Sentence-BERT: Sentence Embeddings using Siamese BERT-Networks
Paper
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1908.10084
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Published
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12
This is a sentence-transformers model trained. It maps sentences & paragraphs to a 384-dimensional dense vector space and can be used for semantic textual similarity, semantic search, paraphrase mining, text classification, clustering, and more.
SentenceTransformer(
(0): Transformer({'max_seq_length': 128, 'do_lower_case': False, 'architecture': 'BertModel'})
(1): Pooling({'word_embedding_dimension': 384, 'pooling_mode_cls_token': False, 'pooling_mode_mean_tokens': True, 'pooling_mode_max_tokens': False, 'pooling_mode_mean_sqrt_len_tokens': False, 'pooling_mode_weightedmean_tokens': False, 'pooling_mode_lasttoken': False, 'include_prompt': True})
)
First install the Sentence Transformers library:
pip install -U sentence-transformers
Then you can load this model and run inference.
from sentence_transformers import SentenceTransformer
# Download from the 🤗 Hub
model = SentenceTransformer("sentence_transformers_model_id")
# Run inference
sentences = [
'Doente, 25 anos, G3P2A0 (2 partos vaginais), chega à urgência referindo dor no abdómen inferior associada a cefaleias, náuseas, 2 episódios de vómitos, dor epigástrica e diminuição dos movimentos fetais. A doente encontra-se com 32 semanas de idade gestacional e refere não ter tido qualquer intercorrência na gravidez até ao presente momento. Ao exame físico: TA: 150 x 110 mmHg, BCF: 144 bpm, movimentos fetais presentes, edema presente nos membros inferiores (3+), altura uterina: 29cm; tira-teste de urina: negativo. Solicitadas análises laboratoriais, com os seguintes resultados: Hemoglobina: 10,8 g/dL; Hematócrito: 30%; leucócitos totais: 9.400 células/mm3 sem desvio; plaquetas: 113.000/µL; Creatinina: 1,1 mg/dL; Ureia: 28 mg/dL; AST: 15 u/L; ALT: 14 u/L; LDH (desidrogenase lática): 400 UI/L; Bilirrubina total: 0,4 mg/dL; Bilirrubina direta 0,2 mg/dL; Bilirrubina indireta: 0,2 mg/dL. Ecografia obstétrica evidencia peso fetal no percentil 3 e ILA (índice de líquido amniótico) de 4,0cm; Doppler normal. Qual o diagnóstico e a conduta?',
'Pré-eclâmpsia com sinais de gravidade. Internamento hospitalar, sulfato de magnésio, programar interrupção da gravidez.',
'Hipertensão gestacional. Manter doente internada e aguardar completar 34 semanas de gestação para interrupção da mesma.',
]
embeddings = model.encode(sentences)
print(embeddings.shape)
# [3, 384]
# Get the similarity scores for the embeddings
similarities = model.similarity(embeddings, embeddings)
print(similarities)
# tensor([[1.0000, 0.5402, 0.1571],
# [0.5402, 1.0000, 0.3841],
# [0.1571, 0.3841, 1.0000]])
Vigilante-MedicoInformationRetrievalEvaluator| Metric | Value |
|---|---|
| cosine_accuracy@1 | 0.2639 |
| cosine_accuracy@3 | 0.4722 |
| cosine_accuracy@5 | 0.5556 |
| cosine_accuracy@10 | 0.7083 |
| cosine_precision@1 | 0.2639 |
| cosine_precision@3 | 0.1574 |
| cosine_precision@5 | 0.1111 |
| cosine_precision@10 | 0.0708 |
| cosine_recall@1 | 0.2639 |
| cosine_recall@3 | 0.4722 |
| cosine_recall@5 | 0.5556 |
| cosine_recall@10 | 0.7083 |
| cosine_ndcg@10 | 0.465 |
| cosine_mrr@10 | 0.3894 |
| cosine_map@100 | 0.4024 |
sentence_0, sentence_1, and sentence_2| sentence_0 | sentence_1 | sentence_2 | |
|---|---|---|---|
| type | string | string | string |
