Spaces:
Running
Running
Miyu Horiuchi
v2 results: ESM-2 t6 (8M, 20-protein sample) loses to v1 hand-crafted features on all 4 phenotype targets
8800528 | { | |
| "optimal_temperature_c": { | |
| "task": "regression", | |
| "mean_metric": 3.8112089918472263, | |
| "folds": [ | |
| { | |
| "target": "optimal_temperature_c", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 3.2951600162894534, | |
| "n_train": 13592, | |
| "n_test": 3398 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "optimal_temperature_c", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 4.017113829978148, | |
| "n_train": 13592, | |
| "n_test": 3398 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "optimal_temperature_c", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 4.559300623956044, | |
| "n_train": 13592, | |
| "n_test": 3398 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "optimal_temperature_c", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 3.433395558290442, | |
| "n_train": 13592, | |
| "n_test": 3398 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "optimal_temperature_c", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 3.751074930722044, | |
| "n_train": 13592, | |
| "n_test": 3398 | |
| } | |
| ], | |
| "top_features": { | |
| "emb_103": 0.16869700476527213, | |
| "emb_60": 0.07808086089789867, | |
| "emb_43": 0.0628509072586894, | |
| "emb_266": 0.033329375088214874, | |
| "emb_42": 0.023146301228553056, | |
| "emb_189": 0.018172430247068404, | |
| "emb_193": 0.01549147767946124, | |
| "emb_208": 0.010674231126904488, | |
| "emb_249": 0.010161940101534128, | |
| "emb_316": 0.00875371778383851, | |
| "emb_54": 0.008479961880948395, | |
| "emb_101": 0.008166430797427893, | |
| "emb_306": 0.0080825804034248, | |
| "emb_12": 0.007412606221623719, | |
| "emb_196": 0.007353798579424619, | |
| "emb_67": 0.0063229189720004795, | |
| "emb_317": 0.006213041604496539, | |
| "emb_298": 0.006199516402557492, | |
| "emb_142": 0.0055422845762223005, | |
| "emb_212": 0.005529186734929681 | |
| } | |
| }, | |
| "optimal_ph": { | |
| "task": "regression", | |
| "mean_metric": 0.5436920383017638, | |
| "folds": [ | |
| { | |
| "target": "optimal_ph", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 0.5079121871241208, | |
| "n_train": 3712, | |
| "n_test": 928 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "optimal_ph", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 0.5828646868672864, | |
| "n_train": 3712, | |
| "n_test": 928 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "optimal_ph", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 0.4768103638599659, | |
| "n_train": 3712, | |
| "n_test": 928 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "optimal_ph", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 0.5588709801846538, | |
| "n_train": 3712, | |
| "n_test": 928 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "optimal_ph", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 0.5920019734727925, | |
| "n_train": 3712, | |
| "n_test": 928 | |
| } | |
| ], | |
| "top_features": { | |
| "emb_98": 0.011167544405907393, | |
| "emb_30": 0.010862068273127079, | |
| "emb_303": 0.00881142821162939, | |
| "emb_234": 0.008169800881296397, | |
| "emb_275": 0.007578957173973322, | |
