| license: cc0-1.0 | |
| task_categories: | |
| - feature-extraction | |
| tags: | |
| - biology | |
| - genomics | |
| - ChIP-seq | |
| - epigenomics | |
| - vectorized | |
| - embeddings | |
| # ENCODE ChIP-seq Vetorizado | |
| Saída do pipeline de vetorização do [fabricioslv/encode-chip-seq-subset](https://huggingface.co/datasets/fabricioslv/encode-chip-seq-subset). | |
| ## 3 estratégias | |
| ### Stage 1 — Bins fixos (10kb) | |
| Matriz densa `(n_bins × n_tracks)` por cromossomo. Formato: `.npz`. | |
| ### Stage 2 — Peak detection (5σ) + embeddings | |
| Picos detectados por threshold estatístico. Embedding de 9 features por pico. | |
| Formato: `peaks.tsv` + `embeddings.npz`. | |
| ### Stage 3 — Janelas sliding (10kb, stride 5kb) + DL tensors | |
| Tensores normalizados (z-score) prontos para CNN/Transformer. Formato: `.h5`. | |
| ## Parâmetros | |
| - Bin size: 10000 bp | |
| - Peak threshold: 5.0σ | |
| - Window: 10000 bp, stride: 5000 bp | |
| - Sub-sampling: 100 pontos por janela (Stage 3) | |
| - Device: cpu | |