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| | title: BindAna |
| | emoji: 🌌 |
| | colorFrom: indigo |
| | colorTo: purple |
| | sdk: gradio |
| | sdk_version: 5.29.1 |
| | app_file: app.py |
| | pinned: false |
| | license: cc-by-4.0 |
| | short_description: Analyze predicted interaction PDB and visualize binding mode |
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| | Check out the configuration reference at https://huggingface.co/docs/hub/spaces-config-reference |
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| | # BindAna 🌌 |
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| | BindAna 是一个基于 Gradio 的轻量级 Web 应用，用于蛋白质/复合物结构的结合位点分析与可视化。 |
| | 支持上传 PDB 文件，自动识别分子实体，交互式选择分析对象，并以 3D 方式高亮显示分子结构及其相互作用残基。 |
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| | ## 功能特性 |
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| | - 支持 PDB 文件上传与解析 |
| | - 自动识别蛋白、核酸、配体等分子实体 |
| | - 可视化分子结构，支持 cartoon/stick 等多种渲染风格 |
| | - 交互式选择实体，分析实体间接触残基 |
| | - 结果以 3D 视图和图例展示，便于科研解读 |
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| | ## 使用方法 |
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| | 1. 上传你的 PDB 结构文件（目前仅支持 `.pdb` 格式） |
| | 2. 在下拉菜单中选择感兴趣的分子实体，点击“添加” |
| | 3. 设置 cutoff 距离（Å），点击“分析并渲染” |
| | 4. 查看 3D 可视化结果和残基列表 |
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| | ## 依赖环境 |
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| | - Python 3.8+ |
| | - gradio |
| | - py3Dmol |
| | - biopython |
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| | 安装依赖： |
| | ```sh |
| | pip install -r requirements.txt |
