extraordinarylab/bc4chemd · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 2 298	ner_tags listlengths 2 298
[ "The", "authors", "discovered", "that", "malathion", "'", "s", "lethality", "to", "Daphnia", "decreased", "with", "increasing", "Elodea", "density", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "the", "rate", "at", "which", "Elodea", "reduced", "malathion", "'", "s", "toxicity", "in", "the", "water", "column", "increased", "with", "macrophyte", "density", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "results", "provide", "strong", "evidence", "that", "submersed", "macrophytes", "can", "mitigate", "the", "ecological", "impacts", "of", "a", "popular", "insecticide", "and", "further", "support", "that", "ecological", "interactions", "can", "strongly", "in...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "nucleoid", "-", "associated", "protein", "Dan", "organizes", "chromosomal", "DNA", "through", "rigid", "nucleoprotein", "filament", "formation", "in", "E", ".", "coli", "during", "anoxia", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Dan", "is", "a", "transcription", "factor", "that", "regulates", "the", "ttd", "operon", "encoding", "tartrate", "dehydratase", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "During", "anaerobic", "conditions", ",", "its", "copy", "number", "increases", "by", "100", "-", "fold", ",", "making", "Dan", "an", "abundant", "nucleoid", "-", "associated", "protein", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "little", "is", "known", "about", "the", "mode", "of", "Dan", "-", "DNA", "interaction", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "understand", "its", "cellular", "functions", ",", "we", "used", "single", "-", "molecule", "manipulation", "and", "imaging", "techniques", "to", "show", "that", "Dan", "binds", "cooperatively", "along", "DNA", ",", "resulting", "in", "formation", "of", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Furthermore", ",", "in", "the", "presence", "of", "physiologic", "levels", "of", "magnesium", ",", "these", "filaments", "interact", "with", "each", "other", "to", "cause", "global", "DNA", "condensation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Overall", ",", "these", "results", "shed", "light", "on", "the", "architectural", "role", "of", "Dan", "in", "the", "compaction", "of", "Escherichia", "coli", "chromosomal", "DNA", "under", "anaerobic", "conditions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Formation", "of", "the", "nucleoprotein", "filament", "provides", "a", "basis", "in", "understanding", "how", "Dan", "may", "play", "roles", "in", "both", "chromosomal", "DNA", "protection", "and", "gene", "regulation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Animal", "QTLdb", ":", "an", "improved", "database", "tool", "for", "livestock", "animal", "QTL", "/", "association", "data", "dissemination", "in", "the", "post", "-", "genome", "era", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "Animal", "QTL", "database", "(", "QTLdb", ";", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "animalgenome", ".", "org", "/", "QTLdb", ")", "is", "designed", "to", "house", "all", "publicly", "available", "QTL", "and", "single", "-", "nucleotide", "polymorp...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "An", "earlier", "version", "was", "published", "in", "the", "Nucleic", "Acids", "Research", "Database", "issue", "in", "2007", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Since", "then", ",", "we", "have", "continued", "our", "efforts", "to", "develop", "new", "and", "improved", "database", "tools", "to", "allow", "more", "data", "types", ",", "parameters", "and", "functions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "efforts", "have", "transformed", "the", "Animal", "QTLdb", "into", "a", "tool", "that", "actively", "serves", "the", "research", "community", "as", "a", "quality", "data", "repository", "and", "more", "importantly", ",", "a", "provider", "of", "easily"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "QTLdb", "has", "been", "heavily", "used", "by", "the", "livestock", "genomics", "community", "since", "its", "first", "public", "release", "in", "2004", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "date", ",", "there", "are", "5920", "cattle", ",", "3442", "chicken", ",", "7451", "pigs", ",", "753", "sheep", "and", "88", "rainbow", "trout", "data", "points", "in", "the", "database", ",", "and", "at", "least", "290", "publications", "that", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "rapid", "advancement", "in", "genomic", "studies", "of", "cattle", ",", "chicken", ",", "pigs", ",", "sheep", "and", "other", "livestock", "animals", "has", "presented", "us", "with", "challenges", ",", "as", "well", "as", "opportunities", "for", "th...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", ",", "we", "report", "our", "progress", "over", "the", "recent", "years", "and", "highlight", "new", "functions", "and", "services", "available", "to", "the", "general", "public", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Versican", "3", "'", "-", "untranslated", "region", "(", "3", "'", "-", "UTR", ")", "functions", "as", "a", "ceRNA", "in", "inducing", "the", "development", "of", "hepatocellular", "carcinoma", "by", "regulating", "miRNA", "activity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "study", "was", "designed", "to", "explore", "the", "role", "of", "versican", "in", "the", "development", "of", "hepatocellular", "carcinoma", "(", "HCC", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Ectopic", "expression", "of", "the", "versican", "3", "'", "-", "untranslated", "region", "(", "3", "'", "-", "UTR", ")", "was", "studied", "as", "a", "competitive", "endogenous", "RNA", "for", "regulating", "miRNA", "functions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "used", "this", "approach", "to", "modulate", "the", "expression", "of", "versican", "and", "its", "related", "proteins", "in", "3", "'", "-", "UTR", "transgenic", "mice", "and", "in", "the", "liver", "cancer", "cell", "line", "HepG2", ",", "stably",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "demonstrated", "that", "transgenic", "mice", "expressing", "the", "versican", "3", "'", "-", "UTR", "developed", "HCC", "and", "increased", "expression", "of", "versican", "isoforms", "V0", "and", "V1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "HepG2", "cells", "transfected", "with", "versican", "3", "'", "-", "UTR", "displayed", "increased", "proliferation", ",", "survival", ",", "migration", ",", "invasion", ",", "colony", "formation", ",", "and", "enhanced", "endothelial", "cell", "growth", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "found", "that", "versican", "3", "'", "-", "UTR", "could", "bind", "to", "miRNAs", "miR", "-", "133a", ",", "miR", "-", "199a", "*", ",", "miR", "-", "144", ",", "and", "miR", "-", "431", "and", "also", "interacted", "with", "CD34", "and", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "a", "consequence", ",", "expression", "of", "versican", ",", "CD34", ",", "and", "fibronectin", "was", "up", "-", "regulated", "by", "ectopic", "transfection", "of", "the", "versican", "3", "'", "-", "UTR", ",", "which", "was", "confirmed", "in", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Transfection", "with", "siRNAs", "targeting", "the", "versican", "3", "'", "-", "UTR", "abolished", "the", "effects", "of", "the", "3", "'", "-", "UTR", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Taken", "together", ",", "these", "results", "demonstrate", "that", "versican", "V0", "and", "V1", "isoforms", "play", "important", "roles", "in", "HCC", "development", "and", "that", "versican", "mRNAs", "compete", "with", "endogenous", "RNAs", "in", "regulati...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Conformational", "landscape", "of", "diisopropyl", "ketone", ":", "quantum", "chemical", "calculations", "validated", "by", "microwave", "spectroscopy", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "report", "on", "the", "gas", "-", "phase", "structure", "of", "the", "most", "abundant", "conformer", "of", "diisopropyl", "ketone", ",", "(", "CH", "(", "3", ")", ")", "(", "2", ")", "HC", "-", "CO", "-", "CH", "(", "CH", "(", "3", ")", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-...
