README.md

metadata

title: BindAna
emoji: 🌌
colorFrom: indigo
colorTo: purple
sdk: gradio
sdk_version: 5.29.1
app_file: app.py
pinned: false
license: cc-by-4.0
short_description: Analyze predicted interaction PDB and visualize binding mode

Check out the configuration reference at https://huggingface.co/docs/hub/spaces-config-reference

BindAna 🌌

BindAna 是一个基于 Gradio 的轻量级 Web 应用，用于蛋白质/复合物结构的结合位点分析与可视化。
支持上传 PDB 文件，自动识别分子实体，交互式选择分析对象，并以 3D 方式高亮显示分子结构及其相互作用残基。

功能特性

• 支持 PDB 文件上传与解析
• 自动识别蛋白、核酸、配体等分子实体
• 可视化分子结构，支持 cartoon/stick 等多种渲染风格
• 交互式选择实体，分析实体间接触残基
• 结果以 3D 视图和图例展示，便于科研解读

使用方法

1. 上传你的 PDB 结构文件（目前仅支持 .pdb 格式）
2. 在下拉菜单中选择感兴趣的分子实体，点击“添加”
3. 设置 cutoff 距离（Å），点击“分析并渲染”
4. 查看 3D 可视化结果和残基列表

依赖环境

• Python 3.8+
• gradio
• py3Dmol
• biopython

安装依赖：

pip install -r requirements.txt