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| license: other |
| extra_gated_prompt: "本数据集为 PathSeek-MAS 课题组内部使用的原始数据归档（含受控访问的整片 WSI 与第三方原始数据）。仅供项目内部成员使用，外部申请一律不予通过。" |
| extra_gated_fields: |
| 姓名: text |
| 单位: text |
| 用途说明: text |
| pretty_name: PathSeek-MAS 原始数据归档（HGSOC 铂耐药） |
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| # PathSeek-MAS-source — 原始数据归档（自用，受控访问） |
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| > ⚠️ 本仓库为 **PathSeek-MAS 课题内部使用**的原始/源数据归档，已设为 **gated（manual 审批）**。 |
| > **外部任何访问申请一律不通过。** 内容包含整片 WSI（HE）、第三方论文的原始组学数据、以及我们处理后的标签。 |
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| 标签语义（两队列一致）：**`label==1` = 敏感(Sensitive)，`label==0` = 耐药(Resistant)**。 |
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| ## 目录结构 |
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| ``` |
| PTRC-HGSOC/ # PTRC-HGSOC 队列（Chowdhury et al., npj Precision Oncology） |
| ├── slides/*.svs # 348 张 HE 整片（原始来源见 ptrc_slide_urls.txt） |
| ├── source/ # 该论文原生组学数据（proteogenomics） |
| │ ├── FFPE_discovery_globalprotein_imputed.tsv # 全蛋白组（imputed） |
| │ ├── FFPE_discovery_globalprotein_batchcorrected_before_imputation.tsv |
| │ ├── FFPE_discovery_phosphoprotein_*.tsv # 磷酸化蛋白组 |
| │ ├── FFPE_discovery_RNAseq.tsv / _CNV.tsv / _LOH.tsv # 转录组 / 拷贝数 / 杂合性缺失 |
| │ ├── FFPE_validation_* / Frozen_* # 验证集 / 冰冻样本对应数据 |
| │ └── ReadMe_PTRC_data.docx # 原数据自带说明 |
| ├── labels.csv / labels_extended.csv # 我们处理后的标签（slide_id, case_id, label） |
| └── ptrc_slide_urls.txt # 348 张切片的公开下载地址（cancerimagingarchive） |
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| TCGA-OV/ # TCGA-OV 队列 |
| ├── slides/*.svs # 156 张 HE 整片（来源见 gdc_manifest_TCGA-OV.txt，可经 NCI GDC 下载） |
| ├── source/ |
| │ ├── HGSOC_TCGA_simple.csv # CLAM 任务源表（slide/case/label 等） |
| │ ├── HGSOC_TCGA_main.csv # 主表（含完整字段） |
| │ ├── HGSOC_TCGA_filtered.csv / _multimodal.csv |
| │ ├── mmc2_PlatinumStatus.xlsx # 金标准铂状态（Zhang et al.） |
| │ ├── mmc3-2_proteomics.xlsx # TCGA-OV 蛋白组 |
| │ └── mmc5_proteomic_subtypes.xlsx# 蛋白组亚型 |
| ├── labels.csv # 我们处理后的标签 |
| ├── KM/ # 生存(OS)与 KM / 1x4 分析 |
| │ ├── labels_with_os_125.csv # 风险分 + OS_event + OS_time（125 例） |
| │ ├── mmc1.xlsx # TCGA-CDR（Liu et al. 泛癌临床数据资源，OS 等终点源） |
| │ ├── CCR.txt # BRCA / HRD 状态表（425 例 TCGA）：BRCA-status、HRD-LOH、Telomeric.AI、LST、突变签名(SBS/DBS/ID) |
| │ ├── KM.R / fig_km_1x4.py # 生存分析与作图代码 |
| │ └── fig_km_1x4.png / .pdf |
| └── gdc_manifest_TCGA-OV.txt # TCGA-OV 切片的 GDC 下载清单 |
| ``` |
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| ## 说明 / 缺口 |
| - **整片 WSI 均为公开数据**：PTRC 来自 cancerimagingarchive（见 urls），TCGA-OV 来自 NCI GDC（见 manifest）。此处归档便于内部直接取用。 |
| - **PTRC 原始临床表**（`PTRC-HGSOC_List_clincal_data.xlsx`，含 `Tumor response`）当前未保留在本归档；耐药/敏感标签已固化进 `labels.csv`（映射 `sensitive→1, refractory→0`）。如需文本级核对，请取 Chowdhury 论文补充材料。 |
| - **BRCA / HRD 相关**：见 `TCGA-OV/KM/CCR.txt`（含 `BRCA-status`、HRD-LOH、突变签名等，425 例 TCGA）。fig6_b_brca 图即基于此表。 |
| - 标签金标准与方向的完整溯源见课题记录：两队列 `1=Sensitive / 0=Resistant`，模型 `prob=P(label==1)=P(敏感)`。 |
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| ## 配套仓库 |
| 派生特征（虚拟 mIF 的 gigatime_csv + UNI 形态学特征 + 标签）：`qklee/PathSeek-MAS` |
| 分析代码：`https://github.com/qklee/PathSeek-MAS` |
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| ## 运行环境 |
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| 本归档包含复现实验所用的完整 conda 环境，有两种恢复方式： |
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| ### 方式一：从 `environment.yml` 重建（推荐，需网络） |
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| ```bash |
| conda env create -f environment.yml -n hgsoc |
| conda activate hgsoc |
| ``` |
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| > 记录了 conda + pip 全部精确版本，在同类 Linux/CUDA 平台下可复现。 |
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| ### 方式二：从 `hgsoc_env.tar.gz` 直接解压（4.9 GB，免网络安装） |
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| ```bash |
| # 下载 hgsoc_env.tar.gz 后： |
| mkdir -p ~/miniconda3/envs/hgsoc |
| tar -xzf hgsoc_env.tar.gz -C ~/miniconda3/envs/hgsoc |
| conda activate hgsoc |
| conda-unpack # 修复路径硬编码（必须执行一次） |
| ``` |
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| > 解压即可用，适合无外网的集群节点。若 conda 安装路径不同，将 `~/miniconda3/envs/` 改为实际 `envs/` 目录。 |
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| ### 核心依赖版本 |
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| | 包 | 版本 | |
| |---|---| |
| | Python | 3.10.20 | |
| | PyTorch | 2.12.0 (CUDA 13) | |
| | torchvision | 0.27.0 | |
| | timm | 1.0.27 | |
| | openslide-python | 1.4.3 | |
| | huggingface_hub | 1.15.0 | |
| | scikit-learn | 1.7.2 | |
| | lifelines | 0.30.0 | |
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