[ "The", "gas", "-", "phase", "structures", "of", "five", "conformers", "of", "diisopropyl", "ketone", "were", "optimized", "using", "ab", "initio", "calculations", "at", "the", "MP2", "/", "6", "-", "311", "+", "+", "G", "(", "d", ",", "p", ")", "level"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "natures", "of", "the", "stationary", "points", "were", "verified", "using", "harmonic", "frequency", "calculations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "only", "conformer", "observed", "in", "the", "supersonic", "jet", "possesses", "C", "(", "2", ")", "symmetry", "and", "appears", "as", "an", "enantiomeric", "pair", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "From", "the", "microwave", "spectrum", ",", "a", "set", "of", "three", "highly", "accurate", "rotational", "constants", ",", "five", "centrifugal", "distortion", "constants", ",", "and", "three", "sextic", "centrifugal", "distortion", "constants", "were", "determ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "structure", "of", "the", "observed", "conformer", "was", "optimized", "again", "at", "different", "levels", "of", "theory", "using", "the", "HF", ",", "MP2", ",", "and", "B3LYP", "methods", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "theoretical", "constants", "of", "the", "C", "(", "2", ")", "conformer", "were", "subsequently", "validated", "using", "the", "experimental", "constants", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "understand", "the", "transitions", "of", "one", "conformer", "to", "the", "others", ",", "the", "isopropyl", "groups", "were", "rotated", "against", "each", "other", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "resulting", "two", "-", "dimensional", "potential", "energy", "surface", "shows", "nicely", "the", "symmetry", "of", "the", "conformational", "landscape", "and", "also", "indicates", "the", "enantiomeric", "pairs", "of", "the", "conformers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "barriers", "to", "internal", "rotation", "of", "the", "methyl", "groups", "were", "determined", "to", "be", "1052", "and", "905", "cm", "(", "-", "1", ")", "at", "the", "MP2", "/", "6", "-", "311", "+", "+", "G", "(", "d", ",", "p", ")", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "In", "agreement", "with", "the", "theoretical", "predictions", ",", "no", "internal", "rotation", "patterns", "could", "be", "observed", "in", "the", "microwave", "spectrum", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Progestin", "effects", "on", "expression", "of", "AKR1C1", "-", "AKR1C3", ",", "SRD5A1", "and", "PGR", "in", "the", "Z", "-", "12", "endometriotic", "epithelial", "cell", "line", "." ]	[ "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Endometriosis", "is", "defined", "as", "the", "presence", "of", "endometrial", "glands", "and", "stroma", "outside", "the", "uterine", "cavity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "disease", "is", "associated", "with", "diminished", "protective", "effects", "of", "progesterone", ",", "which", "are", "usually", "explained", "by", "inadequate", "activation", "of", "progesterone", "receptors", "and", "also", "enhanced", "pre", "-", "re...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]
[ "Endometriosis", "is", "often", "treated", "with", "progestins", ",", "which", "act", "as", "progesterone", "receptor", "agonists", ",", "although", "their", "exact", "mechanisms", "of", "action", "are", "not", "completely", "understood", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "aim", "of", "the", "present", "study", "was", "to", "investigate", "how", "the", "progestins", "medroxyprogesterone", "acetate", ",", "dydrogesterone", "and", "dienogest", ",", "as", "well", "as", "progesterone", ",", "impact", "on", "the", "expression",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "...
[ "Our", "data", "demonstrate", "that", "these", "progestins", "affect", "local", "pre", "-", "receptor", "metabolism", "to", "a", "different", "extent", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "most", "favorable", "effects", "were", "seen", "for", "dydrogesterone", "and", "dienogest", ",", "where", "the", "first", ",", "dydrogesterone", ",", "significantly", "reduced", "SRD5A1", ",", "AKR1C2", "and", "AKR1C3", "expression", ",", "and", "additio...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "This", "might", "slow", "down", "the", "first", "step", "of", "pre", "-", "receptor", "metabolism", ",", "the", "conversion", "of", "progesterone", "to", "5", "alpha", "-", "dihydroprogestrone", "by", "SRD5A1", ",", "and", "it", "might", "also", "affect", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMI...