| "emb_76": 0.007254484761506319, | |
| "emb_288": 0.006994668231345713, | |
| "emb_316": 0.006830810778774321, | |
| "emb_271": 0.006383727490901947, | |
| "emb_173": 0.005997528694570065, | |
| "emb_66": 0.005799136450514197, | |
| "emb_164": 0.005766078643500805, | |
| "emb_193": 0.005715658515691757, | |
| "emb_305": 0.005651428177952766, | |
| "emb_95": 0.00551331602036953, | |
| "emb_295": 0.005462997686117887, | |
| "emb_129": 0.005448242649435997, | |
| "emb_311": 0.00536917713470757, | |
| "emb_54": 0.005357998586259782, | |
| "emb_10": 0.00533105842769146 | |
| } | |
| }, | |
| "oxygen_requirement": { | |
| "task": "classification", | |
| "mean_metric": 0.2663509236310927, | |
| "folds": [ | |
| { | |
| "target": "oxygen_requirement", | |
| "task": "classification", | |
| "metric_name": "f1_macro", | |
| "value": 0.2588046128139306, | |
| "n_train": 8320, | |
| "n_test": 2081 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "oxygen_requirement", | |
| "task": "classification", | |
| "metric_name": "f1_macro", | |
| "value": 0.2843646914415365, | |
| "n_train": 8321, | |
| "n_test": 2080 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "oxygen_requirement", | |
| "task": "classification", | |
| "metric_name": "f1_macro", | |
| "value": 0.2756164031591783, | |
| "n_train": 8321, | |
| "n_test": 2079 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "oxygen_requirement", | |
| "task": "classification", | |
| "metric_name": "f1_macro", | |
| "value": 0.2528821071090249, | |
| "n_train": 8321, | |
| "n_test": 2078 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "oxygen_requirement", | |
| "task": "classification", | |
| "metric_name": "f1_macro", | |
| "value": 0.2600868036317932, | |
| "n_train": 8321, | |
| "n_test": 2080 | |
| } | |
| ], | |
| "top_features": { | |
| "emb_103": 0.04017147198319435, | |
| "emb_50": 0.023787937872111798, | |
| "emb_12": 0.0178349319845438, | |
| "emb_31": 0.013287367857992649, | |
| "emb_317": 0.01299915900453925, | |
| "emb_82": 0.010882709547877312, | |
| "emb_8": 0.01022309004329145, | |
| "emb_81": 0.010093271778896452, | |
| "emb_123": 0.009002599585801362, | |
| "emb_3": 0.007762046670541168, | |
| "emb_164": 0.007742419466376304, | |
| "emb_249": 0.007375640328973532, | |
| "emb_105": 0.006530107744038105, | |
| "emb_80": 0.006318087223917246, | |
| "emb_42": 0.006068857247009873, | |
| "emb_139": 0.005965205561369658, | |
| "emb_121": 0.005931418668478727, | |
| "emb_65": 0.005808050883933902, | |
| "emb_44": 0.005663734907284379, | |
| "emb_207": 0.005562597792595625 | |
| } | |
| }, | |
| "salt_tolerance_pct": { | |
| "task": "regression", | |
| "mean_metric": 2.5972314968209798, | |
| "folds": [ | |
| { | |
| "target": "salt_tolerance_pct", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 2.3439427383377804, | |
| "n_train": 3832, | |
| "n_test": 958 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "salt_tolerance_pct", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 2.6079844452593175, | |
| "n_train": 3832, | |
| "n_test": 958 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "salt_tolerance_pct", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 2.9996881387533625, | |
| "n_train": 3832, | |
