc", ".", "su", ".", "se", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Effect", "of", "iontophoresis", "on", "the", "in", "vitro", "trans", "-", "scleral", "transport", "of", "three", "single", "stranded", "oligonucleotides", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Oligonucleotides", "represent", "a", "subject", "of", "clinical", "interest", "due", "to", "their", "potential", "ability", "to", "treat", "several", "diseases", ",", "including", "those", "affecting", "the", "posterior", "segment", "of", "the", "eye", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Unfortunately", ",", "therapeutic", "oligonucleotides", "are", "currently", "administered", "by", "means", "of", "highly", "invasive", "approaches", ",", "such", "as", "intravitreal", "injections", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "aim", "of", "the", "present", "work", "was", "to", "study", "in", "vitro", ",", "across", "isolated", "bovine", "sclera", ",", "the", "effect", "of", "iontophoresis", "on", "the", "transport", "of", "three", "single", "stranded", "oligonucleotides", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "All", "the", "three", "sequences", "were", "able", "to", "cross", "bovine", "sclera", "in", "vitro", "without", "iontophoresis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "When", "anodal", "iontophoresis", "was", "applied", ",", "no", "change", "in", "flux", "was", "observed", ",", "while", "in", "the", "presence", "of", "cathodal", "iontophoresis", "the", "permeability", "coefficients", "increased", "four", "-", "fold", "compare...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "behavior", "can", "be", "ascribed", "to", "the", "electrorepulsive", "mechanism", ",", "due", "to", "the", "negative", "charge", "of", "the", "nucleic", "acid", "backbone", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "was", "also", "observed", "that", "the", "molecular", "weights", "of", "the", "three", "sequences", "did", "not", "affect", "trans", "-", "scleral", "transport", ",", "neither", "in", "passive", ",", "nor", "in", "current", "assisted", "permeation", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "increasing", "the", "current", "intensity", "from", "1", ".", "75mA", "to", "3mA", ",", "no", "effect", "on", "the", "trans", "-", "scleral", "transport", "of", "the", "24", "-", "mer", "was", "noticed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "preliminary", ",", "the", "results", "demonstrate", "that", "cathodal", "iontophoresis", "enhances", "trans", "-", "scleral", "transport", "of", "single", "stranded", "oligonucleotides", "and", "suggest", "its", "use", "as", "a", "novel", "non", "-", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Activity", "-", "based", "assay", "for", "human", "mono", "-", "ADP", "-", "ribosyltransferases", "ARTD7", "/", "PARP15", "and", "ARTD10", "/", "PARP10", "aimed", "at", "screening", "and", "profiling", "inhibitors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Poly", "(", "ADP", "-", "ribose", ")", "polymerases", "(", "PARPs", ")", "or", "diphtheria", "toxin", "like", "ADP", "-", "ribosyl", "transferases", "(", "ARTDs", ")", "are", "enzymes", "that", "catalyze", "the", "covalent", "modification", "of", "proteins"...

[ "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL",...