[ "Similarly", "favorable", "effects", "were", "seen", "for", "dienogest", ",", "which", "promoted", "significant", "reduction", "of", "AKR1C1", "and", "AKR1C2", "expression", "and", "also", "showed", "no", "effect", "on", "PR", "-", "B", "protein", "levels", "....	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Different", "effects", "were", "seen", "for", "progesterone", ",", "which", "significantly", "decreased", "SRD5A1", ",", "PR", "-", "B", "and", "HSD17B2", "protein", "levels", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", ",", "treatment", "with", "medroxyprogesterone", "acetate", "resulted", "in", "increased", "AKR1C1", "expression", "and", "decreased", "levels", "of", "PR", "-", "B", ",", "which", "might", "lead", "to", "enhanced", "progesterone", "metabolism", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "Altogether", ",", "our", "data", "in", "this", "Z", "-", "12", "cell", "model", "suggest", "that", "the", "beneficial", "effects", "of", "treatment", "with", "progestin", "observed", "in", "endometriosis", "patients", "might", "arise", "from", "decreased", "p...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ...
[ "Natriuretic", "peptides", "in", "developing", "medaka", "embryos", ":", "implications", "in", "cardiac", "development", "by", "loss", "-", "of", "-", "function", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Cardiac", "natriuretic", "peptides", "(", "NPs", ")", ",", "atrial", "NP", "(", "ANP", ")", "and", "B", "-", "type", "NP", "(", "BNP", ")", ",", "and", "their", "receptor", ",", "guanylyl", "cyclase", "(", "GC", ")", "-", "A", "have", "attracted", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "this", "study", ",", "we", "used", "medaka", ",", "Oryzias", "latipes", ",", "as", "a", "model", "species", "to", "pursue", "the", "physiological", "functions", "of", "NPs", "because", "it", "is", "a", "suitable", "model", "for", "developmental", "a...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Medaka", "has", "two", "ligands", ",", "BNP", "and", "C", "-", "type", "NP3", "(", "CNP3", ")", "(", "but", "not", "ANP", ")", ",", "that", "have", "greater", "affinity", "for", "the", "two", "O", ".", "latipes", "GC", "-", "A", "receptors", "(", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CNP3", "is", "the", "ancestral", "molecule", "of", "cardiac", "NPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Initially", ",", "we", "examined", "developmental", "expression", "of", "cardiac", "NP", "/", "receptor", "combinations", ",", "BNP", "/", "OLGC7", "and", "CNP3", "/", "OLGC2", ",", "using", "quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "and", "in", "situ", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "BNP", "and", "CNP3", "mRNA", "increased", "at", "stages", "25", "(", "onset", "of", "ventricular", "formation", ")", "and", "22", "(", "appearance", "of", "heart", "anlage", ")", ",", "respectively", ",", "whereas", "both", "receptor", "mRNAs", "increased",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "BNP", "/", "OLGC7", "transcripts", "were", "found", "in", "arterial", "/", "ventricular", "tissues", "and", "CNP3", "/", "OLGC2", "transcripts", "in", "venous", "/", "atrial", "tissues", "by", "in", "situ", "hybridization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Thus", ",", "BNP", "and", "CNP3", "can", "act", "locally", "on", "cardiac", "myocytes", "in", "a", "paracrine", "/", "autocrine", "fashion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Double", "knockdown", "of", "BNP", "/", "OLGC7", "genes", "impaired", "ventricular", "development", "by", "causing", "hypoplasia", "of", "ventricular", "myocytes", "as", "evidenced", "by", "reduced", "bromodeoxyuridine", "incorporation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CNP3", "knockdown", "induced", "hypertrophy", "of", "atria", "and", "activated", "the", "renin", "-", "angiotensin", "system", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Collectively", ",", "it", "appears", "that", "BNP", "is", "important", "for", "normal", "ventricular", ",", "whereas", "CNP3", "is", "important", "for", "normal", "atrial", "development", "and", "performance", ",", "a", "role", "usually", "taken", "by", "ANP"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "current", "study", "provides", "new", "insights", "into", "the", "role", "of", "cardiac", "NPs", "in", "cardiac", "development", "in", "vertebrates", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "P21", "-", "activated", "protein", "kinase", "1", "(", "Pak1", ")", "mediates", "the", "cross", "talk", "between", "insulin", "and", "beta", "-", "catenin", "on", "proglucagon", "gene", "expression", "and", "its", "ablation", "affects", "glucose", "homeostasi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "gut", "endocrine", "L", "cells", ",", "the", "Wnt", "signaling", "pathway", "effector", "beta", "-", "catenin", "(", "beta", "-", "cat", ")", "/", "transcription", "factor", "7", "-", "like", "2", "mediates", "the", "stimulatory", "effect", "of", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "In", "several", "other", "cell", "lineages", ",", "insulin", "is", "able", "to", "stimulate", "p21", "-", "activated", "protein", "kinase", "1", "(", "Pak1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", "we", "determined", "the", "role", "of", "Pak1", "in", "gcg", "expression", "and", "the", "effect", "of", "Pak1", "deletion", "on", "glucose", "homeostasis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "Insulin", "stimulated", "Pak1", "activation", "through", "increasing", "its", "Thr423", "phosphorylation", "in", "gut", "gcg", "-", "expressing", "cell", "lines", ",", "associated", "with", "increased", "gcg", "mRNA", "levels", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "stimulation", "was", "attenuated", "by", "the", "Pak", "inhibitor", "2", ",", "2", "'", "-", "dihydroxy", "-", "1", ",", "1", "'", "-", "dinaphthyldisulfide", "(", "IPA3", ")", "or", "dominant", "-", "negative", "Pak1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Both", "insulin", "and", "cAMP", "-", "promoting", "agents", "activated", "beta", "-", "cat", "Ser675", "phosphorylation", ",", "which", "was", "attenuated", "by", "IPA3", "or", "protein", "kinase", "A", "inhibition", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Gut", "gcg", "levels", "were", "reduced", "in", "male", "Pak1", "(", "-", "/", "-", ")", "mice", ",", "associated", "with", "impaired", "glucose", "tolerance", "after", "an", "ip", "or", "oral", "glucose", "challenge", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "These", "mice", "had", "lower", "circulating", "active", "GLP", "-", "1", "levels", "after", "a", "glucose", "challenge", "as", "well", "as", "reduced", "distal", "ileum", "GLP", "-", "1", "content", "after", "insulin", "treatment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Finally", ",", "the", "Pak1", "(", "-", "/", "-", ")", "mice", "exhibited", "reduced", "brainstem", "gcg", "level", "and", "abolished", "beta", "-", "cat", "Ser675", "phosphorylation", "in", "brain", "neurons", "after", "insulin", "treatment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "suggest", "that", "Pak1", "mediates", "the", "cross", "talk", "between", "insulin", "and", "Wnt", "signaling", "pathways", "on", "gut", "and", "brain", "gcg", "expression", ",", "and", "its", "ablation", "impairs", "glucose", "homeostasis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "Mortality", ",", "bioaccumulation", "and", "physiological", "responses", "in", "juvenile", "freshwater", "mussels", "(", "Lampsilis", "siliquoidea", ")", "chronically", "exposed", "to", "copper", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]
[ "Several", "studies", "have", "indicated", "that", "the", "early", "life", "stages", "of", "freshwater", "mussels", "are", "among", "the", "most", "sensitive", "aquatic", "organisms", "to", "inorganic", "chemicals", ",", "including", "copper", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]
[ "However", ",", "little", "is", "known", "about", "the", "toxic", "mode", "of", "action", "and", "sub", "-", "lethal", "effects", "of", "copper", "exposure", "in", "this", "group", "of", "imperiled", "animals", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "this", "study", ",", "the", "physiological", "effects", "of", "long", "-", "term", "copper", "exposure", "(", "survival", ",", "growth", ",", "copper", "bioaccumulation", ",", "whole", "-", "body", "ion", "content", ",", "oxygen", "consumption", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "The", "mussels", "'", "recovery", "capacity", "and", "their", "ability", "to", "withstand", "further", "acute", "copper", "challenge", "were", "also", "evaluated", "in", "secondary", "experiments", "following", "the", "28", "day", "exposure", "by", "assessing", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Mussels", "chronically", "exposed", "to", "2", "and", "12", "mu", "g", "Cu", "/", "L", "showed", "significantly", "higher", "mortality", "than", "those", "held", "under", "control", "conditions", "(", "mortality", "20", ".", "9", ",", "69", ".", "9", "a...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Environmental", "Protection", "Agency", "(", "USEPA", ")", "biotic", "ligand", "model", "(", "BLM", ")", "-", "derived", "chronic", "water", "quality", "criteria", "(", "WQC", ")", "(", "2", ".", "18", "mu", "g", "Cu", "/", "L", ")", "and", "the", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "Soft", "tissue", "copper", "burden", "increased", "equally", "for", "both", "copper", "exposures", ",", "suggesting", "that", "chronic", "toxicity", "is", "not", "associated", "with", "copper", "bioaccumulation", "." ]	[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "Several", "physiological", "disturbances", "were", "also", "observed", "during", "chronic", "copper", "exposure", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]
[ "Most", "relevant", "was", "a", "decrease", "in", "whole", "-", "body", "sodium", "content", "paralleled", "by", "an", "inhibition", "of", "Na", "(", "+", ")", "K", "(", "+", ")", "-", "ATPase", "activity", ",", "indicating", "a", "metal", "-", "induce...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "Filtration", "and", "oxygen", "consumption", "rates", "were", "also", "affected", "." ]	[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Redox", "parameters", "(", "reactive", "oxygen", "production", ",", "antioxidant", "capacity", "against", "peroxyl", "radicals", ",", "glutathione", "-", "S", "-", "transferase", "(", "GST", ")", "activity", ",", "and", "glutathione", "(", "GSH", ")", "concen...	[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
[ "Mussels", "previously", "held", "in", "control", "conditions", "or", "pre", "-", "exposed", "to", "2", "mu", "g", "dissolved", "Cu", "/", "L", "were", "able", "to", "maintain", "their", "ionic", "homeostasis", "and", "did", "not", "experience", "mortality",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "contrast", ",", "those", "previously", "exposed", "to", "12", "mu", "g", "dissolved", "Cu", "/", "L", "exhibited", "50", "%", "mortality", "indicating", "that", "they", "had", "already", "reached", "a", "'", "point", "of", "no", "return", "'", "."...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Pre", "-", "exposure", "to", "copper", "did", "not", "influence", "mussel", "response", "to", "the", "copper", "challenge", "test", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]
[ "As", "observed", "for", "the", "chronic", "exposure", ",", "mortality", "of", "mussels", "held", "in", "the", "absence", "of", "copper", "and", "submitted", "to", "the", "challenge", "test", "was", "also", "associated", "with", "an", "ionoregulatory", "distur...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "results", "indicate", "that", "ionoregulatory", "disruption", "in", "freshwater", "mussels", "chronically", "exposed", "to", "copper", "is", "the", "main", "mechanism", "of", "toxicity", "and", "that", "redox", "parameters", "do", "not", "appear", "to", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Intestinal", "luminal", "nitrogen", "metabolism", ":", "role", "of", "the", "gut", "microbiota", "and", "consequences", "for", "the", "host", "." ]	[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Alimentary", "and", "endogenous", "proteins", "are", "mixed", "in", "the", "small", "intestinal", "lumen", "with", "the", "microbiota", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Although", "experimental", "evidences", "suggest", "that", "the", "intestinal", "microbiota", "is", "able", "to", "incorporate", "and", "degrade", "some", "of", "the", "available", "amino", "acids", ",", "it", "appears", "that", "the", "microbiota", "is", "also...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CH...