| details |
|
|
|
| sentence_0 | sentence_1 | sentence_2 |
|---|---|---|
Mulher, 30 anos, com história de colite ulcerosa há 3 meses, em terapêutica com infliximab há 2 meses, dá entrada no atendimento urgente com disenteria intensa, distensão abdominal, febre de 38ºC, taquicardia (120 bpm), anemia ligeira, hipotensão, dor abdominal e descompressão brusca negativa. Podemos afirmar que: |
Deverá ser submetida a cirurgia de colectomia subtotal com ileostomia terminal. |
A tomografia computorizada do abdómen não acrescenta nada ao diagnóstico em relação ao RX do abdómen. |
As cardiopatias congénitas são defeitos estruturais do coração que estão presentes na vida fetal e ao nascimento. Esse grupo representa cerca de 30% de todas as malformações congénitas e tem incidência em torno de 9,4 casos para cada 1000 nados-vivos. O diagnóstico das cardiopatias congénitas pode ser feito na vida fetal ou após o nascimento através do exame clínico pós-natal. Acerca do teste de oximetria de pulso (teste do pezinho), podemos afirmar: |
O teste consiste em aferir a oximetria de pulso na mão direita (MSD) e num dos pés (MI) do recém-nascido, e considera-se como normal a SpO2 maior ou igual a 95% e uma diferença de SpO2 entre o membro superior direito e um dos membros inferiores menor ou igual a 3%. |
Ao aferir a oximetria de pulso do RN, o valor de referência normal da SpO2 deve estar entre 90% e 94% ou uma diferença entre as medidas do membro superior direito e o membro inferior maior ou igual a 4%. |
Doente masculino, 20 anos, vítima de acidente de motociclo. A equipa de socorro pré-hospitalar refere que ele se encontrava sem capacete e com hálito alcoólico. O doente dá entrada na urgência com colar cervical e máscara de oxigénio 12L/minuto, mantendo via aérea permeável com cânula orofaríngea. A avaliação do pescoço e do tórax não apresenta alterações aparentes e a frequência respiratória é de 28cpm. Tensão Arterial de 90/60mmHg, Frequência Cardíaca de 68bpm, pele com temperatura normal. Ao ser chamado, o doente não abre os olhos, contudo, ao estímulo doloroso, abre os olhos, faz uma retirada inespecífica com o membro superior direito e não emite nenhum som vocal. Estava coberto com uma manta térmica. A partir dos dados desta história clínica, qual a melhor alternativa que contém o valor da Escala de Coma de Glasgow (ECG) e a conduta para este doente? |
ECG 7; intubação orotraqueal. |
ECG 9; reposição volémica agressiva. |
MultipleNegativesRankingLoss with these parameters:{
"scale": 20.0,
"similarity_fct": "cos_sim",
"gather_across_devices": false
}
eval_strategy: stepsnum_train_epochs: 10multi_dataset_batch_sampler: round_robinoverwrite_output_dir: Falsedo_predict: Falseeval_strategy: stepsprediction_loss_only: Trueper_device_train_batch_size: 8per_device_eval_batch_size: 8per_gpu_train_batch_size: Noneper_gpu_eval_batch_size: Nonegradient_accumulation_steps: 1eval_accumulation_steps: Nonetorch_empty_cache_steps: Nonelearning_rate: 5e-05weight_decay: 0.0adam_beta1: 0.9adam_beta2: 0.999adam_epsilon: 1e-08max_grad_norm: 1num_train_epochs: 10max_steps: -1lr_scheduler_type: linearlr_scheduler_kwargs: Nonewarmup_ratio: 0.0warmup_steps: 0log_level: passivelog_level_replica: warninglog_on_each_node: Truelogging_nan_inf_filter: Truesave_safetensors: Truesave_on_each_node: Falsesave_only_model: Falserestore_callback_states_from_checkpoint: Falseno_cuda: Falseuse_cpu: Falseuse_mps_device: Falseseed: 