| "n_test": 958 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "salt_tolerance_pct", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 2.443910552202535, | |
| "n_train": 3832, | |
| "n_test": 958 | |
| }, | |
| { | |
| "target": "salt_tolerance_pct", | |
| "task": "regression", | |
| "metric_name": "mae", | |
| "value": 2.590631609551904, | |
| "n_train": 3832, | |
| "n_test": 958 | |
| } | |
| ], | |
| "top_features": { | |
| "emb_98": 0.047636817768216135, | |
| "emb_54": 0.03739274423569441, | |
| "emb_279": 0.02616921830922365, | |
| "emb_318": 0.022615654370747508, | |
| "emb_69": 0.019059108383953572, | |
| "emb_63": 0.017487683240324257, | |
| "emb_18": 0.016787986876443027, | |
| "emb_76": 0.012408213131129742, | |
| "emb_264": 0.007769751874729991, | |
| "emb_140": 0.0069305346813052894, | |
| "emb_139": 0.006735568586736918, | |
| "emb_304": 0.00671216519549489, | |
| "emb_265": 0.006352387531660497, | |
| "emb_291": 0.006155207334086299, | |
| "emb_282": 0.006089178798720241, | |
| "emb_66": 0.006053977971896529, | |
| "emb_102": 0.005969851370900869, | |
| "emb_187": 0.0057985625928267835, | |
| "emb_234": 0.00567809771746397, | |
| "emb_53": 0.005465431278571487 | |
| } | |
| }, | |
| "__meta__": { | |
| "feature_cols": [ | |
| "emb_0", | |
| "emb_1", | |
| "emb_2", | |
| "emb_3", | |
| "emb_4", | |
| "emb_5", | |
| "emb_6", | |
| "emb_7", | |
| "emb_8", | |
| "emb_9", | |
| "emb_10", | |
| "emb_11", | |
| "emb_12", | |
| "emb_13", | |
| "emb_14", | |
| "emb_15", | |
| "emb_16", | |
| "emb_17", | |
| "emb_18", | |
| "emb_19", | |
| "emb_20", | |
| "emb_21", | |
| "emb_22", | |
| "emb_23", | |
| "emb_24", | |
| "emb_25", | |
| "emb_26", | |
| "emb_27", | |
| "emb_28", | |
| "emb_29", | |
| "emb_30", | |
| "emb_31", | |
| "emb_32", | |
| "emb_33", | |
| "emb_34", | |
| "emb_35", | |
| "emb_36", | |
| "emb_37", | |
| "emb_38", | |
| "emb_39", | |
| "emb_40", | |
| "emb_41", | |
| "emb_42", | |
| "emb_43", | |
| "emb_44", | |
| "emb_45", | |
| "emb_46", | |
| "emb_47", | |
| "emb_48", | |
| "emb_49", | |
| "emb_50", | |
| "emb_51", | |
| "emb_52", | |
| "emb_53", | |
| "emb_54", | |
| "emb_55", | |
| "emb_56", | |
| "emb_57", | |
| "emb_58", | |
| "emb_59", | |
| "emb_60", | |
| "emb_61", | |
| "emb_62", | |
| "emb_63", | |
| "emb_64", | |
| "emb_65", | |
| "emb_66", | |
| "emb_67", | |
| "emb_68", | |
| "emb_69", | |
| "emb_70", | |
| "emb_71", | |
| "emb_72", | |
| "emb_73", | |
| "emb_74", | |
| "emb_75", | |
| "emb_76", | |
| "emb_77", | |
| "emb_78", | |
| "emb_79", | |
| "emb_80", | |
| "emb_81", | |
| "emb_82", | |
| "emb_83", | |
| "emb_84", | |
| "emb_85", | |
| "emb_86", | |
| "emb_87", | |
| "emb_88", | |
| "emb_89", | |
| "emb_90", | |
| "emb_91", | |
| "emb_92", | |
| "emb_93", | |
| "emb_94", | |
| "emb_95", | |
| "emb_96", | |
| "emb_97", | |
| "emb_98", | |
| "emb_99", | |
| "emb_100", | |
| "emb_101", | |
| "emb_102", | |
| "emb_103", | |
| "emb_104", | |
| "emb_105", | |
| "emb_106", | |
| "emb_107", | |
| "emb_108", | |
| "emb_109", | |
| "emb_110", | |
| "emb_111", | |
| "emb_112", | |
| "emb_113", | |
| "emb_114", | |
| "emb_115", | |
| "emb_116", | |
| "emb_117", | |
| "emb_118", | |
| "emb_119", | |
| "emb_120", | |
| "emb_121", | |
| "emb_122", | |
| "emb_123", | |
| "emb_124", | |
| "emb_125", | |
| "emb_126", | |
| "emb_127", | |