[ "Although", "the", "net", "result", "of", "such", "exchanges", "remains", "to", "be", "determined", ",", "it", "is", "likely", "that", "a", "significant", "part", "of", "the", "amino", "acids", "recovered", "from", "the", "alimentary", "proteins", "are", "us...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "the", "large", "intestine", ",", "where", "the", "density", "of", "bacteria", "is", "much", "higher", "than", "in", "the", "small", "intestine", "and", "the", "transit", "time", "much", "longer", ",", "the", "residual", "undigested", "luminal", "prote...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "authors", "discovered", "that", "malathion", "'", "s", "lethality", "to", "Daphnia", "decreased", "with", "increasing", "Elodea", "density", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "the", "rate", "at", "which", "Elodea", "reduced", "malathion", "'", "s", "toxicity", "in", "the", "water", "column", "increased", "with", "macrophyte", "density", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "provide", "strong", "evidence", "that", "submersed", "macrophytes", "can", "mitigate", "the", "ecological", "impacts", "of", "a", "popular", "insecticide", "and", "further", "support", "that", "ecological", "interactions", "can", "strongly", "in...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "nucleoid", "-", "associated", "protein", "Dan", "organizes", "chromosomal", "DNA", "through", "rigid", "nucleoprotein", "filament", "formation", "in", "E", ".", "coli", "during", "anoxia", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Dan", "is", "a", "transcription", "factor", "that", "regulates", "the", "ttd", "operon", "encoding", "tartrate", "dehydratase", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "During", "anaerobic", "conditions", ",", "its", "copy", "number", "increases", "by", "100", "-", "fold", ",", "making", "Dan", "an", "abundant", "nucleoid", "-", "associated", "protein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "little", "is", "known", "about", "the", "mode", "of", "Dan", "-", "DNA", "interaction", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "understand", "its", "cellular", "functions", ",", "we", "used", "single", "-", "molecule", "manipulation", "and", "imaging", "techniques", "to", "show", "that", "Dan", "binds", "cooperatively", "along", "DNA", ",", "resulting", "in", "formation", "of", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Furthermore", ",", "in", "the", "presence", "of", "physiologic", "levels", "of", "magnesium", ",", "these", "filaments", "interact", "with", "each", "other", "to", "cause", "global", "DNA", "condensation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Overall", ",", "these", "results", "shed", "light", "on", "the", "architectural", "role", "of", "Dan", "in", "the", "compaction", "of", "Escherichia", "coli", "chromosomal", "DNA", "under", "anaerobic", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Formation", "of", "the", "nucleoprotein", "filament", "provides", "a", "basis", "in", "understanding", "how", "Dan", "may", "play", "roles", "in", "both", "chromosomal", "DNA", "protection", "and", "gene", "regulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Animal", "QTLdb", ":", "an", "improved", "database", "tool", "for", "livestock", "animal", "QTL", "/", "association", "data", "dissemination", "in", "the", "post", "-", "genome", "era", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "Animal", "QTL", "database", "(", "QTLdb", ";", "http", ":", "/", "/", "www", ".", "animalgenome", ".", "org", "/", "QTLdb", ")", "is", "designed", "to", "house", "all", "publicly", "available", "QTL", "and", "single", "-", "nucleotide", "polymorp...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "An", "earlier", "version", "was", "published", "in", "the", "Nucleic", "Acids", "Research", "Database", "issue", "in", "2007", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Since", "then", ",", "we", "have", "continued", "our", "efforts", "to", "develop", "new", "and", "improved", "database", "tools", "to", "allow", "more", "data", "types", ",", "parameters", "and", "functions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "efforts", "have", "transformed", "the", "Animal", "QTLdb", "into", "a", "tool", "that", "actively", "serves", "the", "research", "community", "as", "a", "quality", "data", "repository", "and", "more", "importantly", ",", "a", "provider", "of", "easily"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "QTLdb", "has", "been", "heavily", "used", "by", "the", "livestock", "genomics", "community", "since", "its", "first", "public", "release", "in", "2004", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "date", ",", "there", "are", "5920", "cattle", ",", "3442", "chicken", ",", "7451", "pigs", ",", "753", "sheep", "and", "88", "rainbow", "trout", "data", "points", "in", "the", "database", ",", "and", "at", "least", "290", "publications", "that", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "rapid", "advancement", "in", "genomic", "studies", "of", "cattle", ",", "chicken", ",", "pigs", ",", "sheep", "and", "other", "livestock", "animals", "has", "presented", "us", "with", "challenges", ",", "as", "well", "as", "opportunities", "for", "th...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", ",", "we", "report", "our", "progress", "over", "the", "recent", "years", "and", "highlight", "new", "functions", "and", "services", "available", "to", "the", "general", "public", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Versican", "3", "'", "-", "untranslated", "region", "(", "3", "'", "-", "UTR", ")", "functions", "as", "a", "ceRNA", "in", "inducing", "the", "development", "of", "hepatocellular", "carcinoma", "by", "regulating", "miRNA", "activity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "study", "was", "designed", "to", "explore", "the", "role", "of", "versican", "in", "the", "development", "of", "hepatocellular", "carcinoma", "(", "HCC", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Ectopic", "expression", "of", "the", "versican", "3", "'", "-", "untranslated", "region", "(", "3", "'", "-", "UTR", ")", "was", "studied", "as", "a", "competitive", "endogenous", "RNA", "for", "regulating", "miRNA", "functions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "used", "this", "approach", "to", "modulate", "the", "expression", "of", "versican", "and", "its", "related", "proteins", "in", "3", "'", "-", "UTR", "transgenic", "mice", "and", "in", "the", "liver", "cancer", "cell", "line", "HepG2", ",", "stably",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "demonstrated", "that", "transgenic", "mice", "expressing", "the", "versican", "3", "'", "-", "UTR", "developed", "HCC", "and", "increased", "expression", "of", "versican", "isoforms", "V0", "and", "V1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "HepG2", "cells", "transfected", "with", "versican", "3", "'", "-", "UTR", "displayed", "increased", "proliferation", ",", "survival", ",", "migration", ",", "invasion", ",", "colony", "formation", ",", "and", "enhanced", "endothelial", "cell", "growth", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "found", "that", "versican", "3", "'", "-", "UTR", "could", "bind", "to", "miRNAs", "miR", "-", "133a", ",", "miR", "-", "199a", "*", ",", "miR", "-", "144", ",", "and", "miR", "-", "431", "and", "also", "interacted", "with", "CD34", "and", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "a", "consequence", ",", "expression", "of", "versican", ",", "CD34", ",", "and", "fibronectin", "was", "up", "-", "regulated", "by", "ectopic", "transfection", "of", "the", "versican", "3", "'", "-", "UTR", ",", "which", "was", "confirmed", "in", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Transfection", "with", "siRNAs", "targeting", "the", "versican", "3", "'", "-", "UTR", "abolished", "the", "effects", "of", "the", "3", "'", "-", "UTR", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Taken", "together", ",", "these", "results", "demonstrate", "that", "versican", "V0", "and", "V1", "isoforms", "play", "important", "roles", "in", "HCC", "development", "and", "that", "versican", "mRNAs", "compete", "with", "endogenous", "RNAs", "in", "regulati...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Conformational", "landscape", "of", "diisopropyl", "ketone", ":", "quantum", "chemical", "calculations", "validated", "by", "microwave", "spectroscopy", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "report", "on", "the", "gas", "-", "phase", "structure", "of", "the", "most", "abundant", "conformer", "of", "diisopropyl", "ketone", ",", "(", "CH", "(", "3", ")", ")", "(", "2", ")", "HC", "-", "CO", "-", "CH", "(", "CH", "(", "3", ")", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-...

