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本数据集为 PathSeek-MAS 课题组内部使用的原始数据归档（含受控访问的整片 WSI
与第三方原始数据）。仅供项目内部成员使用，外部申请一律不予通过。
extra_gated_fields:
姓名: text
单位: text
用途说明: text
pretty_name: PathSeek-MAS 原始数据归档（HGSOC 铂耐药）
PathSeek-MAS-source — 原始数据归档（自用，受控访问）
⚠️ 本仓库为 PathSeek-MAS 课题内部使用的原始/源数据归档，已设为 gated（manual 审批）。 外部任何访问申请一律不通过。 内容包含整片 WSI（HE）、第三方论文的原始组学数据、以及我们处理后的标签。
标签语义（两队列一致）：**label==1 = 敏感(Sensitive)，label==0 = 耐药(Resistant)**。
目录结构
PTRC-HGSOC/ # PTRC-HGSOC 队列（Chowdhury et al., npj Precision Oncology）
├── slides/*.svs # 348 张 HE 整片（原始来源见 ptrc_slide_urls.txt）
├── source/ # 该论文原生组学数据（proteogenomics）
│ ├── FFPE_discovery_globalprotein_imputed.tsv # 全蛋白组（imputed）
│ ├── FFPE_discovery_globalprotein_batchcorrected_before_imputation.tsv
│ ├── FFPE_discovery_phosphoprotein_*.tsv # 磷酸化蛋白组
│ ├── FFPE_discovery_RNAseq.tsv / _CNV.tsv / _LOH.tsv # 转录组 / 拷贝数 / 杂合性缺失
│ ├── FFPE_validation_* / Frozen_* # 验证集 / 冰冻样本对应数据
│ └── ReadMe_PTRC_data.docx # 原数据自带说明
├── labels.csv / labels_extended.csv # 我们处理后的标签（slide_id, case_id, label）
└── ptrc_slide_urls.txt # 348 张切片的公开下载地址（cancerimagingarchive）
TCGA-OV/ # TCGA-OV 队列
├── slides/*.svs # 156 张 HE 整片（来源见 gdc_manifest_TCGA-OV.txt，可经 NCI GDC 下载）
├── source/
│ ├── HGSOC_TCGA_simple.csv # CLAM 任务源表（slide/case/label 等）
│ ├── HGSOC_TCGA_main.csv # 主表（含完整字段）
│ ├── HGSOC_TCGA_filtered.csv / _multimodal.csv
│ ├── mmc2_PlatinumStatus.xlsx # 金标准铂状态（Zhang et al.）
│ ├── mmc3-2_proteomics.xlsx # TCGA-OV 蛋白组
│ └── mmc5_proteomic_subtypes.xlsx# 蛋白组亚型
├── labels.csv # 我们处理后的标签
├── KM/ # 生存(OS)与 KM / 1x4 分析
│ ├── labels_with_os_125.csv # 风险分 + OS_event + OS_time（125 例）
│ ├── mmc1.xlsx # TCGA-CDR（Liu et al. 泛癌临床数据资源，OS 等终点源）
│ ├── CCR.txt # BRCA / HRD 状态表（425 例 TCGA）：BRCA-status、HRD-LOH、Telomeric.AI、LST、突变签名(SBS/DBS/ID)
│ ├── KM.R / fig_km_1x4.py # 生存分析与作图代码
│ └── fig_km_1x4.png / .pdf
└── gdc_manifest_TCGA-OV.txt # TCGA-OV 切片的 GDC 下载清单
说明 / 缺口
- 整片 WSI 均为公开数据：PTRC 来自 cancerimagingarchive（见 urls），TCGA-OV 来自 NCI GDC（见 manifest）。此处归档便于内部直接取用。
- PTRC 原始临床表（
PTRC-HGSOC_List_clincal_data.xlsx，含Tumor response）当前未保留在本归档；耐药/敏感标签已固化进labels.csv（映射sensitive→1, refractory→0）。如需文本级核对，请取 Chowdhury 论文补充材料。 - BRCA / HRD 相关：见
TCGA-OV/KM/CCR.txt（含BRCA-status、HRD-LOH、突变签名等，425 例 TCGA）。fig6_b_brca 图即基于此表。 - 标签金标准与方向的完整溯源见课题记录：两队列
1=Sensitive / 0=Resistant，模型prob=P(label==1)=P(敏感)。
配套仓库
派生特征（虚拟 mIF 的 gigatime_csv + UNI 形态学特征 + 标签）：qklee/PathSeek-MAS
分析代码：https://github.com/qklee/PathSeek-MAS
运行环境
本归档包含复现实验所用的完整 conda 环境，有两种恢复方式：
方式一：从 environment.yml 重建（推荐，需网络）
conda env create -f environment.yml -n hgsoc
conda activate hgsoc
记录了 conda + pip 全部精确版本，在同类 Linux/CUDA 平台下可复现。
方式二：从 hgsoc_env.tar.gz 直接解压（4.9 GB，免网络安装）
# 下载 hgsoc_env.tar.gz 后：
mkdir -p ~/miniconda3/envs/hgsoc
tar -xzf hgsoc_env.tar.gz -C ~/miniconda3/envs/hgsoc
conda activate hgsoc
conda-unpack # 修复路径硬编码（必须执行一次）
解压即可用，适合无外网的集群节点。若 conda 安装路径不同，将
~/miniconda3/envs/改为实际envs/目录。
核心依赖版本
| 包 | 版本 |
|---|---|
| Python | 3.10.20 |
| PyTorch | 2.12.0 (CUDA 13) |
| torchvision | 0.27.0 |
| timm | 1.0.27 |
| openslide-python | 1.4.3 |
| huggingface_hub | 1.15.0 |
| scikit-learn | 1.7.2 |
| lifelines | 0.30.0 |