[ "A", "subclass", "of", "the", "ARTD", "superfamily", "consists", "of", "mono", "-", "ADP", "-", "ribosyl", "transferases", "that", "are", "thought", "to", "modify", "themselves", "and", "other", "substrate", "proteins", "by", "covalently", "adding", "only", "a...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Many", "of", "the", "ARTD", "enzymes", "are", "either", "established", "or", "potential", "drug", "targets", "and", "a", "functional", "activity", "assay", "for", "them", "will", "be", "a", "valuable", "tool", "to", "identify", "selective", "inhibitors", "for...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Existing", "assays", "are", "not", "directly", "applicable", "for", "screening", "of", "inhibitors", "due", "to", "the", "different", "nature", "of", "the", "reaction", "and", "different", "target", "molecules", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "modified", "and", "applied", "a", "fluorescence", "-", "based", "assay", "previously", "described", "for", "PARP1", "/", "ARTD1", "and", "tankyrase", "/", "ARTD5", "for", "screening", "of", "PARP10", "/", "ARTD10", "and", "PARP15", "/", "ARTD7", "inhi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "assay", "measures", "the", "amount", "of", "NAD", "(", "+", ")", "present", "after", "chemically", "converting", "it", "to", "a", "fluorescent", "analog", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "demonstrate", "that", "by", "using", "an", "excess", "of", "a", "recombinant", "acceptor", "protein", "the", "performance", "of", "the", "activity", "-", "based", "assay", "is", "excellent", "for", "screening", "of", "compound", "libraries", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "assay", "is", "homogenous", "and", "cost", "effective", ",", "making", "it", "possible", "to", "test", "relatively", "large", "compound", "libraries", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "method", "can", "be", "used", "to", "screen", "inhibitors", "of", "mono", "-", "ARTDs", "and", "profile", "inhibitors", "of", "the", "enzyme", "class", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "assay", "was", "optimized", "for", "ARTD10", "and", "ARTD7", ",", "but", "it", "can", "be", "directly", "applied", "to", "other", "mono", "-", "ARTDs", "of", "the", "ARTD", "superfamily", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Profiling", "of", "known", "ARTD", "inhibitors", "against", "ARTD10", "and", "ARTD7", "in", "a", "validatory", "screening", "identified", "the", "best", "inhibitors", "with", "submicromolar", "potencies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Only", "few", "of", "the", "tested", "ARTD", "inhibitors", "were", "potent", ",", "implicating", "that", "there", "is", "a", "need", "to", "screen", "new", "compound", "scaffolds", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "is", "needed", "to", "create", "small", "molecules", "that", "could", "serve", "as", "biological", "probes", "and", "potential", "starting", "points", "for", "drug", "discovery", "projects", "against", "mono", "-", "ARTDs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Multifunctional", "pH", "-", "sensitive", "superparamagnetic", "iron", "-", "oxide", "nanocomposites", "for", "targeted", "drug", "delivery", "and", "MR", "imaging", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "multifunctional", "pH", "-", "sensitive", "superparamagnetic", "iron", "-", "oxide", "(", "SPIO", ")", "nanocomposite", "system", "was", "developed", "for", "simultaneous", "tumor", "magnetic", "resonance", "imaging", "(", "MRI", ")", "and", "therapy", "."...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Small", "-", "size", "SPIO", "nanoparticles", "were", "chemically", "bonded", "with", "antitumor", "drug", "doxorubicin", "(", "DOX", ")", "and", "biocompatible", "poly", "(", "ethylene", "glycol", ")", "(", "PEG", ")", "through", "pH", "-", "sensitive", "a...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O",...

[ "These", "DOX", "-", "conjugated", "SPIO", "nanocomposites", "exhibited", "not", "only", "good", "stability", "in", "aqueous", "solution", "but", "also", "high", "saturation", "magnetizations", "." ]

[ "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Under", "an", "acidic", "environment", ",", "the", "DOX", "was", "quickly", "released", "from", "the", "SPIO", "nanocomposites", "due", "to", "the", "cleavage", "of", "pH", "-", "sensitive", "acylhydrazone", "linkages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "With", "the", "help", "of", "magnetic", "field", ",", "the", "DOX", "-", "conjugated", "SPIO", "nanocomposites", "showed", "high", "cellular", "uptake", ",", "indicating", "their", "magnetic", "targeting", "property", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Comparing", "to", "free", "DOX", ",", "the", "DOX", "-", "conjugated", "SPIO", "nanocomposites", "showed", "better", "antitumor", "effect", "under", "magnetic", "field", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "the", "same", "time", ",", "the", "relaxivity", "value", "of", "these", "SPIO", "nanocomposites", "was", "higher", "than", "146s", "(", "-", "1", ")", "mM", "(", "-", "1", ")", "Fe", ",", "leading", "to", "~", "4", "times", "enhancement", "com...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]