[ "The", "gas", "-", "phase", "structures", "of", "five", "conformers", "of", "diisopropyl", "ketone", "were", "optimized", "using", "ab", "initio", "calculations", "at", "the", "MP2", "/", "6", "-", "311", "+", "+", "G", "(", "d", ",", "p", ")", "level"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "natures", "of", "the", "stationary", "points", "were", "verified", "using", "harmonic", "frequency", "calculations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "only", "conformer", "observed", "in", "the", "supersonic", "jet", "possesses", "C", "(", "2", ")", "symmetry", "and", "appears", "as", "an", "enantiomeric", "pair", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "From", "the", "microwave", "spectrum", ",", "a", "set", "of", "three", "highly", "accurate", "rotational", "constants", ",", "five", "centrifugal", "distortion", "constants", ",", "and", "three", "sextic", "centrifugal", "distortion", "constants", "were", "determ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "structure", "of", "the", "observed", "conformer", "was", "optimized", "again", "at", "different", "levels", "of", "theory", "using", "the", "HF", ",", "MP2", ",", "and", "B3LYP", "methods", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "theoretical", "constants", "of", "the", "C", "(", "2", ")", "conformer", "were", "subsequently", "validated", "using", "the", "experimental", "constants", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "understand", "the", "transitions", "of", "one", "conformer", "to", "the", "others", ",", "the", "isopropyl", "groups", "were", "rotated", "against", "each", "other", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "resulting", "two", "-", "dimensional", "potential", "energy", "surface", "shows", "nicely", "the", "symmetry", "of", "the", "conformational", "landscape", "and", "also", "indicates", "the", "enantiomeric", "pairs", "of", "the", "conformers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "barriers", "to", "internal", "rotation", "of", "the", "methyl", "groups", "were", "determined", "to", "be", "1052", "and", "905", "cm", "(", "-", "1", ")", "at", "the", "MP2", "/", "6", "-", "311", "+", "+", "G", "(", "d", ",", "p", ")", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "In", "agreement", "with", "the", "theoretical", "predictions", ",", "no", "internal", "rotation", "patterns", "could", "be", "observed", "in", "the", "microwave", "spectrum", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Progestin", "effects", "on", "expression", "of", "AKR1C1", "-", "AKR1C3", ",", "SRD5A1", "and", "PGR", "in", "the", "Z", "-", "12", "endometriotic", "epithelial", "cell", "line", "." ]

[ "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Endometriosis", "is", "defined", "as", "the", "presence", "of", "endometrial", "glands", "and", "stroma", "outside", "the", "uterine", "cavity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "disease", "is", "associated", "with", "diminished", "protective", "effects", "of", "progesterone", ",", "which", "are", "usually", "explained", "by", "inadequate", "activation", "of", "progesterone", "receptors", "and", "also", "enhanced", "pre", "-", "re...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "Endometriosis", "is", "often", "treated", "with", "progestins", ",", "which", "act", "as", "progesterone", "receptor", "agonists", ",", "although", "their", "exact", "mechanisms", "of", "action", "are", "not", "completely", "understood", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "aim", "of", "the", "present", "study", "was", "to", "investigate", "how", "the", "progestins", "medroxyprogesterone", "acetate", ",", "dydrogesterone", "and", "dienogest", ",", "as", "well", "as", "progesterone", ",", "impact", "on", "the", "expression",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "...

[ "Our", "data", "demonstrate", "that", "these", "progestins", "affect", "local", "pre", "-", "receptor", "metabolism", "to", "a", "different", "extent", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "most", "favorable", "effects", "were", "seen", "for", "dydrogesterone", "and", "dienogest", ",", "where", "the", "first", ",", "dydrogesterone", ",", "significantly", "reduced", "SRD5A1", ",", "AKR1C2", "and", "AKR1C3", "expression", ",", "and", "additio...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "This", "might", "slow", "down", "the", "first", "step", "of", "pre", "-", "receptor", "metabolism", ",", "the", "conversion", "of", "progesterone", "to", "5", "alpha", "-", "dihydroprogestrone", "by", "SRD5A1", ",", "and", "it", "might", "also", "affect", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMI...

[ "Similarly", "favorable", "effects", "were", "seen", "for", "dienogest", ",", "which", "promoted", "significant", "reduction", "of", "AKR1C1", "and", "AKR1C2", "expression", "and", "also", "showed", "no", "effect", "on", "PR", "-", "B", "protein", "levels", "....

