README.md

metadata

title: SYNTAX-Video Inference
emoji: 🫀
colorFrom: indigo
colorTo: blue
sdk: gradio
sdk_version: 5.49.1
python_version: '3.11'
app_file: app.py
pinned: false
license: apache-2.0
tags:
  - medical-imaging
  - video
  - pytorch
  - dicom
  - cardiology

🫀 SYNTAX-Video — Multi-study Inference

SYNTAX-Video — это интерфейс для автоматической оценки SYNTAX-score по видеозаписям коронарной ангиографии. Модель анализирует DICOM-файлы левой и правой коронарной артерии, вычисляя вклад каждой и итоговый суммарный показатель.

---

🚀 Возможности

• Загрузка исследований в формате DICOM
• Поддержка многомодельного ансамбля (усреднение только по моделям)
• Обработка нескольких клипов одной артерии как единой последовательности
• Интерфейс для множественных исследований в одном сеансе
• Автоматическое определение весов модели (weights/left, weights/right)

---

🧭 Как использовать

1. Укажите ID исследования и при необходимости краткое описание.

2. Загрузите DICOM-файлы для левой и/или правой артерии.

3. Нажмите “Add study”, затем “Run inference”.

4. Результаты отобразятся в виде JSON-структуры с:

   • предсказаниями по каждой модели,
   • средним значением для каждой артерии,
   • суммарным SYNTAX-score,
   • пометкой «High-risk» при превышении порога.

---

⚙️ Технические детали

• Backbone: r3d_18 (torchvision)

• Head: lstm_mean (возможно использование других вариантов: GRU, mean, BERT-head и др.)

• Формат входа: (1, S, C, T, H, W) — пакет клипов одной артерии

• Нормализация: стандарт ImageNet

• Усреднение: только по моделям ансамбля (без усреднения по клипам внутри исследования)

• Пороговые значения:

  • левая артерия ≥ 15
  • правая артерия ≥ 5
  • общее исследование ≥ 22

---

🧩 Структура проекта

configs/
 └── default.yaml         # Основная конфигурация
src/syntax_pred/
 ├── model.py             # Архитектура и загрузка весов
 ├── preprocess.py        # Обработка DICOM и трансформации
 ├── data.py              # Минималистичный датасет для инференса
 ├── utils.py             # Поддержка: выбор устройства, поиск весов
app.py                    # Gradio-интерфейс