42data_seed: Nonejit_mode_eval: Falsebf16: Falsefp16: Falsefp16_opt_level: O1half_precision_backend: autobf16_full_eval: Falsefp16_full_eval: Falsetf32: Nonelocal_rank: 0ddp_backend: Nonetpu_num_cores: Nonetpu_metrics_debug: Falsedebug: []dataloader_drop_last: Falsedataloader_num_workers: 0dataloader_prefetch_factor: Nonepast_index: -1disable_tqdm: Falseremove_unused_columns: Truelabel_names: Noneload_best_model_at_end: Falseignore_data_skip: Falsefsdp: []fsdp_min_num_params: 0fsdp_config: {'min_num_params': 0, 'xla': False, 'xla_fsdp_v2': False, 'xla_fsdp_grad_ckpt': False}fsdp_transformer_layer_cls_to_wrap: Noneaccelerator_config: {'split_batches': False, 'dispatch_batches': None, 'even_batches': True, 'use_seedable_sampler': True, 'non_blocking': False, 'gradient_accumulation_kwargs': None}parallelism_config: Nonedeepspeed: Nonelabel_smoothing_factor: 0.0optim: adamw_torch_fusedoptim_args: Noneadafactor: Falsegroup_by_length: Falselength_column_name: lengthproject: huggingfacetrackio_space_id: trackioddp_find_unused_parameters: Noneddp_bucket_cap_mb: Noneddp_broadcast_buffers: Falsedataloader_pin_memory: Truedataloader_persistent_workers: Falseskip_memory_metrics: Trueuse_legacy_prediction_loop: Falsepush_to_hub: Falseresume_from_checkpoint: Nonehub_model_id: Nonehub_strategy: every_savehub_private_repo: Nonehub_always_push: Falsehub_revision: Nonegradient_checkpointing: Falsegradient_checkpointing_kwargs: Noneinclude_inputs_for_metrics: Falseinclude_for_metrics: []eval_do_concat_batches: Truefp16_backend: autopush_to_hub_model_id: Nonepush_to_hub_organization: Nonemp_parameters: auto_find_batch_size: Falsefull_determinism: Falsetorchdynamo: Noneray_scope: lastddp_timeout: 1800torch_compile: Falsetorch_compile_backend: Nonetorch_compile_mode: Noneinclude_tokens_per_second: Falseinclude_num_input_tokens_seen: noneftune_noise_alpha: Noneoptim_target_modules: Nonebatch_eval_metrics: Falseeval_on_start: Falseuse_liger_kernel: Falseliger_kernel_config: Noneeval_use_gather_object: Falseaverage_tokens_across_devices: Trueprompts: Nonebatch_sampler: batch_samplermulti_dataset_batch_sampler: round_robinrouter_mapping: {}learning_rate_mapping: {}| Epoch | Step | Training Loss | Vigilante-Medico_cosine_ndcg@10 |
|---|---|---|---|
| 1.0 | 80 | - | 0.4289 |
| 1.25 | 100 | - | 0.4235 |
| 2.0 | 160 | - | 0.4539 |
| 2.5 | 200 | - | 0.4566 |
| 3.0 | 240 | - | 0.4654 |
| 3.75 | 300 | - | 0.4698 |
| 4.0 | 320 | - | 0.4483 |
| 5.0 | 400 | - | 0.4734 |
| 6.0 | 480 | - | 0.4638 |
| 6.25 | 500 | 1.0468 | 0.4655 |
| 7.0 | 560 | - | 0.4606 |
| 7.5 | 600 | - | 0.4658 |
| 8.0 | 640 | - | 0.4708 |
| 8.75 | 700 | - | 0.4635 |
| 9.0 | 720 | - | 0.4660 |
| 10.0 | 800 | - | 0.4650 |
@inproceedings{reimers-2019-sentence-bert,
title = "Sentence-BERT: Sentence Embeddings using Siamese BERT-Networks",
author = "Reimers, Nils and Gurevych, Iryna",
booktitle = "Proceedings of the 2019 Conference on Empirical Methods in Natural Language Processing",
month = "11",
year = "2019",
publisher = "Association for Computational Linguistics",
url = "https://arxiv.org/abs/1908.10084",
}
@misc{henderson2017efficient,
title={Efficient Natural Language Response Suggestion for Smart Reply},
author={Matthew Henderson and Rami Al-Rfou and Brian Strope and Yun-hsuan Sung and Laszlo Lukacs and Ruiqi Guo and Sanjiv Kumar and Balint Miklos and Ray Kurzweil},
year={2017},
eprint={1705.00652},
archivePrefix={arXiv},
primaryClass={cs.CL}
}