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Different", "effects", "were", "seen", "for", "progesterone", ",", "which", "significantly", "decreased", "SRD5A1", ",", "PR", "-", "B", "and", "HSD17B2", "protein", "levels", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "treatment", "with", "medroxyprogesterone", "acetate", "resulted", "in", "increased", "AKR1C1", "expression", "and", "decreased", "levels", "of", "PR", "-", "B", ",", "which", "might", "lead", "to", "enhanced", "progesterone", "metabolism", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Altogether", ",", "our", "data", "in", "this", "Z", "-", "12", "cell", "model", "suggest", "that", "the", "beneficial", "effects", "of", "treatment", "with", "progestin", "observed", "in", "endometriosis", "patients", "might", "arise", "from", "decreased", "p...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ...

[ "Natriuretic", "peptides", "in", "developing", "medaka", "embryos", ":", "implications", "in", "cardiac", "development", "by", "loss", "-", "of", "-", "function", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Cardiac", "natriuretic", "peptides", "(", "NPs", ")", ",", "atrial", "NP", "(", "ANP", ")", "and", "B", "-", "type", "NP", "(", "BNP", ")", ",", "and", "their", "receptor", ",", "guanylyl", "cyclase", "(", "GC", ")", "-", "A", "have", "attracted", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "In", "this", "study", ",", "we", "used", "medaka", ",", "Oryzias", "latipes", ",", "as", "a", "model", "species", "to", "pursue", "the", "physiological", "functions", "of", "NPs", "because", "it", "is", "a", "suitable", "model", "for", "developmental", "a...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Medaka", "has", "two", "ligands", ",", "BNP", "and", "C", "-", "type", "NP3", "(", "CNP3", ")", "(", "but", "not", "ANP", ")", ",", "that", "have", "greater", "affinity", "for", "the", "two", "O", ".", "latipes", "GC", "-", "A", "receptors", "(", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CNP3", "is", "the", "ancestral", "molecule", "of", "cardiac", "NPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Initially", ",", "we", "examined", "developmental", "expression", "of", "cardiac", "NP", "/", "receptor", "combinations", ",", "BNP", "/", "OLGC7", "and", "CNP3", "/", "OLGC2", ",", "using", "quantitative", "real", "-", "time", "PCR", "and", "in", "situ", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BNP", "and", "CNP3", "mRNA", "increased", "at", "stages", "25", "(", "onset", "of", "ventricular", "formation", ")", "and", "22", "(", "appearance", "of", "heart", "anlage", ")", ",", "respectively", ",", "whereas", "both", "receptor", "mRNAs", "increased",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "BNP", "/", "OLGC7", "transcripts", "were", "found", "in", "arterial", "/", "ventricular", "tissues", "and", "CNP3", "/", "OLGC2", "transcripts", "in", "venous", "/", "atrial", "tissues", "by", "in", "situ", "hybridization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Thus", ",", "BNP", "and", "CNP3", "can", "act", "locally", "on", "cardiac", "myocytes", "in", "a", "paracrine", "/", "autocrine", "fashion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Double", "knockdown", "of", "BNP", "/", "OLGC7", "genes", "impaired", "ventricular", "development", "by", "causing", "hypoplasia", "of", "ventricular", "myocytes", "as", "evidenced", "by", "reduced", "bromodeoxyuridine", "incorporation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CNP3", "knockdown", "induced", "hypertrophy", "of", "atria", "and", "activated", "the", "renin", "-", "angiotensin", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Collectively", ",", "it", "appears", "that", "BNP", "is", "important", "for", "normal", "ventricular", ",", "whereas", "CNP3", "is", "important", "for", "normal", "atrial", "development", "and", "performance", ",", "a", "role", "usually", "taken", "by", "ANP"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "current", "study", "provides", "new", "insights", "into", "the", "role", "of", "cardiac", "NPs", "in", "cardiac", "development", "in", "vertebrates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "P21", "-", "activated", "protein", "kinase", "1", "(", "Pak1", ")", "mediates", "the", "cross", "talk", "between", "insulin", "and", "beta", "-", "catenin", "on", "proglucagon", "gene", "expression", "and", "its", "ablation", "affects", "glucose", "homeostasi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "gut", "endocrine", "L", "cells", ",", "the", "Wnt", "signaling", "pathway", "effector", "beta", "-", "catenin", "(", "beta", "-", "cat", ")", "/", "transcription", "factor", "7", "-", "like", "2", "mediates", "the", "stimulatory", "effect", "of", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "In", "several", "other", "cell", "lineages", ",", "insulin", "is", "able", "to", "stimulate", "p21", "-", "activated", "protein", "kinase", "1", "(", "Pak1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", "we", "determined", "the", "role", "of", "Pak1", "in", "gcg", "expression", "and", "the", "effect", "of", "Pak1", "deletion", "on", "glucose", "homeostasis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Insulin", "stimulated", "Pak1", "activation", "through", "increasing", "its", "Thr423", "phosphorylation", "in", "gut", "gcg", "-", "expressing", "cell", "lines", ",", "associated", "with", "increased", "gcg", "mRNA", "levels", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "stimulation", "was", "attenuated", "by", "the", "Pak", "inhibitor", "2", ",", "2", "'", "-", "dihydroxy", "-", "1", ",", "1", "'", "-", "dinaphthyldisulfide", "(", "IPA3", ")", "or", "dominant", "-", "negative", "Pak1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Both", "insulin", "and", "cAMP", "-", "promoting", "agents", "activated", "beta", "-", "cat", "Ser675", "phosphorylation", ",", "which", "was", "attenuated", "by", "IPA3", "or", "protein", "kinase", "A", "inhibition", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Gut", "gcg", "levels", "were", "reduced", "in", "male", "Pak1", "(", "-", "/", "-", ")", "mice", ",", "associated", "with", "impaired", "glucose", "tolerance", "after", "an", "ip", "or", "oral", "glucose", "challenge", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "These", "mice", "had", "lower", "circulating", "active", "GLP", "-", "1", "levels", "after", "a", "glucose", "challenge", "as", "well", "as", "reduced", "distal", "ileum", "GLP", "-", "1", "content", "after", "insulin", "treatment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Finally", ",", "the", "Pak