| "emb_128", | |
| "emb_129", | |
| "emb_130", | |
| "emb_131", | |
| "emb_132", | |
| "emb_133", | |
| "emb_134", | |
| "emb_135", | |
| "emb_136", | |
| "emb_137", | |
| "emb_138", | |
| "emb_139", | |
| "emb_140", | |
| "emb_141", | |
| "emb_142", | |
| "emb_143", | |
| "emb_144", | |
| "emb_145", | |
| "emb_146", | |
| "emb_147", | |
| "emb_148", | |
| "emb_149", | |
| "emb_150", | |
| "emb_151", | |
| "emb_152", | |
| "emb_153", | |
| "emb_154", | |
| "emb_155", | |
| "emb_156", | |
| "emb_157", | |
| "emb_158", | |
| "emb_159", | |
| "emb_160", | |
| "emb_161", | |
| "emb_162", | |
| "emb_163", | |
| "emb_164", | |
| "emb_165", | |
| "emb_166", | |
| "emb_167", | |
| "emb_168", | |
| "emb_169", | |
| "emb_170", | |
| "emb_171", | |
| "emb_172", | |
| "emb_173", | |
| "emb_174", | |
| "emb_175", | |
| "emb_176", | |
| "emb_177", | |
| "emb_178", | |
| "emb_179", | |
| "emb_180", | |
| "emb_181", | |
| "emb_182", | |
| "emb_183", | |
| "emb_184", | |
| "emb_185", | |
| "emb_186", | |
| "emb_187", | |
| "emb_188", | |
| "emb_189", | |
| "emb_190", | |
| "emb_191", | |
| "emb_192", | |
| "emb_193", | |
| "emb_194", | |
| "emb_195", | |
| "emb_196", | |
| "emb_197", | |
| "emb_198", | |
| "emb_199", | |
| "emb_200", | |
| "emb_201", | |
| "emb_202", | |
| "emb_203", | |
| "emb_204", | |
| "emb_205", | |
| "emb_206", | |
| "emb_207", | |
| "emb_208", | |
| "emb_209", | |
| "emb_210", | |
| "emb_211", | |
| "emb_212", | |
| "emb_213", | |
| "emb_214", | |
| "emb_215", | |
| "emb_216", | |
| "emb_217", | |
| "emb_218", | |
| "emb_219", | |
| "emb_220", | |
| "emb_221", | |
| "emb_222", | |
| "emb_223", | |
| "emb_224", | |
| "emb_225", | |
| "emb_226", | |
| "emb_227", | |
| "emb_228", | |
| "emb_229", | |
| "emb_230", | |
| "emb_231", | |
| "emb_232", | |
| "emb_233", | |
| "emb_234", | |
| "emb_235", | |
| "emb_236", | |
| "emb_237", | |
| "emb_238", | |
| "emb_239", | |
| "emb_240", | |
| "emb_241", | |
| "emb_242", | |
| "emb_243", | |
| "emb_244", | |
| "emb_245", | |
| "emb_246", | |
| "emb_247", | |
| "emb_248", | |
| "emb_249", | |
| "emb_250", | |
| "emb_251", | |
| "emb_252", | |
| "emb_253", | |
| "emb_254", | |
| "emb_255", | |
| "emb_256", | |
| "emb_257", | |
| "emb_258", | |
| "emb_259", | |
| "emb_260", | |
| "emb_261", | |
| "emb_262", | |
| "emb_263", | |
| "emb_264", | |
| "emb_265", | |
| "emb_266", | |
| "emb_267", | |
| "emb_268", | |
| "emb_269", | |
| "emb_270", | |
| "emb_271", | |
| "emb_272", | |
| "emb_273", | |
| "emb_274", | |
| "emb_275", | |
| "emb_276", | |
| "emb_277", | |
| "emb_278", | |
| "emb_279", | |
| "emb_280", | |
| "emb_281", | |
| "emb_282", | |
| "emb_283", | |
| "emb_284", | |
| "emb_285", | |
| "emb_286", | |
| "emb_287", | |
| "emb_288", | |
| "emb_289", | |
| "emb_290", | |
| "emb_291", | |
| "emb_292", | |
| "emb_293", | |
| "emb_294", | |
| "emb_295", | |
| "emb_296", | |
| "emb_297", | |
| "emb_298", | |
| "emb_299", | |
| "emb_300", | |
| "emb_301", | |
| "emb_302", | |
| "emb_303", | |
| "emb_304", | |
| "emb_305", | |
| "emb_306", | |
| "emb_307", | |
| "emb_308", | |
| "emb_309", | |
| "emb_310", | |
| "emb_311", | |
| "emb_312", | |
| "emb_313", | |
| "emb_314", | |
| "emb_315", | |
| "emb_316", | |
| "emb_317", | |
| "emb_318", | |
| "emb_319" | |
| ] | |
| } | |
| } |