1", "(", "-", "/", "-", ")", "mice", "exhibited", "reduced", "brainstem", "gcg", "level", "and", "abolished", "beta", "-", "cat", "Ser675", "phosphorylation", "in", "brain", "neurons", "after", "insulin", "treatment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "suggest", "that", "Pak1", "mediates", "the", "cross", "talk", "between", "insulin", "and", "Wnt", "signaling", "pathways", "on", "gut", "and", "brain", "gcg", "expression", ",", "and", "its", "ablation", "impairs", "glucose", "homeostasis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Mortality", ",", "bioaccumulation", "and", "physiological", "responses", "in", "juvenile", "freshwater", "mussels", "(", "Lampsilis", "siliquoidea", ")", "chronically", "exposed", "to", "copper", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "Several", "studies", "have", "indicated", "that", "the", "early", "life", "stages", "of", "freshwater", "mussels", "are", "among", "the", "most", "sensitive", "aquatic", "organisms", "to", "inorganic", "chemicals", ",", "including", "copper", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O" ]

[ "However", ",", "little", "is", "known", "about", "the", "toxic", "mode", "of", "action", "and", "sub", "-", "lethal", "effects", "of", "copper", "exposure", "in", "this", "group", "of", "imperiled", "animals", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "this", "study", ",", "the", "physiological", "effects", "of", "long", "-", "term", "copper", "exposure", "(", "survival", ",", "growth", ",", "copper", "bioaccumulation", ",", "whole", "-", "body", "ion", "content", ",", "oxygen", "consumption", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "The", "mussels", "'", "recovery", "capacity", "and", "their", "ability", "to", "withstand", "further", "acute", "copper", "challenge", "were", "also", "evaluated", "in", "secondary", "experiments", "following", "the", "28", "day", "exposure", "by", "assessing", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Mussels", "chronically", "exposed", "to", "2", "and", "12", "mu", "g", "Cu", "/", "L", "showed", "significantly", "higher", "mortality", "than", "those", "held", "under", "control", "conditions", "(", "mortality", "20", ".", "9", ",", "69", ".", "9", "a...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Environmental", "Protection", "Agency", "(", "USEPA", ")", "biotic", "ligand", "model", "(", "BLM", ")", "-", "derived", "chronic", "water", "quality", "criteria", "(", "WQC", ")", "(", "2", ".", "18", "mu", "g", "Cu", "/", "L", ")", "and", "the", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "Soft", "tissue", "copper", "burden", "increased", "equally", "for", "both", "copper", "exposures", ",", "suggesting", "that", "chronic", "toxicity", "is", "not", "associated", "with", "copper", "bioaccumulation", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Several", "physiological", "disturbances", "were", "also", "observed", "during", "chronic", "copper", "exposure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O" ]

[ "Most", "relevant", "was", "a", "decrease", "in", "whole", "-", "body", "sodium", "content", "paralleled", "by", "an", "inhibition", "of", "Na", "(", "+", ")", "K", "(", "+", ")", "-", "ATPase", "activity", ",", "indicating", "a", "metal", "-", "induce...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "Filtration", "and", "oxygen", "consumption", "rates", "were", "also", "affected", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Redox", "parameters", "(", "reactive", "oxygen", "production", ",", "antioxidant", "capacity", "against", "peroxyl", "radicals", ",", "glutathione", "-", "S", "-", "transferase", "(", "GST", ")", "activity", ",", "and", "glutathione", "(", "GSH", ")", "concen...

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

[ "Mussels", "previously", "held", "in", "control", "conditions", "or", "pre", "-", "exposed", "to", "2", "mu", "g", "dissolved", "Cu", "/", "L", "were", "able", "to", "maintain", "their", "ionic", "homeostasis", "and", "did", "not", "experience", "mortality",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "contrast", ",", "those", "previously", "exposed", "to", "12", "mu", "g", "dissolved", "Cu", "/", "L", "exhibited", "50", "%", "mortality", "indicating", "that", "they", "had", "already", "reached", "a", "'", "point", "of", "no", "return", "'", "."...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Pre", "-", "exposure", "to", "copper", "did", "not", "influence", "mussel", "response", "to", "the", "copper", "challenge", "test", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O" ]

[ "As", "observed", "for", "the", "chronic", "exposure", ",", "mortality", "of", "mussels", "held", "in", "the", "absence", "of", "copper", "and", "submitted", "to", "the", "challenge", "test", "was", "also", "associated", "with", "an", "ionoregulatory", "distur...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "results", "indicate", "that", "ionoregulatory", "disruption", "in", "freshwater", "mussels", "chronically", "exposed", "to", "copper", "is", "the", "main", "mechanism", "of", "toxicity", "and", "that", "redox", "parameters", "do", "not", "appear", "to", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Intestinal", "luminal", "nitrogen", "metabolism", ":", "role", "of", "the", "gut", "microbiota", "and", "consequences", "for", "the", "host", "." ]

[ "O", "O", "B-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Alimentary", "and", "endogenous", "proteins", "are", "mixed", "in", "the", "small", "intestinal", "lumen", "with", "the", "microbiota", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Although", "experimental", "evidences", "suggest", "that", "the", "intestinal", "microbiota", "is", "able", "to", "incorporate", "and", "degrade", "some", "of", "the", "available", "amino", "acids", ",", "it", "appears", "that", "the", "microbiota", "is", "also...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CH...

[ "Although", "the", "net", "result", "of", "such", "exchanges", "remains", "to", "be", "determined", ",", "it", "is", "likely", "that", "a", "significant", "part", "of", "the", "amino", "acids", "recovered", "from", "the", "alimentary", "proteins", "are", "us...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "the", "large", "intestine", ",", "where", "the", "density", "of", "bacteria", "is", "much", "higher", "than", "in", "the", "small", "intestine", "and", "the", "transit", "time", "much", "longer", ",", "the", "residual", "undigested", "luminal", "prote...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CHEMICAL", "I-CHEMICAL", "O", "O", "O", "O" ]